在教育基本法第五條第二項規定：「教育經費之編列應予以保障；其編列與 保障之方式，另以法律定之。」為保障教育經費的編列，政府於民國八十九年十 二月十三日公布「教育經費編列與管理法」，並訂於公布後一年實施。根據此法 規第十四條規定：「地方政府所屬學校得設置校務發展基金，其設置辦法由主管 教育行政機關定之。」至此，國民小學校務發展基金的設置有了明確的法源依據，
其主管單位為地方政府，設置辦法由地方主管教育機關訂定。
根據規定「教育經費編列與管理法」其公布至實施日期為一年，此法規對教 育經費的問題有多項改革，其中對國民教育經費的編列與收支改變最大者當屬
「台中市教育發展基金」的創辦。為協調全市教育經費運作屬性的一致性，台中 市教育局先編列「台中市教育發展基金收支保管及運用自治條例（草案）」，於送 市議會審查時，市議會要求第八條增列要求台中市政府於九十一年六月三十日前 制定「學校校務發展基金設置自治條例」送審。
根據此一條款，教育局緊鑼密鼓加緊辦理起草「學校校務發展基金設置自治 條例」的相關事宜。除參考北高兩市的經驗外，也舉辦市內座談會，邀請台中市 議員兩名、國民小學家長會長一名、台中市家長協會理事長、前校長協會理事長、
台中市政府財主單位及學校校長、總務和主計人員等參與。
教育局在綜合公聽會以及市議會對於「台中市教育發展基金收支保管及運用 自治條例（草案）」所提意見後，基於教育專業的立場提出「學校校務發展基金 設置自治條例」草案之簽呈，主計單位基於不同專業立場更有不同的看法，以下 說明台中市教育局國教課與主計室對於校務發展基金設立的爭議問題（台中市政 府教育局，民 91），焦點主要是校務發展基金的屬性問題、會計人員是否兼辦該
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業務以及午餐費、代收代辦費是否納入基金的問題。午餐費、代收代辦費與校務 發展基金設置屬性有關，一併討論。下列整理教育局、國教課、會計室等三個單 位間公文往來情形，以瞭解法條設置的背景與立意：
一、校務發展基金的屬性，宜跳脫預算法公務基金的模式
（一）國教課立場：
國教課強調授權學校財政自主，及鼓勵自籌財源，故以跳脫預算法公務基金 的模式為原則。基於校務發展基金的設置目的為結合社區資源協助教育發展，鼓 勵學校自籌經費，以補足市庫之不足，且基金來源為捐款與代收代付款（含孳息）
兩項（「台中市教育發展基金收支保管及運用自治條例（草案）」第三條），都非 屬於公庫支出，其意在要求市府免將「捐款收入」及「代收代付收入」納入預算，
家長捐款及代收代付之收支款項應脫離公務預算模式，由學校設置管理委員會自 主管理；倘循公務預算程序，則所得捐款需由市庫分配並送議會審查，年度剩餘 也需繳庫，無法滾存使用，降低學校募款意願；加上年度開始前需編訂預算書送 議會審議，預算作業將更形複雜，且增加會計人員業務量。基於強調校務發展基 金設置目的為增進學校財政自主，鼓勵學校自籌財源，為此應將校務發展基金的 運作模式跳脫公務基金的概念，由學校設置管理委員會自行管理。
（二）主計室立場
主計室認為校務發展基金仍應回歸預算法設置，循政府會計程序辦理，採附 屬單位預算特種基金模式研訂。所持理由是校務發展基金之設立符合「中央政府 特種基金管理準則」之規定，其設立法源為「教育基本法」與「教育經費編列與 管理法」，基金設置目的應該是「在有限財源下，經費公開、靈活及有效運用，
以提昇教育品質。」故基金設置應符合「中央政府特種基金管理準則」之規定，
對於基金的收支保管及運用均應載明：基金設置目的、基金性質、基金來源、基
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金用途、預決算處理程序、財務事務處理程序、會計事務處理程序及其他事項。
並主張：
1.「捐贈」需歸入各級政府之公庫。因依財政收支劃分法第二十九條規定：
「各級政府所有營業之盈餘、所受之捐贈或贈與及其他合法之收入，除法律另有 規定外，應分別歸入各級政府之公庫。」
2.「代收款」仍應透過會計正常程序，並存入縣（市）庫之專戶存款帳戶。
理由是根據行政院所頒「縣市機關單位預算執行要點」三十條規定，各機關的保 管、代收、暫收、預收等款項，都應經會計程序，並存入縣（市）庫專戶，非經 縣（市）政府核准，不得挪移墊用。
3.主計室主張代辦費中之營養午餐費不應納入校務發展基金，其說明為：「營 養午餐等代辦經費依規定專款專用，倘有結餘款應檢討收費標準，減輕家長負 擔，而非結存留校供作其他用途」。此項較無爭議，最後教育局採主計室意見。
（三）教育局裁決
教育局最後裁決校務發展基金不應納入附屬單位預算，原因如下：
1.校務發展基金之設置應符合因地制宜的地方政府裁量權
根據「教育經費編列與管理法」第十四條規定為「得設置」，教育局認為既 規定為「得設置」，表示未限定設置之方式及性質，此即是考量因地制宜的需要，
給予地方政府裁量權決定。
2.與台中市教育發展基金功能重疊
校務發展基金之來源款項為家長捐款與代收代付，均非公庫預算，若需將校 務發展基金納入附屬單位預算，則台中市教育發展基金已具備此功能，不需另立 校務發展基金。
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3.捐款編入預算，小學校務發展基金形同虛設
校務發展基金之立法旨意在於落實權力下放，提升學校財政自主能力，與結 合民間力量來分擔政府財政責任。「捐款」若需編入預算送議會審查，會降低學 校募款意願，且違背立法原旨，學校也寧可以家長會專戶來替代校務發展基金，
如此一來，校務發展基金如同虛設。
對於此一爭議最後可自草案中發現，校務發展基金仍採預算法第四條第二款 之規定為「附屬單位預算之特種基金模式」。附屬單位預算與過去的單位預算編 列模式的差異在於：普通公務單位預算的性質是屬於固定預算，特種基金之附屬 單位預算則具有變動性，也就是較有彈性，超收得超支，收支並列，經費不受年 度預算額度之限制，在同一工作計畫中各用途別科目間經費得互相流用（人事 費、特別費、債務費、租金等受限制者除外），且沒有公庫統收統支的限制，年 度剩餘可以保留基金下年度運用（涂玉枝，民 91）。
至於家長捐款和代收代付之收支款項，依據台中市議會三讀通過之「台中市 教育發展基金收支保管及運用自治條例」中第三條規定，基金來源不含家長捐款 與代收代付之收支款項，教育局認為此意味著市議會要求將此兩項款項編入校務 發展基金，免納入預算。
二、學校會計人員應否兼辦小學校務發展基金的會計業務
主計室認為校務發展基金之會計工作不應由學校會計人員擔任，所提原因 為：「會計人員主要職責係依預算法、會計法、決算法及相關審計法規執行內部 審核工作，而本自治條例草案未依上揭規定訂定，倘會計工作由學校會計人員擔 任，無執行依據。」
至於校務發展基金的會計工作是否應由會計人員擔任，教育局認為會計人員 仍需參與，但並未直言應負擔的工作範圍「學校校務發展基金管理委員會負責預
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決算審查，其中不乏學校會計人員參與」。之後在草案結論中指出，校務發展基 金的會計工作仍需由會計辦理。