就理的存有性問題而言，朱熹認為：理是潔淨空闊的，是不具經驗 存在義的，只是一個抽象性的存有，參見：
「蓋氣則能凝結造作，理卻無情意，無計度，無造作。只此氣凝 聚處，理便在其中。……若理，則只是箇淨潔空闊底世界，無形 跡，他卻不會造作；氣則能醞釀凝聚生物也。但有此氣，則理便 在其中。」
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理是獨立於氣概念之外的原理意義的概念，然而，在朱熹的概念使 用及觀念討論中，事實上有兩種不同類型的理，但是朱熹卻混而用之，
未加區別。其一為終極價值原理，即仁義禮知及誠及善等儒家基本價值 概念所說者，此亦為朱熹繼承性善論的本體論立場之處，參見：
「氣之精英者為神。金木水火土非神，所以為金木水火土者是 神。在人則為理，所以為仁義禮智信者是也。」
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其二為一切具體事物的個體性本質的形式因原理，此義又與氣化結 構中的陰陽五行積聚各異的物質質料因合義，因此亦為各物之物理化學 質料因之原理，如草藥之藥性、牛馬之動物本能、桌椅器物之形式因原 理等。參見：
28 《朱子語類‧卷第一‧理氣上》，頁3。
29 《朱子語類‧卷第一‧理氣上》，頁9。
「問：枯槁之物亦有性，是如何？曰：『是他合下有此理，故云 天下無性外之物。』因行街，云：『階磚便有磚之理。』因坐，
云：『竹椅便有竹椅之理。枯槁之物，謂之無生意，則可；謂之 無生理，則不可。如朽木無所用，止可付之釁灶，是無生意矣。
然燒甚麼木，則是甚麼氣，亦各不同，這是理元如此。』」
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又見：「問：理是人物同得於天者。如物之無情者，亦有理否？曰：固 是有理，如舟只可行之於水，車只可行之於陸。」
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甚至論及天地萬物的運作條理時也是指得此理，這時此理是個律 則，指涉的是四時有序的規律。以上兩種意義的原理朱熹是時常混淆在 一起使用的，而第二種形態的理又有好幾種不同的脈絡，朱熹都沒有深 入釐清，導致理解上的麻煩。不過，第二種原理意義仍依第一種原理意 義的目的而存在，因此也可以說根本上而言朱熹所真正關心的還是第一 種的道德性原理。
此理以其僅僅是意義性的原理而無任何存在的意味，其存在就在氣 中，而不是經驗世界之外的任何獨立存在物，因此此理不能以任何經驗 感官知覺的方式來認知，因此有一個對它的存在特徵的淨潔空闊的描 寫，這是朱熹特有的發明，意旨清晰且合理，但卻因為是儒學史上的首 出，故而易為誤解。這樣的描寫是就著理概念作為一個原理意義的存有 的抽象性徵的定義的描寫，是一個存有論的哲學問題意識下的界定，或 說是本體論的道體的抽象性徵的討論界定，即如其為「性即理」的主張
30 《朱子語類‧卷第四‧性理一》，頁61。
31 同前注。
及「仁性愛情」的說法等等。這樣的界定並不妨礙其做為價值意識的仁 義禮知義涵，更不妨礙其作為實踐活動的主體性價值自覺的內涵，亦不 妨害其在主體價值自覺中，由主體與此理體意義的本體之拳守合一，而 為本體工夫的完成。從來對朱熹論理之離物而有之認定，或為只存有不 活動之攻擊，都是對此一純粹存有論問題意識的理概念的誤解，而致生 之批評甚或攻擊，誤解的關鍵都是因為不在存有論脈絡來理解理概念，
而是在其它脈絡的理概念之定義及使用，來攻擊這一脈絡的朱熹意見，
例如從道體的本體論的價值意識脈絡、或從主體的本體工夫論的脈絡、
或從主體的如理狀態的境界論脈絡，這就是筆者所說的基本哲學問題的 錯置。
此外，另有一個與理之存有論定位相關的問題，即關於理概念的一 多分殊問題，此即朱熹所提出的「理一分殊」說。它原本是伊川註解張載
《西銘》時，對於儒墨之間的愛有等差說及兼愛說的別異問題之關懷下的 討論議題，本來是一個倫理學領域的問題，伊川答楊時〈論《西銘》〉書：
「──西銘之論則未然，橫渠立言誠有過者，乃在正蒙，西銘之 為書，推理以存義，擴前聖所未發，與孟子性善養氣論同功，二 者亦前聖所未發，豈墨氏之比哉？西銘明理一而分殊，墨氏則二 本而無分，老幼及人，理一也，愛無等差本二也，分殊之藏，殊 勝而失仁，無分之罪，兼愛而無義。分立而推理一，以止私勝之 流，仁之方也。無別而迷兼愛，至於無父之極，義之賊也，子比 而同之，過矣。且謂言體而不及用，彼欲使人推而行之，本為用 也，反謂不及，不亦異乎？」
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32 《河南程氏文集‧卷第九》
就伊川提出「西銘明理一而分殊」之觀點而言，這個概念首先是要 進入張載原意中而替張載標舉他「明理一」的道理，其次為免張載被誤 為講墨家兼愛，故又提出「而分殊」以替張載解脫攻擊，在這樣的表達 結構下，伊川還藉用了仁義兩個概念來協助解釋。終於有了哲學史上重 要的「理一分殊」概念之提出。「理一分殊」是伊川為處理張載西銘之是 否有墨子兼愛之弊而談出的觀點，朱子承之，也是守著這個性格，但他 卻更深入地分析《西銘》全文，而談出更多的觀點。朱子以《西銘》全 是一個「推」的發揮，是以事親的真實感覺來推出到作事天的事業，是 以孝講仁，所以朱子以《西銘》全文的重心在於「天地之塞吾其體，天 地之帥吾其性。」一句，這是朱子所謂的橫看《西銘》，至於直看《西銘》， 則通篇都是伊川的「理一分殊」之義理的表現。朱熹把「理一分殊」的 結構貫注到《西銘》全文，拆解出《西銘》通篇文字中皆是逐字逐句地 透顯既理一又分殊的意旨。其言：
「西銘一篇，始末皆是理一分殊。以『乾為父、坤為母』便是理 一而分殊，『予茲藐焉，混然中處』便是分殊而理一。『天地之塞，
吾其體，天地之帥，吾其性』分殊而理一。『民吾同胞，物吾與 也』理一而分殊。逐句推之，莫不皆然。」
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朱熹同於上文說法的例子還很多，「理一分殊」本只是倫理學中的辭 彙，所要指出的倫理學的意旨是：「愛親的道理跟事天的道理是一樣的，
但是行為時的親切內涵是不一樣的。」這就是此說原本的倫理學意涵。
但是，當朱子承繼伊川此說後，又有將它使用在其論理氣關係的存有論 系統中的情形。語錄有言：
33 《朱子語類‧卷九八‧張子之書一》，頁 2523。
「問理與氣。曰，伊川說得好，曰：『理一分殊』合天地萬物而 言，只是一個理，及在人，則又各自有一個理。」
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要理解此段引文，需先知道朱子的整個理氣關係論，這是一套朱子 的存有論觀念系統，此處先不舖陳。上文之意是，太極之理共通地遍在 各個人物之中，這是理氣結構中的理的一面的狀況。在朱熹的理氣關係 論中，太極是理，陰陽是氣，而理氣之間雖不離為二，卻也不雜為一，
所以當「理一分殊」說被引入理氣關係中來談論時，它也只處理了理的 一面的問題。這一面的觀點是太極是天地萬物之理，在天地言，則天地 中有太極，在萬物言，則萬物中各有太極。「理一分殊」這個哲學辭彙即 是以這樣的意義放在朱熹的存有論系統中，而整個系統卻還有更多的理 論問題是「理一分殊」所未能觸及的，而這就需由整套存有論的理氣說 才能說明。