第三十六條（事業年度）
獨立行政法人之事業年度，自每年四月一日開始，至翌年三月三十一日終止。
獨立行政法人最初之事業年度，則自其成立之日開始，至翌年三月三十一日
（自一月一日至三月三十一日間成立之獨立行政法人，則至該年之三月三十一 日）終止，不受前項規定之限制。
第三十七條（企業會計原則）
獨立行政法人之會計，依主務省令之規定，原則上依企業會計原則。
第三十八條（財務諸表）
獨立行政法人，應於每事業年度，作成有關借貸對照表、損益計算書、利益處 分或損失處理之書類或其他依主務省令所定之書類及其附屬明細書（以下稱
「財務諸表」），並於該當事業年度終了後三個月內提出於主務大臣，受其認 可。
獨立行政法人，依前項規定向主務大臣提出財務諸表時，應添附該當事業年度 之事業報告書，以及依預算區分所作成之決算報告書，並添附監事就財務諸表 及決算報告書之意見（依次條規定，應受會計監察人監察之獨立行政法人，則 為監事及會計監察人之意見。以下亦同。）
主務大臣欲依第一項規定認可財務諸表時，應先聽取評價委員會之意見。
獨立行政法人於受第一項規定之主務大臣認可時，應即將財務諸表公告於官報 上，並將財務諸表、第二項之事業報告書、決算報告書及記載監事意見之書 面，備置於各事務所，於主務省令所定之期間，供一般民眾閱覽。
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第三十九條（會計監察人之監察）
獨立行政法人（不包括其資本額或其他經營規模，未達政令所定基準之獨立行 政法人），關於其財務諸表、事業報告書（僅限有關會計之部份）及決算報告 書，除應接受監事之監察外，尚應受監察人之監察。
第四十條（會計監察人之選任）
會計監察人，由主務大臣選任之。
第四十一條（會計監察人之資格）
有關股份有限公司監察等商法特例之法律（昭和四十九年〔一九七四年〕法律 第二十二號）第四條（除第二項第二款外）之規定，準用於第三十九條之會計 監察人。此時，同法第四條第二項第一款中「第二條」，改稱為「獨立行政法 人通則法第三十九條」。
第四十二條（會計監察人之任期）
會計監察人之任期，自其選任日以後，至主務大臣就其最初終了之事業年度之 財務報表，為第三十八條第一項之認可時為止。
第四十三條（會計監察人之解任）
主務大臣，於會計監察人該當於下列各款之一時，得將其會計監察人解任。
一、違反職務上之義務，或怠於職務者。
二、為不適於會計監察人之行為者。
三、因身心障礙，致職務之遂行發生障礙，或無法遂行職務者。
第四十四條（利益及損失之處理）
獨立行政法人，每事業年度於計算損益時如發現有盈餘，應先彌補由前一事業 年度移轉之虧損，彌補後仍有餘額時，應以該餘額為積金加以整理。但依第三 項規定充作該項用途時，不在此限。
獨立行政法人，每事業年度於計算損益時如發現有損失，應依前項規定以積金 加以整理減除，整理後仍有不足時，應將該不足額移轉為虧損。
獨立行政法人，於有第一項規定之盈餘時，得經主務大臣之認可，將該盈餘數 額之全部或一部，充作受第三十條第一項認可之中期計畫（依同項後段規定，
受變更之認可時，則為該變更後之計畫。以下僅稱「中期計畫」）之同條第二 項第六款剩餘金之用途。
主務大臣，欲依前項規定為認可時，應先聽取評價委員會之意見。
關於第一項規定積金之處分，依個別法律之規定。
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第四十五條（借貸金）
獨立行政法人，得於規定中期計畫之第三十條第二項第四款之短期借貸金限額 範圍內，為短期借貸。但有不得已之情事，並經主務大臣之認可時，得超過該 限額為短期借貸。
依前項規定所為之短期借貸，應於該當事業年度內償還。但於資金不足，無法 償還時，於該無法償還之限額內，得經主務大臣之認可，重為借貸。
依前項但書規定重為借貸之借貸金，應於一年內償還。
主務大臣，欲為第一項但書或第二項但書之認可時，應先聽取評價委員會之意 見。
獨立行政法人，除個別法律有特殊規定外，得發行長期借貸金及債券。
第四十六條（財源之籌措）
政府得於預算範圍內，對獨立行政法人，交付相當於全部或一部之必要金額，
以充作其推展業務之財源。
第四十七條（剩餘金之運用）
獨立行政法人，除依下列方法外，不得運用其業務上之剩餘金。
一、國債、地方債、政府保證債（指本金之償還及利息之支付，由政府保證之 債券）或其他主務大臣所指定之有價證券之取得。
二、銀行或其他主務大臣指定之金融機關之儲金或郵政儲金。
三、經營信託業務之銀行或信託公司之金錢信託。
第四十八條（財產處分等之限制）
獨立行政法人，於依主務省令之規定，轉讓重要之財產或提供擔保時，應得主 務大臣之認可。但於中期計畫內依第三十條第二項第五款擬定計畫者，依該計 畫轉讓該當重要財產或提供擔保時，不在此限。
主務大臣，欲依前項規定為認可時，應先聽取評價委員會之意見。
第四十九條（會計規程）
獨立行政法人，於業務開始之際，就有關會計事項，應訂定規程，呈報於主務 大臣。規程變更時，亦同。
第五十條（主務省令之委任）
除本法及基於本法之政令所規定者外，有關獨立行政法人之財務及會計之必要 事項，依主務省令之規定。
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