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第二章 發展流行性感冒病毒基因型的分子診斷方法

2.4 討論

本實驗設計分型的引子於 MP 基因,此基因具有高度的保留性,文 獻中將H1N1、H3N2、H1N2、H2N2、H5N1 與 H9N2 的 MP 基因做序列 的比對,具有高於80 %的相同性 (Stone et al., 2004),且分析 2004 至 2005 年感染到人類與禽鳥類H5N1 亞型病毒株的 HA 基因與 MP 基因,發現以 演化樹的方式運算,兩基因是共同演化的 (The World Health Organization Global Influenza Program Surveillance Network, 2005),因此本實驗選取 MP 基因作為分型的目標基因。

在運用HR-1 軟體分析時,經過標準化分析之後所得之圖形或是經過 Difference Plot 分析之圖形皆可以區分出各血清亞型,但圖形的上升或下 降的幅度可能會因不同批次的實驗而有些微的改變,而經過 Derivative Plot 運算出來的圖形較具重複性,且在不同批次實驗之間的差異性為最 小,因此選用經過標準化分析後再利用Derivative Plot 運算出來的圖形作 為標準的區分模式。

根據文獻所述,利用晶片的方式,所能偵測到的最低數值約為0.7 ng (Townsend et al., 2006),換算成病毒數量約為 108個病毒;而利用 PCR 產 物大小區分血清亞型的方式,因不同的實驗方式而其能偵測到的病毒數 量約為102至105個病毒 (Chi et al., 2007; Wei et al., 2006; Stone et al., 2004);而本實驗能夠準確地檢測到 2.8×102個病毒,敏感性可達到目前已

發展出的檢驗方式的最小值。

臨床檢體的檢驗通常需要在短時間內得到結果,文獻中指出若使用 micorarray 的方式,約需要 12 個小時判斷其亞型 (Townsend et al., 2006);

而使用設計於 M 基因上的 probe 所分析出來的熔點曲線區分亞型的方式 約需要6 個小時完成判讀 (Stone et al., 2004);設計引子於 H5N1 血清亞 型的HA 與 NA 基因,經過一般 PCR 反應,將 PCR 產物跑膠確定亞型的 方式約需要5 個小時確定亞型 (Wei et al., 2006);而本實驗所需要的時間 僅約需要4 小時就可以判讀完成結果,相較於其他的方式,HR-1 是較為 方便且快速的方式。

分析檢體的序列發現,10 個 H1 亞型檢體中有 2 個檢體具有 1 個核 苷酸序列突變,其與 H1 亞型標準質體混合之後,就可以明顯地區分出 來,此結果顯示,1 個以上的核苷酸序列改變就可以用 HR-1 分析出來。

而11 個 H3 亞型檢體中有 2 個檢體的序列有改變,分別是檢體 2004-R1048 具有 1 個核苷酸改變,檢體 2007-T54 具有 2 個核苷酸改變,但在與 H1 亞型標準質體混合的圖形當中,檢體 2004-R1048 的圖形與 H3 亞型標準 質體相差較大,而檢體 2007-T54 的圖形能與 H3 亞型標準質體相合。觀 察 H3 亞型標準質體與此 2 檢體的序列,H3 亞型標準質體的序列為 6 個 G 和 C 所組成的序列,是為緊密的 3 氫鍵結合的區域,而 2004-R1048 所 突變的核苷酸為C 轉變成 T,接著 5 個 G 和 C 所組成的核苷酸序列,推

測緊密的3 氫鍵鍵結破壞掉一個,進行熔點曲線分析時,檢體 2004-R1048 的PCR 產物在溫度比較低的地方就被解離開來,而造成圖形的不同。而 檢體2007-T54 的序列雖然具有 2 個核苷酸的突變,但鄰近的核苷酸未有 富含 G 或 C 的序列,因此推測此為檢體與 H3 亞型標準質體的差異不大 的原因。

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