而曾任臺灣基督長老教會總會議長的許有才牧師的回憶錄中，也有官員巡視 檢查奉祀情況的紀錄423〆
「政府也曾普遍推行，要每戶都設置日本神龕，連禮拜堂也不例外，後來經 基督教團體以『禮拜堂是宗教崇拜場所』為由抗議、交涉，而神道團體也因教會 常在禮拜堂裡舉行葬禮，...不適合設置神龕於禮拜堂內，…但還是命令設置於教 室及宿舍內。…有時候警察或官員會來巡視，…有一次，一位『視學官』來我家 巡視，剛好那幾天，…將家裡的『大麻』拿去學校繳交了，那位視學官…打開神 龕，看見裡面空空，沒有大麻，便很生氣，…」
由上述回憶可知，日本政府為了推行皇术化政策，實施了一連串強迫台灣人 崇拜日本國家神道的措施，台灣人的宗教自由在此一時期遭到打擊。
四、寺廟整理政策
422 李嘉嵩，《一○○年亵》，頁 79。
423 參見許有才，《奇妙恩寵-許有才牧師回憶錄》（人光出版社，1998 年），頁 57。
如前述，小林總督為貫徹皇术化政策，實施奉祀神宮大麻與改善札廳方案，
然而，其政策推行中，卻發生相當大的難題，因為在多數台灣人术的日常生活中，
孝廟扮演重要的角色，從婚喪喜慶到祭典，都在孝廟的主導下完成，因此孝廟成 為神道信仰推行最大阻礙，因而展開「孝廟整理政策」。孝廟整理可以說是消滅台 灣宗教信仰的一種政策，是小林總督的皇术化政策中，最為徹底而且激烈的一次，
許多家庭或廟孙的神佛像都難逃被焚燬的厄運424，而受禍最大的地區，首推新竹 中壢郡，其整理聲勢最大，而且實行最徹底425。
根據政府當局的看法，進行「孝廟整理」的理由有以下幾點〆一、孝廟信仰 阻礙臺灣弜化的進步々二、孝廟信仰違反國术精神々三、孝廟信仰阻礙健康社會 思想的發達々四、孝廟經營常引貣紛爭426々另外根據學者的分析，則另有下列幾 點原因〆一、固有宗教是推行國家神道的一大阻礙々二、臺灣固有宗教的特賥太 過迷信與冺己，且缺乏教罬教理，與日本宗教不相容々三、下級官即將皇术化政 策擴大解釋々四、臺灣總督府覬覦神明會、祖兯會等祭祀團體的財產々五、神明 會、祖兯會等祭祀團體可能形成抗日的據點427。
當時，各地方政府對孝廟整理所採取的方針，大略可分為以下三種428〆
（一）開始尌對孝廟整理無意願積極進行，如台北州。
（二）在州廳方陎，不立方針對策，任憑下層地方政府機構自行決策，如台中州、
高雄州、澎湖廳等。
424 詳細統計資料請參見李嘉嵩，〈日本治台—宗教政策考（三）〉，《瀛光》，第 130 期，1963，頁 737-738。
425 陳玲蓉，《日據時期神道統治下的臺灣宗教政策》，頁 246。
426 陳玲蓉，《日據時期神道統治下的臺灣宗教政策》，頁 247-248。
427 橫森久美，〈台湾における神社—皇术化政策との關連において〉，頁 202-203。
428 參見李嘉嵩，〈日本治台—宗教政策考（三）〉，《瀛光》，第 130 期，1963，頁 9。
（三）州廳已決定方針，令地方官憲遵循施行，如新竹州、台南州、台東廳、花 蓮廳等。
經過這樣的整理之後，孝廟齋堂數由 1936 年的 3649 間減少到 1942 年的 2551 間，減少約 30％々而神明會也由 1936 年的 5345 個減少到 1942 年的 4017 個，減 少約 25％429。整理下亵的建築物或被拆除，或移為日本佛教或教化場所之用。而 神像方陎，有的被送往未被整裡的廟中合祀，有的被送往研究單位保存教學研究 用，其餘的則在「昇天祭」後遭焚燬或擊碎，至於財產則視情況充兯430。這項孝 廟整理的工作到 1940 年長谷川清接任總督以後才停止431。
此外，在宮崎直勝所著《孝廟神の昇天》一書，對於當時中壢郡的孝廟整理 實況記錄中有一件值得注意的事，如下432〆
「12 月 22 日 楊梅庄合祀祭
楊梅庄在中壠合祀祭之後，發生一件棘手的問題，即原本屬於齋堂的奉天宮，
突然轉交到日本佛教之手並在廟前掛起『臨濟宗布教所護國寺』的十額，顯示台 灣信徒不甘屈服於寺廟整理政策而發起的自救措施。同時，日本僧侶也對奉天宮 信徒做了以下的保證『信教自由是憲法所保障的國术權利。日本佛教絕不允許地 方官的侵犯。對於地方官的惡行可告知總督當局，亦可告知議員成為議會的問題，
追究其台灣統治的責任。』後來，經過雙方協調郡方同意尊重宗門對奉天宮的管 理，宗門則答應由廟中取走關帝像至楊梅庄合祀，才完成楊梅庄合祀祭典。」
429 陳玲蓉，《日據時期神道統治下的臺灣宗教政策》，頁 255。
430 參見宮崎直勝，《孝廟神の昇天》（東都書籍株式會社，初版，1942 年 12 月），頁 30、37-44、
100。
431 橫森久美，〈台湾における神社—皇术化政策との關連において〉，頁 206。
432 宮崎直勝，《孝廟神の昇天》，頁 45-53。
由這段記載可以發現台灣人术為了自救只好暫時棲身於日本佛教團體之下，
日本僧侶亦向當地信眾宣稱憲法有保障「信教自由」，也教導台灣人术可以透過議 會政治或行政上越級申訴之途徑亵保護權益。但也發現當時對於「宗教自由」的 保護還是需要仰賴政治上之實力。