利用國家高速電腦中心提供的 GOLD 軟體將所合成之螢光抑制 劑與牛肝中的氧化鯊烯環化酵素進行入塢實驗，希望能藉此理論計算 的結果來探討 Ro48-8071 上所修飾的螢光基團對於氧化鯊烯環化酵 素抑制效果的影響。
根據不同的螢光抑制劑與牛肝中的氧化鯊烯環化酵素入塢作用 的結果，並與人類氧化鯊烯環化酵素結晶結構上Ro48-8071 相對應在 牛 肝 中 的 氧 化 鯊 烯 環 化 酵 素 的 活 性 區 中 的 位 置 做 比 較 ， 選 出 與 Ro48-8071 具有相同位向且分數較高者，另外，入塢作用所計算出來 的分數越高代表抑制劑在酵素活性區的能量越低越穩定，也代表其可 能為最接近真實情況。由理論計算結果指出，Ro4-NA1 與 Ro48-8071 相同位向且最高得分為43.4767；Ro4-NA2 與 Ro48-8071 相同位向且 最高得分為 70.2055；Ro4-BP3 與 Ro48-8071 相同位向且最高得分為 63.3292；Ro4-BP4 與 Ro48-8071 相同位向且最高得分為 46.6721。另 外，Ro4-DPA 在最佳的五十個計算結果中並沒有與 Ro48-8071 具相同 位向，並且此五十個計算結果皆為負值，也就是說若其在酵素活性區 內會具有很高的能量且非常不穩定，所以幾乎無法進入酵素活性區 中，其平均得分為-89.34【圖 3-19】。
的距離3.1 Å 相差不大，但其芳香環的結構卻因為要將整個螢光抑制 劑螯合進氧化鯊烯環化酵素的活性區中，而受到螢光基團位向角度與 酵素活性區立體效應的影響，使得整個芳香環結構造成較大的扭張 力，並且明顯偏離原本提供受質反應的疏水性軌道，因此獲得的分數 較低；而Ro4-NA2 與 Ro4-BP3 的芳香環結構由於基團位向的角度關 係，有較小的立體效應，因此進入氧化鯊烯環化酵素的活性區中其芳 香環結構會有較小的扭張力，但卻因為此螢光化合物的全長太長造成 其四極胺上的氮原子和胺基酸Asp455 產生較遠的距離，分別為 5.0Å
【圖3-17(b)】和 5.3Å【圖 3-18(a)】，雖然其有較高的分數，但由於距 離太遠較不易產生氫鍵作用，因此影響其抑制氧化鯊烯環化酵素的能 力。另外，將 Ro4-DPA 進行入塢作用的篩選，並選出最高分的前五 十個計算結果，但卻都沒有得到與 Ro48-8071 具相同位向者，並且所 得到的分數皆為負值【圖3-19】，因此可以推測由於立體效應的影響，
使得其無法進入氧化鯊烯環化酵素的活性區中，所以抑制氧化鯊烯環 化酵素的能力會變得很差。因此由入塢作用的理論計算結果可知，利 用Suzuki coupling 的方式將螢光探針修飾上 Ro48-8071 會由於立體效 應的影響造成抑制效果的降低，且由之前氧化鯊烯環化酵素的抑制實 驗結果發現，合成的螢光抑制劑的確對於氧化鯊烯環化酵素的抑制能 力沒有未以螢光探針修飾的Ro48-8071 來的好。
【圖 3-17】 (a)Ro4-NA1 對牛的氧化鯊烯環化酵素進行入塢作用的結
【圖 3-19】(a)Ro4-DPA 入塢作用的結果與 Ro48-8071 比對為不同位 向且(b)Ro4-DPA 的 50 個最佳計算結果皆與 Ro48-8071 不同位向
(a) (b)
Phe444
Asp455
Trp581
Phe696
Cys233 Tyr237
Ile524 His232
Phe444
Asp455
Trp581
Phe696
Cys233 Tyr237
Ile524 His232