在國際激烈競爭的環境中，唯有致力於科技發展，培養出良好的科技 發展環境，才能維持國家競爭力，使我國的經濟永續地發展。經濟學諾貝 爾獎得主索羅表示：「現代經濟成長之大部分，源於科學、工程及技術之提 升。」科技已成為國家經濟發展和社會進步的原動力，國家的經濟、政治 和社會狀況與其科技能力是息息相關的，但是科技也必須有良好的科技政 策和其他相關政策的配合才能進步，並發揮最大的功能。同時科技之發展 也必須配合國家改造之目標，使之能發揮提升國力、服務與照顧人民、增 進社會福祉的功能。面對高科技、資訊化和全球自由競爭力的新時代，全 世界各國都面臨了嚴峻的挑戰，紛紛採取種種措施致力於科技的發展，調 整經濟結構，以免在國際激烈競爭中遭到淘汰（社論，民 89 年）。因此，
為鼓勵科技產業根留台灣，以及培育科技人才，故於八十九年底始進行「總 統科學獎」的籌備工作，由中研院院長李遠哲邀集相關學者專家組成遴選 委員會，計有數理科學、生命科學、人文科學及應用科學四類（張瑞昌、
林晨柏，民 89 年）。
簡而言之，「總統科學獎」的設立，主要是為獎勵國際上對數理科學、
生命科學、社會科學及應用科學之學術研究具創新性且貢獻卓著的學者，
尤以對台灣社有重大貢獻的基礎學術研究人才，並希望藉此提拔基礎科學 人才，提升台灣在國際學術界的地位（陳哲男，民 90 年）。
依據「總統科學獎遴選辦法」規定，有關總統科學獎作業事宜，由「總統 科學獎委員會」辦理，該委員係以中央研究院院長擔任召集人，國科會主 委為副召集人，教育部長、總統府副秘書長、國家衛生研究院院長為當然 委員，另邀請五位卓越科學研究人員代表共同組成。至於「總統科學獎」
遴選作業也將依獎勵對象分成四個遴選小組辦理，每一小組另由九至十一 名遴選委員組成，遴選委員由「總統科學獎委員會」核聘；此外，「總統科 學獎遴選辦法也規定，總統科學獎委員會及遴選小組委員均須遵守利益迴 避原則，且該獎項遴選結果如無適當得獎人時，得從缺（陳哲男，民 90 年）。
第一屆「總統科學獎」於民國 89 年底始進行收件工作，然而至九十年 初報名人數仍呈現個位數的情況，據相關官員表示，「總統科學獎」之候選 人必須由三名以上中研院院士聯名推薦，或由遴選委員會主動推薦，是以 標準較高，收件不易。國科會當時亦曾發函中研院海內外院士及國內各大 學，但推薦報名情形仍是不如預期。這可能跟「總統科學獎」為第一次舉 辦，是以知名度不夠，推薦遴選條件又過於嚴苛，再加上國內類似的科學 獎太多有關（李宗祐，民 90 年）。
要提昇國家科技水準，研究發展的工作確實需要加強；不論國家財政 是否足以支應，至少要從認知上有所革新（社論，民 92 年）。
「總統科學獎」舉行至今，已經歷過兩屆選拔，由資料的蒐集過程看 來，在舉行當時未進行宣導致使收件不易，更導致由有限人選中篩選，舉 拔結果是否對學術研究真有激勵作用產生疑慮。
綜合上述，國科會所設置之「傑出研究獎」與教育部之「學術獎」同為肯定 學者之學術研究成果而頒發之獎勵，而「吳大猷先生紀念獎」與中研院之「年輕 學者研究著作獎」均同為以獎勵年輕學者投入研究活動為目的；而「傑出科技榮 譽獎」與東元科技文教基金會所設置之「東元獎」皆以獎勵社會人士之科技成果，
而非只專注於學術界；而「總統科學獎」雖為學術界之最高榮譽，然確面臨投獎 者少所延伸之問題，故此四類獎項，仍需以明確之定位及推廣以使研究人員仍至 於社會大眾明瞭此四類獎項設置之意義，並進而延伸社會大眾對得獎人之肯定，
使得獎人之榮譽得以落實，進而更積極投入研究，以達到達到獎項設置之目的。
表 2.6 總統科學獎與教育部「國家獎座獎」之比較