「水能載舟亦能覆舟」正是衝突對組織影響的最佳寫照，當衝突一發生之後，
良性的衝突必對組織有正面的作用，但在組織中卻有相當多的衝突都是屬於負面的 衝突，這些負面作用除影響個人外，更也會影響組織的運作，以下就針對組織衝突 的正面及負面的影響說明如下：
洪福財（1995）認為學校組織衝突的功能有正面功能及負面功能兩類：
一、正面功能
（一）鼓勵成員創造能力的使用，帶動組織的革新
（二）使達成目標的更多建議能夠在良性的互動下被提出
（三）激勵成員為組織目標的達成付出更多的努力
（四）創新並改善組織結構或氣氛。
二、負面影響
（一）消耗組織更多的時間及資源
（二）對成員的心理造成不良的影響
（三）破壞成員之間互相信任或支援的程度
（四）使成員不願參與組織的工作，甚至造成消極性的怠工
（五）造成組織流動率過高，學校組織更為鬆散
（六）長期造成教學品質的低落，對學校聲譽造成影響。
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張德銳(2001)依據互動論的觀點認為衝突的價值是中立的，對學校組織而言，
衝突對組織有可能是利，也有可能是弊，而其利或弊的判定規準全依照學校的目標 與績效來判定。凡對於增進學校組織績效及目標達成的衝突，即屬於「功能性衝突」， 但若是有礙於學校組織績效及目標達成的衝突，即屬於「失能性衝突」。
謝文全(2008)利用互動的觀點來討論衝突的正、負面功能：
一、正面功能：組織衝突若運用或處理得當，通常會對組織發揮正面的作用，例如：
發現組織問題之所在、宣洩組織成員累積的情緒及壓力、提供成員自我反省及自我 修正改正之契機、矯正組織中團體的迷思及弊端、增加組織成員彼此間的凝聚力及 向心力、刺激組織成員挑戰現狀並激發成員的創造力、促進組織革新、融合不同的 意見提高決策之品質、增進組織之績效等。
二、負面功能：不當的衝突管理及運用，會對組織產生負面的作用，例如：組織成 員間彼此互相猜忌甚至仇視、造成對立、影響組織和諧、降低團隊的凝聚力及向心 力、在進行決策時失去理性、削弱成員對組織中共同目標的追求、傷害組織及成員 之健康、影響組織的績效，甚至最後會導致組織的瓦解。
因衝突可能會對組織產生向的功能，因此行政人員應有以下之認識：
（一）不再認為「異議歧見」只會威脅組織，應對這些提供歧見者給予適當的溝通，
並在兩者間取得最佳之共識。
（二）遇到衝突時不要一味的逃避，只求息事寧人，就長遠來看，不見得有利。
（三）適度的鼓勵組織中織成員挑戰現有的作法，以發展新的想法及創意。
詹昭棣（2009）認為衝突有利有弊，若依衝突產生的作用力不同來進行區分，
則可區分為造成正面及負面的影響效果，茲說明如下：
一、正面影響效果
（一）發現被忽略的問題，並增進對問題的察覺力及敏銳度。
（二）激發對問題情況的暸解，以開放的心去省思問題，以其了解衝突的真實情況，
將有助於提升解決問題之創發造力。
（三）企圖讓決策者從不同到接收訊息，將有助於形成更周延的判斷以期面面俱到，
並引導決策者作較佳的決定並改善決策品質。
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（四）鼓勵創新概念，重新思考流程，導致組織的革新與改變。
（五）激發組織成員的動機及凝聚向心力，以提升對組織的忠誠。
（六）決策過程中期能引導成員能以較開放心態及更充分的時間來討論問題，以增 強組織成員對組織的承諾，並能同理對方職能及困擾。
二、負面影響效果
（一）負面的情緒易導致組織成員的壓力，並增加緊張情緒，容易破壞組織的和諧。
（二）不當的衝突容易產生組織成員溝通協調不易，甚至造成仇視，而導致組織失 去穩定性。
（三）不當的衝突容易造成組織產生組織成員的個人主義、本位主義現象，也會讓 領導者更趨於保守，讓領導者從參與領導轉向獨裁領導。
（四）造成組織成員工作努力意願降低，更也因此造成組織效能降低。
（五）容易模糊問題焦點、讓問題趨向複雜化，有時甚至更加深衝突形式。
（六）過於強調榮辱與共，組織成員對所屬團體形成所謂的狹隘忠誠，也更增加對 立偏狹。
研究者綜合上述各研究者之論點，認為衝突對組織的正面功能及負面功能可歸 納為下列幾點：
一、正面功能
（一）促使組織成員檢討並修正組織的目標，以提高組織對環境的適應能力
（二）促進組織成員的凝聚力及向心力，共同為組織目標而努力
（三）強化組織內部的溝通管道
（四）診斷組織目前困境之所在，並設法突破困境 二、負面功能
（一）經過激烈爭吵後，衝突的雙方溝通頻率減少，甚至因此造成組織效能織減少
（二）易造成時間、金錢、人力、物力及財力之浪費
（三）易形成個人主義或本位主義，造成溝通織障礙
其實組織的衝突是無法避免的，身為一位領導者最重要的是如何診斷衝突，並 選擇較為合適的衝突管理策略，企圖消除衝突所導致的負面的影響，讓衝突扮演起 正面功能之角色，以達成組織的目標。
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