生物資訊軟體應用

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1032學期課程基本資料/Course Information 系所

系所 / 年級年級生醫系 2年級課號課號 / 班別班別 I4U00966 / A 學分數

學分數 3學分選選 / 必修必修選修

科目中文名稱

科目中文名稱生物資訊軟體應用科目英文名稱科目英文名稱 Bioinformatics Software Application 主要授課老師

主要授課老師詹雯玲開課期間開課期間一學年之下學期

人數上限

人數上限 21 人已選人數已選人數 17人

起始週 / 結束週 / 上課地點 / 上課時間第1週 / 第18週 / H219 / 星期4第5節第1週 / 第18週 / H219 / 星期4第6節第1週 / 第18週 / H219 / 星期4第7節請各位同學遵守智慧財產權觀念；請勿非法影印。

Please observe Intellectual Property Rights (IPR), not to make illegal copies.

教學綱要/syllabus

第一部分/Part I(※依課程委員會審議之內容決議填入)

一、教學目標所一、教學目標所要達成之能力培要達成之能力培養項目養項目: [依據課程委員會依據課程委員會審議通過之課程審議通過之課程與基本素養與基本素養/核心核心能力關聯表填寫能力關聯表填寫]

Item 基本素養/核心能力 Core Literacy/Core Competencies 相關性 Relevance 高度相關中度相關

1 具備生物、醫學、資訊及數學基礎理論能力 .

2 善盡社會責任具備電腦分析基礎理論與實作能力 . .

3 具備邏輯分析與程式設計能力 .

4 具備團隊協調合作之能力 . .

5 擁有使用及開發資訊技術來分析解決相關問題之能力 .

6 具備學習生醫資訊相關新知和因應領域發展趨勢之能力 . .

7 具備人文通識與專業倫理認知之能力 . .

二、教學目標二、教學目標 (Objective)

1.認知面：[使學生理解、應用、分析、綜合、比較、推論、評估本課程之理論與概念]：

生物資訊軟體應用主要介紹各種生物資料庫及其分析工具,透過一個個研究案例, 啟發學生思考並做整合性之推論, 進而熟悉各式資料庫與工具之使用. 最後應用於研究上.

2.技能面[使學生能獲得運用與實做本課程理論與概念之技巧]：

習得各種生物資料庫/工具之使用, 並實際應用於生物資訊研究分析.

3.情意面[能引發學生對本課程之興趣，激發學生學習動機，增加觸類旁通與自主學習]：

配合上課內容, 設計各種研究案例供學生練習. 激發學生思考與學習之動機. 另配合課程內容, 由學生分組報告專題, 產生良性同儕競爭, 增加自主學習.

三、符合教學目三、符合教學目標之課程內容設標之課程內容設計

計

1. 利用Moodle學習平台, 前1-2周將教材上傳, 供學生預習. 2. 設計課程相關案例, 於下周上課時請同學回覆, 督促學生課前預習. 3. 翻轉教學 4. 配合課程內容, 將學生分組進行專題報告. 以訓練學生簡報能力及同儕良性競爭之學習.

四、先修科目四、先修科目 (Pre Course)

無

第二部分/Part II 一、多元教學方

一、多元教學方法

法 (Teaching Method)

由學生自訂學習目標與抱負水準案例或故事討論講述

學生課後書面報告

小組討論學生上台報告腦力激盪

學生實作角色演練習題練習影片欣賞與

討論

採訪 e化教學審議式民主觀察與資料

收集

一分鐘回饋磨課師課程翻轉教學其他

企業參訪與課程有關之實務

學習

見習實習

協同教學服務學習課程其他系課程委員會核定之實務學習

項目

二、多元教學方二、多元教學方法與教育目標的法與教育目標的連結

連結

您所勾選之教學方法與何種基本素養/核心能力有關?

1 3 5 1.案例或故事討論

2.講述

3.學生課後書面報告

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4.小組討論

5.學生上台報告

6.腦力激盪

7.學生實作

8.習題練習

9.e化教學

10.一分鐘回饋

11.翻轉教學

三、參考書目三、參考書目 (Reference) [符合教學目標之符合教學目標之參考書目參考書目]

1. 生物資訊輕輕鬆鬆學合記圖書出版社 2. 基礎生物資訊實務李炎編著藝軒出版社 3. 醫學生物資訊學合記圖書出版社四、教學進度

四、教學進度 (Syllabi) [符合教學目標之符合教學目標之教學進度教學進度]

教學進度與何種基本素養/核心能力有關?

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2015/2/26 課程介紹生物資訊學簡介分子生物學簡介 Introduction of Biology and Bioinformatics.

詹雯玲

2015/3/5 三大基因資料庫 NCBI DDBJ EMBL

Introduction of Genome Databases, such as NCBI, DDBJ and EMBL.

詹雯玲

2015/3/12 序列的產生與分析 1. 如何抓取單/多筆序列? 2. 如何分析單/

多筆序列?

How to catch and analyze the sequences? 1. single seq. 2. multiple seq.

詹雯玲

2015/3/19 人類基因庫之應用 1. GenBank 2. EST 3. SNP 4. OMIM 5. GEO Application of human gene bank. 1. GenBank 2. EST 3. SNP 4.

OMIM 5. GEO

詹雯玲

2015/3/26 特定功能資料庫之介紹 1. UCSC 2. Ensembl 3. ENCODE 4 GeneCards 5. TRANSFAC 6. COSMIC

Introduction of specific functional databases. 1. UCSC 2. Ensembl 3. ENCODE 4 GeneCards 5. TRANSFAC 6. COSMIC

詹雯玲

2015/4/2 基因分析工具 1. gene structure 2. promoter 3. exon, intron, 3'- UTR 4. coding, non-coding 5. ncRNA, siRNA, lncRNA 6. repeat The tools for studying the function of genes. 1. gene structure 2.

promoter 3. exon, intron, 3'-UTR 4. coding, non-coding 5.

ncRNA, siRNA, lncRNA 6. repeat

詹雯玲

2015/4/9 基因表現分析 1. microarray analysis 2. NGS (Next Generation Sequencing)analysis

Gene expression profiles 1. microarray analysis 2. NGS (Next Generation Sequencing)analysis

詹雯玲

2015/4/16 基因功能分析 1. gene annotation 2. gene ontology 3. pathway analysis 4. metabolism analysis

詹雯玲

2015/4/23 期中考 Midterm test

詹雯玲

2015/4/30 其他有用的生物工具 1. primer designed 2. restriction enzyme designed 3. phylogenetics tree

Other tools 1. primer designed 2. restriction enzyme designed 3.

phylogenetics tree

詹雯玲

2015/5/7 蛋白質資料庫及工具分析 1. 2D/3D 2. protein interaction 3.

drug designed

詹雯玲

2015/5/14 研究案例實作1 Research issue 1

詹雯玲

2015/5/21 研究案例實作2 學生專題報告 Research issue 2 project presentation

詹雯玲

2015/6/25 期末考 Final test

詹雯玲

五、多元評量方五、多元評量方法

法 (Evaluation) [所勾選評量方法所勾選評量方法之評分加總之評分加總為為100分分]

評量方式分數評量方式分數

實作測驗 0 期中筆試 0

0 0

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為

為100分分] 隨堂筆試測驗 0 期末筆試 0

小組作業 0 期中報告 20

服務日誌 0 期末報告 20

口試 0 專題報告 30

個人上台報告 10 實作作品與反思 0

小組上台報告 0 前後測比較進步與成長 0

出席狀況 10 課堂參與與表現 10

心得與反思報告 0 其他 0

六、多元評量方六、多元評量方法與教育目標的法與教育目標的連結

連結

您所勾選之評量方法與何種基本素養/核心能力有關?

1 3 5 1.期中報告

2.期末報告

3.專題報告

4.個人上台報告

5.出席狀況

6.課堂參與與表現

七、講義位七、講義位址址(http://)

http://moodle.asia.edu.tw/dlcmoodle/course/view.php?id=1544

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