第三章 材料與方法
第二節 實驗方法
四、 西方墨點法(western blot analysis)
(ㄧ)、蛋白質之製備
將 HT-29 細胞以 1×106cells/10 ml/dish 的細胞密度種於 10 cm dish,以含有 1%FBS 的 DMEM 培養 24 小時,給予溶於含有 10% FBS 的 DMEM 之化合物處理,再置於 5% CO2、37℃恆溫培養箱中培養。
將細胞刮下並收至離心管,於 4℃下以 3000 rpm 離心 10 分鐘,去除 上清液,加入 0.5 ml PBS 清洗細胞 3 次,於室溫下以 3000 rpm 離心 10 分鐘,去除上清液,加入 Lysis buffer 放冰上,每隔五分鐘 vortex 一次,重覆 6 次共 30 分鐘後,於 4℃下以 12000 rpm 離心 5 分鐘,
收集細胞上清液,將上清液置於-80 度冰箱備用。
Lysis buffer 配製
M-PER@ Mammalian Protein Extraction Reagent 250 μl phosphate inhibitor 1 μl
protease inhibitor 1 μl
(二)、蛋白質定量
使用 Bio-Rad protein assay kit 進行蛋白質含量之分析,以牛血清 蛋白(bovine serum albumin,BSA)作為標準品並製作標準曲線,利 用酵素免疫分析儀(ELISA reader)在波長 590 nm 下測吸光值,並求 出趨勢線方程式及 r2值(r2值需> 0.95)。將蛋白質標準品稀釋成濃度 0、0.25、0.5、0.75、1、1.25 mg/ml,分別取 10 μl 後,加入 490 μl Bradford 染劑(需 5 倍稀釋)混合均勻,每 well 加入 100 μl 染劑(四重複)
呈色,反應 10 分鐘。
蛋白質標準品配製
10 mg/ml BSA(l) 1X PBS Buffer(l) 最終濃度(mg/ml)
0 150 0
3.8 146.2 0.25
7.5 142.5 0.5
11 139 0.75
15 135 1
19 131 1.25
5X 稀釋 Protein assay dye 配製
Bradford 染劑 2 ml
D.D. water 8 ml
(三)、樣品蛋白質的定量
取出3 μl 蛋白質樣品與 27 μl 的 PBS 稀釋 10 倍,於 96 well plate 中,每 well 加入稀釋好的 10 μl 蛋白質樣品,再加入 490 μl 染劑(四 重複)呈色。根據標準曲線的回歸公式,計算細胞蛋白質樣品液中蛋 白質含量。
(四)、聚丙烯醯胺膠體電泳(SDS-PAGE eletrophoresis)
1. 下層膠(separating gel):根據蛋白質分子量大小與各蛋白質之間 分離效果,選擇適當濃度之膠體,故 acrylamide/Bis 最終濃度可為 12 和 15%。
separating gel 配製
Separation gel(10 ml) 12% 15%
Acrylamide(30 %) 4 ml 5 ml Tris(1.5 M,pH 8.8) 2.5 ml 2.5 ml SDS(10%) 0.1 ml 0.1 ml APS(10%) 0.1 ml 0.1 ml TEMED 0.004 ml 0.004 ml M.Q. water 3.3 ml 2.3 ml
2. 上層膠(stacking gel):膠體中 acrylamide/Bis 最終濃度為 5%。
stacking gel 配製
stacking gel(3 ml) 5%
Acrylamide(30 %) 0.5 ml Tris(1.0 M,pH 6.8) 0.38 ml SDS(10%) 0.03 ml APS(10%) 0.03 ml
TEMED 0.003 ml
M.Q. water 2.1 ml
3. 蛋白質樣品製備:取適當之細胞蛋白質樣品液與 6 倍的 Loading dye 混和後置於 100℃水中煮沸 10 分鐘,置於冰上備用。
6X SDS gel loading dye 配製
2-mercaptoethanol 0.6 ml
SDS 1 g
Bromphenol Blue 1.2 mg 100% glycerol 3 ml
M.Q. water 2.9 ml
將以上成分混合溶解後,取 1 ml 出來再加入 1 M 的 DTT 1.5ml
4. 電泳條件:於電泳槽中倒入 1X running buffer(以水將 10X 稀釋成 1X running buffer),再將等量樣品與標準分子量 marker 分別注入各樣 品槽中,固定電流為 60 mA,固定電壓為 100 V,電泳時間約為 2 小 時。
10X running buffer 配製:
Glycine 187.7 g 過)、濾紙,類似三明治夾層,置於轉印緩衝液(1X transfer buffer),
使蛋白質由膠片(負極)往 PVDF 膜(正極)方向移動。固定電流為 400 mA,轉印時間為 1.5 至 2 小時。
1X transfer buffer 配製:
Tris-base 3.03 g
Glycine 14.4 g
100% methanol 200 ml
M.Q. water 加 800 ml 並調 pH 值 pH8.1-8.4
6. 免疫螢光之偵測:PVDF 膜置於含 5% non-fat milk 之 TBST 緩衝 液中,於室溫進行 blocking 2 小時。經 blocking 過的 PVDF 膜以 TBST 清洗 5 分鐘,重複 3~5 次。加入稀釋之一級抗體,於 4℃下反應過夜
(至少 16 小時),以 TBST 清洗 5 分鐘,重複 3~5 次。再加入適當稀 釋之二級抗體,並於室溫下反應 1 小時後,以 TBST 清洗 5 分鐘,重 複 3~5 次,最後將 HRP substrate 與 HRP substrate peroxidase soluation 以 1:1 比例混合,使樣本發出螢光後,利用 X-ray film 進行感光成 像,並利用 Image J 影像軟體(USA National Institutes of Health,NIH)
進行分析。
TBST buffer 配製:
NaCl 43.875 g
Tris-base 12.114 g
Tween 20 5 ml
M.Q. water 加至 5 liters 並調 pH 值 7.4