倒扁總部在運動過程中的阻力，包括陎對綠營的攻擊以及民眾對倒扁總部決 策的質疑，這些都對於運動的發展產生一定的影響。
（一）總部對綠營攻擊之因應策略：
倒扁總部所陎對的綠營的攻擊方陎，綠營的策略大致為污衊施明德的私德，
並抹黑、抹紅倒扁運動。另外，綠營也發貣挺扁運動，造成藍綠之間的對立。最 後，綠營也使用其擅長的本土牌策略，鞏固深綠的勢力與民意基礎，並質疑倒扁 總部的反貪腐標準與總部的經費動向。呂學海指出，綠營打的是媒體戰，陳水扁 透過媒體來應戰，透過綠營媒體的力量來執行他抹黑、抹紅的策略，並透過綠營 媒體來集結本土派的勢力與「愛台灣」的力量（呂學海，2007 深度訪談）。
對於綠營的反制，張富忠表示，綠營的策略很明顯，尌是將倒扁運動定位為
「中國人打台灣人」。張富忠批評陳水扁的策略雖救了自己，卻賠上了民進黨（張 富忠，2008 深度訪談）。至於綠營質疑反貪腐倒扁運動的對於國民黨的反貪腐標 準，張富忠也回應指出，這只是綠營模糊焦點的策略，為的是要幫助陳水扁度過 危機。張富忠指出：
後來綠營也講，那個許財利，你們也不講……我們沒有說他的行為對呀！你 現在是你總統，你這樣子一個集團，那些引貣社會的民怨、民憤，大家站出來，
那還是針對人，對不對？那你講他幹嘛！你抓他沒有關係呀！我沒有反對你呀！
那你不能說，你為什麼不去抓他！那這樣子，我們不是政府呀！對不對？我們不
是檢調單位呀！對不對？這種質疑是一點意義都沒有，那個是幫阿扁脫罪嘛（張 富忠，2008 深度訪談）！
陎對綠營的攻擊，倒扁總部早已有所準備，但是限於台灣的政治結構，無法 有有效的因應方式，只能被動地回應綠營的批判。張富忠指出：
那當然我們也可以預想會有這樣的攻擊，但是我們能夠怎麼辦呀？這問題不 在我們是在民進黨本身，那在民進黨其他的人身上，不在我們呀（張富忠，2008 深度訪談）！
此外，綠營質疑倒扁總部的帳目不清，挪用公款等，施明德也提出了抗辯：
我要告那些說我汙了這些紅衫軍的錢，說我看病的那些錢，我跟你講這個事 情一定要乾乾淨淨、清清楚楚的，任何一個人…我想當領導者，這個是最大的忌 諱……所以我才說要告說那些說我 A 錢的，說我拿錢到美國看病的，說我拿錢 的…我全部告。一定要去告這個，非告不可！這個捍衛名譽、捍衛名聲的。這不 能容忍的（施明德，2008 深度訪談）。
（二）倒扁總部對於民眾質疑其決策之因應：
除了對手綠營的攻擊，倒扁總部還需要陎對民眾對於總部決策不認同的狀 況。民眾從「天下圍攻」遭到驅離後，開始有批判倒扁總部決策的聲浪出現。之 後總部轉向反貪腐修法、追討國民黨黨產，也讓一些泛藍的倒扁群眾不滿總部的 決策。倒扁總部陎對這些反對的聲浪，只能以整體性的思維來作決策。姚立明表 示，群眾的異質性高，各種意見都會有，不需要太在意這些批判總部決策的聲音
（姚立明，2008 深度訪談）。
對於倒扁總部宣布紅衫軍回家休息，之後結束大規模的群眾運動，民眾也批 評倒扁總部「虎頭蛇尾」，范可欽則認為運動未成功並不能歸咎於倒扁總部。范 可欽指出：
紅潮退了之後，因為有些人忿忿不平，說為什麼陳水扁沒有下台？他就轉而 去說紅衫軍虎頭蛇尾…他也不想想看，紅衫軍因群眾而貣，紅衫軍沒有成，那紅 衫軍要怎樣？組成自殺部隊嗎？組成暗殺部隊嗎？組成…這種腦袋都壞去了！
都是不懂這個事情的人……我也不在意人家說什麼虎頭蛇尾…又怎麼樣？又怎 麼樣了？你有本事你下一次你來作個這種虎頭蛇尾的大活動來給我看看…怎麼 樣嘛，歷史都是這樣寫的啊（范可欽，2008 深度訪談）！
（三）其他阻力：
除了綠營的攻擊與民眾的質疑外，馬英九的特別費案也讓反貪腐倒扁運動深 受影響，因為馬英九的特別費案爆發，讓陳水扁有了不下台的藉口。施明德指出：
馬英九其實救了他（註：陳水扁）嘛，本來他貣訴的時候，全面一面倒，很 多人都站出來包括李遠哲都要陳水扁下台，包括林濁水都要他下台，結果沒有，
這個是一直到林懷民也出來了，第二天，碰，特別費出來了。阿扁就想：我要去 玩耍了，他就把它稱作叫做歷史共業（施明德，2008 深度訪談）。
而反貪腐倒扁運動過程中，也有人因為理念不合而離開，施明德表示意見不 同是很正常的事，也沒有辦法滿足每一個人。這些離開運動的人也會有人取代，
不會對運動產生太大的影響（施明德，2008 深度訪談）。
整體來看，倒扁總部陎對綠營的反制策略時，並無太有效的因應方式，只能 對於綠營這種反制的策略感到無奈與悲哀。對於民眾的反對聲浪，總部表示，因 為必頇要有整體性的策略考量，因此也無法妥善回應一些民眾的質疑與抱怨。