此 外，為 使 行 政 院 科 技 預 算 整 合 得 以 發 揮 綜 合 效 果，且 科 技 研 究 基 金 來 源 及 運 作 得 以 多 元 化，上 述 規 劃 原 則 中，即 重 新 定 位 行 政 院 國 家 科 學 技 術 發 展 基 金30之 運 作 機 制 。 其 構 想 為 ：
一 、 行 政 院 所 屬 各 機 關 科 技 預 算 ( 國 防 預 算 除 外 ) 整 併 納 入 該 基 金。由 各 部 會 署 及 其 主 管 之 科 技 研 究 機 構 依 行 政 院 科 技 會 報、行 政 院 國 家 科 學 技 術 委 員 會 會 議 決 定 之 科 技 發 展 政 策、資 源 分 配 及 科 技 計 畫 與 自 己 需 求，研 提 科 技 預 算 需 求，經 主 管 部 會 整 合 後 送 行 政 院 國 家 科 學 技 術 委 員 會 審 議 ， 編 列 為「 國 家 科 學 技 術 發 展 基 金 」概 算 ， 經 行 政 院 核 准 後 ， 送 立 法 院 審 查 。
二、各 部 會 視 需 要 設 立 基 金 會，以 辦 理 分 配 由 國 家 科 學 技 術 發 展 基 金 所 支 援 之 科 技 研 發 預 算。如 國 家 科 學 基 金 會 補 助 學 術 研 究，產 業 技 術 發 展 基 金 會 支 援 產 業 技 術 研 發，農 業 科 技 發 展 基 金 會 支 援 農 業 科 技 研 發 。
三、國 家 科 學 技 術 發 展 基 金 預 算 經 立 法 院 審 查 通 過 後，由 行 政 院 交 由 國 家 科 學 技 術 委 員 會 分 配。其 中，屬 科 技 行 政 預 算 分 配 給 各 部 會 署 ， 屬 科 技 研 究 預 算 分 配 給 各 基 金 會 。
四、行 政 院 各 部 會 所 屬 及 其 主 管 之 科 技 研 究 機 構 及 學 術 機 構，均 向 各 基 金 會 提 出 細 部 計 畫 或 專 題 研 究 計 畫 ， 申 請 計 畫 經 費 。
惟 應 注 意 者，為 辦 理 由 國 家 科 學 技 術 發 展 基 金 所 分 配 支 援 之 科 技 研 發 預 算，各 部 會 視 需 要 所 設 立 之 基 金 會 及 將 來 行 政 院 國 家 科 學 技 術 委 員 會 所 成 立 之 基 金 會 (稱 國 家 科 學 基 金 會 )，係 承 受 原 支 援 學 術 研 究 補 助 之 行 政 業 務。國 家 科 學 基 金 會 主 要 係 承 接 原 國 科 會 之 學 術 研 究 補
助 業 務 ， 包 括 ： 專 題 研 究 計 畫 、 人 才 培 育 延 攬 、 國 際 科 技 合 作 及 兩 岸 科 技 交 流 之 補 助。此 設 立 國 家 科 學 基 金 會 之 緣 由，除 期 能 簡 化 研 究 計 畫 審 查 作 業 程 序 外，並 希 望 以 靈 活 方 式 延 攬 優 秀 專 業 人 才 負 責 科 研 計 畫 審 查 作 業 。 另 基 於 行 政 院 組 織 改 造 之 目 標 與 原 則 中 「 建 制 合 理 化 」 之 原 則 (九 )， 似 認 為 上 述 業 務 具 有「 公 共 服 務 應 有 相 當 之 自 主 性 並 且 應 去 政 治 化 者 」、「 適 合 民 營 化 或 引 進 更 多 民 間 社 會 機 制 之 公 共 服 務，
在 尚 未 民 營 化 或 去 行 政 機 關 化 前 有 必 要 進 行 過 渡 性 安 排 者 」之 情 形 ， 宜 朝 法 人 化 之 方 向 改 制 。 上 述 規 劃 報 告 雖 將 基 金 會 冠 以 「 財 團 法 人 」 名 稱 ， 但 實 質 上 ， 應 自「 機 關 法 人 化 」之 觀 念 加 以 理 解 ； 而 針 對 目 前 眾 多 由 政 府 捐 助 成 立 之 財 團 法 人，其 任 務 定 性 及 是 否 納 入 機 關 法 人 化 之 範 疇 ， 政 策 上 ， 亦 認 為 應 一 併 檢 討 (詳 後 述 )。 故 以 下 ， 國 家 科 學 基 金 會 均 改 以「 行 政 法 人 國 家 科 學 基 金 會 」稱 之，俾 與 行 政 院 草 擬 並 已 送 至 立 法 院 審 議 之 「 行 政 法 人 法 」 (草 案 )相 契 合 。