第三章 研究流程與方法
第二節 研究方法與內容
本研究系統的內容創建主要模式是以成員間協同合作而成，達到知識的快速 建構與知識管理的效果。而系統中的文獻內容是以醫學文獻資料組成，來源主要 為 PubMed 資料庫，因此我們使用 MeSH 語彙作文章分類，以便使用者查找與專 家管理者維護。接著將組織完畢的知識內容透過主題地圖的方式，呈現視覺化的 知識架構，讓使用者輕易地了解概念架構與瀏覽，而核心系統是以 CMS 建置，
利用 CMS 管理醫學專家團隊的知識內容。圖 15 為本研究之研究架構圖：
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圖 15 研究架構圖
醫學專家在 PubMed 查找文獻後，將系統提供的整合文獻資料如 PMID List、
XML 等文字檔案匯入系統，匯入與編輯完成後即可看文章的摘要、作者、年份 等內容，而系統會對照內容自動給予標籤，可使用者參考。而專家管理者可以依 照自己團隊的需求修改與新增 MeSH 分類架構，接者系統開發者依照網站分類 架構的改變週期性地更新主題地圖，以提供使用者回饋。以下圖 16 為系統架構 圖。圖中的資料處理到資料呈現的圖例，虛線外框的「自動擷取 MeSH terms」
與「產生醫學領域主題地圖」圖形是本研究自行撰寫的模組，其餘皆為本研究的 研究工具本身提供的功能，非本研究自行撰寫。
內容管理
協同合作 知識組織
知識建構 書目資料來源
知識分類 主題地圖 Drupal CMS
MeSH PubMed 生醫
索引資料庫
Druap 內部模組 擷取&匯入書目資料
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PubMed ID List 文字檔匯入
直接鍵入 或
Endnote BibTeX 匯入
使用者給 關鍵字 自動擷取
MeSH terms
31 Endnote BibTeX 格式匯入或自行手動建立新文章。
b. 從台灣博碩士論文資料庫查詢該四間大學的職治系碩士論文，共 160 (http://www.cmsmatrix.org/)網站的統計目前多達上百種的 CMS 在發行，有部分是 屬於免費、開放原始碼(OpenSource)的應用軟體供網站開發者使用，常見的如 XOOPS、Wordpress、joomla!和 Drupal 等等。而本研究選用的 Drupal 是在一個 具有高擴展性核心(Core)上搭載各式各樣的模組(Module)組織建構一個網站系 統。根據 Drupal 官方網站統計，目前開發社群中約有 1 萬 5 千名開發員，另外 有 76 萬 Drupal 的愛好者分布在 228 個國家，共有 181 種語言，以上官方資料可 見 Drupal 在世界上已佔有一席之地，並逐漸影響網站開發。而國內目前使用的
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社群相較於其他國家，雖然不算普遍，但目前已有 Drupal Taiwan 正體中文支援 站與官方網站做資訊連結，站內的社群成員們不僅熱心將系統核心及模組中文 化，另外也常常舉辦「DrupalCamp」進行技術的交流與共享。因此相較其他 CMS，
Drupal 被網站建置技術人員公認是另一種更進階、應用性更廣的開放原始碼的內 容管理系統，其他的 CMS 如 joomla!比較偏向建置商業網站的方向，Wordpress 較屬於建置個人部落格，而本研究欲建置一個基於 MeSH 來做文獻分類的系統，
在 Drupal 中分類(Taxonomy)、次分類(Term)模組的功能可以替本研究達到文章分 類和將 MeSH 複雜的階層架構經過整理後移置到系統裏頭，是其他 CMS 難以輕 易做到的。
Drupal 是用 PHP 程式語言開發，網頁伺服器為 Apache，資料庫管理系統是 MySQL。具有 PHP 程式設計能力者都可以參與開發、使用。Drupal 在一個具有 高擴展性核心(Core)上搭載各式各樣的模組(Module)組織建構一個網站系統。而 Drupal 的基本概念、相關模組與它的系統環境分別以下列表格(表 5、表 6 與表 7)所示：
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34 Integration 等
可由作者、關鍵字、年份等分類 檢索文獻內容，可匯入 PMID List、PubMed XML、Endnote XML 等等的檔案。
使用者介 面
使用者友善介面工具：
jquery ui、WYSIWYG、
CKEditor、automodal 等
提供使用者更友善及流暢的畫面
作業系統 Windows 7 Enterprise SP1
程式語言 PHP5.4.4
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PMID 擷取 PubMed 資料庫對應的書目資料，回填至本研究的系統當中，可不用 將對應的欄位一一填寫，而關鍵字一樣限定使用 MeSH 的詞彙。操作流程見圖 17。
圖 17 使用者操作流程 4.管理流程：
在本研究系統中，管理者分為專家管理者與系統開發者。專家管理者主要在 檢視網站所有內容以及維護系統開發者提供處理過後的分類詞彙，任務為修改內 容錯誤，篩選、過濾不必要的分類及修改權重等，並提供詞彙之間的關聯給系統 開發者。系統管理者將專家提供的分類架構再重新匯入到系統並自動轉換成 XTM 檔到 Omnigator 系統做資料視覺化，供使用者們瀏覽。圖 18 為系統開發者
使用者
選擇檔案類型 選擇書目類型
檔案匯入 手動建立
選擇檔案 填寫對應欄位
匯入系統 填寫書目資料
a.檔案匯入 b.手動建立
送出文章 選擇編輯
方式
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管理路徑，圖 19 為專家管理者的管理路徑。以上的圖稱為「循序圖」，是屬於 統一塑模語言(Unified modeling language ;UML)的其中一種圖，它主要是表達當 使用者下達一個指令時，系統內部物件動作的情況以及回傳什麼樣的訊息或畫面 給管理者。圖中實線箭頭為管理者下達指令，虛線箭頭是系統回傳的訊息。
圖 18 系統開發者管理流程
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圖 19 專家管理系統內容之流程
二、 匯入與維護知識架構
圖 20 資料分割與匯入流程
在美國國家醫學圖書館(National Library of Medicine;NLM)官方網站有釋出 MeSH 的檔案，有 XML、ASCII code、MARC 的格式供開發者應用，詞彙全是
MeSH
詞彙
架構
Term_hierarchy Term_data分割 匯入
資料庫
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英文。而匯入的步驟首先是分析 Druapl 分類模組的資料結構後，接著分割 MeSH 的樹狀架構為 term_data 和 term_hierarchy 資料表，term_data 之用途是儲存次分 類名稱，term_hierarchy 是建立詞彙的階層架構。完成後將 CSV 檔後匯入到 Drupal 資料庫中對應名稱的資料表，而這些資料會與 MeSH 的主分類(Vocabulary)的流 水號－vid 產生關聯，因此看見在主分類 MeSH 底下，會有相當多的次分類，而 每 個 次 分 類 有 自 己 的 流 水 號 － tid 。 建 立 分 類 架 構 的 資 料 表 就 是 依 照 term_hierarchy 中 tid 與它的父節點欄位－parent 建立出來的，所以只要把每個次 分類父節點之 tid 值填入到 parent 欄位即可完成匯入。其餘欄位名稱儲存的資料 亦不同，如 name 欄位是儲存分類的名稱，這些名稱必須為英文名稱，另外 description 是相關描述，weight 則是該分類的權重。
以上動作完成後，文章會以 MeSH 為基礎做標籤、分類。日後假如使用者 有新的概念與加入分類，直接在編輯頁面輸入關鍵字即可，這些資料也會載入至 資料庫中，而 LCSH 的匯入方式也如同 MeSH。匯入流程見圖 20，MeSH 的資 料表關聯圖見圖 21。
圖 21 與 MeSH 相關的系統資料關聯圖
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三、 在系統中呈現主題地圖
圖 22 主題地圖產生之流程
將研究團隊知識架構經過本研究作資料處理，將資料整理至符合主題地圖 TAO 元素的概念後，將 txt 檔運用本研究自行撰寫的程式自動轉成.XTM 檔，接 著 XTM 檔案匯入 Omnigator 並點選 Omnigator 的視覺化網頁。將其視覺化網頁 以 HTML 語法中的 iframe 標籤功能和 CSS 語法調整後，嵌入至本研究的系統中，
提供使用者瀏覽(見圖 23)。採用嵌入的方法是因為 Omnigator 與 Drupal 是兩個 異質的系統，所以必須靠一些網頁語法來嵌入 Omnigator 的頁面，統一呈現在系 統頁面上。在這頁面可以在當前的主題做簡易搜尋，或可看該主題的屬性，更可
.txt
.xtm 自動生成主 題地圖模組
Omnigator 資料庫
系統中呈現主 題地圖
以 iframe 嵌 入及 CSS 調整
置入
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查找相關文章連結，而系統管理員維護主題地圖的方式則是在 Omnigator 中直接 把原本的.XTM 檔取代並重新載入，即可在網頁上看到更新過後的主題地圖，產 生流程見圖 22。
為了能夠迅速找出知識架構的重點，系統提供生各種角度檢視主題地圖，在 圖 24 中紅框部分為系統產生之連結。而預設主要的角度分別為作者/教師(見圖 25)、一般使用者如博、碩士(見圖 26)及從 MeSH terms/關鍵字(見圖 27)，如此 一來使用者檢視網站內容的分布、檢視領域知識架構及觀察作者與文章間的關係 時就相當容易了。
圖 23 在系統網頁中呈現主題地圖
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圖 24 文章底下會產生主題地圖之連結
圖 25 查看作者/教師著作之主題地圖
圖 26 以一般使用者的角度查看主題地圖
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圖 27 以 MeSH terms/關鍵詞查看主題地圖 綜合以上，本研究建置的系統主要特色有以下，
1.匯入文章
研究者不用花太多時間新增、輸入文獻，只要把在 PubMed 產生出的 PMID List、Endnote BibTeX 或者 XML 文件透過匯入功能，系統就會把文獻書目資料 填到對應的欄位中。
2.編輯內容時可再新增、匯入文獻並增加為參考文獻
如果在編輯內容時，研究者突然想新增新的文獻，可以在左欄點選立即新增 文獻區塊中的任一個連結，它會呈現文獻輸入、匯入的頁面，並且它會覆蓋目前 編輯的頁面，不影響剛剛輸入的內容。而完成後可立即將剛新增的文獻成為相關 文獻。
3.使用者可依個人需求觀看不同面向之主題地圖
一個知識地圖的面向繁多，而系統會提供作者、關鍵字及發佈者的預設角 度，讓使用者在尋找時可以較快速的檢視主題地圖，以達到迅速了解主題地圖的 架構。
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