我國於 1998 年訂定政府採購法，確保政府之採購行為得以公平、公開 之程序進行。因此，當科技研發工作涉及採購行為時，政府採購法即為適用 之依據，避免圖利特定他人49。然而，科技研發工作之進行，依進程可分為 兩大階段，第一階段為研發執行單位之選擇，分為「自行研發」、「委託研 究」與「補助研究」。按舊科技基本法第 6 條第三項之規定，公立學校、公 立研究機關等，於接受政府「補助」計畫而進行採購時，不適用政府採購 法，惟政府提升科學技術研究發展之方式紛多，除政府補助外，尚有政府委 託之方式，本法之規定究竟是否僅限於政府「補助」時不適用政府採購法，
並不明確。目前雖有科技基本法及政府補助科學技術研究發展採購監督管理 辦法，然而，實務上對於補助與委託之認定常有疑慮。由於兩者之主要差異 在於補助研究計畫可不受採購法規範，但委託研究計畫則需按照政府採購法 執行，對於兩者規範強度及作法不同，在認定上常造成大學院校及研究機關 執行上諸多困擾。
其次，當研發單位確定後開始進入第二階段之各種研發工作時，所涉及 之工程、財物之訂製與採購，依政府採購法第 7 條乃屬於勞務採購50。因此 當研發執行單位係自行研發或接受政府之補助款超過採購金額半數時，自須 適用政府採購法。但若為委託研究者，則須進一步區分受委託者是否屬於政 府單位（政府機關、公立學校、公營事業），僅有於屬於政府單位而受委託 研究時，方適用政府採購法。國立大學因屬公立學校之性質，於進行科技研 發而有所採購行為時，自應適用政府採購法。
但其實觀察政府採購法之規定可知，該法具有濃厚的防弊性質，與科技
49 羅昌發，政府採購法與政府採購協定論析，頁 10（2008）。
50 政府採購法將勞務採購分為兩種，一種為勞務之委任，另一則為勞務之僱傭。法律 用勞務的用語，在語意上，似乎含有偏向勞力的服務，但實際上，政府採購之情 形，屬於非勞力服務的情形更多，故應以「服務採購」較為精確。詳參羅昌發，同 前註，頁 74。
研發需要的彈性在規範的本質上具有衝突。詳言之，所謂科技研發，依「政 府機關委託研究發展作業手冊」之規定，係指「為增進行政、人文、科學或 技術知識，以供用於國家或機關需要所為之下列研究或發展，其工作或方法 無法預先精確說明，成功機率或所需投入之資源無法事先評估者」。另基於 先天上科技研發成果影響國家經濟、國防競爭力甚鉅，因此科技研究發展之 特性包括，目前並無既成之方法與知識，為開發特定主題之知識，其研究發 展必須加以長期支持；工作或方法無法預先精確說明，規格不易訂定；具有 相當風險度，成功機率或所需投入之資源無法事先評估；時程緊迫，成果於 時機上的延誤可能影響市場商機與競爭力以及專業度高，具有執行能力的單 位較少。上述不確定的特性與政府採購法強調的公平、公開及穩定性之需 求，於本質上產生扞格。為落實提升科技研發創新、補助研究機構進行科技 研究發展之政策目的，鼓勵研究機構積極作為，國科會曾積極爭取修正科技 基本法，並於 2005 年新增科技基本法第 6 條第三項規定「公立學校、公立研 究機關（構）、法人或團體於接受第一項政府補助辦理採購，除我國締結之 條約或協定另有規定者外，不適用政府採購法之規定。」
惟可惜的是，此次修法並未完全解決科技研發採購程序之問題，造成實 務上對於科技研發是否適用政府採購法之相關程序仍存在下列問題。
4.4.1 法制規範不明確
按科技研發之不同類型，經濟部多以委託方式進行，對象包括為工研 院、資策會等財團法人或民間企業等，而委託進行之研究計畫，目前依政府 採購法於 2002 年修正的第 22 條第十三款，得採行限制性招標。然而，因政 府採購法對於限制性招標程序未設有如公開招標及選擇性招標之明文程序，
故於進行具體採購時，採購機關可以採取較彈性之方式，與廠商洽談供應或 承包事項，並以比價或議價之方式，商談價格51。對照國科會則多採行補助 之方式進行科技研發計畫，補助之對象以公、私立學校為大宗。雖然受國科
51 羅昌發，前揭註 49，頁 110。
會「補助」辦理採購，不受政府採購法限制，但為避免受補助者恣意妄為，
國科會於 2005 年公布「政府補助科學技術研究發展採購監督管理辦法」（以 下簡稱「監督管理辦法」），將國科會補助進行研究計畫之國立大學，納入
「監督管理辦法」之規範之下。從防弊的觀點解釋科技基本法第 6 條第三 項，儘管「監督管理辦法」與政府採購法相較之下，程序較為簡潔有效，似 乎為適用科研採購之良善方式，但其實自 2005 年發布至今，「監督管理辦 法」的適用仍產生許多問題，包括：
4.4.1.1 科研採購範圍定義不明確
辦法第 3 條對於科研採購之範圍定義並不明確，究竟係按「機關性質」
或「補助單位性質」進行認定，又何者適用政府採購，何者適用科研採購，
目前仍有爭議。
4.4.1.2 公平合理原則難以認定
辦法第 6 條規範科研採購應以「促進科技研究發展」、「維護公共利 益」及「公平合理」為原則，但究竟何為「公平合理」原則實難以認定，可 能將容易導致研發人員誤觸法網。
4.4.1.3 受補助機關對欲審查之招標廠商，無審查標準得以遵循
第 6 條規範「受補助之公共學校、公立研究機關（構）、法人或團體辦 理科研採購，達新台幣一百萬元以上者，應視採購案件之特性及實際需要，
『審查』廠商之技術、管理、商業條款、過去履約績效、工程財務或勞務之 品質、工程、財物及價格等項目」，但目前各機關皆未訂定審查規範，實無 遵循之標準。
4.4.1.4 罰則規範之對象可能導致「監督管理辦法」無適用可能
最後，監督管理辦法第 12 條規定，懲罰之對象係受補助機關而非計畫 主持人，因此，就保障機關之立場而言，將產生相關行政支援單位寧可採用 程序僵化的採購法免去被懲處之可能，而不願依循「監督管理辦法」52。
52 郭昱瑩、洪綾君，科研採購作業制度，行政院國家科學委員會委託研究，頁 19
（2010）。
綜上可知，雖然科技基本法已於一定程度上排除政府採購法之適用，並 授權主管機關制定彈性的「監督管理辦法」，惟「監督管理辦法」目前多為 原則性之寬鬆規範，雖然賦予採購人員進行採購作業時有較大之裁量餘地及 權利，但同時也可能招來監審單位更多之質疑。為求明哲保身，採購人員仍 然保守地選擇遵循有明確規範之政府採購法53，而不願針對科研的採購，採 取彈性的認定，導致科技基本法第 6 條第三項之排除規定及「監督管理辦 法」形同虛設。對此，中央研究院曾於修法前提出「研教與公務分軌體制改 革建議書」，當中明確指出：對於具有獨占性、專屬權利或獨家製造等特性 之科研採購事項，公共工程委員會雖曾函釋此類採購可採取「限制性招 標」。然而，一般學校或研究機關辦理採購人員，為避免日後監察院或檢察 機關之調查，往往還是依照政府採購法之公開招標方式辦理，造成在行政實 務上，「法律容許例外」之操作殊為不易54。