「壬子孟冬」，亦即1672 年十月，獨立寫下〈病中五首〉，曰：
二十一年天地空，七十七歲老命窮。
誰曰不生不死可，以挽天地之大雄。
雞皮老翁一百七，白髮頭陀七十七。
二百四十七年中，172顛倒春風共狼藉。
曾聞老翁有子復有孫，如今出家老空門。
大開雙眼笑乾坤，一任滄江變海市。
把火燒身痛不知，和身脫却冷相思。
本來只合消殘夢，去任前頭沒一詞。
白白償他去，清清斷了魂。
千秋一堆土，月照冷乾坤。173
根據高玄岱之〈明獨立易禪師碑銘并序〉所記，十一月五日獨立病情惡 化，請來千呆性侒交代後事。十一月六日，顫筆寫下〈遺偈〉，曰：「鑿 鑿塵塵傍海村，不忘殘夢繞空軒。咄！任他凍折梅花影，接卻江南白玉
170 〈獨立寄安東省菴書〉，九州歷史資料館柳川古文書館藏，史料編號 1365；收入拙編，
《新訂朱舜水集補遺》，頁142。
171 桂氏專書，頁 72。
172 明朝立國年數為 247 年。
173 〈病中五首〉，現藏於京都萬福寺。
魂。壬子仲冬六日。臨命手筆。禿頂漢老獨立。」174即於聖壽山崇福寺 廣善庵圓寂，享年77 歲。千呆性侒作〈為立公大德掩龕〉，175並遵照遺 囑，由弟子慧明將遺骨護送至萬福寺，納骨於萬松岡「明獨立易公之塔」。
隱元作〈輓獨立徒〉以表悼念，曰：
獨立徒寄居崎陽，日常注想檗山不已，奈老足所欺，不能如願。
近聞歸寂，令人不勝嗟嘆，乃述伽陀二章以挽之。
世諦漚花一掃休，乘桴浮海恣優游。
投師脫白離塵網，入道參玄邁眾流。
歲月暗遷真可惜，死生數定豈能留。
幸逢啟發開心眼，舉足便登古岸頭。
老得平常一味休，無思無慮更何求。
棄儒入釋能追本，撒手歸家得自由。
大道頓空諸色相，當仁不讓是良謀。
蓮臺九品須親證，果熟香飄億萬州。176
其他尚有木菴性瑫177、獨吼性獅178、南源（良衍）性派179、悅山道宗180、 月潭道澄181等同門輓詩憑弔。而與獨立堪稱忘年之交、夙有諸多詩文唱
174 〈遺偈〉，現藏於京都萬福寺。
175 吉永氏抄本《示寄獨立公法語等集》、長崎歷史文化博物館渡邊文庫「ヘ 11-127」所藏 古賀十二郎抄本《獨立》均有收錄。吉永註記原文出自《聖壽千呆語錄》，卷4，「秉 炬」，頁22。
176 平久保章編，《新纂校訂隱元全集》，卷 10，頁 4964。
177 ［日］平久保章編，《新纂校訂木菴全集》（京都：思文閣出版，1992），卷 7，頁 3362、
3493-3494。
178 收入吉永氏抄本《示寄獨立公法語等集》。吉永註記原詩出自獨吼性獅《五雲集》，卷 1，頁 26。
179 南源性派著，道曜編，《芝林集》（京都：村上勘兵衛，貞享三年［1686］；國立國會 圖書館鶚軒文庫），卷4，頁 10a。
180 收入吉永氏抄本《示寄獨立公法語等集》。吉永註記原詩出自悅山道宗《谷雲集》，卷 2，頁 12。
181 收入吉永氏抄本《示寄獨立公法語等集》。吉永註記原詩出自月潭道澄《禪悅集》，卷 4。
和的南源，基於「公之生緣出處，予頗諳其詳，故述文告之，以為死生 一別」，同時撰寫了祭文，云：
嗚呼！公乃晉載182安道先生之後裔也，世居會稽之山陰，繼遷杭郡 之仁和。生而超卓，性復穎敏，刻志古人，博極群籍，天文性理之 學，曆數醫卜之秘，靡不究其精微。既登郡黌，徧涉江湖，三吳軒 冕之士，咸知有曼公之名。此公擅才華之富，負行誼之高，故人之 所以樂從也。
迨乎虜變中原，明鼎革遷，痛君父之仇莫報，嗟塵海之波日翻。狼 烟四起，風鶴夜驚，乃易姓名，乘桴東出。適我黃檗老人，應化是 邦法緣，際會千載一時，而公徑裂青衿，皈心座下。此公壯志不移，
知儒入佛之美也。繼隨老人象駕上洛，為掌記室，183星霜六易，尋 復南還，閉關幻寄。迄老人開山，太和物象一新，而公屢興省覲之 懷，一皆不果。今春，尚致簡云：「鯨川脩阻，老步雖艱，未敢一 日忘於師恩也。」此又見公向風注念之勤也。然是年公之德臘，已 登七十有七矣。予竊意公之是來，必作歸休之計。逗184至臘月朔日，
接逆旅主人書，知公已於十一月六日棄世矣。185
強調獨立才華橫溢、涉獵廣博，於天文性理、曆數醫卜等數術方技，均 能究測精微。高玄岱於獨立逝世 46 年後完成的〈明獨立易禪師碑銘并 序〉，則推崇其師的詩文「清新自然，洗盡糟粕，不襲人語」；書法「正 鋒逼古，神氣含光」；行醫則「術同道廣，治不視方，活潑施藥，闔國 稱神」。
182 載，應作「戴」字。
183 記室，意同「書記」。
184 逗，應作「迨」字。
185 南源性派，《芝林集》，卷 24，頁 7a-8b。