建立蝴蝶蘭全基因體序列之支架(scaffold)–蝴蝶蘭實質輿圖與基因輿圖

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國立成功大學「邁向頂尖大學計畫」

　 　 延攬優秀人才工作報告表

NCKU’s “Aim for the Top University Project”

Work Report Form for Distinguished Scholars

□續聘

■離職

Name of the Employee

黃天祥

Male Female 聘 期 Period of Employment from 100 年(y) 8 月(m) 1 日(d) to 100 年(y) 12 月(m) 31 日(d) 研究或教學或科技研發與 管理計畫名稱

The project title of research, teaching, technology development and management

建 立 蝴 蝶 蘭 全 基 因 體 序 列 之 支 架 (scaffold)–蝴蝶蘭實質輿圖與基因 輿圖 計畫主持人 （申請單位主管） Project Investigator (Head of Department/Center)

陳虹樺

Grant Number

HUA100-3-9-315

一、

（由受聘人填寫）

Please summarize the entire research, teaching, or science and technology R&D and management work process (To be

completed by the employee)

這段期間的主要工作是為建立蝴蝶蘭全基因體定序的奠基工作，將經由目前所發展之高通量定序技 術(High throughput genome sequencing technology: 454, Roche; Solexa, Illumina; SOLiD, ABI) 所產生大量序列資料藉由資料庫進行大量序列資料的處理與進一步的分析，例如整合舊有資料庫-蘭花轉錄因子基因庫、蘭花花苞轉錄因子基因庫、蘭花轉錄因子基因庫等資訊。因此除了建立資料 分析平台的系統，主要完成大量 Expressed sequence tag (EST)序列的分析工作：共有 236,185 條 EST 序列，而其中的 10,628 序列進行重組分析，得到 4,368 Contigs，其比例分析如下圖所示：

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其序列分析摘要如圖(二)

再以大量圖形表達其序列組合情況，提供其他生物領域同仁進行重點選擇，最後共挑選出 22 張圖做 為更進一步分析的依據，如下圖所示：

除了將序列直接進行分析，並同時藉由資訊擷取技術，將序列賦予基因本體論(Gene Ontolgoy)的註 解與 KEGG Pathway 的映射(mapping)，由於資料過多，因此僅截取部分成果如下圖所示:

3 由於序列資料是區分為五個蘭科亞種，每個亞種各有兩個品種，因此再針對每個品種藉由 GO Slim 的來進行 GO 註解的分類，以其中一個品種為成果範例: GO Term 序列數目 所佔比例 ER 880 0.00475034 Golgi apparatus 831 0.00448583 cell wall 1031 0.00556545 chloroplast 5952 0.03212955 cytosol 1435 0.00774629 extracellular 553 0.00298516 mitochondria 2183 0.01178408 nucleus 4488 0.02422672 other cellular components 3044 0.01643185 other cytoplasmic components 6334 0.03419163 other intracellular components 7987 0.04311471 other membranes 5814 0.03138462 plasma membrane 5207 0.02810796 plastid 2402 0.01296626 ribosome 371 0.00200270 unknown cellular components 7457 0.04025371

此外還進行了一些生物資訊分析，例如基因微陣列資料之分類，以及高通量序列資料與基因微陣列 資料之資訊連結等。由於所有資料已進行論文撰寫、準備投稿中，題目暫定為「Evolutionary trend of Orchid floral development revealed by flower transcriptome derived from ten species」， 因此詳細分析結果在此不再贅述。而以上所進行之所有資訊技術分析皆在新建立之 Linux 伺服器上 進行。

二、

由計畫主持人或單位主管填寫

Please evaluate the performance of research, teaching or science and technology R&D and management Work: (To be completed

by Project Investigator or Head of Department/Center)

(1)是否達到延攬預期目標？

Has the expected goal of recruitment been achieved?

已達到延攬預期目標。

(2)研究或教學或科技研發與管理的方法、專業知識及進度如何？

What are the methods, professional knowledge, and progress of the research, teaching, or R&D and management work?

黃天祥博士具嚴謹之科學研究特質，並有自我管理之績效，且與其他生物領域同仁合作愉快，其專業 知識明顯足以應付計畫進行之所需，因此最終能得到令人滿意之成果，所以其於受補助期間的工作成 果實屬優異。

(3)受延攬人之研究或教學或科技研發與管理成果對該計畫(或貴單位)助益如何？

How have the research, teaching, or R&D and management results of the employed person given benefit to the project (or your unit)?

黃天祥博士的生物資訊專長適當地補足本單位研究能量上之不足，尤其是其亦同時具備統計分析專 長，因此在本單位之其他研究計劃之進行上也能常常給予非常好的協助與建議。

(4)受延攬人於補助期間對貴單位或國內相關學術科技領域助益如何？

How has the employed person, during his or her term of employment, benefited your unit or the relevant domestic academic field?

本單位之研究計劃產出資料經常是非常大量的，黃天祥博士能適時應用資訊技術與統計分析來協助研 究計劃之進行，因此對於本單位之研究計劃的執行有著實質的幫助，且同時較容易取得顯著之研究成 果以及減少研究進行所需耗費之人工，因此其於補助期間對本單位助益良多。

(5)具體工作績效或研究或教學或科技研發與管理成果：

Please describe the specific work performance, or the results of research, teaching, or R&D and management work:

黃天祥博士於補助期間已完成一篇國際期刊論文撰寫，其他工作成果並可再後續整理後，預計能再多 發表一篇國際期刊論文，因此研究成果實屬豐碩。

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(6)

是否續聘受聘人?

■續聘

□不續聘

※ 此報告表篇幅以三～四頁為原則。This report form should be limited to 3-4 pages in principle.

※ 此表格可上延攬優秀人才成果報告繳交說明網頁下載。