一、非所有業務均得予以量化
日本獨立行政法人制度與英國agency不同，並非以反覆從事大 量定型化業務為其主要對象，亦非以業務執行所需時間、勞力、費 用之減省等經濟上效率為其目的。尤其各國立研究所之實驗研究，
或國立博物館、美術館、病院等之研究及醫療等業務，無論是否達 到原來之成果，其效率得否以明確之數值表達，甚有疑問。此類業 務之成果多為「質」而非「量」之問題，忽略此種差異性，一概以 追求相同意義之「效率性」為目的，所設計出之具體制度，不可否 認具有相當大之誤謬。
獨立行政法人之「效率性」，與其說是財政上或成本效益概念 上之「效率性」，不如說是賦予其獨立法人格本身所帶來之「效率 性」。亦即由於獨立法人格之賦予，使其從隸屬於行政組織所產生 之種種桎梏中解脫出來之「效率性」，例如在組織構成、人事、業 務營運、財政等方面之自由度擴大，此種意義之效率性，始為重 要。然而另一方面，只要獨立行政法人未進一步民營化，繼續維持 獨立行政法人之組織型態，由於其所從事之業務本身仍屬「行政」
之一環，因而其業務之達成，理論上當然由內閣負最終之責任，又 其財政係由國家編列預算支應，自應有一定之監督機制，至於如何 行使監督或監督之範圍為何，則成問題。
二、行政精簡與效率提升不一定能劃上等號
獨立行政法人制度創設之目的，並非僅有國家行政之精簡而 已，亦試圖提升行政業務之效率。然而，「國家行政之精簡」與
「行政業務之效率」，兩者在論理上並不具必然關係，「國家行政
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之精簡」未必會提升「行政業務之效率」，而提升「行政業務之效 率」，並非一定得靠「國家行政之精簡」不可。
由於日本之獨立行政法人，其目的係將通常之行政組織中得民 營化之部分民營化，不能民營化之部分則盡可能改制為事業性組 織。本來應對所有行政組織要求之效率化問題，亦僅針對即將成為 獨立行政法人化對象之一部分組織強調，要求諸種效率化，以之為 是否得成立獨立行政法人之標準外，透過主管大臣於每一中期目標 期間所作之評價、措施，作為獨立行政法人組織應否改廢或民營化 之依據。就此意義而言，效率性之指標，似僅作為分離一部分行政 組織之手段。
三、兩類型獨立行政法人之區別標準並不明確
獨立行政法人職員之身分，與公務員並不相容，原應歸屬於非 公務員，但由於公務員之抵抗，政府為促使行政改革儘速順利完 成，避免因獨立行政法人制度問題未決而遭全面延宕，只好與行政 妥協，而將獨立行政法人兩類型化。因此將獨立行政法人兩類型 化，並無特殊理論依據，純屬政治妥協之產物。兩類型之區別標 準，在於有無滿足特定獨立行政法人之要件，即有無「其業務之停 滯將使國民生活或社會經濟之安定產生直接重大障礙」，及「其他 依該獨立行政法人之目的、業務之性質等綜合考量而認有對其理監 事及職員賦予國家公務員身分」之情形。
決定成立獨立行政法人之89個機關事務中，普通獨立行政法人 僅有貿易保險、通商產業研究所（均隸屬經濟產業省）、國立青年 之家、國立少年自然之家（均隸屬文部科學省）之四機關事務，其 餘95%均為特定獨立行政法人。是以應可推定其所遂行之業務，係 屬政府活動之一部分，似可將獨立行政法人定位為行政組織法論上 之行政主體。
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由於獨立行政法人係獨立於國家行政組織之外，且理論上職員 為非公務員，則獨立行政法人之對象事務及事業，自以「民間亦可 為之業務」為思考原點，排除國家權力行政活動，例如稅務行政、
許認可業務、登記業務、均在法人化業務範圍之外，而須大量處理 之定型化業務，亦排除在外。只有限定在實驗機構、研究機構、文 教研習機構、醫療福利機構等非權力行政活動。而英國agency係將 執行機能分離出來，對象業務大致上以較能完整實施之公部門為重 點，但未必限定於非權力行政活動，因此，即使是權力行政活動，
例如稅務行政，許認可業務，登記業務，亦agency化，其性質多屬 須大量處理之定型化業務，故其效率性，較易判斷。
四、國會不一定能從其報告或資料中作正確之判斷
通則法規定「向國會之報告等」（通則法第六十條）係於每事 業年度由特定獨立行政法人之首長，向主管大臣報告其專職之職員 數量，再由主管大臣每年向國會報告其專職之職員數量，但對特定 獨立行政法人以外之法人，其實際態樣、業務營運或評價委員會之 評價•意見等，及其他有關獨立行政法人之事項，如國會未要求，
則外界很可能無從得知其詳細內容。雖法訂有公布之制度，然除該 規定之事項以外，獨立行政法人如未提出正確及充分之報告或資 料，則國會不僅對相關獨立行政法人之預算、決算之審議，無從得 知是否適切，甚至對前述職員數量之報告亦無法作正確之判斷。
五、職員之任用得否確保其公正性
普通獨立行政法人之職員，由其首長依其所定基準加以任命
（通則法第二十六條），該任命之性質為何？並不明確，與「進 用」有何區別？是否僅為用語之問題？抑或有非得使用「任命」不
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可之理由？該「任命」與勞動基準法所定勞資對等之勞動契約間是 否有不同性質之處？不無疑義。至於「獨立行政法人首長所定基 準」，由於此類職員非屬國家公務員，故無基於一定業績加以任用 之制度性保障，獨立行政法人之進用，是否與現行國家公務員一 樣，應經公開平等之考試？得否防止人情關說或政治力介入之危 險？無從得知。同樣地，升遷亦有相同之問題，除人情關說外，是 否有因隸屬不同之勞動團體而在人事升遷上有差別待遇？亦為不可 忽略之問題。因而如何保障民主、公正之人事進用制度，即須視
「獨立行政法人首長所定基準」之內容而定。
至有關特定獨立行政法人職員之進用，中央省廳改革大綱規定
「一方面留意公正性及中立性之確保，另一方面與過去相比，擴大 獨立行政法人首長得依其判斷進用職員之範圍」，此規定與目前國 家公務員考試進用之現行職員進用情形有何不同？又其必要性為 何？如何確保獨立行政法人首長之判斷，具有公正性及中立性？另 外，無論特別職國家公務員或一般職之管理職員等，因其任用而與 所管廳之人事交流之問題。例如法人首長應具「關於該獨立行政法 人從事事務及事業，有高度知識及經驗者」（通則法第二十條）之 資格，此時如何確保人事之公正？即成問題。
六、職員之俸給得否客觀地反映其業績
普通獨立行政法人之報酬及其他待遇如何支給，通則法第六十 三條規定，應考慮該職員之勤務或業績加以支給，又依「給與及退 職津貼支給基準」規定，應「考慮該法人之業務業績，並適合社會 一般情勢」來決定。獨立行政法人業務業績究竟應如何評價，依其 業務性質之不同而有不同之標準，因而欲將其反映至其職員之報酬 本身，對原本即不以營利為目的之法人而言，根本不合理。又除個 人之業績在短期內，得以數字顯現之特殊情形外，一般僅能依主管
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（上司）之主觀評價為基準，其偏差對職場之集團士氣所造成之影 響，不容忽視。
至有關特定獨立行政法人之薪給，依中央省廳改革大綱規定與 現行職員相比，應採「更柔軟之機制」，然通則法規定應考量「國 家公務員之俸給、業務業績、預估人事費及其他事由」而加以確定
（通則法第一五七條）。究竟何謂「更柔軟」？不禁令人懷疑。
七、身分保障是否落實，服務規定是否合理
有關普通獨立行政法人職員之身分保障，中央省廳改革大綱
（一九九九年一月二十六日）規定「有關服務及懲戒，依就業規則 之規定」，如違反職員之意願而加以免職時之救濟措施為何？脫離 業績制度之結果，當然可以預見政治力介入人事（特別是幹部或管 理人員之情形），而是否有任何防護手段？抑或其真正目的不在身 分保障，而在得隨意更換不為當權者所中意之人？
有關職員之服務，中央省廳改革大綱規定「依業務之性質等以 法令課予一定獨立行政法人之職員，保守秘密之義務」，是否離職 後仍與國家公務員法規定之國家公務員一樣有守密義務。未置應與 私人企業隔離之規定，是否正當化與特定企業間之連帶關係？值得 吾人注意。
有關特定獨立行政法人職員之身分，當然影響其所提供之行政 服務品質，至於該影響以何種形態顯現？則值得吾人注意。獨立行 政法人成立後之業務營運，如何持續國家公務員法所規定之所謂
「對國民保障公務之民主且有效率之營運」之意旨？或僅重視效率 而不及其他。無論如何，均有必要自國民之立場，為「業績之評 價」。
有關行政主體之構成員，應賦予何種身分，在行政組織上常成 為問題，關於此，現行制度就特殊法人等有別於國家而具有獨立法
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人格之法人，並未賦予其職員具有國家公務員之地位。然而獨立行 政法人制度之創設，將使任職於法人中之國家公務員人數增加。獨
人格之法人，並未賦予其職員具有國家公務員之地位。然而獨立行 政法人制度之創設，將使任職於法人中之國家公務員人數增加。獨