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奈米粒子與蛋白質的互相影響

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Academic year: 2021

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國 立 交 通 大 學

奈 米 科 技 研 究 所

碩 士 論 文

奈米粒子與蛋白質的互相影響

Interaction between Nanoparticles and Protein

研究生: 陳永昌 Yung-Chang Chen

學 號: 9452518

指導教授: 黃國華 博士 Dr.Guewha Steven Huang

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中 文 摘 要

實驗一: 蠶絲是蠶在變態過程中重要的產物,蠶絲蛋白質是一種具有 良好透氣與透濕性、無毒、無刺激與人體相容性強的生物材料,所以蠶絲 蛋白已經開始被開發成為醫學材料如:人造皮膚、血管、肌腱、韌帶、骨 骼和牙齒等人造組織。在本實驗中,我們將利用分子生物的技術來分析蠶 絲蛋白的生物、物理及化學特性,之後,導入奈米尺度的微觀模式,以自 組裝結構成型技術,在不外加任何能量的方式,讓蠶絲蛋白質在適當的環 境條件下,進行自組裝程序,使其從無序狀態轉化成有序狀態,組成奈米 尺度的絲線狀結構,而後,可以發展新的高效能的純化方法,得到純度更 高的蠶絲蛋白質奈米絲狀結構,並將這些高純度的自組裝奈米結構,作導 電度、熱導性、光學性質等分析,例如若其導電性質跟半導體的元件相當 或更好的話,就可以將奈米蠶絲蛋白自組裝絲線應用在元件上,以提高元 件效能等的相關發展應用。 關鍵詞:蠶絲蛋白質;自組裝結構

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實驗二: 現今具有奈米科技技術的商品不斷被開發出來,其應用的領域 相當廣泛,當使用這些奈米化技術商品所帶來的好處同時,它也有可能會 帶來危害,所以為了探討奈米科技化技術的議題,實驗二將以不同的奈米 粒子注入老鼠體內,觀察其免疫反應,利用酵素免疫分析法(Enzyme-linked

immunoassay, 簡稱 ELISA),再以結合含有量子點(quantum dot)的二級

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誌 謝

回想起在奈米所不長不短的兩年時間裡,發現自己成長許多,不論 是實驗上的真功夫,或者是心態上的成長,都有著明顯的轉變,在此真的 要感謝許多人的幫忙,首先要感謝是我的指導老師 黃國華 博士,從老 師對實驗上嚴謹的要求、簡報的設計、數據的分析以及報告的方式、技巧 都不厭其煩的一一親自指導,非常感謝老師的耐心教導。 接下來要感謝是師母對實驗室的付出,除了三不五時的準備餐點給大 家享用之外,也對大家在生活上的問題給予大力的幫助,而且師母也是實 驗室的心靈導師,當有問題的時候,師母總是在第一時間就毫不客氣的給 予指正,真的是實驗室重要幕後推手,非常感謝師母對我以及大家照顧。 實驗室就是一個團隊,雖然每個人都有各自的實驗進行,也因此每個 人都各具本領,先感謝凱明學長,當實驗遇到狀況時,凱明學長總會適時 出現幫忙技術指導一番,生活上也扮演著大哥哥的腳色,照應我們這群小 弟,還要感謝大勳學長,雖然他是辛苦的扮演著黑臉的腳色幫忙管理實驗 室,在實驗研究成果上,他是大家學習的好榜樣,在來最要感謝的是志杰、 禮閣和嘉偉,大家總會互相鼓勵求進步,我喜歡這種感覺,當有問題發生 或是狀況出現的時候,大家總是會好心的伸出援手,還要感謝學弟們高超 和新堯,在實驗上的幫忙,謝謝高超提供你的汽車,帶我去拿實驗用的樣 品,還有新堯熱心的擔任化學小老師,由衷的感謝大家。

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目 錄

中文摘要 ……… I 誌 謝 ……… III 目 錄 ……… IV 圖目錄 ……… VI 表目錄 ……… VIII 第一章 介紹 ……… 1 第二章 實驗設計、步驟與方法 ……… 18 實驗一: 一. 2.1 蠶絲絲囊的取得 ……… 19 2.2 蠶絲蛋白質保存溶液的配置 ……… 19 2.3 蠶絲蛋白質的性質分析 ……… 20 2.3.1 SDS-PAGE 蛋白質電泳分離技術 ……… 20 2.3.2 高效能液相層析儀( HPLC ) 分析 ……… 26 2.4 蠶絲蛋白質自組裝結構成型 ……… 26 實驗二: 二. 2.1 抗體製備 ……… 28 2.2 酵素免疫分析法……… 28

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第三章 結果與討論 ……… 31 一. 3.1 蠶絲絲囊的取得 ……… 31 3.2 蠶絲蛋白質保存溶液的配置 ……… 32 3.3 SDS-PAGE 蛋白質電泳分離技術 ……… 34 3.4 高效能液相層析儀分析 ( HPLC ) ……… 36 3.5 蠶絲蛋白質自組裝結構成型 ……… 37 二. 3.1 酵素免疫分析法 ……… 40 3.2 接合含有量子點(Quantum-dots)的二級抗體作顯色觀察 …… 40 第四章 結論 ……… 44 參考文獻 ……… 47

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圖 目 錄

圖1.1 蠶絲絲囊的分段方式 ……… 6 圖1.2 分段絲囊的2D膠結果 ……… 6 圖1.3 被成功標認出的93個蠶絲蛋白質點 ……… 6 圖 1.5-1 pS(4+1)蛋白質結構示意圖 ……… 11 圖 1.5-2 類蜘蛛絲合成蛋白自組裝結構之AFM圖 ……… 12 圖 1.5-3 類蜘蛛絲合成蛋白自組裝之結構分析 ……… 12 圖 1.5-4 液體狀態蜘蛛絲蛋白質之二級結構預測圖 ……… 13 圖 1.6 KFE8在保存溶液中形成自組裝結構的介穩定狀態(AFM) … 14 圖 1.7-1 自組裝結構奈米管辨認金粒子實驗流程 ……… 15 圖 1.7-2 金粒子與自組裝奈米管接合的TEM圖 ……… 16 圖 2-1 丙烯醯胺聚合反應 ……… 21 圖 2-2 丙烯醯胺聚合成網狀結構 ……… 21 圖 2-3 跑膠的裝置 ……… 22 圖 2.4 抗體反應示意圖 ……… 30 圖 3-1 家蠶的蠶絲絲囊 ……… 31 圖 3-2 蠶絲蛋白質保存溶液穩定區域 ……… 33 圖 3-3 蠶絲絲囊在 4℃與-80℃保存的結果比較 ……… 34

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圖 3-5 蠶絲蛋白質在 280nm 的 elution time ……… 36

圖 3-6 蠶絲蛋白質的奈米自組裝結構 ……… 38

圖 3-7 不同奈米粒子的 ELISA 結果 ……… 40

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表 目 錄

表格 1.4-1 被標認出的93個蠶絲蛋白質點的資訊 ……… 6

表格 1.4-2 被標認出的93個蠶絲蛋白質點的資訊 ……… 6

表格 1.4-3 被標認出的93個蠶絲蛋白質點的資訊 ……… 6

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第一章 介 紹

1.1 蠶絲在蠶轉變成蛹的變態過程,扮演著保護蛹的重要腳色,蠶絲是 天然蛋白質所產生的絲線,蠶絲本身質量輕,但卻可保護蛹免去許多外來 的破壞;因為蠶絲是蠶藉由吃桑葉後,將桑葉在體內經由絲囊做蛋白質的 轉變過程,所以蠶絲蛋白質是一種天然蛋白質,對人體而言,它無毒、無 害、無刺激性而且其與生物的相容性極佳,也因此蠶絲蛋白質被開發出成 為有用的醫學材料,如:人造皮膚、血管、肌腱、韌帶、骨骼和牙齒等人 造組織。蠶絲蛋白質還有良好的透氣性與保濕能力、抗 UV 的保護作用以 及促進膠原蛋白分泌等效果,蠶絲蛋白質也發展成為化妝和美容的用品。 蠶絲質地輕,但其保護與保暖的功能極佳,可將其開發成為軍事上和民生 用品的保護用途的工具,亦可以做為環保領域上的應用。 綜合上述的了解,可知蠶絲蛋白質的應用領域相當廣泛,本實驗將以 奈米尺度的微觀模式來研發蠶絲蛋白質的功能性,以自組裝成型的方式形 成奈米生物材料,量測當其形成奈米尺度的生物結構時,其量子效應所主 導的物性行為,如:導電性、熱傳性、光學特性等分析,並可針對性質發 揮其應用之外,可再進一步了解蠶絲蛋白質形成奈米自組裝結構的機制, 從中可以學習並模凝蛋白質分子自體組合的系統模式,以應用於多維的構 造控制,並進而以高效率和低耗能的方法,加速發展分子光電元件、奈米 級感測陣列晶片等的製造與分析方法。

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1.2 從文獻回顧中來了解蠶絲蛋白質,先對蠶絲蛋白質的成份認識說

起,在2001年時,日本科學家1利用作出cDNA的方式,來分析蠶絲蛋白質

中小分子量的胺基酸排序的結果,被分析到的小分子量蛋白質分別為seroin 1 和 seroin 2 (9.9KDa 和 10.3KDa) 以 及 BmSPI 1 和 BmSPI 2 (6KDa 和 4.7KDa),這些只有對少部份的蠶絲蛋白分析結果。 在2002年時,美國國家研究機構6,以蜘蛛絲蛋白質作分析(蜘蛛絲蛋 白在固化後跟蠶絲蛋白質一樣會形成絲線結構),先在蜘蛛絲上用C13做同 位素標定,接著用酸解的方式將蜘蛛絲蛋白做分解,並且以HPLC和 Mass-Spectrometry分析其成分,發現成分中Glycine佔58%和Alanine佔31% 為最主要的兩種胺基酸,對成分的了解有助於之後solid –state NMR的結構 分析。 到2006年,日本國家研究團隊與中國的研究團隊共同合作2,將蠶絲蛋 白質做整體的分析,將蠶絲絲囊分段的蛋白質以西方墨點法(Western Blotting)的2D膠上做整體分析,2D膠的實驗結果發現大約有400個蛋白質 點,並且用抗體接合的方法來辨認各個蛋白質點,結果總共有93個蛋白質 點被成功的標認出來,其實驗結果如下圖表所示:圖1.1 蠶絲絲囊的分段 方式:圖1.2 分段絲囊的2D膠結果;圖1.3 被成功標認出的93個蠶絲蛋白 質點;表格1.1 被標認出的93個蠶絲蛋白質點的資訊

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圖1.1 蠶絲絲囊的分段方式

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1.3 就蛋白質的結構分析而言,在參考文獻28中有實驗設計是利用高解 析度固態C13同位素NMR來分析蠶絲的胜肽鍵結結構,蠶絲蛋白質結構大 致上分成3種形式:(i)由高度重覆的AGSGAG單體(共有432複製品)組成的 結晶區域,(ii)由重複性較低的GAGAGY和/或GAGAGVGY單體(分別有120 個和11個複製品)共同組合成的半結晶的區域,(iii)第三種形式是類型i的衍 生物,如AGSGAGAAS所形成的非結晶區域,此非結晶區域通常帶負電、 具有極性且是體積較大的親水性區域,結合這三種形式的結構後,這也是 蠶絲蛋白質具有超級二級結構的主要原因。

Silk I和silk II是兩種結晶形式,經由X-ray繞射方法、Infra-red觀察和13

C 加15

N同位素固態NMR光譜儀的結果發現到是同種二形物,silk I是液態的 蠶絲蛋白質在形成絲之前的固體結構,silk II則是液態的蠶絲蛋白質形成絲 之後的固體結構,可藉由化學方法讓silk I轉變成silk II,例如:將液體狀態 的蠶絲蛋白質或其胜肽鍵結構溶解在9 M LiBr溶液裡,接著用去離子水作 透析,這樣就可以得到silk I的結晶結構,若繼續將silk I結構泡在甲酸溶液 中(formic acid),之後進行乾燥,就會形成silk II的結構,結構的轉變可藉 由chemical shift和碳鍵的共振模式作很明顯的區分和辨別。這是蠶絲蛋白 質所擁有的特殊性質。

跟蠶絲蛋白質具有類似特性的蜘蛛絲蛋白質,在結構的研究上有顯著 的進步,例如:使用高解析度的原子力顯微鏡 (atomic force microscopy

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AFM)10,將類似蜘蛛絲蛋白的成分和結構的單分子結構合成類蜘蛛絲蛋白 作掃描分析,此結構由兩種單分子聚合而成,為SPI和SPII序列,SPI序列 為poly(A)[poly-(alanine)]和poly(GA)[poly-(glycy-alanine)]所組成的16個胺 基酸排列,側鍊再加上22個胺基酸所組成的富含glycine的GGX單體,SPII 序列則為12個胺基酸所構成的2個GPGGX單體,之後藉由基因選植表現之 後,蛋白質組成結果為[(SPI)4 + SPII]4的重複排列結構,可以形成奈米纖維 狀的結構,作者將此結構稱為pS(4+1),結果的如下圖所示: 圖 1.5-1 pS(4+1)蛋白質結構示意圖

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之後將此合成的類蜘蛛絲蛋白質結構進行AFM掃描,可發現結構的結 果跟蛋白質排列示意圖中所描述的幾乎相近,蛋白質結構掃描後的AFM 圖:

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圖 1.5-3 類蜘蛛絲合成蛋白自組裝之結構分析

從圖中,我們可以明顯發現結構的形狀是螺旋狀以及摺板狀一起組成 的,呈現整齊而且重複出現的奈米纖維結構,與之前預測的原始蜘蛛絲蛋

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圖 1.5-4 液體狀態蜘蛛絲蛋白質之二級結構預測圖 此研究團隊也利用了AFM的探針對奈米纖維作細微的機械性質量 測,而且有實驗顯示蠶絲蛋白質與蜘蛛絲蛋白質性質相近,所以相信這些 方法都值得去學習跟利用。 對於蠶絲蛋白質二級結構的認識非常重要,因為我們可以預測當蠶絲 蛋白質作自組裝結構之後,所會形成的形狀,我們預測會形成奈米纖維狀 或者是管狀的形式。同樣的,可以參考不同種類蛋白質會形成自組裝結構 的方式以及應用。

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候,隨時間改變的結構變化情形,藉由AFM作為觀測的工具,觀察每個時 間點的介穩定狀態結構,實驗方法為先將KFE8溶解在穩定的保存溶液當 中,讓保存溶液能夠在室溫中作保存,並且藉由控制保存溶液的濃度和酸 鹼值(pH值),來避免因為溶液中的離子不穩定而造成有析出物產生,接著 將這個含有KFE8的溶液在雲母片上形成自組裝結構,並且設定觀測的時間 點來看介穩定的結構狀態,實驗結果如下圖: 圖 1.6 KFE8在保存溶液中形成自組裝結構的介穩定狀態(AFM)

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時,用電子顯微鏡觀察到的結果;b.35分鐘之後的結果;c.2小時後的結 果;d.30小時後的結果,由此可見,自組裝結構會隨時間慢慢轉變成更複 雜的結構,了解蛋白質形成自組裝結構的機制是非常重要的,這有助於作 蠶絲蛋白質的自組裝結構的條件設定。 除了了解自組裝的機制之外,自組裝結構的應用變得更令人感興趣 了,例如:使用利用有機胜肽鍵所形成的自組裝結構來辨認奈米金粒子12 用diphenylalanine做自組裝,最後會形成共軸的奈米管狀結構,第二步是加 入銀離子,讓銀離子填滿奈米管的中空部份,並且將銀離子做還原,第三 步再將奈米管接合含有硫氫鍵(-SH)的diphenylalanine,接著第四步就是加 入金粒子,這樣金粒子就會被奈米管表面的硫氫鍵接合。實驗的流程圖如 下: 圖 1.7-1 自組裝結構奈米管辨認金粒子實驗流程

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圖 1.7-2 金粒子與自組裝奈米管接合的TEM圖 從上圖的結果可以清楚看出,自組裝奈米管的表面有修飾硫氫鍵跟沒 有硫氫鍵,對於金粒子在表面上的接合,會有很明顯的差異,在上圖的左 圖當中,c圖表示奈米結構表面無修飾硫氫鍵,所以幾乎沒有金粒子接合上 去,而d圖表示結構表面有修飾硫氫鍵,所以就很容易與金粒子接合,上 圖的右圖是d圖放大的結果,從圖中更可以明顯的看出,金粒子也會隨著 表面修飾的硫氫鍵做具有方向性的接合。 1.5 在選作此實驗之前,搜尋到幾篇的相關研究論文,其中的一篇11是 將選用的鞭毛狀蛋白質做自組裝的奈米結構成型,並且針對這種特殊形狀 的奈米結構作分析,利用螢光顯微鏡、transmission electron microscopy (TEM)以及光學性質的量測,希望藉由此種新式的奈米結構,讓它發展成 為具功能性的蛋白質,而本實驗將學習這些觀念並朝著此方向來做。

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主要原因有二,一. 蠶絲蛋白質可藉由一定程度的培養,來獲得較大量而 且品質較佳的蠶絲蛋白質,這對於實驗的進行相當有利,可排除掉很多的 失敗因素,第二. 截至目前為止,大家對蠶絲蛋白質的研究僅停留在分析 其組成成分和探討其分子量大小的地步,並未做更進一步深入探討和發 展,而在本實驗中除了做成分分析以及分子量定量之外,將朝著在上面所 論述的方向來進行研究,以更微觀的角度,再結合生物分子自組裝的觀念 和模式導入實驗方法,讓蠶絲蛋白質形成奈米結構構型,分析其在奈米尺 度中所具有的量子物性行為、光學性質、導電性和熱傳度等,讓蠶絲蛋白 的應用更多元且更加強化其功能性。

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第二章 實驗設計、步驟與方法

實驗一: ▲ 實驗設計流程圖: 1. 取得蠶絲絲囊與萃取蠶絲蛋白 2. 蠶絲蛋白質保存溶液的測試與配置 3. 蠶絲蛋白性質分析 3-1 SDS-PAGE 蛋白質 電泳分離技術 3-2 HPLC 高效能液 相層析儀 4. 蠶絲蛋白質自組裝奈米結構成型

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▲ 實驗方法與步驟: 一. 2.1 蠶絲絲囊的取得 蠶在成蟲時期,每隔七天會脫皮一次,脫皮一次稱二齡蠶,脫皮二次 稱三齡蠶,成蟲到結蛹前總共會脫皮四次,所以欲取得大量的蠶絲蛋白質 必須解剖五齡蠶的蠶絲絲囊,本實驗所用的蠶的種類是家蠶(Bombyx mori),取得蠶絲蛋白之後,必須將蠶絲蛋白保存在能夠讓蛋白質穩定又不 變性的化學溶液中,以利之後的自組裝結構形成。 一. 2.2 蠶絲蛋白質保存溶液的配置 蠶絲蛋白質也是蛋白質的一種,蛋白質容易在空氣中氧化且變性,所 以保持蠶絲蛋白質的活性變的相當重要,利用製作相圖的方式來找出能夠 讓蠶絲蛋白質穩定存在的保存溶液。相圖的條件設計分別有溶液中的鹽類 溶度、酸鹼度以及保存溫度,條件範圍如下: 1. KCl (鹽類)濃度: 0~600mM 2. 加入磷酸根(NaH2PO4)來調整溶液酸鹼度: pH= 2.0~10.0 3. 加入尿素(Urea)濃度:0~4M 4. 保存溫度有3種:4℃、-30℃、-80℃ 溶液的配置均必須用二次水(milli Q water)以避免水溶劑中不必要的離子 雜質干擾蛋白質,並且須經過0.25μm的filter過濾,以確保溶液的潔淨度。

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在這些條件之內,找出最適合蠶絲蛋白質穩定存在的條件範圍。 一. 2.3 蠶絲蛋白質的性質分析 2. 3. 1 ──分子量分析 由於蠶絲蛋白質具有多種蛋白質成分組合而成,所以必須先將蠶絲蛋白 質製成帶電分子,再經電泳原理將蛋白質做分離,帶電分子在電場中會被電 流移動,是為泳動;其泳動的大小程度稱為泳動率 (mobility)。蛋白質的相 對泳動率(Rf )與分子上電荷密度(q),所施加的電壓(E) 成正比,而與其分子 摩擦力成反比,電泳即是利用各種蛋白質在電場中不同的移動速率來達到分 離的目的。

Polyacrylamide gel 組成:主成份是 acrylamide 組成網狀直鏈結構與 BIS (N,N-methylene bisacrylamide)組成網狀的支鏈結構,在加入 APS (ammonium persulfate)與 TEMED (N,N,N,N-tertramethyl-ethylenediamine) ,產生氧化自 由基與開始聚合(polymerization)反應,膠體孔洞大小取決於 acrylamide 總濃

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A . P oly m e riz a tion of a c ry la m ide SO4 nCH2 CH CONH 2 n H2C CH CONH 2 CH2 CH CONH 2 nCH3 CH CONH 2 S2O8 + T E M E D

B . R e a ction in v olv e d in cr oss-lin kin g a cr y la m ide ch a in s SO4- + nCH2 C CONH 2 + H2C CH C O NH ) CH2 2 CH2 CH CH2 CH CONH 2 CH2 CH O NH CH2 CH C O C O NH CH2 NH C O NH CH2 NH C O CH H2C CH2 CH CONH 2 H2 C HC CH H2 C CH CONH 2 C H2 C O NH CH2 H N O CH H2 C H2 C CH H2 C CH CONH 2 C O NH CH CONH 2 H2 C H C C O NH H2C ( 圖 2-1 丙烯醯胺聚合反應 圖 2-2 丙烯醯胺聚合成網狀結構

在膠體中加入一種 detergent 為 sodium dodecyl sulfate(SDS)用來使蛋白質變 性(denature),SDS 會與蛋白質結合使一有摺疊構形蛋白質拉成直鏈狀之一 級結構,此複合體均帶負電,所以在膠體中移動率僅與蛋白質分子量有關。 電泳的裝置在本實驗中為 slab gel(如下圖 2-3),利用兩片玻璃白板組成的空 隙形成膠體,膠體分為兩層,上層為 stacking gel 孔洞較大,目的是讓樣品 中的蛋白質在進入 separating gel 前被壓縮成一直線(在 stacking gel 中為

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pH6.8,此時緩衝液中 glycine 不帶電跑最慢,而氯離子跑最快,蛋白質被夾

2-3 跑膠的裝置

中間),下層為 separating gel,pH 值為 8.8,此時 glycine 變為帶負電移動

來偵測蛋白質 bands 的方法是利用一染劑 Coomassie Brilliant Blue

所需器材及試劑 ;2. spacer、comb;3. 夾子兩個;4. 電泳槽;5. Power Su 圖 在 最快,再來是氯離子,而蛋白質則因其孔洞較小,為主要利用分子量大小分 離之。 而最常用

R-250,使得 gel 上的蛋白質 bands 會被固定,而大部分 dodecyl sulfate 會被 buffer 中的甲醇與醋酸洗去。所以跑 SDS-PAGE 是一種最常使用來分析蛋白 質純度與定量的方法,尤其是在進行蛋白質純化時,若此酵素沒有一個適當 的活性分析的方法時,可以利用 SDS-PAGE 來判斷之。 器材: 1. 玻璃片、白板各一片 pply;6. 塑膠盒一個;7. Incubator;8. 錐形瓶兩個;9. 塑膠吸管;10. 玻 璃紙

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Separating gel 8% 8% H2O 4.68 ml 1.5M T is-HCl (p ) r H=8.8 2.5 ml 30% Acrylamide-Bis 2.67 ml 10% SDS 100 ul 10% APS 50 ul TEMED 10 ul Stacking gel 4% 4% H2O 3.05 ml 0.5M Tris-HCl (pH=6.8) 1.25ml 30% Acrylamide-Bis 650 ul 10% SDS 50 ul 10% APS 25 ul TEMED 10 ul 5X Sample buffer ddH2O ml 6.8 1.7 ml

,and heat at 95℃,5 min 4.0 0.5M Tris-HCl, pH Glycerol 5.0 ml 20%(w/v)SDS 0.5 ml 2-mercaptoethanol 2.0 ml 0.05%(w/v)bromophenol blue 4~8 mg total 10.0 ml dillute the sample at least 1:4 with sample buffer store in –20~-70℃

Gel stock solution

All gel stock solution filtered through millipore 0.45 μm 30% Acrylamide

(N,N’-methylene bis-acrylamide) 300g acrylamide dissolved in ddH2O, add ddH2O to 1 liter

Store at 4℃ in dark

1% Bis-Acrylamide

g bis-acrylamide dissolved in ddH2O, add ddH2O to 0.5 liter

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M Tris pH8.8, Separation Gel Buffer--- 1

4.6 g Tris-Hcl (MW 158) 2

102.6 g Tris-base (MW 121.1) Make to 1 liter ddH2O, Store at 4℃ Stacking Buffer---1M Tris pH6.8

121.1 g Tris base + HCl

Make to 1 liter ddH2O adjust pH to 6.8 Store at 4℃

20% SDS Store at room temperature

20 g SDS dissolved in ddH2O , add final H2O to 100 ml 10X Electrode Buffer Stock, pH8.3

144g glycine 2O Store at 4℃ ) 30g Tris-base 10g SDS make to 1 liter ddH

1X Electrode Buffer (made from 10X ute to 1X electrode buffer when used Dil

Gel Stain-Coomassie Blue

1.5 g coomassie Blue Dissolve dye in methanol first )

Store at room temperature 500ml methanol(absolute

500ml ddH2O

100ml acetic acid

Destain solution I Destain solution II

Methanol 400ml Methanol 50ml acid 120ml

H2O

Acetic acid 100ml Acetic

ddH2O 500ml ddH2O 880ml

Store at room temperature ·10%APS and TEMED ·Satured Tert-butanol in dd ·Protein Marker

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用水先試驗會不會漏)。

2. 依上述配方的順序依次加入,配製下層膠(separating gel)加到整片 gel 的 2/3 的地方(當 APS 與 TEMED 加入時聚合反應即開始,混合均勻後 須盡快倒入)。 3. 加入 ethanol(可蓋過一層薄薄的量即可,不需太多)壓平 gel,進行聚合 反應約 30 分鐘。 4. 倒掉 ethanol,用水輕輕沖洗。 5. 同樣依上述步驟配製上層 gel 後,插入尺梳(comb),進行聚合約 30 分鐘。 6. 樣品配製:加入 5X sample buffer(最後稀釋成 1X)。 7. 樣品於 95 ℃,加熱 10 分鐘後待冷卻。 8. 倒入 running buffer 於電泳槽中。 9. 將樣品小心注入 well 中(注意不要讓 sample 飄起)。 10. 進行電泳(一開始用 80 伏特電壓,待 dye 跑至下層 gel 時,電壓可加大 至 100 伏特電壓,直至 dye 跑到 gel 底下還未完全跑掉時即可關掉)。 11. Coomassie brilliant Blue R250 染色 20 分鐘。

12. 用 destain buffer I 去染色 20 分鐘。 13. 用 destain buffer II 去染至隔天。

14. 用玻璃紙封膠,把膠放於燒杯頂上,先放一片玻璃片,放上弄濕的玻璃 紙並倒上一些水,再把膠放上去,用另一玻璃紙蓋上(小心儘量不要有 (

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2.3.2 高效能液相層析儀分析 ( HPLC ) 相層析分離過程,主要是由各 ,利用 n) . 2.4 蠶絲蛋白質自組裝結構成型 Assembly)是存在於化學及生化系統 氣泡 )待其自然乾。 液 成分物質與固定相之間相互作用 移動相極性強度將不同成分物質沖提分離出來。利用 HPLC 分析蠶絲蛋白 的光吸收值,及了解蠶絲蛋白質的分子量大小,若有分離出小分子的話,再 針對各個小分子進行定量或定性的分析,HPLC 系統包含 L-2100 pump、 L-2200 Autosampler、L-2450 diode array detector,實驗中所用的管柱(colum 型號為 BioSep-SEC-S4000,在注入蠶絲蛋白質溶液之前,必須先用 0.2μm filter 進行過濾,以除去多餘雜質,移動相( mobile phase)用蠶絲蛋白質保存 溶液 (即 buffer I ),流速(flow rate)設定為 1mL/min,觀測波長為 280nm,時 間設為 20 分鐘。 一 自組裝奈米技術: 「自組裝」(Self-中隨處可見的一種自然現象,其主要是指多種不同組成的分子,受到分子 間非共價鍵作用力的影響,依熱力學原理以最穩定之狀態組合,而自然發 生自組裝排列的現象。其特色為以非常簡單而直接形成奈米大小的分子,

(36)

存溶液中的蠶絲蛋白質藉由參數的設定與控制來找出讓蠶 /mL。 箱。 各組的結果先進行SEM觀察前的 開發潛力。 將置於保 絲蛋白質行成自組裝結構的最佳條件,參數設定和範圍如下: (1) 蛋白質濃度(UV-OD280nm):1.0mg/mL;0.5mg/mL;0.25mg (2) 乾燥時間:1 week;3 days;1 days 。

(3) 乾燥溫度: 25 ℃;37 ℃;50℃。 (4) 溶液 PH 值:8.0;7.0;6.0。 (5) 自組裝的環境:乾燥箱 ; 培養 依照上述的五種參數條件去進行實驗,將 固定處理,固定的步驟為加入戊二醛(GLUTARALDEHYDE)與已成型的蠶 絲蛋白質自組裝結構作用 30 分鐘,目的是讓蠶絲蛋白質的自組裝結構能 夠固定於乾淨的矽晶圓上,接著加入PBS buffer清洗,再來加入鋨酸溶液 (OsO )作用 30 分鐘,加入鋨酸的目的是利用重金屬染色的原理使我們的結 果在SEM觀察下得到更好的對比效果,緊接著在做梯度酒精的脫水動作, 酒精的梯度順序為 50%;60%;70%;80%;90%;95%;100%(無水酒精), 每個梯度分別作用 5 分鐘,從 50%到 90%的梯度作用一次,95%作用兩次, 無水酒精作用三次,最後再加入HMDS ( 4 hexamethyldisilazane)幫助脫水,之 後用JEOL 6700 SEM (10KV,10mA,Field Emission Gun) 來觀察,並找 出如預期的絲狀或是管狀結構與最佳的實驗參數。

(37)

成分和不同大小的奈米粒子注入老鼠體內,奈米粒子的種類 small size 實驗二: 抗體製備 二. 2.1 將不同 有ZnO和TiO2,各有兩種尺寸,如下方表格所示: large size ZnO 90~220 nm 20 nm TiO2 10~40 nm 5 nm 用的老鼠品系為 BALB/c,並分別先將這四種奈米粒子抗原跟乳化劑結 行解剖,進行取血與取內臟,取的內臟部分包含有腦、 選 合之後,再注入老鼠體內,實驗時間為 21 天:第一天(第一周)是將抗原以 100μL 與 Complete adjuvant(100μL)作等體積混合之後,同時施打於腹 腔、肌肉及背部;第八天(第二周)是將抗原以 100μL 與 Incomplete adjuvant (100μL)作等體積混合之後,進行施打;至第十五天(第三周)與第二十 一天(第四周)時,重複第八天的實驗步驟,實驗進行的同時也同時記錄老 鼠的行為狀況。 接著將老鼠進 心、肺、肝、脾、腎六種

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塑膠孔盤上,完成後用 BSA 洗去多餘之抗原 利用抗原抗體之間專一性鍵結之特性,對檢體進行檢測;由於結合於 固體承載物(一般為塑膠孔盤)上之抗原或抗體仍可具有免疫活性,因此設 計其鍵結機制後,配合酵素呈色反應,即可顯示特定抗原或抗體是否存 在,並可利用呈色之深淺進行定量分析。 一般之操作步驟為: (1) 將四種抗原固著於 (2) 加入待測的抗體,並做梯度的濃度實驗,抗體中若含有待測之一次抗 體(primary antibody),則其會與塑膠孔盤上的抗原進行專一性鍵結 用 PBS 洗去多餘待測抗體,加入含有螢光酵素之二次抗體[secondary (3)

antibody:Goat polyclonal to Mouse IgG H&L (HRP) Pre-Adsorbed] 與待測之一次抗體(primary antibody)鍵結 (4) 用 PBS 洗去多餘未鍵結二次抗體(secondary antibody),加入酵素受質使 酵素呈色,用 ELISA reader 儀器讀取呈色結果 二. 2.3 接合含有量子點(Quantum-dots)的二級抗體作顯色觀察 利用量子點(Quantum-dots)被特定波長的光激發後,可發出螢光的特 性,實驗中使用含有量子點的二級抗體,並且使用酵素免疫分析法(ELISA)

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的表面修飾一層 APTES (3-aminopropyltriethoxysilane,3-氨基丙基三甲氧 基甲矽烷),作為抗原與矽晶圓的連接劑,之後接合待測的一級抗體,再來 讓一級抗體與有接合量子點的二級抗體作專一性的鍵結,在觀察的時候, 利用綠色的螢光(波長約為 550nm)作為激發光源,在螢光顯微鏡下的視 野擷取發螢光的結果;另一個觀察工具為 JEOL 6700 SEM (Scanning Electron Microscopy:10KV,10mA,Field Emission Gun),試片在進入 SEM 觀測之前,同樣的,必須將試片作前固定與脫水的的步驟,以避免破壞 SEM 內部的真空度,預期能看到一級抗體與含有量子點的二級抗體結合的影 像。

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第三章 結果與討論

一. 3.1 蠶絲絲囊 先了解家蠶的內部構造,了解蠶絲絲囊的形 的取得 欲取得蠶絲蛋白質必須 狀,藉由查閱相關書籍和參考論文,來確認我們所取得部位的就是蠶絲絲 囊,就如同第三章實驗中所提到的,取的蠶絲絲囊必須是家蠶為五齡蠶到 形成繭的階段,這樣的蠶絲絲囊才會飽滿,所取得的蠶絲蛋白質的量也會 相對的比較多;在取得蠶絲絲囊之後,必須馬上將蠶絲絲囊放入以測試好 的穩定保存溶液 (此將保存溶液稱為 buffer I) ,讓蠶絲蛋白質具繼續保有 其原來的蛋白質活性,以利之後實驗的進行,所取得的絲囊如圖 4-1 所示, 圖 3-1 家蠶的蠶絲絲囊 簡單的將蠶絲絲囊分成 4 部分,分別為 ASG、MSG-1、MSG-2、PSG (ASG= anterior silk gland;MSG=middle silk gland;PSG=posterior silk gland)。

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. 3.2 蠶絲蛋白質保存溶液的配置 蛋白質自組裝結構時相當重要, 試, 一 保存溶液的配置對於之後實驗進行 必須避免因為接觸空氣而氧化或者溫度的效應所造成的蛋白質變性,如此 一來自組裝結構就無法形成了,保存溶液的配置就根據第三章實驗中所提 到的四種條件進行測試,1. KCl鹽類濃度;2. 溶液的pH值[以磷酸根 (NaH2PO4)來調整溶液酸鹼度];3. 尿素(Urea)的濃度;4. 保存溫度的測 將這四種條件用相圖的方式找出能夠讓蛋白質穩定存在的範圍,鹽類的濃 度以 50mM為梯度作調整,溶液的pH值範圍從 2.0 到 10.0,每次均以ㄧ個 單位為梯度作調整,尿素(Urea)從 0M到 4M,梯度變化為 0.5M,看每個條 件當中,蛋白質在溶液裡是否會有顏色或者沉澱物產生,如果有顏色或沉 澱物產生的話,就表示蛋白質已經產生變化,必須繼續調整範圍,下面的 圖表為測試的出來的結果。

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圖 3-2 蠶絲蛋白質保存溶液穩定區域 由圖 3-2 的結果顯示,黑色區域為鹽類和酸鹼值的穩定範圍,鹽類濃度 在 100mM 到 300mM 不會產生沉澱,溶液的 pH 值從 5 到 8 可讓蛋白質 穩定存在,接著延續此結果,再加入 Urea 的濃度調整,濃度變化從 0.1M 至 4.0M,實驗結果發現,Urea 濃度在 0.5M 到 4.0M 可以讓蠶絲蛋白質 穩定存在,所以綜合上述 3 種結果,最後設定保存溶液條件為鹽類濃度 =200mM、pH=7 且 Urea 濃度=2M,並且稱此保存溶液為 buffer I;最後 一項保存條件是溫度的保存,有 3 種保存溫度分別為 4℃、-30℃和-80℃, 測試結果,以 4℃的保存條件效果最佳,因為-30℃和-80℃的溫度太低,

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會造成蠶絲蛋白質產生固化而且加熱之後無法回覆到原來的狀態,其結 果亦可以從圖片中觀察得知,如下圖所示, 4℃保存取出後 -80℃保存取出後 圖 3-3 蠶絲絲囊在 4℃與-80℃保存的結果比較 在均含有 buffer I 溶液的保存下,在 4℃左右的保存溫度還是可以讓蠶絲 蛋白質繼續保有其原來的樣子,但是在-80℃的時候,卻會造成蠶絲蛋白 質的硬化而形成白色的固體,所以保存溫度以 4℃為最佳保存溫度。 一. 3. 3 SDS-PAGE蛋白質電泳分離技術──分子量分析

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離效果的電泳膠配法,將蠶絲蛋白質做更細微的蛋白質分離,欲得到最 佳分離效果,必須控制 separating gel 的濃度以及跑膠時的電壓伏特數, 最後測試的結果,發現最好的條件是將 separating gel 的濃度調成 8%,然 後在加入蛋白質跑膠前,先將加 50 伏特的電壓預跑一次,預跑的目的是 先去除膠體內的雜質,避免讓蛋白質在跑膠時受到雜質的干擾而產生拖 曳的現象,之後正式跑膠時,使用的電壓為 100 伏特,所得的跑膠結果 如圖 圖 3-4 蠶絲蛋白質之電泳分析結果

從結果發現,對照著 protein marker 來看,在將近 60KDa 的附近以及 35KDa 和 40KD 均有明顯的蛋白質帶,顯示著蠶絲蛋白質有著更小的蛋 白質結構,但是在膠體的上方也同時發現,有比較大分子量的蛋白質尚

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未被分離,根據參考資料推測,在較大分子量的蛋白質裡,可能在蠶絲 蛋白質裡有強鍵結無法藉由電泳原理來打斷,這些鍵結也是造成蠶絲蛋 白質會很黏稠的主因。 一. 3.4 高效能液相層析儀分析 ( HPLC ) 在做蛋白質分析的實驗中,如果能夠將蛋白質做純化成為相當重要的關 鍵,可藉由不同管柱(column)的使用,來達到良好的純化效果,實驗中使用 的管柱(column)型號為 BioSep-SEC-S4000,實驗參數為流動相(mobile phase) 為保存液(buffer I),且將流速(flow rate)設定為 1mL/min,觀測波長為

280nm,時間設為 20 分鐘。

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從結果可以對照已知的分子量大小的物質來分析,分子量越大者, elusion time 越小,即越早出現吸收峰值;實驗中最後發現蠶絲蛋白質造成 管柱(column)塞住,所以實驗結果僅剩 4 分鐘以前的數據,而且從峰值的 結果也發現,所被分析的蛋白質不能完全有效的被純化析出,造成峰值不 是單一的波峰,由此也發現蠶絲蛋白質的鍵結相當強,可以與跑膠結果做 呼應,所以造成無法有效的純化分析。 一. 3.5 蠶絲蛋白質自組裝結構成型 根據參考資料所顯示,蠶絲蛋白質被預測出具有β-sheet 摺板狀的結 構,並且與鏈狀的蛋白質共同聚合,形成奈米等級的共聚物,藉由設定實 驗條件來讓這種奈米結構做自組裝的動作,實驗結果顯示,最佳的實驗參 數為下列所示: (1) 蛋白質濃度(UV-OD280nm):0.25mg/mL。 (2) 乾燥時間:1 days。 (3) 乾燥溫度: 25 ℃ (4) 溶液 PH 值:7.0。 (5) 自組裝的環境:培養箱。 配合上述條件,讓蠶絲蛋白質在矽晶片上形成自組裝結構,結構形成 之後,在不破壞自組裝結構的條件下,在進行 SEM 的觀察前,先做好固

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定和脫水的步驟,利用 JEOL 6700 SEM (10KV,10mA,Field Emission Gun) 的觀察來找出最佳的自組裝結構條件,下列圖片的實驗結果與預期結果最 為接近,蠶絲蛋白質的自組裝可形成線狀的奈米結構;從 SDS-PAGE 的跑 膠結果與 HPLC 的純化結果得知,蠶絲蛋白質在較大的分子量基團裡有強 大的化學力鍵結,所以無法做有效的純化,因此會看到奈米自組裝結構與 其他較大蛋白質一起出現,若想得到只有奈米自組裝結構的結果,就必須 將蠶絲蛋白質體作更進一步的有效分離純化。 圖中奈米自組裝結構的線寬大小為 30 到 60nm 左右

(48)
(49)

二. 3.1 酵素免疫分析法(Enzyme-linked immunoassay, 簡稱 ELISA) 酵素免疫分析法的實驗步驟第三章所描述,藉此來檢測抗體的免疫反 應,並且將抗體濃度作梯度測試,實驗結果如下圖: 圖 3-7 不同奈米粒子的 ELISA 結果 從圖中的結果可知,每種抗原都有相對性的抗體接合反應,而且以TiO2-S 的反應量為最多,但是結果卻沒有濃度梯度變化,推論由於抗原與塑膠孔 盤的接合不均勻是造成無濃度梯度變化的主要因素。 二. 3.2 接合含有量子點(Quantum-dots)的二級抗體作顯色觀察

(50)

的實驗步驟就與抗體免疫分析法相同,反應完之後,先用 Leica DM2500M 的螢光顯微鏡作觀察,並且以綠色螢光(波長約為 550nm)來激發含有量子 點的二級抗體,實驗結果如下: antibody Antigen:ZnO-L Antigen:ZnO-S antibody

(51)

Antigen:TiO2-L

antibody

Antigen: TiO2-S

antibody

(52)

上列的結果來看,發現二級抗體對一級抗體的辨認,似乎專一性的接合 不高,導致所有的反應皆無明顯的差異。

(53)

第四章 結 論

實驗一. 作蠶絲蛋白質體學的研究,第一步首要工作就是測試出能讓蛋白質穩 定存在的溶液來保存,才能進行之後的相關實驗,接著以相對巨觀的模示 對蠶絲蛋白質體作物性及化性分析,進一步的找出可以讓蠶絲蛋白質形成 自組裝奈米結構的最佳條件。 取得五齡蠶的飽滿蠶絲絲囊後,首先將保存蛋白質的條件列出,分別 有鹽類濃度、酸鹼度以及保存的溫度,找出最適合蛋白質存在的環境範圍 所以最後採用保存溶液的條件為鹽類濃度=200mM、pH=7 且 Urea 濃度 =2M,並且以 4℃的狀態保存之。 蠶絲蛋白質分析,實驗設計流程是先以 SDS-PAGE 蛋白質電泳分離技 術,再來將蠶絲蛋白質作 HPLC 的純化分析,先利用 SDS-PAGE 電泳膠體 將蠶絲蛋白質體作初步的定量分析,從膠體的結果發現,對照著 protein marker,蠶絲蛋白質有大有小,小的部分是在將近 60KDa 的附近以及 35KDa 和 40KDa 均有明顯的蛋白質帶,大的部分,預估大於 200KDa,參 照文獻與實際的實驗結果,推測較大分子量的蠶絲蛋白質有強力的化學鍵 結,導致無法利用電泳膠體將大分子的分離;接著用 HPLC 高效能液相層 析儀將蠶絲蛋白質作純化,由吸光值 OD280nm 的實驗數據發現,蠶絲蛋

(54)

所以無法得到有效的蛋白質純化,此結果卻可以和 SDS-PAGE 的跑膠結果 作驗證,亦即蠶絲蛋白質有強力的化學鍵結。 從上述的實驗結果,了解到蠶絲蛋白質目前無法被純化出來,所以未 來可以找出相關參考文獻,跟蛋白質純化有關的方法,或者是利用加入界 面活性劑的方式,來打斷液體蠶絲蛋白質中的強力化學鍵,接著再做蛋白 質分離與純化的工作;另一種方法是可以使用比較前段時期的蠶,如一齡 蠶、二齡蠶、三齡蠶或/和四齡蠶,使用比較前期的蠶絲絲囊蛋白質,先比 較不同時期的蠶絲蛋白質的成分與性質,再決定要採用何種時期的蠶絲蛋 白質來做自組裝奈米結構,如此才可以得到更好且性質更佳的自組裝結 構。 自組裝結構成型技術,是以不外加能量的方式,讓分子或物質以最低 能量方式作最穩定的自然排列結果,實驗中,同樣用控制環境因子的方式 找出能讓蠶絲蛋白質作自組裝的環境,截至目前為止,從 SEM 的實驗結 果發現,在所設計的實驗控制因子中,當蛋白質濃度(OD280nm)=0.25、溶 液 pH 值=7.0、乾燥溫度=25℃且乾燥時間為一天的狀態下,蠶絲蛋白質可 以形成自組裝的結構為奈米尺度的絲線狀,尺度大小為 40~60nm 左右。 現在大家對奈米科技的認知,已經有相當程度的了解,也就是當物質 或分子結構的尺寸大小達 100nm 以下時,其所擁有的物理性質和化學特 性,甚至光學特性、導電度和熱傳性質都將改變,而展現新的機能與特性;

(55)

所以之後蠶絲蛋白質奈米自組裝結構可以做性質分析,並且利用其奈米尺 度所擁有的獨特性質作嶄新的應用,亦可結合不同奈米物質,形成新式的 奈米複合材料,做特殊功能材料以供產業應用,例如:利用其高生物相容 性的特質,發展新式的醫用材料等等,其對未來的產業的應用,將可跨足 多項領域。

(56)

參 考 文 獻

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數據

圖 1.5-2  類蜘蛛絲合成蛋白自組裝結構之AFM圖
圖 1.5-3  類蜘蛛絲合成蛋白自組裝之結構分析
圖 1.5-4  液體狀態蜘蛛絲蛋白質之二級結構預測圖          此研究團隊也利用了AFM的探針對奈米纖維作細微的機械性質量 測,而且有實驗顯示蠶絲蛋白質與蜘蛛絲蛋白質性質相近,所以相信這些 方法都值得去學習跟利用。          對於蠶絲蛋白質二級結構的認識非常重要,因為我們可以預測當蠶絲 蛋白質作自組裝結構之後,所會形成的形狀,我們預測會形成奈米纖維狀 或者是管狀的形式。同樣的,可以參考不同種類蛋白質會形成自組裝結構 的方式以及應用。
圖 1.7-2  金粒子與自組裝奈米管接合的TEM圖          從上圖的結果可以清楚看出,自組裝奈米管的表面有修飾硫氫鍵跟沒 有硫氫鍵,對於金粒子在表面上的接合,會有很明顯的差異,在上圖的左 圖當中,c圖表示奈米結構表面無修飾硫氫鍵,所以幾乎沒有金粒子接合上 去,而d圖表示結構表面有修飾硫氫鍵,所以就很容易與金粒子接合,上 圖的右圖是d圖放大的結果,從圖中更可以明顯的看出,金粒子也會隨著 表面修飾的硫氫鍵做具有方向性的接合。  1.5    在選作此實驗之前,搜尋到幾篇的相關研究論文,其中的一篇 1
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參考文獻

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