李时珍的成长过程中，所受哲学教育是中国古代朴素唯物主义传统哲学 思想。他用古代唯物主义哲学思想，作为自己观察问题、分析问题的基本思 想武器。《本草纲目》的字里行间，闪耀着古代自然哲学的思想光芒。李时 珍从墨子、荀子、王充、刘禹锡、柳宗元、张载等思想家的著作中，学习朴 素唯物论和辩证法思想，用以批判有关医学的唯心主义、形而上学谬论，扫 除科学研究中的思想障碍。
李时珍生活的年代，以王阳明为代表的主观唯物主义心学统治着思想 界。不少人醉心于“致良知”、“心即理”、“知行合一”等性理空谈，成 天讲的是所谓“惟精惟一”之道，而置社会实际于脑后。李时珍没有被那种 唯心主义空谈所迷惑，一心务实，从一草一木的认识开始。他肯定宇宙万物 都独立于人们的意识之外而存在。他坚持中国传统哲学的气一元论，认为太 初只是一气，由气化生万物，人也由气所化生。人们之所以生病，并非鬼神 作祟，而是由于客观存在的“邪气”干扰了人们的生理机能的正常作用。治 病的目的就在于培植人体的正气，抗击邪气的侵扰，使人体生理机能恢复正 常的平衡状态。
他认为各种动物、植物，乃至金石等物，无一不是气化的产物。由于各 种动植物，得气有良和不良，故有的有毒，有的无毒，研究本草就是要分其 品类，知其良毒。各种药物虽是一气所生，有着物质的统一性，也存在着千 差万别的差别性。各种药物既相互依存，又彼此制约。人们的研究工作，就 是要发现它们的性能及其相互依存与制约的关系。掌握其客观规律，乃可得 其利而远其害。
万物是客观存在的，又可以为人所利用，但只有充分认识它们的相互关 系，掌握其内在规律性，才能改造它们。对药物来说，只有首先认识药物的 特性，才能分别加以炮制；气味不同的药物，才可按人的意志加以配伍，用 以制伏人类的病害。在这方面，李时珍对古代“制天命而用之”的唯物主义 思想作了重要发展。
李时珍从元气化生万物的思想出发，肯定阴阳调摄、五行胜复、物性相 别的相互关系，最后达到天人统一、人定胜天的结论，处处表现出对传统哲 学的创造性运用和发展。因此可以说，《本草纲目》不仅在医学上树立了丰 碑，同时对古代自然哲学的发展，也有其独特的历史贡献。
一、万物化生本于元气
李时珍运用古代荀况、王充等唯物主义哲学家所坚持的元气学说，作为 自己唯物主义自然观的基石。用元气学说解释天上风云雨露的变化，地上飞 潜动植的生长发育，以及金石水火的相互关系。在他看来，宇宙万物无非一 气所生；人的生命，存于一气；疾病也是气的反常变化造成的；研究医药，
就是研究利用何种气味的药物，可以扶正气，抑邪气。
（一）元气化主人、物
李时珍认为万物之所以有精有粗，有柔有刚，或动或静，有情变无 情，无形变有形，都是元气凝结、变化的结果，绝无超自然的神灵主宰。
他用气的变化来解释万物的生成变化。指出：
石者，气之核，土之骨也。大则为岩声，细则为沙尘。其精为金为玉，其毒为 为砒。
气之凝也，则结而为丹青；气之化也，则液而为矾汞。其变也，自柔而刚，乳卤成石是也；或 自动而静，草木成石是也。飞走含灵之为石，自有情而之无情也；雷震星陨之为石，自无形而 成有形也。
——《金石部前言》校点本第一册，第 ４５５ 页
这里总论各种金石都是由气生成。沙尘、金玉同是一气；气可凝为固体 的丹青，可成液态的矾汞，柔软的乳卤，又可凝结成刚坚之石。草木和动物 变为坚固的化石，是由有生命的东西变为无机物；各种陨石，无非是由无形 的气变成的有形之物。他始终不渝地坚持气一元论，肯定宇宙万物没有不是 由气构成的。李时珍是一个彻底的气一元论者。李时珍肯定世界的物质统一 性，同时又肯定由于禀气不同，物质的存在形式具有多样性。有矿物，有植 物，有动物。植物之中有草有木；一种草木，有根于枝叶花实之别，其形色、
其气味、其性用都有区别。他在《草部前言》中写道：
天地造化而草木生焉，刚交于柔而成根荄，柔交于刚而成枝干，叶萼属阳，华实属阴，由 是草中有木，木中有草。得气之粹者为良，得气之戾者为毒，故有五行焉（金木水火土），五 气焉（香臭臊腥膻），五色焉（青赤黄白黑），五味焉（酸苦甘辛咸）， 五性焉（寒热温凉平），
五用焉（升降浮沉中）。
——校点本第二册，第 ６８７ 页
从药物学观点来看，一切草木，或良或毒，皆可供药用，良、毒的区分，
是由于“得气之粹”或“得气之戾”，并非上帝有意安排。五行、五色、五 气、五味有别，其性、其用亦异。本草学的研究就是通过不同草木形色气味 的区别，确定其性味与功用，然后才能处方制剂，对证施治。他说：“炎农 尝而辨之，轩歧述而著之，汉魏唐宋明贤良医代有增益……苟不察精微，审 其善恶，其何以权七方，衡十剂而寄死生耶？”（同上）
李时珍沿用气的概念来论述宇宙万物的物质统一性，更沿用“化生”的 观点，来论述万物自我衍化，由低级到高级，由简单到复杂，由有情到无情。
各种生物由于自我“化生”，才能不断繁衍后代。他坚持了唯物主义无神论，
对造物主有意创造万物的唯心主义目的论作了彻底否定。他阐述了万物自然
“化生”的观点。指出：”太初之时，天地絪缊，一气生人，乃有男女。男 女媾精，乃自化生。如草木之始生子，一气而后有根及子，为种相继也。人 之变化，有出常理之外者，亦司命之师所当知，博雅之士所当识。”（《人 傀》校点本第四册，第 ２９７０ 页）他肯定人同万物一样，是自然化生，绝非上 帝创造。更指出，人类的变化，既有“常理”，又有超出“常理”之外的特 殊情况。常理，指客观规律性，这是对荀况“天行有常”思想的直接继承。
超出常理的特异变化。是讲人的生理、病理上的种种变异。“气化”有常，
有变，就形成了千奇百怪的物质世界，人们应当承认这一客观事实，对它们
一一进行仔细研究。
李时珍继承并发展了中国医学中的“形气转化”思想。把自《黄帝内经》
以来，许多医学家、药物学家所坚持的朴素唯物主义思想贯彻到底，肯定宇 宙万物统一于“气”，由“气”化生万物，有不同的形与质，因而产生色、
气、性、味、用等各种区别。今天看来，这种观点十分简朴。在古代，这正 是坚持了唯物主义自然观的基础。把医学、药物学研究引上了正确道路，排 斥了唯心主义思想的毒害。由于有正确的自然观作基础，李时珍在科学研究 中才取得了卓越的成就。
（二）六淫导致疾病
李时珍用气一元论解释疾病产生的的原因，把先秦时期医和以来倡导的
“淫生六疾”思想贯彻始终。他认为人体内部、人同自然都是相互联系相互 制约的整体。人体内部要保持生理机能的统一与平衡，尤其要同自然环境保 持生态的平衡。自然界寒暑燥湿风热的变化，必然引起人体生理机能的相应 变化。一旦外界变化超过人体所能适应的界限，就会导致“虚邪贼风”侵袭 人体，引起生理机能失调而产生疾病。
李时珍主张“六气胜复、主客”，制约病机。他认为天气、地气的变化，
如果造成“上淫于下”，或“外淫于内”的局面，这时不是人胜天，而是天 胜人，是为“反胜”。反胜必致疾病。他说：“当其时而反得胜己之气者，
谓之反胜。元气之胜。何以证之？燥胜则地干，暑胜则地热，风胜则地动，
湿胜则地泥，寒胜则地裂，火胜则地涸是也。元气胜复、主客，证治病机甚 详。”（《五运六淫用药例》校点本第一册，第 ７６ 页）这是对《素问・至真 要大论》观点的阐述。用寒暑燥湿风火对地的影响，证明“六淫”对人体生 理机能影响的客观必然性。六淫是客观存在的，对人体的外感作用是必然的。
人们要正确认识这种必然性，才能预防疾病；或在疾病发生后，采取相应医 疗手段去战胜它。
李时珍举例说，梅雨时节，人们往往易生病，就是因为当时的湿热之气 侵犯人体。
劳动人民从长期生活经验和季节气候的变化中，总结出自然变化的规 律，认为“三月为逢梅雨，五月为送梅雨”。按节气言，“芒种后逢壬为人 梅，小暑后逢壬为出梅”。梅雨季节，人易生病，物易霉烂，都是由“湿热 之气”，郁遏薰蒸造成的。（《梅雨水・发明》）这是家喻户晓的常识。以 此比喻六淫之气，对人体的影响，或重或轻，或显或微，常人不易觉察而已。
李时珍通过这种人人易晓的“气”的变化事例，阐述了更深刻的医理、药理。
李时珍认为，人同自然无时无刻不在进行物质交换。各种不同的天气、
地气，会影响人们的生理机能，导致各种疾病和生理失常。他引用《淮南子》
的观点来论证这一思想。《新汲水・发明》中写道：“人乃地产，资禀与山 川之气相为流通，而美恶寿夭亦相关涉。金石草木，尚随水土之性，而况万 物之灵者乎？……《淮南子》云：土地各以类生人。是故山气多男，泽气多 女，水气多暗，风气多聋，林气多癃，木气多伛，岸下气多癃，石气多力，
险阻气多瘿，暑气多夭，寒气多寿，谷气多痹，宣气多狂。”（校点本第一 册，第 ３９９ 页）
尽管这些观点未必符合科学，但 ２０００ 多年前的《淮南子》具有这类环境 决定论观点，是无可厚非的。其中含有一定合理因素，即初步意识到人与自
然环境的统一关系。人们生活在一定地理环境，其水土条件同人们的日常生
然环境的统一关系。人们生活在一定地理环境，其水土条件同人们的日常生