《本草纲目》作为 １６ 世纪的百科全书，虽然没有专章阐述哲学思想，但 在论医、论药的字里行间充满着古代朴素辩证法思想。李时珍探索医药科学 奥妙之所以取得光辉成就，原因之一是他始终坚持了辩证思维方法。
他坚持整体思维方法，充分揭示人同自然之间的密切联系，揭示人体内 部脏腑、经络之间的整体关系，揭示辨证同论治的辩证统一原则。
他坚持辩证的发展观，深察古今医理、药理的发展过程，总结古今疾病 的异同和药物兴衰、衍变的客观规律性。
他善于用两点论观察分析问题，从病变的当今，预见其未来，肯定药物 干治病有利，也指出久服良药存在走向反面的可能性。
他从质与量辩证统一的观点观察方药，从药物量的差异，看整个方剂的 质的变化；掌握药物的配伍的份量和药物炮制的火候。
无论病证的变化还是药物的发展，既有常规，又有变异，李时珍时时留 心“常”与“变”的辩证统一，执常以迎变，观变而知常。掌握医与药的无 穷变化，发挥医家的主观能动性，行使司命卫生的主动权。
《本草纲目》中李时珍对各种思维方法的熟练运用，对古代辩证思想方 法的发展，显示了我国 １６ 世纪民族智慧的精华。
一、天人统一的整体思维方法
整体治疗方法是中医学的基本原则，论医论药，坚持整体观，这是大家 所公认的中国医药学理论的显著特征。
中医学不只把人体内部的五脏六腑看作有机联系的整体，而且十分注意 人体内部的生理机制同整个自然界的变化密切不可分，强调人同自然界的有 机联系；更注意把具体的病变同药物性能联系起来考察，将药物的归经性能 同脏腑经络特性统一加以权衡。中医学从不孤立地对待生理、病理、药理。
李时珍创造性地运用了传统医药学中的整体思维方法，论病必同人体素 质、自然环境统一，从水谷传输的畅阻观察人体血气的盛衰，预见病变的传 变。论药必同疾病的性状、人体抗病能力的强弱相联系，从脏腑的虚实，决 定治法的攻养、补泻。
李时珍坚持的朴素辩证法的整体观，实乃传统哲学中朴素唯物主义天人 统一观的体现。天时、地理、生理、病理、药理构成李时珍观察分析问题时 全面考察的诸方面。李时珍认为，外感性疾病的发生多是由于人体内在生理 机能受外界邪气侵袭而引起的内在阴阳平衡的破坏；治病的目的就是采取药 石措施，调整生理机能，达到人体适应自然变化的新的动态平衡。
（一）观水谷之传输，定血气之盛衰
中医把医疗的对象看作有机联系的整体，这个整体的中心环节是脏腑。
体表一切器官的变化，无不同五脏六腑的变化有直接、间接联系。中医分析
脏腑机能是否正常、和谐，并不需要对赃腑进行具体解剖，只须观察人们的 气色（或气血）即可知其究竟。察色、按脉、闻其声音就知疾病的部位，确 定哪一脏腑存在问题。因为形于外表的气血是由内在生理机制所决定。五脏 六腑某一部位机能失调，必然对体表发生影响。这是几千年来中医观察分析 得出的普通结论。中医学的整体观蕴含着古代原始系统论思想。
脏腑的主要机能，从中医学上看，在于传输水谷之气。要维持生命，除 了自然界的空气，全靠进饮食，中医谓之水谷。饮食入胃后，五脏六腑都要 运转起来，为之传输。某一脏腑出现机能障碍，水谷的传化输送必然受到阻 碍，从人们的气血上可以显露出来。正如一架复杂的机器，只要内部某一部 件失灵，整部机器的运转就会发生阻碍一样。
李时珍从人体血液形成的生理过程，分析了水谷传输的具体途径。他在
《人血・集解》中写道：
血犹水也。水谷入于中焦，泌别熏蒸，化其精微。上注于肺，流溢于中，布散于外。中焦 受汁，变化而赤，行于坠道，以奉生身，是之谓血，命曰营气，异名同类。清者为营，浊者为 卫。营行于阴，卫行于阳。气主煦之，血主濡之。
——校点本第四册，第 ２９５５ 页
这是通过水谷化为血气的过程，把上中下三焦的功能联系起来，通过卫 气营血的关系，又将体内与体表联结在一起。因此，他总结说：
血体属水，以火为用。故曰气者血之帅也。气升则升，气降则降；气热则行，气寒则凝；
火活则红，火死则黑。邪犯阳经则上逆，邪犯阴经则下流。盖人身之血，皆主于脾，摄于心，
藏于肝，布于肺，而施化于肾也。
——同上
讲到气与血的关系，首先涉及五脏，实际上同六腑也分不开，同经络更密切 不可分。中医学的整体观浸透在每一个具体问题上。李时珍正是应用古代原 始系统论思想来观察分析一切生理、病理现象。
水谷入胃，分解为精气与浊气。精气的传输靠五脏六腑的全部机能；浊气之 排除同样靠整体的作用。李时珍在《尿・释名》中分析了尿的排泄过程：
尿，方家谓之轮回酒、还元汤，隐语也。饮入于胃，游移精气，上输于脾，脾气散精，上 归于肺。通调水道，下输膀胱。水道者，阑门也，主分泌水谷。糟粕入于大肠，水汁渗入膀胱。
膀胱者，州都之官，津液之府，气化则能出矣。《素问・阴阳应象大论》云：精阳为天，浊阴 为地。地气上为云，天气下为雨，故清阳出上窍，浊阴出下窍。
——校点本第四册，第 ２９４１ 页
水谷入胃变成精气和尿，是一个复杂的生理过程。李时珍用整体思维方 法分析了胃、脾、膀胱等不同脏腑在这一过程中的作用。他不是孤立地看问 题，而是把任何局部的变化同整体联系起来考察。从一滴尿的排泄，看出它 离不开人体生理机能的协调作用。李时珍说，人体脏腑机能的整体性作用，
充分显示了“造化自然之微妙”。（校点本第三册，第 １５４７ 页）
李时珍认为，重视脏腑机能的整体作用，这是全局；同时还应承认脏与
腑之间、腑与腑之间有着特殊的联系，这是局部。整体是个大系统，局部构 成子系统。单了解五脏六腑的整体作用，不知某脏某腑的特殊关系，这仍然 不能说是透彻地掌握了整体观。例如有人患赤眼，当治肝抑当治脾？这就是 一个特殊问题。李时珍引《医余录》中的医案加以具体分析说：
有人患赤眼肿病，脾虚不能饮食，肝脉盛，脾脉弱。用凉药治肝则脾愈虚，用暖药治脾则 肝愈盛。但于温平药中倍加肉桂，杀肝而益脾，故一治两得之。传云：木得桂而枯是也。……
人所不知者，今为拈出。
——《桂・发明》校点本第三册，第 １９２９ 页
温药中用肉桂，杀肝益脾而治赤眼，这是从整体出发全面考虑的结果。这一 医案考虑了杀肝益脾的生理关系、脾弱与眼病的病理关系和温药加肉桂的药 理关系，同时把三者联系起来权衡得失。可见医病犹如打仗，声东击西是整 体战术，围魏救赵也是整体战术。有整体思想作指导，则无往而不胜，左右 逢其源。
远志，是入肾经的药物，却能治善忘之心病。原因何在？李时珍从整体 上予以正确分析。指出：“精与志，皆肾经之所藏也。肾精不足，则志气衰，
不能上通于心，故迷惑善忘。”这说明心与肾的密切关系。而远志的特点：
“人足少阴肾经，非心经药也。其功专于强志益精，故治善忘。”（《远志・发 明》校点本第二册，第 ７４９ 页）把药物的特性与脏腑机制的特点结合考虑，
表面上看，善忘是脑的功能衰退的表征，治肾却能抓住治善忘的症结，这是 从整体着眼观察问题的奥妙。
（二）察脏腑之虚实，论方药之补泻
李时珍明确主张辨证施治必先考察脏腑的虚实寒热，再论方药的补泻攻 养。在考察方药的补泻攻养时，又必须紧密联系药性的升降沉浮，气分、血 分，还要考虑四时用药的一般法则，以及春得夏病、秋得冬病的特殊情况。
在认识药物归经的一般特性之后，还要考虑困配伍不同而发生归经的改变。
同一药物对某些患者可能是补剂，而对另一些患者则可能是泻剂，应根 据病情而定。同是补剂，此人用此方，彼人用彼方，也不可一概而论。从脏 腑虚实出发而进行整体考察，在《十剂・补剂》中李时珍论述很清楚。他说：
茯神补心气，人参补脾气，黄芪补肺气，杜仲补肾气，穹䓖补肝气，皆是补 剂，“不特人参，羊肉为补也”。（校点本第一册，第 ６１ 页）人参是一种常 用的补品，对于“气壮神强”、“火郁内实”的人，千万“不可用”（校点 本第二册，第 ７０３ 页），这都是从整体考察而得出的结论。
有些药物在归经功效上，诸家本草往往众说纷纭。李时珍常从人体脏腑 机能的整体效用上予以合理解释，折衷诸家之说。韭菜，人们常食，对脏腑 的作用诸说不一。孙思邈说：“韭味酸，肝病宜食之”。《素问》说：“心 病宜食韭”。《食疗本草》认为：韭“归肾”。李时珍首先肯定：“韭，叶 热根温，功用相同。生则辛而散血，热则甘而补中。”同时指出上述三家说 法，“文虽异而理则相贯。盖心乃肝之子，肾乃肝之母。母能令子实，虚则 补其母也。”（《韭・发明》校点本第二册，第 １５７７ 页）他认为韭对心、肾、
肝，作用虽有三种说法，“理则相贯”。这个“理”正是按整体思维方法分
析出来的。若按形而上学观点看问题，心是心，肝是肝，肾是肾，何得相贯？
对药物的性味及功效，李时珍总是揭示它对不同脏腑具有不同的作用，
建立一药多用的理论基础。例如何首乌，他认为不寒而燥，为滋补良药，“功 在地黄、天门冬诸药之上”。原因在于它对肝与肾有不同作用，“此物气温、
建立一药多用的理论基础。例如何首乌，他认为不寒而燥，为滋补良药，“功 在地黄、天门冬诸药之上”。原因在于它对肝与肾有不同作用，“此物气温、