在實際運作上，雖然規劃為整體的史蹟公園，但目前園區的經營管理 分屬不同單位，芝山公園部分隸屬公園路燈管理處管轄，惠濟宮、隘門等 古蹟部分在88年11月6日台北市文化局成立後，隸屬於文化局主管。94年底 開放營運的芝山文化綠園則屬於文化局監督下的委外經營園區。也就是 說，主要的管理單位為台北市文化局。
台北市政府文化局在民國 88 年 11 月 6 日正式成立。民政局在古蹟方 面的業務悉數移轉至文化局。芝山岩文化史蹟公園在名義上完全歸文化局 所管轄，而一開始因史蹟公園施工預算皆編列於民政局，故由民政局代為 發包施工。
在文化局漸上軌道之後，且大多數芝山岩史蹟公園相關業務幾乎隸屬 於文化局的情況下，公園理當可以整合運作順利，但事實上沒那麼單純。
這一切就先從文化局的成立開始說起。
臺北市自陳水扁市長任內即有成立文化局之倡議，然而直到馬英九市 長於民國 88 年 3 月以為提供藝文成長的土壤，以整合文化資源為由，提出 臺北市政府將全力推動成立「文化局」，以更多專責的人力、獨立的經費 來挹注藝文活動，以統籌規劃臺北市文化事務，使文化領導市政，前瞻未 來趨勢。同年的 8 月先成立了文化局籌備處，同年 9 月 6 日知名文化評論 者、首任文化局長龍應台返台接椽籌備處業務，二個月之後，文化局於民 國 88 年 11 月 6 日正式成立，龍應台局長提出「文化深入生活」、「傳統 開出現代」、「本土走向國際」揭櫫對文化局工作的發展方向，企圖建構 全國第一個「市民的文化局」、「輔導而非指導的文化局」。在上述的工
作目標下，文化局依據組織規程的設計，下設四室（人事、會計、秘書、
31 整理自 臺北市政府文化局 http://www.culture.gov.tw/culture/
2. 辦理臺北藝術節。
也有文獻會的駐點義工，提供假日的定時導覽與非假日的團體預約解說；
除此之外，自然步道協會、芝山岩社區協會暨工作室等皆常舉辦解說導覽 活動。對於民眾而言，有很多的機會可以深入瞭解芝山岩，但不免會超過 這座小山的遊客負載量，而對環境產生破壞；而且，有興趣參加之民眾的 不同需求，不易找到最適合的解說單位。
另外，解說員多為義工，隸屬不同單位，也是人力的浪費；加上，義 工已是義務服務，但芝山綠園的義工可免費停車，文獻會的義工卻得自掏 腰包付停車費，更顯得芝山岩文化史蹟公園管理上之紊亂。
由於整個芝山岩地區均為二級古蹟，除了可見之人文歷史構造物之 外，更包括植物、動物、地質、史前文化、歷史人文及視覺景觀等多項珍 貴資源，其獨特性質不同於其他一般性之社區公園，展示內容多樣化，相 較於一般單純之古蹟文物展示者，在管理與發展上較為繁瑣，早在資源調 查報告中，資源調查小組的教授們即已建議規劃單一的主管單位，在之後 的營運管理計畫報告書中也再度重申，負責規劃的二期工程的謝惠忠建築 律師事務所同樣提出此一訴求，甚至「期望透過單一的權責單位早日結束 芝山岩的無政府狀態。」32然而，直至現在，分工複雜的情況依然如此，
不僅對民眾產生困擾，連當地里長廖岳先生及原來的關懷小組們雖然對各 單位的分工較為瞭解，但一旦要通報、溝通各項事務時，往往得會同兩個 以上的單位，實在不勝其擾。
32 呂明憲（2003）《考古遺址博物館展示之研究－以芝山岩文化展示館設計為例》，中原大學室 內設計研究所碩士論文