旗魚為台灣主要的漁獲之一，所捕獲的旗魚依其原料特性而製成不同的產品。國內現行的法規 中，並無「主原料含量及品名標示相關規定」，恐業者假借其他低價魚種取代旗魚而製成假旗 魚加工產品。由於所使用的基因鑑種技術，如直接定序、PCR 僅能檢測假冒之旗魚加工品，卻 難以檢測出摻假之旗魚產品，故急需發展旗魚加工品中旗魚肉含量之定量技術。
本研究首先對立翅旗魚 (Istiompax indica)、紅肉旗魚 (Kajikia audaxt)、黑皮旗魚
(Makaira nigricans)、雨傘旗魚 (Istiophorus platypterus)、劍旗魚 (Xiphias gladius)，
進行 16S rRNA 與 COI 基因序列之建立，利用 primer walking 之方式建立完整之其因資料，
以所建?之資?搜尋旗魚魚種合適之基因片段，作為基因定?檢測法引子設計之?考依據。
再者，利用五種旗魚之基因資料設計一組共同且具專一性之引子對，其片段為 150 bp，進行 其引子專一性及靈敏度之偵測。由結果確認此組引子是適用於作為五種旗魚之特異性引子，以 此組引子進行生鮮與加工品旗魚產品之其因定量髮技術開發之用。將此組引子進行 DNA 濃度 靈敏度偵測其結果顯示各種檢測靈敏度為: Makaira nigricans: 10-5 ng, Kajikia audaxt:
10-5 ng, Istiophorus platypterus: 10-4 ng, Xiphias gladius: 10-3 ng and Istiompax indica: 10-5 ng。
由於市售產品之DNA 會因加熱高溫烹煮、混雜其他之魚肉等因素而有所影響，而進行加熱極 限之偵測、混合魚肉、仿製市售產品之偵測。檢測結果顯示，加熱檢測極限在 100℃烹煮過 後之魚肉其極限值可達 60 min ，在 121℃滅菌之魚肉上其極限值可至 30 min，生鮮旗魚混 合肉之檢測極限為< 0.5%之旗魚含量，在仿製產品中其針測極限為< 1%，並利用仿製之加工 品作為對於市售產品偵測之標準曲線。實際採集北中南東四個地區之市售旗魚樣品:旗魚鬆 20 件 、旗魚丸 22 件、其他產品:如旗魚糖、旗魚蛋捲、旗魚漿及旗魚黑輪等。經基因定量檢測 原料含量結果顯示不合格之百分比為:旗魚丸: 45.45%、旗魚鬆: 5% ，有此可得知亦有不符合 標示之產品。而市售之旗魚糖則未檢出，有此可得知亦有不符合標示之產品。綜合實驗結果顯 示，本論文所建立之即時定量聚合?連鎖反應之條件可適用於檢測旗魚加工品之定量分析。
