3.1 殼體標本及水樣採集與處理
本研究現生牡蠣標本及遺址牡蠣標本皆以長牡蠣為主，南關里與南關 里東遺址出土的牡蠣有二十多種，但因現今西南沿海養殖的牡蠣為長牡 蠣，為了避免種屬效應影響，遺址標本亦挑選長牡蠣作為研究材料。
現生牡蠣養殖於雲林縣口湖鄉金湖漁港附近沿岸的潮間帶位置，此處 牡蠣採用平掛式養殖，約於2007 年 11 月放置舊殼，待其附苗成長，之後 分別於2008 年 6 月 14 日、2008 年 11 月 9 日、2008 年 12 月 20 日、2009 年3 月 18 日、2009 年 5 月 14 日採收。而遺址標本由中央研究院歷史語言 研究所李匡悌老師提供挖掘自台南科學園區中的南關里遺址及南關里東 遺址。
本研究分析現生標本共18 個，其中 2008 年 6 月 14 日採集的標本有 3 個，2008 年 11 月 9 日採集的標本有 5 個，2008 年 12 月 20 日採集的標本 有4 個，2009 年 3 月 18 日採集的標本有 2 個，2009 年 5 月 14 日採集的 標本有4 個。遺址標本共 11 個，位於南關里第一文化層的標本有 3 個，
位於南關里第二文化層的標本有5 個，位於南關里東的標本有 3 個。
自97 年 7 月 13 日起，每日於滿潮時刻收集一瓶約 100c.c.的水樣，並 於97 年 6 月 14 日及 97 年 7 月 12 日當日第一次滿潮至第二次滿潮間，每 隔一小時收集水樣一次。水樣裝瓶時以孔隙0.45μm 的過濾器濾掉雜質，
並加入些微氯化汞，確保瓶中水樣無生物繼續生存，影響水質，採集的同 時，以YSI 溫鹽計測量採集時的水溫及鹽度，並記錄下來。
3.2 牡蠣標本前處理及薄片製作
1. 先將標本以清水做初步的清洗，再浸泡於 3%的過氧化氫水溶液，直到 殼體表面附著的沉積物脫落，放置室溫下風乾。
2. 以 Buehler Epoxicure 樹脂與硬化劑以 5 比 1 的比例混合，為減少樹脂 中的氣泡量，將調勻的樹脂置於真空皿中抽氣5 分鐘，再把抽完真空 的樹脂倒入裝有以黏土固定標本的紙盒中，傾倒量每次不超過一公 分，直至淹蓋過牡蠣的韌帶。
3. 將固定後的標本沿韌帶部位縱切，切面以#600 的金剛砂磨平，和同樣 以#600 的金剛砂磨成毛玻璃的玻片以 5 比 1 的 Buehler Epoxicure 樹脂 與硬化劑黏合，待乾。
4. 將黏合於玻片上的標本切成薄片，切面以#600、#1000 金剛砂磨平，
再以3.0、0.3micron 的氧化鋁粉拋光，薄片即製作完成。
3.3 透射光顯微鏡及陰極射線顯微鏡觀察
為了瞭解殼體的微細構造，將標本薄片置於透射光顯微鏡下觀察其生 長紋路的結構，並拍照，以利確定取樣位置。另外標本的保存度也決定標 本的碳氧同位素是否值得採用，因此利用陰極射線顯微鏡觀察標本是否有 發光現象，並加以拍攝。陰極射線顯微鏡在8.5kV 加速電壓及 200~250μ A 電流環境下進行觀察。
3.4 X-ray 分析
因X 光繞射分析可用來判斷礦物晶體內部離子或原子的位置，可藉此 得知晶體結構。先挖取現生牡蠣白堊部位的粉末，並以研缽磨細，及硬質 殼體部位磨成粉末，分別利用甲醇將粉末平鋪及固定於薄片上，送入JEOL JDX-8038 X 光繞射儀分析，將電壓強度設定為 40.0kV，電流強度調為 30.0mA，將得到的繞射圖譜對照粉晶繞射標準(JCPDS; Joint Committee on Powder Diffraction Standards)，判斷牡蠣殼體礦物組成成分。
3.5 穩定碳氧同位素分析
將透射光及陰極射線顯微鏡所拍攝的照片對照比較，確定取樣位置後，利 用Micromill 儀器鑽取粉末，鑽取的長度 2000μm，寬度約 100μm ，得到 粉末量100μg-200μg，將粉末裝入分析瓶中，封瓶後置入 Gilson 自動分析 儀(Multicarb Sample Preparation System)中，瓶內的粉末於 90°C 下與 100
％磷酸反應，產生的CO2氣體以Micromass IsoPrime 質譜儀分析碳氧同位 素組成。同時以國際標準試樣NBS-19(δ18O=-2.20‰；δ13C=1.95‰)進行校 正至V-PDB，δ18O 及 δ13C 之精密度分別為 0.05‰及 0.03‰(N=701)。
將採得的海水透過初步處理後，同樣送入Micromass IsoPrime 質譜儀 分析，水樣分析量為200μL，同時利用實驗室標準水樣 DDW=-6.36‰，
及南海S1 測站取得 10m=0.10‰，1000m=-0.16‰，以及中央研究院地球科 學研究所汪中和老師提供的MS=-12.00‰，RDW=-14.60‰，
LEW07=1.25‰，LWE09=3.08‰作為工作標準品(working standard)，並以 國際標準水樣VSMOW 及 SLAP 為校正標準，得到校正後至 V-SMOW 的 海水氧同位素值，測量得到的氧同位素數值精密度達0.1‰。