七月初，兩岸關係再度晴天霹靂。李登輝於七月九日在接受「德國之聲」廣播公 司訪問時說，一九九一年的修憲，將憲法的地域效力限縮在台灣，並承認中華 人民共和國在大陸統治權的合法性；九二年的憲改更進一步規定總統、副總統由 台灣人民直接選舉，「使所建構出來的國家機關只代表台灣人民，國家權力統治
的正當性也只來自台灣人民的授權，與中國大陸人完全無關」。
所以，李登輝強調，九一年修憲以來，「已將兩岸關係定位在國家與國家，至少 是特殊的國與國的關係」；正因為定位在特殊的國與國關係，所以沒有宣布台灣 獨立的必要。
海峽對岸在一陣錯愕後，反應極為激烈。先是由中共中央台辦、國台辦發言人十 一日晚間透過中央電視台，直接點名批評李登輝，「公然把兩岸關係歪曲為國與 國關係，暴露其一貫蓄意分裂中國領土和主權的政治本質」，中共「嚴正警告台 灣分裂勢力，立即懸崖勒馬，放棄玩火行動，停止分裂活動」。
十二日，陸委會主委蘇起再表示，今後台灣將不再使用「對等政治實體」和「一 個中國」，以及海基會董事長辜振甫也為「特殊的國與國關係」作說明後，香港 媒體報導中共可能在台灣海峽進行軍事演習，台灣股市立即暴跌二百五十九點。
兩岸關係急劇惡化。汪道涵十二日也要求辜振甫，澄清先前所說兩會會談是「國 與國會談」的說法，因為這樣的說法使海基會與海協會的「接觸、交流、對話的基 礎不復存在」。
接著，十三日，再傳出台灣將透過友邦向聯合國提案宣示兩國論，在國際宣傳 上，把兩岸定位為「國對國」或「一族兩國」。中共中央政治局此時再經思考後定 出反應基調，把特殊兩國論定位為李登輝個人意見，決定暫時不採演習等大動 作，但要表達強烈態度，觀察未來發展。大陸方面要求辜振甫「給個說法」，汪 道涵訪台之事因而延宕下來。
柯林頓政府的反應，則是對兩國論「深感不解」。由於在台協會台北辦事處處長 張戴佑結束在台三年任期，十四日面見李登輝禮貌性辭行，在會談中，李登輝 仍強調，他提出特殊兩國論並不代表台灣的大陸政策有「根本的」改變；他日前 的說法主要是從現實、法律、歷史的角度，進一步將兩岸關係的定位講得更清楚 明確。李登輝認為，就長期來看，這對兩岸關係有積極而正面的意義。
可能張戴佑為柯林頓政府傳遞了重要訊息給李登輝，此後，李登輝並不刻意強 調兩岸是特殊國與國關係，反而一再否認要搞台獨。
十八日晚間，柯林頓主動提議與江澤民通電話，江澤民自是痛批李登輝，而柯 林頓則表示美國的「一個中國政策」並沒有任何改變。由於台灣海峽上空已有中 共軍機的不尋常活動，數度傳出越過海峽中線；加上美國的反應顯然傾向不支 持特殊兩國論，李登輝於廿日下午在總統府召集高層會議，確定特殊國與國關 係的「內涵」，強調兩岸談判並非國對國談判，中華民國並沒有放棄統一的目標
廿一日，美國宣布，原訂的軍事訪問團將延後來台。
美國政府派出在台協會理事主席卜睿哲於廿二日抵達台灣，會見了台灣相關人 士。李登輝向卜睿哲說明：「中華民國推動建設性對話與良性交流的大陸政策，
並沒有任何改變……特殊兩國論絕對不是台獨；對於台獨，我是堅決反對的。」
據說，卜睿哲帶來美方一分書面提示，精準標明美方各項政策立場，並由卜睿 哲當面逐句向我方宣讀；其層次遠高於國務院，直達白宮柯林頓總統。台灣除說 明特殊兩國論的內涵，也向美方「保證」不會修憲，或修改諸如國統綱領、兩岸 人民關係條例等相關法律。
據說，美方關切的是台灣為何選擇此一時機發布，以及事先為何未知會美方
（許多支持台灣的美國人士相當在意此點）；台灣方面的說法是，為因應汪道 涵即將來訪，兩岸即將展開政治對話，台灣有必要在此之前就兩岸定位做出釐 清。
經過慎重的研究，辜振甫於七月卅日舉行記者會說明，李登輝提出特殊兩國論 是為了奠定兩岸對等的基礎，以提升對話層次，進而建立民主和平的機制；這 個政治宣示其實等同「一個中國，各自表述」，兩岸站在這個基礎就是對等的，
便可進行政治對話、談判。
辜振甫的談話稿在下午二時記者會的同時傳真至北京海協會，可是，下午五時 許海協會將談話稿「退回」海基會。海協會並致函表示：「貴會所傳『談話稿』已嚴 重違背一九九二年兩會關於『海峽兩岸均堅持一個中國原則』的共識，我會不予 接收，現予退回。」儘管台灣方面多次申明歡迎汪道涵訪台，但大陸方面根本不 願回應，兩岸對話暫時中斷。
九九年亞太經合會在紐西蘭舉行，美國國務卿歐布萊特九月九日和中共外長唐 家璇舉行雙邊會談，談及台海問題時，歐布萊特重申美方對兩岸政策的「三個支 柱」──對「一個中國」政策的堅定支持、對兩岸必須有直接對話的信念、對兩岸 歧異以和平方式解決的不變利益。唐家璇則說：「……李登輝他就是中美關係能 不能得到發展的一個障礙，也可以說是最大的絆腳石。」
柯林頓在十一日與江澤民會面時對江說，李登輝發表的「特殊國與國關係」聲明 已經給中共和美國帶來「更多困難」；但如果中共要訴諸武力，將在美國「造成 嚴重後果」。到此時，美國的立場已很明確，不支持台灣的特殊兩國論，但也不 願意讓中共誤會為在美中台三角關係中，美國已傾中共的一方；美國不希望因 此事影響台海的穩定。
緊接著亞太經合會之後，這年的第五十四屆聯合國大會總務委員會十五日審查 議程，經三個半小時的激烈辯論，台北參與聯合國提案第七度闖關失敗。由於這 次提案首度蘊函特殊兩國論的精神，兩岸各自強力動員，有六十八國針對此案 發言；不過，更不妙的是，美、英、法三國打破六年來的沈默，首度在總務委員 會中發言，間接或直接表達不支持此案。中共駐聯合國大使秦華孫會後說：「李 登輝的兩國論在國際沒有市場，今天的會議是對李登輝兩國論的沈重打擊。」
的確，自一九九三年台灣正式推動參與聯合國以來，美、英、法三國從未在總務 委員會討論台灣參與聯合國提案時表態，因此，這項轉變深具政治意義；情勢 變得對台灣極為不利，因為，加上中共及俄羅斯一貫發言反對，聯合國五個常 任理事國均反對台灣參與聯合國，或「有意見」。雖然，李登輝還要說兩國論「鬧 得越大越好」，可讓國際上瞭解台灣的處境；不過，「李登輝路線」經過九九年 聯合國大會的這次嚴重挫敗，外交部長胡志強承認，「台灣目前已進入暴風雨階 段」。
李登輝為何在汪道涵可望訪台之前提出特殊兩國論？李登輝曾說這是經過一年 多縝密研究的結果，可是，在特殊兩國論提出後，中共與美國相繼做了反應，
而台灣方面的各種應對卻是立場一退再退，最後退到原點「一個中國，各自表 述」，還在聯合國遭到重大挫敗；這樣的結果，任誰也不會相信這是經過縝密研 究的，否則就是幕僚實在太差。
然而，從郭婉容在北京亞銀年會起立聆聽中共國歌，到江丙坤在西雅圖說出「以 一個中國為指向的階段性兩個中國政策」，再到辜振甫在上海重提「波茨坦宣 言」，特殊兩國論的提出其實有跡可循：如果，在汪道涵訪台提出一個中國時，
辜振甫以特殊兩國論為應對，這是兩岸的「政治對話」，中共不能有意見，美國 也不會意見；這才是經過縝密研究的策略，是一個「上策」。因此，很可能是在 幕僚研究出這個「上策」後，李登輝心裏藏不住話的個性，使它提前曝光；而糟 糕的是，蘇起等人又急著「闡釋」李登輝的說法，致使事情鬧得難以收拾。
台灣在外交上遭到挫敗，兩岸關係也暫時冰凍，中共寄望台灣選出第十任總統 後，兩岸關係可能有所轉機。一九九九年九月廿一日台灣發生集集大震，遭到重 大的損失。江澤民很快發表關切台灣同胞的談話，也很快提出賑災行動，但中共 藉機主張對台主權，卻使台灣人民極為反感。這表示，中共的舊思維，已越來越 不能適應兩岸關係的新發展了。