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資訊檢索技巧 Pubmed vs. Embase

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Academic year: 2022

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(1)資訊檢索技巧 Pubmed vs. Embase 實證決策管理委員會 蘇玉慧.

(2)

(3) 實證醫學五步驟. Ask 提問臨床問題. Assess 檢討評估效益. Apply 應用於病人. 5 A. Acquire 檢索資料 6S資料(庫)金字塔. Appraise 評讀文獻.

(4) 6S 資料金字塔 愈上層 •資訊精萃 •簡單的關鍵字 •省時搜尋與評讀 •快速支援決策 •由下層積累. 系統. • 電腦化輔助決策. Summaries 摘要 Synopses of syntheses 統整的精要. • 實證教科書 UpToDate / Dynamed/ Best Practice/ ACP Smart Medicine. • 實證期刊摘要 ACP JC/ EBM Journals /Cochrane Library. Syntheses. • 系統性回顧. 統整. Cochrane. Synopses of studies 單篇研究的精要. 研究. 一級文獻. Studies. 二級文獻. 愈下層 •文獻量多 •完整關鍵字 •注重檢索技巧 •費時搜尋與評 讀 •資訊新穎. System. PubMed Embase. • 實證期刊摘要 ACP JC /EBM Journals. • 原始期刊文獻.

(5) 解決臨床問題(背景問題,前景問題) •由金字塔上層往下尋找, 先找Summarized 資料庫 ,再找證據力高的二級文獻,若無法找 到合適文獻或找到的證據太舊,再往下找一 級文獻 •目標:精確搜尋,獲得解答,減少評讀時間.

(6) 進行研究 - 系統性文獻回顧 • 透過初步檢索,進行 review了解研究主題目 前現況、成果及趨勢 • 修正檢索策略重新檢索,重覆直至形成自己 的研究主題-SR • 文獻搜尋愈完整愈好,檢索策略有可重複性.

(7) Pubmed? Medline? Embase?.

(8) Pubmed是什麼?  美國國家醫學圖書館(NLM)的國家生技資訊中心(NCBI)製. 作,為醫學期刊文獻索引摘要資料庫。免費開放。  主題:臨床與基礎醫學、護理、牙科學、獸醫學等;包含. 整個 Medline,也收錄部分未包含於 Medline 的生命科 學期刊文獻之書目。  收錄:1948 年至今,5,300 多種、80 多國出版期刊生命. 醫學期刊,超過 2,500 萬筆書目(至2016.3)。  更新:每日更新  全文:部份免費及付費的全文連結服務.

(9) Pubmed和Medline的不同(I)  MEDLINE收錄的所有文章均由專業圖書館員加上醫學標題. (Medical Subject Headings,簡稱MeSH),以協助使用 者更精確的找到所需文章。目前收錄索引了 5251(107.12.6)種期刊.

(10) Pubmed和Medline的不同(II) PubMed,除了可查找MEDLINE收錄的文章外,還可查找下 列資訊: 1.處理中的文章,此類文章雖在Medline收錄範圍,但尚 未由專業館員加上MeSH,因此未收錄於MEDLINE。 2.未正式發表的期刊文章,此類文章通常是出版社經由電 子方式提交給NLM。 3.部分尚未更新為近代辭彙,或尚未收錄於MEDLINE的 OLDMEDLINE(1946 -1965)資料。.

(11) Pubmed和Medline的不同(III) 4.MEDLINE收錄期刊中,非屬MEDLINE收錄範圍的文章, 例如板塊構造、天體物理學等基礎科學及基礎化學的 文章。惟該期刊若有刊載生命科學相關主題的文章, 仍會收錄於MEDLINE。 5. 非MEDLINE收錄的生命科學期刊,若提交電子全文予 PubMedCentral,且經由NLM審核過的期刊文章。.

(12) Pubmed和Medline的不同(IV) 6. 美國國家衛生研究院 (National Institutes of Health,簡 稱NIH)資助之研究者所發表的文章。 7. 美國國家生物技術資訊中心 (National Center for Biotechnology Information,簡稱NCBI) BookShelf上 的圖書。.

(13) MEDLINE Citations Indexed (Annual) MEDLINE Citations Cumulative Total MEDLINE Journal Titles PubMed Citations (Annual) PubMed Citations Cumulative Total PubMed Searches. FY2018. FY2017. FY2016. FY2015. FY2014. 904,636. 813,598. 869,666. 806,326. 765,850. 22,391,870. 21,582,742. 25,239,968. 24,335,332 23,531,948. 5,251. 5,617. 5,623. 5,618. 5,647. 1,329,148. 1,150,125. 1,165,957. 1,091,693. 1,110,515. 28,934,389. 27,605,241 26,456,014. 25,290,733. 24,199,241. 3.3 Billion. 3.3 Billion. 2.8 Billion. 2.7 Billion. 3.1 Billion. MEDLINE PubMed Production Statistics(2018.12.5).

(14) 哪裡查得到Medline? 免費. 付費. PubMed. Medline (√). Embase. Medline (√). Proquest. Medline (√). Ebsco. Medline. Clinical Key. Medline (√). 資料庫檢索平台 不同的檢索介面與功能. 資料庫.

(15) Pubmed vs. Embase.

(16) 收錄範圍&性質 有全文嗎?? •Medline(Pubmed)&Embase均為醫學類書目索摘型資料庫 •Medline(Pubmed): 目前索引了自1948至今,約5300種醫學 相關期刊 , 資料庫免費提供使用 •Embase :Elsevier出版,目前索引了1947年至今,資料庫本 身收錄約5900種期刊,其中有3000多種與Medline重覆,大 約2900多種是獨有之期刊。其餘Embase未收,而Medline有 收之2500多種期刊亦取得Meline授權,納入索引。也就是說 在Embase資料庫中可以搜尋到8500種以上之醫學相關期刊, 其中完整包含了 Medline。本資料庫付費使用。.

(17) 西文期刊論文. Embase. Medline PubMed Proquest.

(18) 與期刊全文之連結? •Medline(Pubmed)透過圖書館提供之網址,可與圖 書館全文鏈接,若於書目右側出現圖書館logo即表示 可取得全文。 •Embase :無法與本院期刊全文服務直接鏈接,透過 View Full Text 可以直接連到出版社,或是點選圖書 館logo連至圖書館全文服務檢視是否可以取得全文。.

(19) 搜尋技巧.

(20) 布林邏輯(Boolean)—AND、OR、NOT.  由左算到右、加括弧的先運算。 如:common cold AND (vitamin c OR zinc) common cold AND vitamin c OR zinc.

(21) 檢索詞彙 •自然語言 •控制詞彙.

(22) 自然語言 例. (Free Text). 控制詞彙(Controlled Vocabulary). 自己想到的任意關鍵字. Medline- MeSH Embase-Emtree. 原理 檢索時系統比對原始文章或資料庫 內容的篇名、摘要作者等欄位.  檢索時系統將關鍵字比對控制詞彙. 優點  搜尋過程上較簡單  適用控制詞彙未提供的概念 新名詞: Severe Acute Respiratory Syndrome於2003 始為MeSH 字尾切截: repeated vs. repeat => repeat*.  解決同義字問題. 缺點  要儘可能列舉同義詞 => (intensive OR tight OR strict) AND glycemic control  語義容易模糊 => Roselle vs Roselle  可能要列舉廣狹義詞.  要”習慣” 才會用. 表後做查詢 (文獻事前經索引程序).  可彈性檢索廣/狹義詞  可調整精確率與回現率.  新概念不適用  用語容易受限不彈性.

(23) 自然語言的選用技巧  切截(Truncate) 將 * 放在字尾進行模糊查詢。. 例:chem*:chemistry, chemical… 如結果超過六百個變 化字,系統將出現警示語。 PubMed使用會關閉自動比 對MeSH功能  同義字. 單複數 cell vs. cells 美英拼法 pediatric vs. paediatric 全名縮寫 SARS vs. Severe Acute Respiratory Syndrome (盡量不要用縮寫) *stomach cancer vs. gastric cancer.

(24) 自然語言的選用技巧  狹廣義字. Cells Stem Cells Adult Stem Cells Hematopoietic Stem Cells Germ Cells  單字與片語. 用檢索介面提供之語法,例如Pubmed的雙引號 ” ”,讓 系統將多個關鍵字視為片語 例:stomach cancer vs. “stomach cancer” stem cell vs. “stem cell”.

(25) PubMed的特異功能 Automatic Term Mapping  例如輸入「Cancer」,透過Automatic Term Mapping. 可以比對出 MeSH 中的主題詞「neoplasms」,會一 起送入查詢。([MeSH Terms] [All Fields]).  若使用切截或引號等將關閉自動比對MeSH功能  輸入cancer於PubMed檢索. "neoplasms"[MeSH Terms] OR “neoplasms"[All Fields] OR “cancer"[All Fields].

(26) Automatic Term Mapping  猜猜看下列檢索詞彙,何者找到最完整資料?. “heart attack” heart attack heart AND attack.

(27) Automatic Term Mapping 2017.8.8查詢結果 “heart attack”- 3819 "heart attack"[All Fields] heart attack – 229975 "myocardial infarction"[MeSH Terms] OR ("myocardial"[All Fields] AND "infarction"[All Fields]) OR "myocardial infarction"[All Fields] OR ("heart"[All Fields] AND "attack"[All Fields]) OR "heart attack"[All Fields] heart AND attack – 9486 (“heart”[MeSH Terms] OR “heart”[All Fields]) AND attack[All Fields].

(28) Embase 的字詞建議功能.

(29) Embase 的同義字功能 cardiac anomaly cardiac disease. cardiac disturbance. 'heart disease'/exp OR 'cardiac anomaly' OR 'cardiac disease' OR 'cardiac disturbance' OR 'cardiopathy' OR 'heart deficiency' OR 'heart deformity' OR 'heart disease' OR 'heart diseases' OR 'heart disorder' OR 'heart dysfunction'. cardiopathy heart deficiency heart deformity heart disease heart diseases heart disorder heart dysfunction.

(30) 控制詞彙  組織文獻:用於標示文獻內容主題。專家閱. 讀文獻後,根據內容,標註適當的控制詞彙。.  查詢文獻:使用者可透過控制詞彙查詢文獻.

(31) 使用控制詞彙的好處  詞彙一致:同樣講「癌症」,有的人用「cancer」、有的人. 用「tumors」、有的人用「oncology」,但在「MeSH」 中,「癌症」的主題詞就是「neoplasms」,所有和「癌症」 有關的文章都會被標註「neoplasms」這個詞,您只要以 「neoplasms」就可以撈出所有的「癌症」文章,無論文章 內用的詞彙是「cancer」、「tumors」、或「oncology」。.

(32) 使用控制詞彙的好處  層級控制:Mesh & Emtree 均為階層式的詞彙概. 念,也就是可以選擇上層之詞彙一併檢索所有下 層詞彙  例如:哺乳動物、亞洲.

(33) 使用控制詞彙的好處  有效排除: 控制詞彙的標註,是經過專人實際閱. 讀文章,確認內容後才進行相關標註,可以確保 內容實際上和這些主題相關。.

(34) 使用控制詞彙的好處  避免語意模糊  例如:用自然語言查找 diabetes pregnancy. pregnancy in diabetics"[MeSH Terms] OR ("pregnancy"[All. ". Fields] AND "diabetics"[All Fields]) OR "pregnancy in diabetics"[All Fields] OR ("diabetes"[All Fields] AND "pregnancy"[All Fields]) OR "diabetes pregnancy"[All Fields] OR "diabetes,. gestational"[MeSH Terms] OR. ("diabetes"[All Fields] AND "gestational"[All Fields]) OR "gestational diabetes"[All Fields] OR ("diabetes"[All Fields] AND "pregnancy"[All Fields]).

(35) 控制詞彙 Medline – Mesh (約27,000個詞) Embase – Emtree (約71,000個詞) Embase中非Embase收錄範圍,但由Meline中取得授權 納入索引之2500多種期刊,不會另外給予Emtree。但會 由系統將Mesh自動對應到Emtree,以盡量取得檢索之一 致性。.

(36) 一個關鍵字若本身是控制詞彙,還需 要當成自然語言的關鍵字再檢索一次 嗎?結果一樣嗎?.

(37) Pubmed (2018.11.29) "Lung Neoplasms"[Mesh]. 214095. Lung Neoplasms. 262014. " Lung Neoplasms ". 200866. "Lung Neoplasms"[Mesh] OR Lung Neoplasms. 262014. "Lung Neoplasms"[Mesh] OR " Lung Neoplasms " 214589 "Lung Neoplasms"[Mesh] OR lung cancer. 315151.

(38) /mj 將輸入之關鍵字只對應到 Major foucs 69734 /de 查詢輸入之關鍵字及其對應的 emtree(若為同義字) 131722 /exp查詢輸入之關鍵字及其對應的 emtree及下層emtree 329547 /br 除了查詢輸入之關鍵字及其對應 的 emtree及下層emtree 366693 外, 還將本關鍵字當成自然語言檢索.

(39) Evidence-Based Search Strategies.

(40) Pubmed Clinical queries Filter-article types. Embase EBM-filter.

(41) Pubmed Clinical queries.

(42) 注意:只能檢索到已被 Medline分析過之資料, 不包括整個PubMed.

(43) 點選Filter information 可以查看 Systematic Reviews之檢索策略.

(44) systematic reviews, meta-analyses, reviews of clinical trials, evidence-based medicine, consensus development conferences, guidelines…. 2019後 systematic review 會被當成獨立概念引入Mesh, Systematic review會明確定義為我們現在熟知的SR.

(45) See all – 回到Pubmed.

(46) 注意filter 的勾選. 並非代表圖書館有全文.

(47) Pubmed Filter-article types.

(48) 只能檢索到被Meline分析過的文章.

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(51)

(52) Embase-EBM Filter.

(53)

(54) 多還是少.

(55) 文獻數量少. 文獻數量多. 自然語言. 自然語言. 選用精確關鍵字 適當利用片語功能. 關鍵字愈完整愈好. 限定檢索欄位(TI,AB,KW). 控制詞彙 尋找適當層級的控制詞彙 適當利用Major topic. 適當利用切截功能. 控制詞彙 尋找適當層級的控制詞彙 包括下層詞彙. 善用Filter 文獻精確性 Specific 解決臨床問題. Sensitive 文獻完整性 研究-SR.

(56) 自然語言關鍵字怎麼找? 1.自己對該檢索慣用之自然語言 (若想不出合適的英文,可透過CEPS來幫忙) 2.善用Mesh及Emtee.

(57) Mesh. Cardiac Rehabilitation的同義字.

(58) Emtree.

(59) Cardiac Rehabilitation的同義字.

(60) Mesh Cardiac Rehabilitation. Emtree heart rehabilitation. Cardiac Rehabilitations. cardiac rehabilitation. Rehabilitation, Cardiac. cardiac rehabilitation unit. Rehabilitations, Cardiac. coronary rehabilitation. Cardiovascular Rehabilitation. heart rehabilitation unit. Cardiovascular Rehabilitations. infarct rehabilitation. Rehabilitation, Cardiovascular. myocardial infarction rehabilitation. Rehabilitations, Cardiovascular rehabilitation, heart Go back.

(61) 控制詞彙怎麼找? 用之前查到的關鍵字直接進入 Mesh 或Emtree 中查找 用關鍵字找到幾篇直接相關文獻,再找出底下列 出的Mesh 及 Emtree.

(62) 文獻數量少. 文獻數量多. 自然語言. 自然語言. 選用精確關鍵字 適當利用片語功能. 關鍵字愈完整愈好. 限定檢索欄位(TI,AB,KW). 控制詞彙 尋找適當層級的控制詞彙 適當利用Major topic. 善用Filter 文獻精確性 Specific 解決臨床問題. 適當利用切截功能. +(OR) 控制詞彙 尋找適當層級的控制詞彙 包括下層詞彙 Sensitive 文獻完整性 研究-SR.

(63) Pubmed.

(64) *為Major Topic.

(65) Embase.

(66) 粗體字為Major focus.

(67) Pubmed Embase 檢索語法.

(68) Pubmed. Embase. Title/abstract Thesaurus term Including narrower. [tiab] [mesh:noexp] [mesh]. '…':ab,ti. '…'/de '…'/exp. Proximity Exact phrase Truncation Infinite 0 or 1 character 1 character Added to database since. 無 "double quotes" End * 無 無 yyyy/mm/dd:yyyy/m m/dd [edat] (or [mhda]). NEAR/n-NEXT/n '…' or“…“ End/ mid * $ ? [dd-mm-yyyy]/sd. Publication period (years). yyyy:yyyy[dp]. [yyyy-yyyy]/py.

(69) 檢索建議步驟 1.分析定義出一個清楚聚焦的問題 2.將問題分成幾個獨立的concepts 3.選擇一個適當的資料庫作為開始 4.把檢索過程記錄下來.

(70) 檢索建議步驟 5.找出一個Concept合適的檢索詞彙 1) 從系統提供的控制詞彙開始(Why?) 2) 找出系統提供之同義字 3) 加上其他可用字(單複數,不同拼法,縮寫,相反詞) 4) 建議一個字一個字查(Why?) 5)將上述檢索用 OR 聯集.

(71) 檢索建議步驟 6.不同的Concepts重覆步驟5後,再用And交集找 出合適的文獻 7.評估檢索結果予以優化 1) 檢索不正確? 2) 太多? 太少? 8.查詢第2個選定的資料庫,重覆步驟4-7.

(72) 謝謝聆聽 電話:3912.

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參考文獻

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