第三章 材料與方法
3.5 第二部份實驗
3.5 第二部份實驗 3.5.1 動物分組
將 18 隻雄性 SD 大鼠隨機分成三組,每組 6 隻,如下:
(1)假手術組(sham):將SD 大鼠兩側總頸動脈和右側中大腦動脈暴露,
但不阻斷血流。
(2)控制組(control):阻斷兩側總頸動脈及右中大腦動脈血流 90 min,
之後再灌流24 h,不施予任何藥物治療。
(3)P-20 組:方法同(2)控制組,但在血流阻斷前 20 min 從股靜脈注射丹 皮酚(20 mg/Kg)。
再灌流24 h 之後,將大鼠犧牲取腦並分離出四個部份,依序是右大 腦皮質、左大腦皮質等兩部份,然後依下列步驟:測量腦重量(gm)並
加入等倍buffer A mix(10 x buffer A,100 mM DTT,100 x protease inhibitor mixture,100 % IGEPAL (NP-40),DDW),然後將檢體均質,離 心(UBOTA6900,UBOTA Co.,Japan)30 min(4 ℃),測量底層沉澱 物重量(克),並加入等倍的low salt buffer(1x Buffer H,20 % Glycerol,
1 mM DTT,1 x Protease inhibitor mixture,1 x Phosphate inhibitor mixture DDW),並將檢體予以 Vortex,然後加入總克數乘以 0.72 的 high salt buffer
(1 x Buffer H,1 M KCl,20 %Glycerol,1 mM DTT,1 x Protease inhibitor mixture,1 x Phosphate inhibitor mixture DDW),將加入 high salt buffer 的檢體,置於4 ℃下,並 rotate 1 hr,待 1 hr 後將其置於 4 ℃下並高速 離心12000 rpm 20 min,取上清液分裝並儲存在 -80 ℃中 55,56。
3.5.2 檢體的收集與標定
將離心後底層的沈澱物分裝,取出 5 μl 做 OD 值檢測,分別測量 蛋白質濃度,並依不同蛋白質濃度做標定。
3.5.3 NF-κB 和 AP-1 活性的測定
本研究 NF-κB 和 AP-1 活性的測定是使用 electrophoretic mobility shift assay(EMSA)57法,首先組 PAGE (miui-protein Ⅱ),接著泡 gel (acrylamide,10 X TBE,DDW,10%APS,TEMED),灌膠至全滿,插 上梳子並且靜置20~30 分,緊接著泡製檢體,操作順序都在冰上製作,
先泡製Pre-mixer(1 μlg/μl Poly dIdC,3 μl 5 x shift buffer,1.5 μl 10
x phosphatase inhibitor,1 μl NF-KB DNA(10 ng/ul))或 AP-1,分裝 6.5μl 至各管 tube,NF-κB 與 AP-1 DNA 序列分別為 biotin-AGTTGAG GGGACTTTCCCAGGC'、biotin-CGCTTGATGACTCAGCC GGAA 各管 補DDW,最後加上各管的 protein,然後 spin down,接著將 sample 置 入水浴鍋中(25.2 ℃,30 min),然後待 gel 完成後拔掉梳子,以針頭清 well,吸出多餘的膠,此外將 sample 起鍋,加上 6 x loading dye 3μl /tube,
加上sample 12μl,正式跑膠 0.25 TBE,30 V,2 h 30 min,4 ℃。待跑 膠完成,拆開灌膠的玻璃,用刀將牙齒切除並刮除,放上 3 M paper,用 20 ml 玻璃 tip 輕輕滾過以排除氣泡,緊接著利用乾的 3M paper 將 gel 扯離玻璃,並放在大玻璃中央,在gel 上放一張 nylon membrane,並用 20 ml 玻璃 tip 輕輕滾過以排除氣泡,再壓上兩張 3 M paper 並且再滾過 以移除氣泡,再覆蓋上大玻璃,並以重物壓製保存在室溫中1 h,然後 用95%酒精消毒過的平鑷將 nylon membrane 夾起,放入鋪有紙張的保鮮 盒中,並用95%酒精消毒過(去除油脂)的鉛筆做記號,將保鮮盒移入 37℃
的incubator,10 min,照 UV(120 MJ/cm2,波長254 nM),待曝光結束 後,於保鮮盒內倒入50 Ml wash buffer(100 ml 10 X maleic acid,3 ml Tween 20,DDW),120 rpm,2 min,接著泡製 1 X blocking buffer(6.5 ml/
片,13 ml 10 X maleic acid,100 ml DDW,13 ml 10 blocking solution ),
將50 ml blocking buffer 倒入保鮮盒內,室溫下 120 rpm,30 min,然後 泡製antibody solution10 ml/片(blocking buffer 10 ml,1μl streptavidin),
加入antibody solution10ml,室溫下 120 rpm,30 min,然後倒入 50 ml wash buffer,室溫下 120 rpm,15 min 2 次,之後倒 detection buffer 10ml/片,
室溫下120 rpm,5 min,然後在避光過程中,操作螢光物質,首先泡製
(CSPD 742.5μl dectection buffer 泡 CSPD 7.5μl),將 membrane 移至塑 膠袋中,並在membrane 正面平行滴下 CSPD,闔上塑膠袋,並以 20 ml 玻璃tip 平行滾過 membrane 以趕走氣泡,並用錫箔紙將塑膠袋裹平放置 5 min,將多餘的 CSPD 移除,並再用玻璃 tip 將氣泡趕走,用錫箔紙將 塑膠袋包裹,移至37 ℃ incubator 靜置 10 min,之後將塑膠袋四角固定 於片夾之中,並再將氣泡趕出,將membrane 帶至暗房壓片。將底片沖 洗後,以電腦做optical density 分析彼此間的差異度。
待底片清洗晾乾後,接著使用 PhotoImpact 10 掃描所壓製的圖,緊 接著用掃描軟體Gel-Pro-Analyzer 做圖片分析,並加以計算,DNA+dye 的吸光值(optical density)。