相較於中國學者著重於縱向的歷史分析及地域社會的全面討論，臺灣學者 對於保生大帝信仰則以個別宮廟或地區性的研究為主。個別宮廟主要集中在目前 公認的臺灣保生大帝開基祖廟——台南學甲慈濟宮。該廟緣起於明永曆 15 年
（1661）鄭成功之軍民於學甲西方四公里處之頭前寮登陸，先民建簡屋奉祀保生 大帝，因香火益盛，乃於康熙 40 年（1701）改建宮廟。建廟之後，每年學甲十 三庄居民皆於登陸日的三月十一日，組成香陣前往登陸地的頭前寮「請水」謁祖，
遙祭大陸白礁慈濟宮祖廟，即所謂「上白礁」。「上白礁」原僅為一區域型廟會，
但在 1977 年前後「尋根熱潮」的挖掘報導下，逐年擴大規模而成為全國性祭典，
學甲慈濟宮也一躍而為全臺聞名的觀光勝地。另外，1985 年至 1994 年擔任該宮 董事長的周大圍亦一關鍵人物，尤其在開放兩岸宗教文化交流之初，其以整修白 礁祖廟為號召，發起成立全國保生大帝廟宇聯誼會，並以開放包容的胸襟，促進 兩岸保生大帝廟宇的團結和諧與良性互動，不僅樹立學甲慈濟宮在全國保生大帝 廟宇的領導地位，也為兩岸保生大帝信仰的發展奠定良好的基礎。
有關學甲慈濟宮的研究，包括有黃文博的〈光復後學甲慈濟宫「上白礁」
的變遷與香陣結構〉41及黃有興的〈學甲慈濟宫壬申祭典紀要——兼記前董事長 周大圍〉42等兩篇論文，前文在探討其重要祭典「上白礁」及「學甲香」的演變 歷程及儀式內容，尤其對於香陣結構有深入的介紹，指出其具有黃牛作報馬、後 社蜈蚣陣及傳統性藝閣等特色。後文除更加詳盡介紹 1992 年的「上白礁」及到 大陸進香、參香等活動內容外，並首度記載周大圍董事長修建祖廟白礁慈濟宮、
與大陸分靈廟宇交流、協助及參與宗教學術活動、成立全國保生大帝廟宇聯誼會 等重要事蹟，是考察解嚴之後臺灣保生大帝信仰發展的重要文字。
台北大龍峒保安宮是另一個受到學者關注的宫廟。該廟由於位於人文薈萃的 台北首善之區，又為同安人的信仰中心，與艋舺龍山寺、清水巖祖師廟合稱為台 北三大廟，因此自清嘉慶十年（1805）創建以來，即為各界關注的重要廟宇。尤 其 90 年代由「地方寺廟」成功轉型為「文化寺廟」，更展現出許多異於其他廟宇 的創意理念及文化內涵，包括（一）該宮每年三月初五舉辦為期近兩個月的「保 生文化祭」，融合傳統祭祀、民俗技藝、文史研習及藝術文化，展現一種全新精 緻的廟會文化，與學甲慈濟宮的「上白礁」同列為臺灣十大民俗祭典。（二）該 宮自 1995 年起，自行籌措經費二億六千萬元，耗時七年完成修復，成為國內首 宗民間籌資主導修復古蹟的案例，並於 2003 年榮獲聯合國教科文組織亞太文化
41黃文博，〈光復後學甲慈濟宫「上白礁」的變遷與香陣結構〉，《臺灣文獻》41 卷 1 期（1990 年），
頁 153-175。
42黃有興，〈學甲慈濟宫壬申祭典紀要——兼記前董事長周大圍〉，《臺灣文獻》46 卷 4 期（1995
資產保存獎。（三）該宮為全臺少數注重人才培育的廟宇，如 2006 年開辦「保生
除學甲慈濟宫與台北保安宮外，王世慶的〈民間信仰在不同祖籍移民的鄉
流、宗教活動、信仰模式等，尤著重分析信仰活動與區域社會歷史發展的關係，
信仰間的互動關係，將有助於彼此的長遠發展。66這些論文的議題雖不出中國學 者討論的範圍，但著重文獻分析的研究方法，亦多少可與臺灣學者偏重的田野調 查法相互補。