大多數自貿協定談判多涉及實質涵蓋領域的問題，構成了談判主 要的挑戰。雖然每個夥伴國從貿易夥伴接受市場准入的自由化措施而 受益，但反之每個夥伴又面臨國內反對開放國內所生產的商品或提供 的服務市場給外國，81形成所謂的「雙重賽局」(two-level game)。「太
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平洋四國協定」能克服該等障礙，實現高度全面性的協定，至少在商 品貿易方面。82然而，跨太平洋夥伴協定的談判中，許多仍是較為典型 的雙邊自貿協定談判。83因此，談判也有實質事項的問題。
自貿協定的談判實質上就是相互開放市場，開放程度是各國之間 利益的博弈，跨太平洋夥伴協定的重點是「市場准入談判架構的決 定。」84此種決心將對跨太平洋夥伴協定任何最終的協定性質，以及該 協定未來對其他國家的吸引力產生顯著的影響。由於各國國情不同、
經濟實力相差懸殊、完全不同的發展階段，對同一問題會有不同的看 法和立場，從而界定了跨太平洋夥伴協定談判成員國之間存在大量結 構性的矛盾，因此談判必然會面臨一系列艱難的選擇和激烈的競合。
首先，跨太平洋夥伴協定是否堅持初衷，達成真正意義的全新自 貿協定，還是兼顧各方利益，形成各方都能接受的自貿協定，此乃各 方須面對的根本結構性問題。事實上，12 國之間已經有多個雙邊自貿 協定，跨太平洋夥伴協定與該等協定究竟是什麼關係？解決該問題有 三種方案：第一，以跨太平洋夥伴協定取代現存的雙邊自貿協定；第 二，跨太平洋夥伴協定與現存的雙邊自貿協定同等有效，廠商可以何 者對其有利而選擇之；第三，跨太平洋夥伴協定成為混合體，一些條 款將在某些領域取代現存的雙邊自貿協定，而現存雙邊自貿協定的部 分條款仍將繼續有效。
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對協定的談判明顯分為兩大集團：澳洲、新加坡及紐西蘭等主張 前述第一方案，認為將有利於消除眾多自貿協定疊加形成的「義大利 麵碗」現象(Spaghetti-Bowl Effect)；降低交易成本，出口商僅需計算 一次原產地，便可將貨物運到多個跨太平洋夥伴協定成員國，形成真 正的「21 世紀」的協議。而美國等國反對「對現存協定重開談判」，
故傾向於第二方案，認為現存自貿協定條款都是經過仔細推敲後達成 妥協的產物，不宜更動。換言之，現存的自貿協定與跨太平洋夥伴協 定同等有效，但如此推論跨太平洋夥伴協定的功能將遭到稀釋。12 個 成員國之間的貿易自由化和便利化不可能有根本的改觀，仍然將充滿 許多例外的情形。以澳洲為例，澳洲和美國的自貿協定就不包括美國 的糖和乳製品；澳洲和日本的自貿協定談判就因農業問題而擱淺。
其次，「高標準」與務實之間的關係。所謂高標準，就是要解決 迄今為止所有自貿協定都沒有涉及的「境內」(behind-the-border)問題，
諸如規管、競爭政策、經濟立法基礎建設、市場透明、反貪腐、金融 業改革及標準一致化等，而在跨太平洋夥伴協定 29 個章節設置中，只 有競爭政策和市場透明兩項列在其中，其他一概沒有。對此，美國國 內表示反對，甚至提議要將「貨幣匯率管理」、「吸引外資優惠作 法」等也要納入跨太平洋夥伴協定談判。該等問題的爭論也十分激 烈。
最後，美國在談判伊始就提醒各國，美國國會將不接受任何沒有 勞工和環境措施的跨太平洋夥伴協定。新加坡、紐西蘭、汶萊、智利 四國原先達成的「太平洋四國協定」專門附有有關勞工和環境的諒解 備忘錄，但是規範較弱，沒有明確的執行機制。無論對開發中國家還 是已開發國家而言，有關勞工和環境都是棘手的問題。有關的條款既 不能過於嚴格，因為其可能傷害開發中國家的利益，導致許多開發中 國家未來不願意加入；但又不能過於空泛，空泛就不可能是所謂「高 標準」，對美國等已開發國家利用跨太平洋夥伴協定打開其他國家市 場就會產生不利（請見表 1）。
表1 跨太平洋夥伴協定第一階段談判過程表
第 12 回合 2012/5/8-18 美國德州達