醫學領域專家建構知識之研究 -以PubMed為例

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(1)國立臺灣師範大學圖書資訊學研究所碩士學位論文. 指導教授：謝建成博士. 醫學領域專家建構知識之研究 -以 PubMed 為例 A Study on the Constructing Knowledge of Medical Experts - the Example of PubMed. 研究生：曹琮閔撰. 中華民國一 ○ 三年一月.

(2) 誌謝在做研究的過程中，經歷了許多挑戰與阻礙，但能順利地畢業真的是透過許多人的鼓勵與幫助才能完成。首先要感謝的是我的指導老師，從尋找論文題目、通過多益門檻到最後的論文發表，就算過程中有多次的挫敗，老師還是一樣的正向勉勵與萬般包容，讓學生感動至極，最後終不負老師的寄望，順利通過多益門檻，取得學位論文口試資格。中間要感謝我的學長姐、同學與學弟妹們，平時互相幫忙與關心彼此的論文進度，同舟共濟的感覺，讓我感到溫暖。像是欣郿同學、忠諺和恆毅學長很熱心的幫助我論文系統建置，芳伶、智惠學姊幫我修改論文的不當語句，淳彥同學、依婷、庭豪和楊娃學弟妹很關心我的英文考取情況。另外也很感謝所上所有的老師和同學關心我的英文考取情況，考了十次終於不負眾望通過了！你們的關心，真是我前進的最大動力！最後感謝我的家人，一直在背後默默的支持，替我解決很多較繁瑣的事情。尤其是父母從小到大辛苦賺錢供養小孩念書，最後我終於順利完成碩士學位，父母也能夠揚眉吐氣，少一分牽掛了。. 琮閔 2014 年 1 月謹誌. I.

(3) 摘要本研究主要藉由內容管理系統(Content management system；CMS)建置，基於醫學主題詞表(Medical subject headings；MeSH)之知識管理系統，協助醫學領域專家建構及管理個人或群體之研究知識內容，並以主題地圖(Topic map)呈現其間之關聯與涵蓋範疇。本研究個案以台灣部分醫學大學職能治療系所教師著作清單與學生已發表之碩士論文，而以上為系統內容之依據。另外為了展現系統的可移植性(Portability)，本研究實作另一個圖書資訊學領域之個案，內容主要包含三位資深教授近十年來發表之指導學生論文，系統分類將原本的 MeSH 變換成美國國會圖書館主題詞表(Library of congress subject headings; LCSH)。而主題地圖部分，系統提供數種的瀏覽面向，如個人、群體、主題或文獻等，以視覺化方式瀏覽其所對應相關知識領域於 MeSH 中所涵蓋範圍之主題地圖。最後利用系統使用性量表(System usability scale; SUS)評估本研究系統的使用性是否合乎一般使用性基準。. 關鍵詞：內容管理系統、主題地圖、PubMed、醫學主題詞表. II.

(4) Abstract This study aims to help medicine experts build up and manage individual’s or group’s knowledge structure contents by establishing a knowledge management system which is based on Medical subject headings. Furthermore we use topic map to display their relations and ranges. Our research cases are part of teachers reference lists and published master’s theses of department of Occupation Therapy in Taiwan. Also, the system contents are in accordance with above bibliographies. In addition, in order to show system portability, we implement other Library Science case. This case mainly includes students’ published master’s theses of three senior professors in decade. The system taxonomy replaces MeSH with Library of congress subject headings.In the topic maps part, our system provides several browsing views such as individuals, groups, topics or bibliographies, and browse topic maps which is related in MeSH by visual way. Finally, we use system usability scale to evaluate whether our system usability meets general usability standards or not.. Keywords: Content management system, Topic map, PubMed, Medical subject headings. III.

(5) 目次第一章緒論................................................................................................................ 1 第一節. 研究背景與動機........................................................................................ 1. 第二節. 研究目的.................................................................................................... 2. 第三節. 研究範圍與限制........................................................................................ 3. 第二章文獻探討........................................................................................................ 4 第一節. 知識管理.................................................................................................... 4. 第二節. 協同合作.................................................................................................... 8. 第三節. PubMed 醫學資料庫與 MeSH................................................................ 10. 第四節. 主題地圖.................................................................................................. 16. 第五節. 內容管理系統.......................................................................................... 21. 第六節. 系統使用性量表...................................................................................... 23. 第三章研究流程與方法.......................................................................................... 26 第一節. 研究流程.................................................................................................. 27. 第二節. 研究方法與內容...................................................................................... 28. 第四章研究實作結果.............................................................................................. 43 第一節. 知識建構系統功能架構.......................................................................... 43. 第二節. 資料處理.................................................................................................. 46. 第三節. 研究個案.................................................................................................. 47. 第四節. 系統使用性分析...................................................................................... 50. 第五章結論與未來研究建議.................................................................................. 52 第一節. 結論.......................................................................................................... 52. 第二節. 未來研究建議.......................................................................................... 55. 參考文獻...................................................................................................................... 56 IV.

(6) 英文部分 .................................................................................................................. 56 中文部分 .................................................................................................................. 59 附錄一 ...................................................................................................................... 62 附錄二 ...................................................................................................................... 65. V.

(7) 表次表 1 知識螺旋過程之個別意義.............................................................................. 7 表 2 外顯、內隱知識分享策略 ............................................................................. 8 表 3 科學知識組織系統內涵 ............................................................................... 21 表 4 系統使用性量表的中文翻譯題目 ............................................................... 24 表 5 Drupal 基本概念表 ........................................................................................ 33 表 6 模組類別、項目與功能表 ........................................................................... 34 表 7 系統環境表 ................................................................................................... 34 表 8 各使用者填寫 SUS 的原始分數 .................................................................. 51 表 9 SUS 換算與總計之結果 ................................................................................ 51 表 10 謝建成、吳佳典系統與本研究系統特色 ................................................. 54. VI.

(8) 圖次圖 1 知識管理流程圖.............................................................................................. 5 圖 2 SECI Model ...................................................................................................... 7 圖 3 IDC 在 2002 年對公司的調查結果 .............................................................. 10 圖 4 以 PMID 查找 PubMed 資料庫之檢索結果................................................ 11 圖 5 方框部分皆可點選其他版本瀏覽 ............................................................... 12 圖 6 搜尋框中可輸入文獻初版的 PMID，即可找到初版的文獻 .................... 12 圖 7 簡易的 MeSH 架構圖 ................................................................................... 13 圖 8 MeSH Tree 架構............................................................................................. 15 圖 9 MeSH Tree 在 PubMed 的呈現樣貌 ............................................................. 16 圖 10 主題地圖三元素(TAO)的示意圖............................................................... 19 圖 11 主題地圖舉例圖 ......................................................................................... 20 圖 12 內容與資料、資訊、知識的關係圖 ......................................................... 22 圖 13 SUS 分數優劣量尺 ...................................................................................... 24 圖 14 本研究流程圖 ............................................................................................. 27 圖 15 研究架構圖 ................................................................................................. 29 圖 16 系統架構圖 ................................................................................................. 30 圖 17 使用者操作流程 ......................................................................................... 35 圖 18 系統開發者管理流程 ................................................................................. 36 圖 19 專家管理系統內容之流程 ......................................................................... 37 圖 20 資料分割與匯入流程 ................................................................................. 37 圖 21 與 MeSH 相關的系統資料關聯圖 ............................................................. 38 VII.

(9) 圖 22 主題地圖產生之流程 ................................................................................. 39 圖 23 在系統網頁中呈現主題地圖 ..................................................................... 40 圖 24 文章底下會產生主題地圖之連結 ............................................................. 41 圖 25 查看作者/教師著作之主題地圖 ................................................................ 41 圖 26 以一般使用者的角度查看主題地圖 .......................................................... 41 圖 27 以 MeSH terms/關鍵詞查看主題地圖 ....................................................... 42 圖 28 文章新增與查詢介面 ................................................................................. 44 圖 29 手動新增單一文章之表單 ......................................................................... 44 圖 30 利用 Endnote 匯出 BibTex 格式 ................................................................ 45 圖 31 介面匯入檔案畫面，方框為格式選項 ..................................................... 45 圖 32 點入後的單一文章檢視 ............................................................................. 46 圖 33 文字檔案與程式放在同一目錄下即可 ..................................................... 47 圖 34 以 LCSH 結合關鍵字的面向搜尋 ............................................................. 48 圖 35 以指導老師為中心尋找指導學生及論文 ................................................. 48 圖 36 檢視 LCSH 分類、文章與研究者的關係 ................................................. 48 圖 37 教師著作主題地圖－以高雄醫學大學為例 ............................................. 49 圖 38 學生碩士論文主題地圖－以高雄醫學大學為例 ..................................... 49 圖 39 兩校教師著作的主題地圖 ......................................................................... 50 圖 40 兩校碩士論文之主題地圖 ......................................................................... 50. VIII.

(10) 第一章. 緒論. 對研究者而言，尋找與閱讀文獻並且整理出研究領域知識是一件相當繁複的過程，很多研究者藉著書目管理軟體來協助整理，但若要很清楚地建構自己的知識還是有難度。目前文章分類的方式都是研究者依照自己的認知給予關鍵字，而在網路上常見的技術就是標籤(tag)系統。但它最大的問題就是詞彙的正確性與品質，以至於常常造成重複過多或過於口語化而難以做後續分析。有鑒於此，本研究欲開發一個基於嚴謹且公認的分類架構之專家領域知識管理系統，使書目內容能依循此架構進行分類，並以主題地圖(Topicmap)做資訊視覺化的形式呈現知識架構，讓往後的研究者能依循這個架構學習與探討。. 第一節. 研究背景與動機. 在一個知識迅速膨脹的時代，人們需要處理與組織大量的資訊，雖然現今資訊管理的理論與技術已有發展，如標籤系統、資料庫管理、詮釋資料、搜尋引擎等，但以標籤系統為例，若研究者無法明確把心中所想概念的轉化成一個單字、詞或片語的話，標籤功能等於無效，這並無法有效的建構知識。為了解決相關問題，目前網路共享與協作的機制越來越多，而線上協同合作就是目前可見的應用，例如維基百科(http://www.wikipedia.org/)的理念是將透過研究者交流、討論、標籤以及共同創造知識內容，而它認為在此循環過程下，知識的價值會越來越高。維基百科的出發點固然良好，但這樣的建構方法稍嫌鬆散，以至於系統內的知識正確性、權威性顯然不足。針對以上的問題，先前已有許多研究已有建置相關系統想要彌補，如謝建成、吳佳典(2010)所建置的 Wiki 協作系統是運用資訊架構的 IA Vocabulary(Information Architecture Vocabulary)定義語意關係且搭配啟發式規則(Heuristic rules)輔助判斷標籤與詞彙的階層關係，將所有使用者的文章 1.

(11) 分類後以主題地圖方式呈現。但這些標籤、詞彙的關係是由研究者們自行判斷，並沒有公認權威性，導致可能無法被其他同性質的社群接受。另外建立參考文獻與關鍵字註記的方式過於複雜，並不適合一般使用者使用，且若要瀏覽主題地圖的話，需在另一個系統中才能瀏覽，繁複的切換在使用上相當不便。所以本研究欲建置一個以內容管理系統(Content Management System; CMS) 為基礎的協作系統，並運用 CMS 的內容管理模組、功能提供一個更友善、易於使用的介面(如：匯入文章、自動標籤與點選參考文獻)，與運用用戶權限的調整與 Wiki 相關模組達到協作平台的虛擬環境，內容來源主要由 PubMed 醫學資料庫為主，引入的架構是依照美國國家醫學圖書館(The United States National Library of Medicine; NLM)所編彙的 MeSH(Medical subject headings)，架構完整並具穩固的權威性。另外在知識組織的部分也嵌入主題地圖頁面提供使用者瀏覽。如此一來，希望在完整的架構與友善的介面之下，能夠讓使用者更能提升知識建構的效率、完整性及正確性。. 第二節. 研究目的. 本研究希望運用 CMS 建置，藉著它本身已具備之完善內容管理流程，從發表、分享到最後的彙整與分類管理，皆透過易於操作的介面達成，並透過權限的控制，讓研究者能共同協作，以達到建構醫學領域研究者的知識架構，使知識更迅速的被了解與利用。因此對本研究來說，在 CMS 中主要關鍵模組是使用者 (User)、分類(Taxonomy)，使用者部分主要的功能是研究者個人帳戶與權限控管，分類則是提供標籤功能與標籤階層架構建立。而在本研究中，是將 MeSH 的樹狀架構拆解後匯入系統內之相關資料表中，讓系統以 MeSH 為基準達成文章分類。而標籤的品質再由領域專家管理者查看、修改與維護。為了讓內容以視覺化的方式呈現，本研究運用主題地圖(Topic Maps)呈現系統內容的知識架構圖，讓使用者能夠在圖形中瀏覽、搜尋相關概念與分析知識架 2.

(12) 構，相較於用文字與超文字(Hypertext)網頁如 html 來看，會有效率得多。而當系統中內容已飽和，意指使用者已確定知識完整的架構時，本研究會將主題地圖的結果以不同的面向(如：使用者、作者或關鍵字面向)呈現。另外為了使本研究能夠移植到不同領域，本研究實作另一個圖書資訊領域的研究個案。系統背後的架構從 MeSH 變更為圖書資訊領域的美國國會圖書館主題詞表(Library of congress subject headings; LCSH)，文章內容來源主要是三位圖書資訊領域三位資深教授近 10 年的指導學生論文，讓這些論文能以 LCSH 的詞彙來查詢。由目的衍生出的研究問題有以下： 1.引入公認的分類架構配合主題地圖的系統，是否符合使用者的使用性需求? 2.若欲應用至其他領域，本研究設計的系統是否可達成移植性?. 第三節. 研究範圍與限制. 首先從資料資源來看，目前醫學資料庫非常多樣，而本研究以提供免費使用的 PubMed 醫學期刊文獻索引摘要資料庫作為研究者書目資料的來源，以 MeSH 為基礎建置系統分類架構，將從 PubMed 下載之文章以 MeSH 架構做分類與標籤。而使用者群聚焦於某國立大學的研究生，讓他們透過本研究的系統創造屬於他們自己的專業知識架構與內容。在本研究的系統中，文獻匯入的方式主要以 PubMed 資料庫產生的 PubMed 唯一標識碼 (PubMed Unique Identifier; PMID) List 或 PubMed XML 檔為主要的匯入方式，系統會根據列表將對應的 PMID 文獻的內容填入到本研究的系統中，使用者若有應用類似 Endnote 5 的書目管理軟體，亦可匯出 XML 再匯入至本研究的系統。假如使用者欲建立一般書籍、期刊的文章，系統也提供表單讓使用者手動建置文獻資料。. 3.

(13) 第二章. 文獻探討. 為了確保研究者依附既有理論進行知識分享，首先會描述知識管理的基本定義及攸關協同合作的重要概念，其次探討協同合作的概念與行為，接著描述醫學資料資源，了解醫學如何把資料提供出來並如何做分類，而後為了整理研究者找到的文獻內容，利用主題地圖概念與視覺化的方式，讓使用者瀏覽主題地圖，最後會介紹內容管理系統與說明為何要使用內容管理系統做知識管理。. 第一節. 一、. 知識管理. 知識管理的定義. 知識管理(Knowledge Management; KM)已經是一個眾所皆知的名詞，從發展至今各學者給予很多不同的定義。在談到知識管理之前，先簡單定義何謂「知識」。知識可解釋成存在人類的心智模式或稱為參考架構內之事實、法則、理論或 know-how 等的動態混合體，而人類經由認知與學習獲得經驗，並藉此來做決策。而知識又分為外顯知識(Explicit knowledge)及內隱知識(Implicit knowledge)，前者是可透過文字、圖像、語言表達，並且容易被大眾所接受的一種法則。而內隱知識是無法用言語形容，只能靠親身體驗與日積月累之下才能體會的 (Davenport & Prusak, 1998)。知識管理的定義對 Petrash (1996)來說，是在合宜的時間(right time)把精確的資訊(right information)及時傳給需要的人(right person) ，讓其採取正確行動(right action)，發揮知識的效用。根據劉文良(2008)的「知識管理」書中呈現的知識管理流程如圖 1，是一種不斷加值的過程的，而本研究根據協同合作產生的知識組織、知識分享與創造在以下小節詳加描述。 4.

(14) 圖 1 知識管理流程圖資料來源：(知識管理。劉文良，2008). 二、. 知識組織. 1.知識組織的目的從知識管理的角度來看，「我們組織知識，是為了管理知識」，知識組織是為了使知識管理更有效率的基礎建設(Lambe，2007)，其實知識組織的活動就是人類進行整理、排序的動作，這些動作不外乎是為了讓我們能更了解這世界上的某些通則，更可能表現出自己獨特的另一種組織方式，成為表現個人特質的利器，讓自己更有價值；反之，若組織不當，但在與同儕分享過程中可能會遭遇困難，甚至背道而馳，因此要達到知識管理必須要有邏輯的組織才行。知識組織除了含有知識分享過程外，但同時也包含判斷因果關係、檢索取用的行為、辨別知識間的關聯等，而藉由知識組織能把知識管理的理念落實當下。 2.知識組織的策略依照知識的分類，有以下策略： a.外顯知識組織策略：目的在於將可記錄性知識運用恰當的知識組織整理後擴展出去，方便研究者親自與知識庫交流，進而取用知識進行再創，讓知識更有價值。 b.內隱知識組織策略： 5.

(15) 就如學開車一般，大家對開車的知識都不太相同，即便面對同樣的老師教導，內化後實行出來，並不會跟老師教導的一模一樣。人會因為自身的判斷、教育環境或人際關係而有不同的學習管道。因此不二法門就是熟能生巧，即可體會如何做內隱知識組織。. 三、. 知識分享與創造. 林東清(2009)認為知識分享是組織的成員間彼此透過各種管道交換、談論知識，透過知識的交流，擴大知識的利用價值並產生綜效以達到分享的目的。 Davenport & Prusak(1998)亦有提到知識是一種很特殊資產，只要予以適當的刺激與頻繁的交流將衍生出加乘效果的組織知識資產之累積。Dyer & Nobeoka(2000) 認為知識分享是協助研究者彼此的知識交換、提升雙方學習能力並提高組識目標或達成能力之相關活動者稱之。以下為知識分享的模式與策略： 1.知識分享模型 Nonaka & Takeuchi(1995)所提出的知識螺旋，亦稱 SECI Model(如圖 2)，含有以下四個過程：社會化、具體化、結合化、內部化；他們認為這是內隱及外顯知識分享的轉移過程與形式，四個流程的意義整理如表 1：. 6.

(16) 表 1 知識螺旋過程之個別意義模式. 意義. 社會化. 內隱知識轉換成內隱知識；透過經驗分享而達到創造內隱知識. (Socialization). 的過程，亦即不經過語言，而是靠學習者自己觀察、模仿而成為自己的內隱知識。. 具體化. 由內隱知識轉換成外顯知識；透過有意義的交談把內隱知識用. (Externalization) 言語形成外顯知識傳遞給他人，讓彼此間分享知識。結合化. 由外顯知識轉換成外顯知識；將具體的外顯知識和現有知識結. (Combination). 合，如檔案、討論會議、網際網路等，進行知識的交換並擴大知識的基礎。. 內部化. 由外顯知識轉換成內隱知識；學習新的外顯知識並轉換成內隱. (Internalization). 知識，變成個人的知識架構。. 圖 2 SECI Model 資料來源：Nonaka, I., Reinmoeller, P., & Senoo, D. (1998). TheART'of knowledge: Systems to capitalize on market knowledge. European management journal,16(6), 674.. 經過整理後，本研究歸納出獲得知識的方法如下： a.從觀察、模仿以及經驗傳承學習知識 b.由有經驗者將其經驗口述、記錄成文字等轉化內隱知識為實體的紀錄 c.和同伴討論以達到彼此的共識 7.

(17) d.利用已存在的知識、文件檔案經由閱讀吸收後，內化成個人的知識架構。由以上可得要落實知識管理首先要創造一個知識分享環境，使研究成員們透過上述的方法獲得知識，再將個人知識演繹與歸納並再分享，成為該研究團隊的整體知識。 2.知識分享策略邱子恆(2006)整理外顯、內隱知識分享有其不同的策略，整理如表 2：表 2 外顯、內隱知識分享策略外顯知識分享策略. 內隱知識分享策略. 有計劃的發展知識庫. 形成一致的企業文化和共識. 引進或轉移外部知識. 建立開放式的氣氛. 設置專責的知識管理部門，負責蒐集、運用網路及多媒體系統增進人際溝通整理、分析與使用. 效率. 利用網際網路或企業內部網路來傳播專案行的團隊管理知識發展標準的作業流程. 良好的教育訓練及學習機制. 開發專家系統與決策支援系統資料來源：知識管理與知識組織，邱子恆，2006，台北市：文華圖書管理。. 第二節. 協同合作. 知識的建構通常倚賴許多人的經歷、傳達以及時間累積而成的，而要建構一個專業領域知識，通常單靠一個人是無法確實的建立，也不夠主觀，因此有了協同合作(Collaboration)的概念產生。但在以往一個社群要一起建構知識得必須定期的碰面、開會討論等，才有可能將一個知識建構出來，不過現實生活上的阻礙相當多，往往造成會議後的效果不彰。而因為這個原因造就了線上協同合作的概念，只要建立一個平台提供成員協同合作的功能，不管成員何時何地都可以檢 8.

(18) 視、編輯平台上的文件，把社群的知識架構建立的更加完善，並達到傳承的效果。而協同合作的定義是一群專業領域研究者想達成某項計劃、工作任務，接著為共同目標一起合作的行為。協同合作團隊的形成多是以計畫方式，或是行政體系之正式編制為單位(謝珍妮，2010)。它的概念是針對一個共享的問題建立一個協調、共同的活動，來持續嘗試建構和維護在此共享問題上所產生的結果(盧冠廷，2007)。而其目的是藉由社群產生良好溝通進行知識分享，以進行研究團隊間知識創建與分享。而協作與合作的意義是天差地遠的，協作與合作主要差異在於協作是許多人完成一件一個人不能完成的事情；而合作是將一個人能獨立完成的一件事分配後完成。在國際數據資訊公司(International Data Corporation; IDC)2002 年度的知識管理目標調查中(如圖 3)，已經調查出企業營運最需要增強的就是公司內部協同合作的實施，原因是假如有良好的協同合作模式，不僅節省成本、增加效益，也替公司永續經營的目標打一劑強心針。有鑑於此調查，學術界同理也可將協同合作運用於知識組織上(謝建成、吳佳典，2010)，讓一群對某領域有興趣的研究者將閱讀過的文獻分類、整理以及分享彼此的心得，再將該領域的知識內容、架構共同創建出來，提供給有興趣的後續研究者，接著他們只要把這些內容吸收、內化後，再把自己當下獲得的知識補充上去，形成一種加值循環，讓知識架構能夠更穩固並順應時勢發展下去。. 9.

(19) 圖 3 IDC 在 2002 年對公司的調查結果資料來源：Introduction_to_Knowledge_Management. Retrieved May. 1, 2012, from http://www.unc.edu/~sunnyliu/inls258/Introduction_to_Knowledge_Management.html. 第三節. 一、. PubMed 醫學資料庫與 MeSH. PubMed 醫學資料庫. PubMed 是醫學期刊文獻索引摘要資料庫，它提供超過 2200 萬筆來自生命科學期刊、Medline 資料庫及線上資源。其核心主題為醫學，但也能查閱生物醫學相關資訊。PubMed 搜尋引擎隸屬於美國國家衛生研究院(National Institutes of Health; NIH)下的國家醫學圖書館，而 PubMed 資料庫中不包含期刊論文的全文，但可能提供超連結至免費或是付費的全文提供者。 PubMed 過去曾被許多學者進行相關研究，如楊淑華 (2009) 曾與 EMBASE.com 檢索 Medline 資料庫的比較研究，成果 PubMed 在詞彙分類以及檢出量均多過於 EMBASE.com；另外徐俊皓(2006)的研究中提出了一個 PubMed Smart 系統，希望找出基因本題論的隱含關鍵字，幫助使用者能提升查找的效率，更希望能夠改善 PubMed。 10.

(20) 而在 PubMed 中有提供一種識別資料(Identifier)提供檢索－PMID，它的功能就像是數位物件識別號(Digital Object Identifier; DOI)的文獻編號。DOI 是一套在數位環境下識別數位物件的機制，其動機在於補充統一資源標識符號(Uniform Resource Identifier;URI)指涉的統一資源定位器(Uniform Resource Locator; URL) 高變動性，且 URI 所表示的不是物件本身的資訊，只是資源所在地，而 DOI 能克服這些問題。其用來代表知識產權對象(實體的、數位的或抽象的)的名稱(/或英文、數字)，如電子期刊、影音資料，電子書等。而隨著時間流逝，數位物件內部的資訊、URL 可能會變化，但其 DOI 不會改變(賈東琴、董偉，2009)。而 PMID 的存在也是與 DOI 是非常相似的，只是本研究的數位環境侷限在 PubMed 資料庫中。 PMID 的使用方法就是在 PubMed 資料庫的搜尋框中輸入文章的 PMID(見圖 3)，每一個 PMID 都唯一對應其中一份文獻，讀者可以免費查閱文獻的標題、作者、摘要等。PMID 是一種流水號(serial number)，從 1 開始編號，目前最多到 8 個位數，每年約有一百萬筆書目資料被加入至 PubMed 中，在 PubMed 中是個相當實用的文獻編碼。. 圖 4 以 PMID 查找 PubMed 資料庫之檢索結果在 2012 年 2 月，PMID 亦對文獻做了版本控制，只要找到的文獻有被修訂過，在檢索結果、摘要及文獻頁面都可看見(見圖 4)。而在文獻頁面中可點選 11.

(21) Other version 檢視之前的版本，版本控制優點是研究者不用因為少許的修改得另外再填寫勘誤表，如作者的排序、新增或刪除作者等，都是版本控制的範圍。以檢索 20029611 的文獻為例，PubMed 檢索出來的文獻版本都是最新的，若想找被刪除的作者，必須檢查 PubMed 所提供的舊版本。另外研究者可以透過新版的文獻頁面去檢視，例如輸入以下編碼： 20029611.1，即可找到第一版(見圖 5)。. 圖 5 方框部分皆可點選其他版本瀏覽. 圖 6 搜尋框中可輸入文獻初版的 PMID，即可找到初版的文獻. 二、. MeSH. Medical Subject Headings 縮寫為 MeSH，是由 NLM 編彙的控制語彙表，中 12.

(22) 文為醫學主題詞表。而標題表(subject headings)是屬於主題編目，編目人員會根據圖書資訊主題的相關特性，解析其內容，使用一字、一詞或片語當作主題概念的呈現，並且將概念標示進行首字順進行排列，接著以廣義詞(broader term; BT)、狹義詞(narrower term; NT)、相關詞(related term; RT)等來表現詞彙間的關係(如圖 7)。藉著詞彙控制，可以使主題與概念間建立對應關係，而能夠達到依照主題來集中文獻之目的，同時亦可作資料查詢。但是每本書所討論的主題範圍或標題可能不只一個，所以標題表得將標題與其參照的關係要有順序地排列，如此才能夠幫助讀者自圖書館目錄中查詢關於某一主題的各種類型的館藏，另外在設計之初，就要將標題表用於分析文獻主題，這樣它就可作為資料庫系統控制詞彙的檢索工具（陳和琴，2003）。. 圖 7 簡易的 MeSH 架構圖 NLM 於 1954 年首次正式出版標題表 Subject Headings Authority List；1960 年由於 Index Medicus 的發行，全新的 MeSH 也隨之出版。MeSH 不斷地被各領域專家一起新增、刪除與修改，每年都有不同版本的 MeSH，目前最新版本為 2013 版本，此版架構有 12 個階層，有 26853 個主標目(main headings)、214000 個補充概念文獻與 213000 個參照註協助使用者尋找最適當專有名詞。MeSH 的功用除了用在館藏資料的主題編目外，亦可作為生物醫學方面之期刊文獻、圖書、視聽資料、電子資源等資源的分析工具，MeSH 也應用在 NLM 出版之 Medline/PubMed 資料庫主題檢索的索引。而 MeSH 的語彙有以下類型： 13.

(23) 1.Descriptors：也就是主標目(Main Headings)，用來描述主題或內容特性的語彙，標示資料涵蓋的內容主題為何。 2.Qualifiers：與上者配合使用的副標目(subheadings)，MeSH 中的副標目只有主題副標目 (topical qualifiers)。同一個主標目所連用的主題副標目基本上不超過三個。若超過三個以上，則採用單獨的主標目或者參考 Topical Subheading Hierarchies 以減少主題副標目的數量。 3.Geographics： MeSH 的地理複分，樹狀結構表的 Z 類 Geographic Locations 中有把它詳細的列出來。 4.Cross-References： MeSH 有三種參照註(Cross-References)， a. See References (see 與 X) 從 MeSH 不採用的 Entry terms 指向 MeSH 採用的語彙，例如： Cancer→Neoplasms(see) Neoplasms→Cancer(X) b. See Related References (see related 與 XR) 用以指出主題概念上相關的其他 descriptor，例如： Naval Medicine→Diving(see related) Diving→Naval Medicine(XR) c. Consider Also References (consider also) 主要用於解剖的 descriptor，用以指出語言學上相關的其他 descriptor，且通常是指出一組 descriptor 而非單一的 descriptor。例如： Brain→ CEREBR- and ENCEPHAL-(consider also terms at)。 14.

(24) 在 MeSH 目前有兩種呈現的方式(林敏雄，2007)：字母順序標題表(Alphabetic List)、樹狀結構標題表(Tree Strucures)，而樹狀結構在 NLM 的 MeSH 網站中有提供 MeSH Browser 或者可以在 PubMed 直接查找 MeSH 詞彙，即可查看樹狀結構標題表。此表是將 MeSH 所有標目分類呈現，用階層的架構表示詞彙間的上下關係，並以英文及數字代表來表示對應的樹節點(如圖 8)，甚至在 PubMed 中還可檢索出 Entry term 有哪些(如圖 9)。經過這些處理，讓 MeSH 的架構更為清晰並嚴謹，也是本研究導入此架構的主要原因。. 圖 8 MeSH Tree 架構. 15.

(25) 圖 9 MeSH Tree 在 PubMed 的呈現樣貌. 第四節. 一、. 主題地圖. 主題地圖歷史與定義. 本研究所選擇的工具－主題地圖，為圖形傳播學會(Graphic Communication Association,. GCA) ，現更名為. IDEAlliance ，為了改善複雜的. HyTime(Hypermedia/Time-based Structuring Language)，並將大量且無序的資訊建立其知識架構而贊助的研究計劃，提出「主題導航地圖」(Topic Navigation Maps) 的概念做為改善方法。國際標準組織(International Standard Organization; ISO)在 1996 年承接計劃後，並在 2000 年發佈成為 ISO/IEC 13250 標準，改名為主題地圖，由於 ISO 13250 採用 ISO 10744HyTime 標準來定義主題地圖的語法，是一個 SGML DTD，因此又被稱為 HyTime Topic Maps，簡稱 HyTM。但當初 HyTM 由 16.

(26) 於不是採用 XML(Extensible Markup Language)語法編製，造成應用上有許多限制。起初 XML 雖然可助於電腦的自動化處理，描述文件結構及幫助資料交換，但卻電腦無法透過標籤名稱了解語意。因此要在網路上架構出能表徵知識，另外幫助電腦自動推論的機制，就必須另尋它法加強 XML 語意交換，而主題地圖即可為本體論(Ontology)提供語意階層互通的機制，並適用於表達主題或概念間的關係(彭于軒，2008)。現代主題地圖的知識組織架構即是依循詮釋資料的應用為核心，並配合 XML 做為資料的轉換介面，以達成內外間的互轉與交換，而衍生出 XML Topic Maps 的語法，簡稱為 XTM，是主題地圖所採用的標準語法，以 XML 為基準來制訂，目前已發展至第二版，另外，網路上有提供一些免費、開放源碼的軟體讓使用者可以更為便利地建置或是瀏覽主題地圖，像是 TM4J、TM4L、Atop 是用來建置主題地圖的工具，而用來瀏覽的工具則有 Omnigator、Wandora 等。 XML Topic Maps(XTM)是主題地圖所採用的標準語法，以 XML 為基準來制訂，目前已發展至第二版，另外，網路上有提供一些免費、開放源碼的軟體讓使用者可以更為便利地建置或是瀏覽主題地圖，像是 TM4J、TM4L、Atop 是用來建置主題地圖的工具，而用來瀏覽的工具則有 Omnigator、Wandora 等。而主題地圖可以做到這麼複雜的呈現正是因為它是基於 XML 建構而成的，它本身已經具有 XML 的各種特性，而 XML 具備有以下的優點： 1.. 可擴展性可照使用者需求自定標籤與屬性，以便更進一步描述資料意義。. 2.. 結構性 XML 能表示資料庫綱要、描述各種複雜的文件結構及物件導向的階層架構。. 3.. 可確認性依使用者需求可包含一個語法規格(XMLSchema)，讓 XML 應用程式如. XMLSpy 對文件進行結構確認。兼具跨平台、重複利用、直接解讀性等特性。 17.

(27) ISO 13250 對主題地圖的定義為：「它是一套用來組織資訊的方法，使用這個方法可以提供最佳的資訊導航。」，是一種分散式的知識表示法，其結合圖書館學中之索引(Indexes)、術語彙編(Glossaries)與索引典(Thesaurus)的優點，以及語意網(Semantic Web)概念(林信成、歐陽慧、歐陽崇榮，2003)。主題地圖是可以協助人們進行資訊、知識組織，更有人將主題地圖稱為「紙本索引的線上版」。主題地圖的概念. 二、. 主題地圖的結構. 主題地圖的主要概念是”TAO”三元素(Steve Pepper，2000)： 1.. 主題(Topics) 「主題」是構成主題地圖的要素，也是知識的基本單位。不管抽象或是實體. 的概念，都可以是一個主題。而主題只能有一個唯一識別碼(Identifier)，但卻可擁有數個名稱(Name)，如基本名稱(Base name)、顯示名稱(Display name)和排序名稱(Sort name)，其中基本名稱為必要欄位，而其他欄位可視需求而增加。主題可以被歸類成群，稱為主題類型(Topic types )，亦是主題所歸屬的類別。單一主題可以隸屬一個以上的主題類型，主題類型在主題地圖中採用描述主題的方式予以定義。以圖 10 為例，主題分別是 Puccini、Lucca、Tosca 與 Madame Butterfly。 2.. 關聯(Association) 關聯主要指的是 Topic 之間的關係，像是肺癌是癌症的子集。它的主要功能. 是人類知識中將多個主題做關聯，讓整個主題地圖組織成知識網路(Knowledge network)，藉著主題與關連可以引申出許多內隱知識在裡頭。以圖 10 為例， Puccini 透過”born in”與 Lucca 主題有關連；另外 Puccini 亦透過”composed by” 與另外兩個主題 Tosca 及 Madame Butterfly 有關聯。 3.. 資源指引(Occurrences) 資源指引指的是將主題連接到在某個層面上可以視為與某特定主題相關資 18.

(28) 訊資源的所在位置，以求更進一步的描述某特定主題，一個主題能連結至一個或多個資訊資源，這些資源都是可透過 URI 識別的網路多媒體資源，譬如：聲音檔案、動畫檔案、文字圖片檔案等等，讓使用者可以從多個角度來認識這個主題。以圖 10 為例，虛線部分皆是主題所指向的資源指引。. 圖 10 主題地圖三元素(TAO)的示意圖資料來源：Pepper, S.(2003). ISO 13250:2002-Topic Maps: An international standard knowledge representation for humans and agents. Retrieved May. 28, 2012, from http://www.csc.liv.ac.uk/~valli/WG-Ontology/Helsinki/Id3-Ontopia.ppt. 假設我們將學校的名稱、校長及校長的學歷各當作是一個主題，並且將這些主題利用相關的關係把主題鏈結起來，如校長管理學校、校長擁有那些學歷。資源指引則像是學校的入口網站，是一個實體的資源位址。. 19.

(29) 管理. 校長. 學校取得. 擁有. 校長資歷. Knowledge layer Information layer. URI 圖 11 主題地圖舉例圖. 而在陳雪珠(2005)的研究中，整理了吳萬均、Hodge 及 Holger&Empolis 的知識組織系統，該研究發現 MeSH 應屬於科學文獻中的索引典系統(如表 3)，可以用主題地圖做本體論的管理，因此本研究確定使用主題地圖來呈現 MeSH 的整體架構。. 20.

(30) 表 3 科學知識組織系統內涵吳萬均的科學知識組織系統. Hodge. Holger&Empolis. 知識組織分項應用知識組織主題地圖的應系統系統用科學文獻等級分類系杜威十進分類法分類系統直接以主題地範疇統美國國會圖書館分圖作本體論管類法理國際十進分類法分面分類系專利知識地圖統索引典系統. 美國國會圖書館於關係詞群 1988 年將標題表改建. 科學術語. 字典、詞典、術語典術語集. 學科體系. 教科書. 在文件和內容管理的組織原. 百科全書. 則. 綜述、述評、評鑑、預測. 綜述、述評、評鑑、預測. 人工智能. 專家系統. 模控空間. 模控實境、虛擬實境、人工實境. 在企業知識管理的知識塑造. 資料來源：陳雪珠(2005)。應用主題地圖模型之知識組織方法。立德學報，2，107-120。. 第五節. 內容管理系統. 內容管理的定義很容易與知識管理混淆，吳信輝(2008)提及「內容管理就是知識管理的一部份」。內容管理的目的是讓使用者能很快地找到所需內容，例如：在系統中可以很快速的找到之前編輯的作品。然而以特性來說，兩者的差異在於內容可能是資料、是資訊的一部份，甚至內容也可能就是知識，例如：教學影片。. 21.

(31) 因此可以解釋為內容管理是知識管理的一部份。如圖 12 可以發現內容非結構化的特性造成它可能是一個資料、一個資訊或是一個知識，甚至三者的合體；也就是說，內容可能是資料、資訊和知識的交集，也可能只屬於其中一個(吳信輝，2008)。另外他更發現內容管理是知識管理的基礎，更是資訊管理的延伸，有關內容管理的研究是個趨勢，然而知識與科技持續地演進，內容管理即將不斷發展。. 圖 12 內容與資料、資訊、知識的關係圖資料來源：吳信輝（2008）。知識管理與程式觀點下的內容管理及內容管理系統（上）。中研院通訊中心電子學報。檢自：http://newsletter.ascc.sinica.edu.tw/news/read_news.php?nid=1368. 本研究使用的 CMS 在目前是建置網站上相當風行的，它能很容易地將資料整理後，依照某種脈絡呈現給使用者，方便查找資料，對系統開發者而言也是快速建立網站的工具，不需使用網頁語言(如 HTML)調整文字或自行切割表格。因此它常常被應用到網際網路中的原因，是其能協助系統開發者或系統管理員以更簡易的方法，輕鬆建置與管理心目中想要的網站架構與內容。CMS 是能將相關內容集中儲存並具有群組管理、版本控制等功能，是因為它本身是一種中央儲存器(Central Repository) ，其中版本控制是內容管理系統的一個主要優勢。它在物品、文案或資料的儲存、掌管、修訂(盤存)、語用充實、文件發行等方面有著廣泛的應用。. 22.

(32) 第六節. 系統使用性量表. 完成一個完整的系統後，面臨的將是系統評估的議題，然而本研究引用系統使用性量表(System usability scale ;SUS) 來做為系統評估的方法，以下將描述 SUS 的緣由、題目與計分方式，最後敘述樣本抽樣與統計方式。系統使用性量表是 Brooke 於 1986 年在英國工作時所發展的，此量表是一個在網站使用性上常用的主觀感受量表，是一種簡易、便利又快速的五等第量表。此量表針對網站使用性提出 10 個問題計分，而計算出來的分數可以評估一個網站使用性的好壞與否，而這分數被稱作「SUS 分數」。SUS 分數代表使用者對系統使用性的綜合評量，可以用來作為不同系統之間使用性的比較。但每題的個別分數並不具意義，不應被比較或作為其他用途。首先取得各題的原始分數，它是一個 1 到 5 之間的數字，而後計算各題的應得分數。計算方式是將量表的題目分為兩組。第一組為第 1、3、5、7、9 題，只要把各題的原始分數減去 1，即可得到各題應得分數。第二組為第 2、4、6、8、10 題。用 5 減去各題的原始分數便可得到各題應得分數，兩組地應得分數是一個 0 到 4 之間的數字。最後計算總分的方法是將各題的應得分數相加，再乘上 2.5 即可，總分是一個 0 到 100 之間的數字。. 23.

(33) 表 4 系統使用性量表的中文翻譯題目題號. 內容. 1 2 3 4 5 6. 我會想要經常造訪這個網站。我覺得設計過於複雜。我認為這個網站容易使用。我覺得使用這個網站時可能需要一些技術上的協助。我覺得這個網站將很多功能整合得很好。我認為這個網站缺乏一致性。我認為大多數使用者都能快速了解如何使用這個網站。. 7 8 9 10. 我覺得這個網站使用上很麻煩。我對這個網站感到信任。我需要很多額外學習才能順利使用這個網站。. 資料來源：Brooke, J. (1996), “SUS: A ‘quick and dirty’ usability scale,” Usability Evaluation in Industry, p. 192. 而結算出來的 SUS 分數，在 Aaron、Philip 和 James (2009)做了一份 SUS 分數的對應量尺(如)，上列有三個接受範圍，分別是接受範圍(Acceptability ranges)、級別尺度(Grade scale)與感官評量(Adjective ratings)，底下則是相對應的 SUS 分數。以感官評量為例，SUS 分數若介在 25 到 39 分代表很糟，介於 40 到 51 分代表不好以及 51 分到 72 分則代表可接受等以此類推。綜觀三者來看，系統使用性若要達到一般標準，SUS 分數必須高於 60 分才算是符合使用性的基準。在 Sauro(2013)的文章也調查了 500 個不同的系統中，平均的 SUS 分數在 68 分。所以若一個系統若要符合使用性的基本要求，SUS 分數須高於 68 分較恰當。. 圖 13 SUS 分數優劣量尺資料來源：Aaron, B., Philip, K. & James, M. (2009). Determining What Individual SUS Scores Mean: Adding an Adjective Rating Scale. Journal of Usability Studies, 4(3), 121. 24.

(34) 得到此量表後，面臨的將是樣本數與 SUS 分數平均問題，此問題在 Sauro(2013)已有提出相關的數據與統計方式，樣本數最好可以抽 5 個即可，過多或過少皆不宜。SUS 分數則是受到使用者本身使用系統經驗的影響，但本研究進行測試前，會先向使用者說明本系統的建置目的與主要功能，並且給予使用者手冊翻閱，在起點上所有使用者是平等的，所以在 SUS 分數統計上使用敘述性統計即可，無權重問題。. 25.

(35) 第三章. 研究流程與方法. 本研究的流程與方法分為兩個小節，第一節為整體研究的流程，從動機與目的、使用者需求分析、文獻探討與尋找研究工具、完成系統建置與測試、系統評估與系統上線，直到最後蒐集研究結果把論文撰寫完成；第二節為研究架構描述、系統架構的呈現，最後描述系統建置過程、核心觀念與相關功能呈現。. 26.

(36) 第一節. 研究流程. 確定研究動機與目的. 文獻探討與尋找研究工具. 使用者需求分析. 建置系統. 系統測試與除錯. 系統評估. 系統上線與維護產出並呈現結果撰寫論文圖 14 本研究流程圖如圖 14 所示，本研究首先確認建置此系統的動機與目的，然後閱讀有關本研究欲探討的領域文獻，並同時尋找建置系統的相關研究工具，如建置 CMS 的工具是 Drupal，瀏覽主題地圖的工具是 Omnigator。在建置系統前會先做使用者需求分析，此階段只要再找出使用者在編輯與瀏覽系統時可能需要那些功能，將它們建置出來。在建置系統的過程，需要留意系統的功能與介面是否需要調整樣 27.

(37) 式、修改不合理處與程式除錯。完成系統功能與介面後，本研究找了些許使用者替系統作評估，評估的方法是使用系統過後填寫系統使用性量表，而此量表可以使本研究初步了解系統是否能夠給大部分的使用者流暢使用。前面的流程是替本研究的系統上線作準備，當完成以上動作，使用者就可以在本系統註冊帳號並正式啟用本系統，使用者們可以把自己欲研究、閱讀過或喜歡的文獻書目輸入在本系統中。當資料已達到足夠的數量時，本系統與系統管理者會將內容加以整理後，以主題地圖的方式呈現給使用者們瀏覽，取代過去網站瀏覽的方式，最後本研究會把所有成果作整理，撰寫成論文供參考。. 第二節. 研究方法與內容. 本研究系統的內容創建主要模式是以成員間協同合作而成，達到知識的快速建構與知識管理的效果。而系統中的文獻內容是以醫學文獻資料組成，來源主要為 PubMed 資料庫，因此我們使用 MeSH 語彙作文章分類，以便使用者查找與專家管理者維護。接著將組織完畢的知識內容透過主題地圖的方式，呈現視覺化的知識架構，讓使用者輕易地了解概念架構與瀏覽，而核心系統是以 CMS 建置，利用 CMS 管理醫學專家團隊的知識內容。圖 15 為本研究之研究架構圖：. 28.

(38) 書目資料來源 PubMed 生醫索引資料庫內容管理. Druap 內部模組擷取&匯入書目資料. 知識組織 Drupal CMS. 主題地圖. 知識分類 MeSH. 協同合作. 知識建構. 圖 15 研究架構圖醫學專家在 PubMed 查找文獻後，將系統提供的整合文獻資料如 PMID List、 XML 等文字檔案匯入系統，匯入與編輯完成後即可看文章的摘要、作者、年份等內容，而系統會對照內容自動給予標籤，可使用者參考。而專家管理者可以依照自己團隊的需求修改與新增 MeSH 分類架構，接者系統開發者依照網站分類架構的改變週期性地更新主題地圖，以提供使用者回饋。以下圖 16 為系統架構圖。圖中的資料處理到資料呈現的圖例，虛線外框的「自動擷取 MeSH terms」與「產生醫學領域主題地圖」圖形是本研究自行撰寫的模組，其餘皆為本研究的研究工具本身提供的功能，非本研究自行撰寫。. 29.

(39) 實體資料其他資料庫. PubMed 資料庫. 文獻原始書目. 資料處理. 非 PubMed. PubMed. 直接鍵入或 Endnote BibTeX 匯入. PubMed ID List 文字檔匯入. 1.查詢使用者給關鍵字. 自動擷取 MeSH terms. 2.選定. 直接加入. MeSH 主題詞表. 專家審核. 醫學專家知識資料庫. 資料呈現. 產生醫學領域主題地圖. 醫學文獻主題地圖. 應用領域. 醫學領域知識結構圖例說明：外框實線部分：研究工具支援之功能外框虛線部分：本研究自行撰寫程式圖 16 系統架構圖 30.

(40) 一、. 建置專家知識管理系統. 本研究系統是一個可以將某一研究領域的相關文獻集結在內容管理系統中，然後藉著 Drupal 內容管理系統的內部分類模組將文章依據 MeSH 做文章、文獻分類，其他該領域的研究者見到常用的 MeSH 詞彙時，自然可以找到想要的資料。在本研究系統將以系統內容中的研究領域、內容來源、系統與平台技術、知識組織、管理流程來一一描述： 1.. 內容來源：主要的來源如以下： a.. 蒐集四所職治系系所網站的部分教師著作清單，文獻清單內若有被 PubMed 收錄者可透過 PMID 匯入系統，其他必須藉由 XML 或者 Endnote BibTeX 格式匯入或自行手動建立新文章。. b.. 從台灣博碩士論文資料庫查詢該四間大學的職治系碩士論文，共 160 筆紀錄，藉由 Endnote BibTex 格式匯入或自行手動建立新文章。. c.. 從台灣博碩士論文查詢近 10 年圖資領域三位資深教授的指導學生論文，藉由 Endnote BibTex 格式匯入或自行手動建立新文章。. 2.. 系統與平台技術：現行的內容管理系統琳瑯滿目，根據 The CMS Matrix. (http://www.cmsmatrix.org/)網站的統計目前多達上百種的 CMS 在發行，有部分是屬於免費、開放原始碼(OpenSource)的應用軟體供網站開發者使用，常見的如 XOOPS、Wordpress、joomla!和 Drupal 等等。而本研究選用的 Drupal 是在一個具有高擴展性核心(Core)上搭載各式各樣的模組(Module)組織建構一個網站系統。根據 Drupal 官方網站統計，目前開發社群中約有 1 萬 5 千名開發員，另外有 76 萬 Drupal 的愛好者分布在 228 個國家，共有 181 種語言，以上官方資料可見 Drupal 在世界上已佔有一席之地，並逐漸影響網站開發。而國內目前使用的 31.

(41) 社群相較於其他國家，雖然不算普遍，但目前已有 Drupal Taiwan 正體中文支援站與官方網站做資訊連結，站內的社群成員們不僅熱心將系統核心及模組中文化，另外也常常舉辦「DrupalCamp」進行技術的交流與共享。因此相較其他 CMS， Drupal 被網站建置技術人員公認是另一種更進階、應用性更廣的開放原始碼的內容管理系統，其他的 CMS 如 joomla!比較偏向建置商業網站的方向，Wordpress 較屬於建置個人部落格，而本研究欲建置一個基於 MeSH 來做文獻分類的系統，在 Drupal 中分類(Taxonomy)、次分類(Term)模組的功能可以替本研究達到文章分類和將 MeSH 複雜的階層架構經過整理後移置到系統裏頭，是其他 CMS 難以輕易做到的。 Drupal 是用 PHP 程式語言開發，網頁伺服器為 Apache，資料庫管理系統是 MySQL。具有 PHP 程式設計能力者都可以參與開發、使用。Drupal 在一個具有高擴展性核心(Core)上搭載各式各樣的模組(Module)組織建構一個網站系統。而 Drupal 的基本概念、相關模組與它的系統環境分別以下列表格(表 5、表 6 與表 7)所示：. 32.

(42) 表 5 Drupal 基本概念表概念. 解釋. 核心(Core). 核心是此系統的基本框架，所有基本功能都必須在核心上運行，如同一個洗衣機可執行許多洗衣服的相關功能，基本的功能如使用者管理、系統管理及節點管理等。. 模組. 模組就如同一個應用程式，每個模組各有特色，也有些模組是. (Module). 用來輔助其他模組的執行。如網頁內容呈現、社群、資料庫管理、多媒體等，視網站使用者需求而定。. 版型(Theme). 版型就像是一個網站的外貌，它控制內容的排版與美觀設計，包括字型大小、顏色、邊界值、圖案設定以及其他相關設定等。. 節點(Node). 節點代表網站裡的內容，而每個節點可以歸屬於不同的內容類型，可針對使用者需求在不同的內容類型設計不同的欄位，讓網站更加美輪美奐，並透過節點的欄位可關聯到其他節點的欄位，讓網頁資料像網絡圖一樣地連結。. 分類. 可簡易的歸納不同內容的類別，不但讓網站管理者便於管理網. (Taxonomy). 站的節點，也讓使用者能更快速的查找與閱讀資料。. 次分類. 次分類是指分類項目或標籤，它是存在某個分類中，有階層的. (Term). 概念。. 使用者(User). 無論是訪客或是已註冊的使用者，都被 Drupal 視為使用者，使用者除了有 ID 外，另外有一個欄位儲存使用者名稱。. 角色(Role). 一個網站往往會用角色來區分權限，不僅方便控管，同時也保障網站的安全性。. 資料來源：2012_網站技術新寵兒-Drupal 內容管理系統. 33.

(43) 表 6 模組類別、項目與功能表模組類別. 模組項目. 功能. 書目管理. Biblio、Libraries、Pubmed. 可由作者、關鍵字、年份等分類. 模組. Integration 等. 檢索文獻內容，可匯入 PMID List、PubMed XML、Endnote XML 等等的檔案。. 使用者介. 使用者友善介面工具：. 提供使用者更友善及流暢的畫面. 面. jquery ui、WYSIWYG、. 與功能，減少重複性的動作與編. CKEditor、automodal 等. 輯困難度。. Content Access. 定義使用者角色的權限範圍何. 權限管理. 在。可透過它調整使用者對內容存取的權限，如 wiki 頁面。表 7 系統環境表名稱. 版本. Drupal 核心. Drupal 6.28. 作業系統. Windows 7 Enterprise SP1. 程式語言. PHP5.4.4. 網頁伺服器. Aapche2.4. 資料庫系統. MySQL 5.5.25a. 3.知識組織：使用者可以透過手動建置文章的方式，將書目資料一一填入到對應的欄位中，其中標題與關鍵字為必填，關鍵字為分類模組功能的元素之一，研究者以 MeSH 裡的詞彙填入，不填 MeSH 以外的詞彙。另外研究者亦可以用文獻的 PMID 或 PMID 的文字檔列表匯入，系統會經由. 34.

(44) PMID 擷取 PubMed 資料庫對應的書目資料，回填至本研究的系統當中，可不用將對應的欄位一一填寫，而關鍵字一樣限定使用 MeSH 的詞彙。操作流程見圖 17。使用者. 選擇編輯方式 a.檔案匯入. b.手動建立. 檔案匯入. 手動建立. 選擇檔案類型. 選擇書目類型. 選擇檔案. 填寫對應欄位. 匯入系統. 填寫書目資料. 送出文章. 圖 17 使用者操作流程 4.管理流程：在本研究系統中，管理者分為專家管理者與系統開發者。專家管理者主要在檢視網站所有內容以及維護系統開發者提供處理過後的分類詞彙，任務為修改內容錯誤，篩選、過濾不必要的分類及修改權重等，並提供詞彙之間的關聯給系統開發者。系統管理者將專家提供的分類架構再重新匯入到系統並自動轉換成 XTM 檔到 Omnigator 系統做資料視覺化，供使用者們瀏覽。圖 18 為系統開發者 35.

(45) 管理路徑，圖 19 為專家管理者的管理路徑。以上的圖稱為「循序圖」，是屬於統一塑模語言(Unified modeling language ;UML)的其中一種圖，它主要是表達當使用者下達一個指令時，系統內部物件動作的情況以及回傳什麼樣的訊息或畫面給管理者。圖中實線箭頭為管理者下達指令，虛線箭頭是系統回傳的訊息。. 圖 18 系統開發者管理流程. 36.

(46) 圖 19 專家管理系統內容之流程. 二、. 匯入與維護知識架構. 詞彙. 分割. Term_data. 匯入資料庫. MeSH. 架構. Term_hierarchy 圖 20 資料分割與匯入流程. 在美國國家醫學圖書館(National Library of Medicine;NLM)官方網站有釋出 MeSH 的檔案，有 XML、ASCII code、MARC 的格式供開發者應用，詞彙全是 37.

(47) 英文。而匯入的步驟首先是分析 Druapl 分類模組的資料結構後，接著分割 MeSH 的樹狀架構為 term_data 和 term_hierarchy 資料表，term_data 之用途是儲存次分類名稱，term_hierarchy 是建立詞彙的階層架構。完成後將 CSV 檔後匯入到 Drupal 資料庫中對應名稱的資料表，而這些資料會與 MeSH 的主分類(Vocabulary)的流水號－vid 產生關聯，因此看見在主分類 MeSH 底下，會有相當多的次分類，而每個次分類有自己的流水號－ tid 。建立分類架構的資料表就是依照 term_hierarchy 中 tid 與它的父節點欄位－parent 建立出來的，所以只要把每個次分類父節點之 tid 值填入到 parent 欄位即可完成匯入。其餘欄位名稱儲存的資料亦不同，如 name 欄位是儲存分類的名稱，這些名稱必須為英文名稱，另外 description 是相關描述，weight 則是該分類的權重。以上動作完成後，文章會以 MeSH 為基礎做標籤、分類。日後假如使用者有新的概念與加入分類，直接在編輯頁面輸入關鍵字即可，這些資料也會載入至資料庫中，而 LCSH 的匯入方式也如同 MeSH。匯入流程見圖 20，MeSH 的資料表關聯圖見圖 21。. 圖 21 與 MeSH 相關的系統資料關聯圖. 38.

(48) 三、. 在系統中呈現主題地圖 .txt. 自動生成主題地圖模組. .xtm 置入 Omnigator 資料庫以 iframe 嵌入及 CSS 調整系統中呈現主題地圖圖 22 主題地圖產生之流程將研究團隊知識架構經過本研究作資料處理，將資料整理至符合主題地圖 TAO 元素的概念後，將 txt 檔運用本研究自行撰寫的程式自動轉成.XTM 檔，接著 XTM 檔案匯入 Omnigator 並點選 Omnigator 的視覺化網頁。將其視覺化網頁以 HTML 語法中的 iframe 標籤功能和 CSS 語法調整後，嵌入至本研究的系統中，提供使用者瀏覽(見圖 23)。採用嵌入的方法是因為 Omnigator 與 Drupal 是兩個異質的系統，所以必須靠一些網頁語法來嵌入 Omnigator 的頁面，統一呈現在系統頁面上。在這頁面可以在當前的主題做簡易搜尋，或可看該主題的屬性，更可 39.

(49) 查找相關文章連結，而系統管理員維護主題地圖的方式則是在 Omnigator 中直接把原本的.XTM 檔取代並重新載入，即可在網頁上看到更新過後的主題地圖，產生流程見圖 22。為了能夠迅速找出知識架構的重點，系統提供生各種角度檢視主題地圖，在圖 24 中紅框部分為系統產生之連結。而預設主要的角度分別為作者/教師(見圖 25)、一般使用者如博、碩士(見圖 26)及從 MeSH terms/關鍵字(見圖 27)，如此一來使用者檢視網站內容的分布、檢視領域知識架構及觀察作者與文章間的關係時就相當容易了。. 圖 23 在系統網頁中呈現主題地圖. 40.

(50) 圖 24 文章底下會產生主題地圖之連結. 圖 25 查看作者/教師著作之主題地圖. 圖 26 以一般使用者的角度查看主題地圖 41.

(51) 圖 27 以 MeSH terms/關鍵詞查看主題地圖綜合以上，本研究建置的系統主要特色有以下， 1.匯入文章研究者不用花太多時間新增、輸入文獻，只要把在 PubMed 產生出的 PMID List、Endnote BibTeX 或者 XML 文件透過匯入功能，系統就會把文獻書目資料填到對應的欄位中。 2.編輯內容時可再新增、匯入文獻並增加為參考文獻如果在編輯內容時，研究者突然想新增新的文獻，可以在左欄點選立即新增文獻區塊中的任一個連結，它會呈現文獻輸入、匯入的頁面，並且它會覆蓋目前編輯的頁面，不影響剛剛輸入的內容。而完成後可立即將剛新增的文獻成為相關文獻。 3.使用者可依個人需求觀看不同面向之主題地圖一個知識地圖的面向繁多，而系統會提供作者、關鍵字及發佈者的預設角度，讓使用者在尋找時可以較快速的檢視主題地圖，以達到迅速了解主題地圖的架構。. 42.

(52) 第四章. 研究實作結果. 本研究系統內之文章，預期含有基本的書目資料有標題、作者、摘要及關鍵字。而在第一個職能治療研究所的研究個案中，因部分教師著作、期刊論文、研究報告等沒有對應的 MeSH terms，所以必須尋找研究者或教師使用系統，從作者提供的關鍵字或摘要中補充文章相關的 MeSH terms 為何，使這些沒有 MeSH terms 的文章能夠歸納在 MeSH 中，讓系統內容更為完整，功能更完善。第二個圖書資訊學所的研究個案是把 MeSH 更換成美國國會圖書館主題詞表，也就是圖資領域分類的標題表(見附錄二)作為系統分類模組的依據，而系統內容由臺灣博碩士論文系統蒐集三位圖書資訊學領域的資深教授們近 10 年發表的指導學生論文和論文關鍵字，並請三位圖資領域的學生利用 LCSH 將論文關鍵字分類在相關主題之下。而以上動作目的在於符合理論三角驗證 (Theory triangulation)及分類正確性，以確保這份資料沒有主觀意識存在。以上兩個個案的資料，皆有主題地圖呈現。關於系統使用性的部分，本研究尋找 5 個受試者做系統使用性測試，測量的工具為 SUS。. 第一節. 知識建構系統功能架構. 接著介紹系統新增、修改、查詢、瀏覽的使用介面，首先新增文章只要從圖中的紅框部分新增即可，依個人需求可以選擇匯入外部檔案或是直接手動建立書目資料(見圖 28、圖 29)，假如使用者有使用 Endnote 管理自己的書目或是持有收錄在 PubMed 的文章，可以將其分別匯出呈 BibTeX(見圖 30)、PubMedID List 的格式，再相對應格式的文字檔匯入到本研究系統當中即完成(見圖 31)。而中間的表格是簡單的查詢介面，表格上方有針對 MeSH terms 或作者關鍵 43.

(53) 字是否為空值來做篩選，如此一來可以簡單地查看那些文章還有關鍵字是空的，可以透過 Is not empty(NOT NULL)、Is empty(NULL)查詢，若 MeSH terms 有未完成者，使用者可以點選標題連結，進到單一文章檢視(見圖 32)的介面作進一步修改。. 圖 28 文章新增與查詢介面. 圖 29 手動新增單一文章之表單. 44.

(54) 圖 30 利用 Endnote 匯出 BibTex 格式. 圖 31 介面匯入檔案畫面，方框為格式選項. 45.

(55) 圖 32 點入後的單一文章檢視. 第二節. 一、. 資料處理. 資料輸入. 資料若可以從 PubMed 取得，可直接把 PubMed ID 記錄下來，等到累積到一定的數量，再用匯入快速建置文章，若是不完整的書目資料，可透過 Endnot 先行整理並匯出成 BibTeX 格式後，在匯入到系統中。此處須注意的是，一般研究者在使用 Endnote 時，從其他資料庫得到的關鍵字分隔符號並不固定，但在本研究系統中必須統一使用逗號來分隔，因此在匯出成 BibTeX 前，研究者必須先將關鍵字使用逗點分開，系統才能分辨；若關鍵字中已含有逗號，只要用引號把詞彙獨立出來即可。最後若不想依賴其他書目管理軟體，可用手動建立文章的方式把文章逐步建立起來。. 二、. 資料轉換至主題地圖. 本研究系統的文獻書目資料皆會儲存在資料庫中，系統管理者必須從資料庫將內容匯出，並把相對應的欄位把作者、文章標題、關鍵字及關鍵字的階層關係 46.

(56) 整理出來後，把它們整理成 5 個純文字檔，分別為 topic、teach、wirte、keyword、 bt_nt(見圖 33)，這些文字檔案皆為兩欄多筆的資料，然後以本研究自行開發的程式 2xtm.exe 讀取後，能把上文字檔案們轉換成 Omnigator 能夠讀取主題地圖的.XTM 檔案格式，而將這份檔案放置 Omnigator 的系統內後，主題地圖就會在本系統的網頁中顯示，若日後要更新，只要將原始檔案取代後即可更新。. 圖 33 文字檔案與程式放在同一目錄下即可. 第三節. 一、. 研究個案. 圖書資訊學領域. 將蒐集到的論文及關鍵字資料經由三位圖資領域的學生分類後，加以整理成文字檔並使用本研究自行開發的程式轉換後，得到各個面向的主題地圖為以下。下列主題地圖以形狀區分型態，圓形為研究者或教師，長方形為文章，圓角長方形則是關鍵字。圖 34 主要是從主分類 LCSH 出發，尋找下位詞如 Libraries，就可得知它的下位詞 Library science，皆著看到資訊素養並點開後，查詢到編號 P00013 的論文、論文關鍵字及作者。. 47.

(57) 圖 34 以 LCSH 結合關鍵字的面向搜尋圖 35、圖 36 是從指導教授(編號為 N00001)出發，可得知這位教授這十年指導了那些學生，這些學生撰寫什麼論文，論文又包含了那些關鍵字，甚至可從關鍵字找到相近的論文為何，並由以上可得知出這位指導教授近十年專注在哪些領域上。. 圖 35 以指導老師為中心尋找指導學生及論文. 圖 36 檢視 LCSH 分類、文章與研究者的關係. 二、. 職能治療領域. 在此個案蒐集的資料較多且雜，並且學生論文部分還未將文章的關鍵字分到 MeSH 底下，因此分成學生碩士論文部分與教師著作兩部分處理，下文的主題地圖以高雄醫學大學為例。圖 37 為高醫大的兩位教師在 PubMed 發表的文章，目前使用者關注的是蘇教授，而點選其中一篇文章，發現另一位張教授與蘇教授有合作著作的關係，是 48.

(58) 因為圖中圈選的兩條線得知。另外點開文章，其關鍵字也出現，由此可知可了解這兩位老師合作領域為何。. 圖 37 教師著作主題地圖－以高雄醫學大學為例接著描述碩士論文的例子(見圖 38)，高醫大目前有 5 位已畢業的碩士，其撰寫的文章只要點開作者就能得知，接著再點開文章後，發現”stroke”此字與另一篇文章也相連，因此可得知這兩篇文章可能都與” stroke”的研究領域相關。. 圖 38 學生碩士論文主題地圖－以高雄醫學大學為例第三個例子是長庚與高醫大教師們的 PubMed 著作主題地圖，著作相當的多，所以主題會占滿畫面，但依據主題的形狀與顏色，仍然可以看出左邊是長庚 49.

(59) 教師的著作，右邊是高醫大教師的著作，兩者的部分文章皆會與中風(stroke)的詞彙相關，因此可以看出兩校的研究方向與中風相關。. 圖 39 兩校教師著作的主題地圖最後一個例子是長庚與高醫大兩邊碩士論文的主題地圖(見圖 40)，能看到長庚大學的某作者做了關於中風的主題，而透過關鍵字找到與中風相關的文章，而點選其中一篇文章可立即看見此文章的作者、文章關鍵字及其就讀的學校。由此可猜測兩方的指導教授研究領域相近甚至可能曾合作著作。. 圖 40 兩校碩士論文之主題地圖. 第四節. 系統使用性分析. 本研究使用 SUS 評估網站地使用性，此處描述五位使用者填寫量表的內容及計算分數的方式與結果。表 8 和表 9 分別是五位使用者填寫量表的數據與換算出來的 SUS 分數。. 50.

(60) 表 8 各使用者填寫 SUS 的原始分數題號. 使用者 A. 使用者 B. 使用者 C. 使用者 D. 使用者 E. 1. 2. 3. 4. 5. 6.. 3 4 2 5 4 2. 4 2 4 1 5 1. 5 4 4 2 4 1. 5 2 5 1 3 3. 5 2 4 2 5 1. 7. 8. 9. 10.. 3 4 4 4. 3 2 5 3. 4 2 4 5. 5 1 4 4. 5 1 5 2. 表 9 SUS 換算與總計之結果使用者. 奇數題分數轉換. 偶數題分數轉換. SUS 分數. 使用者 A. 11. 6. 42.5. 使用者 B. 16. 16. 80. 使用者 C. 16. 11. 67.5. 使用者 D. 17. 14. 77.5. 使用者 E. 19. 17. 90 平均 SUS 分數：71.5 分. 經過換算過後，本研究系統的 SUS 分數有平均 71.5 分，比照 Aaron 等人(2009) 和 Sauro(2013)的 60 分與 68 分，以及抽樣數方面，本研究均有達到系統使用性量表的標準，因此可獲知本系統的使用性對使用者而言是可以被接受的。. 51.

(61) 第五章. 結論與未來研究建議第一節. 結論. 本研究以”Drupal”內容管理系統工具與”Omnigator”主題地圖系統工具建置一個知識建構系統，導入兩個不同的知識領域分類法與個別的部分文獻後，將結果以主題地圖呈現不同面向的領域知識架構，最後引用系統使用性量表與尋找受試者衡量本研究建置的系統是否符合使用性基準，結果是本研究的系統能夠被使用者接受。而過去與謝建成、吳佳典(2010)所做的系統，與本研究所建置的系統性質類似，兩者的異同比較會在下文提及，另外在最後描述系統中提供不同的主題地圖面向之益處為何。. 一、. 系統異同比較. 本研究建置的系統與謝建成、吳佳典製作的系統最重要的不同，是本研究的系統是主要是依據醫學官方制定的 MeSH，將醫學相關的文獻加以分類，分出來的架構，對醫學領域研究者而言，是能夠以醫學研究者熟悉的方式尋找文章與觀察研究者、文章與關鍵字等的關係；而謝建成、吳佳典所建置的系統是以一個社群協同自行編制語彙表，讓系統內的文章依據該社群的想法排列、分類，但這種主觀的分類只對該社群有效，對其他相同領域但不同社群的使用者不一定適用。而底下將描述兩者系統功能的相同處與個別的特色，首先下列為兩者系統相同的功能： 1.發表文章 2.內部文章互相連結(freelinking) 3.Wiki 協作功能 52.

(62) 4.使用者編輯樣板(wysiwyg editor) 5.使用者註冊、管理 6.關鍵字標註，可以給予文章分類、關聯與權重 7.使用者權限而下表是兩者系統個別的特色，也是相異之處，而下文描述本研究系統與謝建成、吳佳典系統功能最大不同之處，同時也是本研究系統的優勢。首先是能閱讀時隨即新增書目，不影響編輯中的系統文章，也不需要開新的分頁，其次是能夠讓使用者用檔案匯入的方式將書目批次匯入，第三是在系統能同時看文章與不同面向的主題地圖，第四個是本研究有開發自動轉換主題地圖的模組，最後最大的不同就是本研究在系統能夠移植到不同的社群或是研究領域。. 53.