衝突的出現必有其形成之原因，衝突的起因有可能是源自於主觀的個體內心，
或起源於客觀的外在環境，但最終還是會對於衝突主體者身心或組織結構產生或多 或少的影響。以下就衝突產生的原因分述如下：
張鐸嚴（1985）將學校組織的衝突原因歸納為九項：
一、彼此對資源爭取或分配的利害關係不同。
二、彼此對工作任務的意見不同。
三、彼此的價值觀念不同。
四、彼此因溝通不足而產生誤會。
五、彼此缺乏溝通的誠意。
六、彼此使用惡劣的言語或態度。
七、漠視對方的權利（力）。
八、對方推卸應負的責任。
九、對方的要求不合理。
張慶勳（1996）將學校組織衝突的來源進行歸類，可分成主要是由角色、規範、
人格及目標彼此交互作用而產生的衝突，即包括角色與規範、角色與人格、角色與 目標、規範與人格、規範與目標、及目標與人格等的衝突。此外，組織的系統要素 與環境之間也有可能會存有衝突，即學校與社區衝突，社區的價值觀和組織中的科 層角色、人格和非正式規範三者也會發生衝突。
Hellriegel, Slocum和Woodman(2001)認為衝突多數源於個人或群體對目標認定 不一致，認知差異或情緒分歧所致。此種看法認為衝突本質上是知覺問題，可能產 生明顯地「外顯反應」，另一方面則可能產生內心的「意欲企圖」。
張德銳（2001）認為學校衝突的形成原因，可分成三方面：
一、在個人人格因素方面，可能肇始於學校組織成員在年齡、教育背景、人格需要、
價值取向、處事理念、政治信仰、以及宗教信仰上的差異，因而對相同的事物但卻 有不同的詮釋及處理方式，而導致衝突的產生：但也可能是由於成員的能力不足，
而不能滿足他人的需要，或者對於同儕的歧視或性騷擾，也易導致衝突。
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二、在人際互動因素方面，可能由於非正式組織反功能以及人際溝通的不良狀況導 致衝突的產生，若學校成員間若溝通不良，則易導致彼此間的誤會並會造成雙方心 理方面的隔閡。
三、在組織因素方面，可能有下列九個因素：
（一）工作的互依性：兩個成員或團體在執行任務時，如果必需相互依靠對方才能 得到協助和情報以完成任務，則衝突產生的可能性則會較高。
（二）法令和程序的僵化：法令和程序本是來滿足學校成員之需要的，但難以完全 周密詳盡，再加上若執法人員如果過於墨守成規且不知變通，勢必會造成學校成員 因個別差異和需要無法獲得適當的滿足。
（三）目標的不一致：當無法對工作目標和達成目標的手段產生一致性的看法時，
便會遭遇因目標不一致而產生衝突。
（四）資源的有限性：當各團體的成員體會到組織人力、財力及設備無法滿足所有 人的需求時，則個團體就會因爭取有限的資源而產生衝突。
（五）責任的不明確：由於各部門職掌或管轄範圍分割不夠清楚且明確，此時則易 導致「有功則爭，有過則諉」之現象。
（六）酬賞的不公平：如果某團體中的成員或團體認為他們所得到的報酬、工作任 命、工作條件，或地位象徵等遠低於原先預期的結果，則常會因為挫折及憤怒的結 果可能會與負責分配這些利益的主管或與獲得利益者發生衝突。
（七）權力的不平衡：一個團體或成員企圖提高自身之權力而威脅到其他團體或其 他成員，此時則有可能或造成衝突。
（八）次級文化的矛盾：如果團體中的次級文化彼此無法互相包容，則勢必產生文 化衝突現象。
（九）組織氣氛的影響：如果一個組織的氣氛過於保守封閉，或者過於強調自由競 爭，則常會因為各團體中的各成員因為壓抑不同的意見，或惡性競爭而產生激烈的 抗衡。
（十）外部環境的壓力：組織本身是屬於一個開放之系統，因此組織之運作自然會 受到外在環境之影響，如果外在環境的壓力與組織成員的需求和期望是背道而馳的 話，此時外在環境的壓力乃會成為組織衝突的來源。
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Hanson (2003)指出組織衝突的主要來源有下列五項：組織的目標分歧不一致、
成員個人的野心、組織成員對團體的忠誠、經費不足及文化差異等。
秦夢群(2005)認為我國教育組織產生衝突的根源，主要可分為以下兩者：
一、學校官僚與專業團體的對立：學校並非一般的商業性組織，必須大家緊密結合 才能達到既定的目標，學校是屬於由教師所組成專業但卻結構鬆散的團體，但卻往 往因為理念的差異卻導致衝突的產生，例如學校行政人員希望理性辦事，且快速準 確地完成上級交辦事項；但教師卻強調專業自主權的行使，若此時雙方各有堅持均 不讓步，也無適當之處理，則容易會造成所謂的惡性循環，因行政者想控制教師，
有時甚至會採用更嚴厲的方法，此時卻因此造成教師更大之反彈，且其衝突之方式 除正衝突之外，有些更會私底下抵制行政者，如此衝突惡性循環只會造成衝突越演 越烈，對學校反而是一大傷害。
二、角色扮演衝突：成員加入組織時，組織中每個成員都有自己獨特的價值觀與人 格，但在組織中的每個個體都應依組織之要求努力達成組織所賦予的角色期待，因 此常會因為他人或長官對自身的角色期待與自己本身之自我期許有所出入，而造成 所謂的角色衝突，但角色衝突通常不是相當明顯，但其實質上所造成之殺傷力其實 是不容小覷的。
黃雪緣(2007)將學校組織中的衝突原因歸納為下列七項：
一、言語或態度不當 二、認知溝通不良
三、資源或利益分配不均
四、教育理念或工作方法有歧見 五、角色認定與責任歸屬不清 六、科層體制與專業取向的衝突 七、權利受損或要求不合理
謝文全(2008)認為造成組織衝突原因相當多，大致將其原因歸納分為表層原 因、深層及根層原因等三類，其概述如下：
一、表層原因：包括目標的不一致、職責不明確、角色衝突、權力的不平衡、酬賞
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的不公平、溝通失敗或溝通不良、次級文化的矛盾及價值觀的差異等。
二、深層原因：隱藏在表層原因之下的深一層原因，包括利益衝突、認知歧異、情 緒干擾及利益衝突等。但若光有表層原因其實並不會產生衝突，唯有這些表層原因 之下潛藏著深層原因，衝突才會產生。
三、根層原因：隱藏於深層原因之下的更深一層之原因，這及時形成深層原因的根 本原因，其中根層原因可分為工作互依性及資源有限性兩種。
研究者綜合以上各研究者認為衝突產生的原因，即是以學校組織中互動因素得 七項因素為主，分列如下：
一、資源及利益有限而造成分配不均 二、角色及責任歸屬不夠明確
三、績效與獎勵標準不一致 四、不合理的權力主張與要求 五、溝通不良而造成誤會 六、行為或言語態度不合宜 七、觀念或工作方法不一致