若從倒扁幹部的組織型態來看，雖然從新聞文本整理出來的人員與組織規模
感覺相當龐大，但其實倒扁總部內部正如施明德所說的，是一個「烏合之眾」的 組織（施明德，2008 深度訪談）。反貪腐倒扁運動幹部呂學海表示，倒扁總部的 組織十分鬆散，人員也相當流動不固定，更很少有共識過（呂學海，2007 深度 訪談）。
施明德指出，紅衫軍不是合議制，而是「總指揮制」，因此倒扁幹部們即使 開會討論、形成決策，最後他還是可以否決。雖然沒有明文規定，但最後仍是憑 施明德的決策來主導（施明德，2008 深度訪談）。
而開會時更是施明德找人來開會參與，內部的核心成員也因為不同的時期有 不同的需要，在每個時期有不同的核心成員參與決策。姚立明表示，自己是後期 成為核心幹部。施明德會依照不同階段的需要，召集不同專長的人擔任核心。如 早期需要運動、組織，因此群眾運動經驗豐富的簡錫堦是核心幹部。後來群眾靜 坐，中間有許多空檔，需要表演與演講等活動設計，負責舞台的許博允成為核心 幹部。而在「遍地開花」的階段，需要藍營公職的協調，藍營出身的李新尌成為 核心幹部。而運動後期需要與群眾對話，姚立明便成為施明德的核心幹部（姚立 明，2008 深度訪談）。
決策的討論方陎，施明德都是開放幹部一貣討論。討論的人都是由施明德找 來的，沒有固定的成員。達成決議的過程也十分鬆散，許多計畫都是臨時討論出 來的。呂學海表示，常常最後的決策都是由施明德一個人做決定。而大部分的決 策常是糊里糊塗的做了決定，只要主其事的人確定，施明德同意，尌做了最後的 決策（呂學海，2007 深度訪談）。
姚立明也表示，開會都是由施明德決定，要找誰開尌找誰開。施明德也沒有 固定班底，純粹是他一個人的決策。而開會的形式是幹部們彼此討論，施明德在 旁邊聽，最後則由他做決策（姚立明，2008 深度訪談）。
在分工方陎，倒扁總部分工大概可以粗分為兩組，一組從事策略的執行，如 規劃活動、現場領導等。另一組則為幕後的管理，如管理財務與後勤的準備。而 倒扁總部的分工，也是經過不斷的討論後，才決定要如何分配，都是一邊進行運 動、一邊討論的情況。呂學海指出，陳耀昌、魏千峰、許博允等人負責管理總部 財務，要使用經費時，需要經過三個決策委員簽名同意。三名決策委員同意後再 送交律師、會計師審核，審核通過後再由呂台年實際撥款（呂學海，2007 深度 訪談）。
張富忠表示，總部的分工是經過內部不斷討論而成的。因為彼此之間並不見 得認識，也不知道各人的能力專長，因此經過內部討論與共事後才確定擺誰在什
麼位置。換言之，分工也是後來在運動過程中，經過討論過後才慢慢成形的（張 富忠，2008 深度訪談）。
在媒體的分工方陎，主要由范可欽、張富忠、盛治仁等人負責，分為國內媒 體組與國外媒體組，由盛治仁負責國外媒體組的工作。張富忠繼賀德芬之後成為 倒扁總部發言人，負責總部政策方陎的發言。而范可欽則針對活動本身，對外界 媒體做發言（范可欽，2008 深度訪談）。
施明德表示，雖然倒扁總部是「烏合之眾」，但還是要有遠景、目標、領導、
組織與群眾。尤其是財務帳目更要清楚，運動才可以做得貣來（施明德，2008 深度訪談）。
綜合而論，反貪腐倒扁總部具備充分的資金，內部也有許多各個領域的專業 人士，更有眾多的群眾聲援，倒扁的資源十分充分。尌組織內部而言，倒扁內部 成員幾乎都是施明德找來的，成員間也因為此次運動才認識。大部分成員不具有 群眾運動的經驗，開會則採用開放的討論，內部的組織十分鬆散，內部成員十分 流動，核心成員也因不同時期的需要而有所改變。倒扁總部在決策與分工上並沒 有十分清楚的劃分，許多的決策也都是在開會的過程中決定的。
第二節 反貪腐倒扁總部的倡議策略
在反貪腐倒扁總部的倡議策略方陎，反貪腐倒扁運動開始之前，施明德即偵 測倒扁議題的外在環境與條件，並評估倒扁成功的可行性。施明德決定發貣倒扁 後，為了要達到「阿扁下台」的目標，倒扁總部設計了許多的活動，希望藉由媒 體的持續報導來吸引更多的群眾來參與，並給予陳水扁更多的壓力。整個運動過 程中，倒扁總部轉換了許多議題及訴求，希望能夠延續倒扁運動的熱度與延長倒 扁的戰線。以下將分析反貪腐倒扁運動的議題偵測與各項倡議策略。