早期公司間進行資產收購交易時，收購公司所支付之對價多為現金或其 他財產，至於進行合併之交易時，則以支付存續或新設公司之股份作為對價，
故尚能以收購公司所支付之對價不同而辨別該交易之內容究為資產收購或合 併，惟現今無論係資產收購或合併皆已強調對價之多元化，皆得以現金、股 份或其他財產作為併購之對價，從而在資產收購時，收購公司得支付其股份 或他公司股份作為收購對價，而在合併時，併購公司亦得支付現金作為併購 之對價（即所謂現金合併 cash-out merger），因此資產收購與合併間之差異 似已逐漸縮小。
另值得一提的是，早期資產收購多以現金為對價，且時常伴隨解散之結 果，而對股東有重大影響，但隨時代進步，法律設計趨於彈性化，資產收購 可能以股份為對價，使股東仍得維持其股東地位（為另一家公司之股東），合 併也可能以現金為對價而使股東喪失其股東地位，資產收購與合併之差別將 逐漸縮小。
以下僅就資產收購與合併最明顯之四項差異加以說明。
一、清算程序之進行與法人格之消滅
（一）在資產收購時，雖目標公司可能因無法繼續從事業務之經營而有進行 解散之計畫，但並非進行資產收購行為即當然解散，仍須另依公司法規定經 股東會以特別決議為解散之決定後，再依公司法相關規定進入清算程序，在 清算目的範圍內，仍然存續，須俟清算完結時，目標公司方喪失其法律主體 地位42，並不因出售全部資產而當然喪失法律主體之地位。
（二）在合併時，由於目標公司（或稱消滅公司）之權利義務關係由存續或 新設公司所概括承擔，故目標公司因合併而當然解散，無庸經清算程序，即 喪失其法律主體地位。
42 見柯芳枝，公司法論（上），頁 60，三民出版，2004 年。
二、權利義務之移轉與交易成本之多寡
（一）在資產收購時，原則上收購公司係購買目標公司個別之資產，故須表 明所購買之資產範圍，且須個別辦理所有權移轉手續，交易成本相對較高。
至於目標公司之負債仍由目標公司所自行承擔，因此若目標公司欲於出售公 司資產後解散，須在清算程序中先行清償債務，除非收購公司與目標公司間 另有約定外，收購公司不會承擔目標公司之債務。
（二）在合併時，由於目標公司之權利義務關係由存續或新設公司概括承擔，
因此收購公司當然取得目標公司之資產，無須個別辦理所有權移轉手續，交 易成本相對較低。且亦當然承擔目標公司之債務，無須另以特別約定為之。
如我國企業併購法第二十五條第一項即規定，「存續公司或新設公司取得消滅 公司之財產，其權利義務事項之移轉，自合併基準日起生效。但依其他法律 規定其權利之取得、設定、喪失或變更應經登記者，非經登記，不得處分」，
可見存續公司或新設公司自合併基準日起已取得目標公司之所有資產與債 務，包含須經登記方能取得之權利（如不動產物權），此時登記僅為存續公司 或新設公司處分資產之要件、而非權利取得之要件。
三、收購公司股東表決權與股份收買請求權
（一）資產收購時，就收購公司而言，除非有公司法第一八五條第一項第三款所 稱之「對公司營運造成重大影響」之情形時，才須經股東會之決議，且反對股東 方得主張股份收買請求權。易言之，若無該款所稱對公司營運造成重大影響之情 形時，縱使受讓他人全部之營業或財產，亦僅須董事會決議即可，此處之差異即 係實務上公司使用資產收購方式取代合併方式主要理由之一。
究其原因係公司法第一八五條第一項第三款與企業併購法第十八條第六 項非對稱合併之認定標準有所不同。例如公司法第一八五條第一項第三款係 以對公司「營運有重大影響」，即該收購行為是否足以影響公司業務之經營作 為認定是否須經股東會決議之標準，但企業併購法第二十八條第六項規定，
在存續公司為合併發行之新股，未超過存續公司已發行有表決權股份總數 20
％，且交付消滅公司股東之現金或財產價值總額未超過存續公司淨值之 2％
者，不須經股東會決議即可為之，係以發行股份數與所交付財產價值之數量 上比例作為認定是否須經股東會決議之標準。因此，公司法第一八五條第一 項第三款之要件，相較於非對稱合併之要件（存續公司發行之股份總數與交
付之現金或財產須在一定範圍內），只要是相同業務公司間之併購，對於收購 公司較為寬鬆，似認若可繼續經營原有業務，該收購行為對收購公司營運原 則上並無重大影響，縱以小公司併購大公司亦可無須經股東會同意。
（二）合併時，除非交易雙方當事人符合公司法第三一六條之二所述之簡易合併
（即控制公司與其持有 90％以上已發行股份之從屬公司合併），或企業併購法第 十八條第六項所述之非對稱合併（即存續公司發行之新股，未超過其已發行有表 決權股份總數之 20％，且交付之現金或財產總額未超過其淨值之 2％），依上開 二規定，得毋須經存續公司股東會決議，由存續公司董事會決議即可之情形外，
一般而言，須經收購公司（存續公司）與目標公司雙方公司股東會之特別決議方 可為之（參公司法第三一六條第一項與企業併購法第十八條第一項）。
四、債權人保障
（一）資產收購時，原則上雙方當事人如無債務承擔之特別約定，目標公司 仍自行承擔其債務，目標公司之債權人仍可向目標公司請求清償，故立法者 似乎認為目標公司之債權人並無融資風險之改變，而未在公司法中對於資產 收購行為，設計任何保障債權人之制度。雖企業併購法第二十七條有所謂債 權讓與通知，得以公告方式代之，承擔債務得免經債權人承認之規定。然上 開公告取代通知及免經債權人承認之規定，係針對企業併購法第二十七條第 一項前段之概括讓與收購，或同時適用於同條第一項後段之公司法第一八五 條第一項第二款或第三款之收購方式，此點並不明確。又此處之免經債權人 承認規定，相較於合併之規定，對於債權人而言似乎更為不利，因合併時目 標公司債權人仍得於一定期限內提出異議，表示其不同意由存續公司或新設 公司承擔目標公司債務，而要求目標公司清償或提供相當擔保。但在公司依 企業併購法第二十七條收購時，債務之承擔免經債權人承認，此時債權人甚 至無從對於求償對象之變更表示意見。立法者對於適用企業併購法第二十七 條收購時之目標公司債權人，設計相較於合併時目標公司債權人更不利制度 之理由為何，仍值商榷。
（二）合併時，公司為合併之決議後，應即向各債權人分別通知及公告，並 指定三十日以上期限，聲明債權人得於期限內提出異議（公司法第三一九條 準用同法第七十三條第二項、第一一三條及第一一五條）。若債權人不於此項 期限內提出異議者，即認為其已承認公司之合併。該債權人如為消滅公司之
債權人，即以存續公司或新設公司為其債務人。反之，若債權人於此期限內 提出異議，公司應清償或提供相當擔保。如公司不為上開通知及公告，或對 於在指定期限內提出異議之債權人不為清償或提供相當之擔保者，不得以其 合併對抗債權人（公司法第三一九條準用同法第七十四條、第一一三條及第 一一五條），但不影響合併之效力43。