為了彌補文獻資料的不足，本研究將引用社會科學中收集「原級資料」（primary data）的深度訪談法，此方法依訪談設計的方式分為：1. 引導式、2. 放任式、3. 半 開放式等三種類型。第一種是研究者預先根據研究設計的變項，規劃深度問題，
依序訪問受訪者，研究者完全依此訪談問題搜集資料。第二種是社會學者、人類 學者常用的方法，完全放任被研究者的主觀意向，自由隨意發表意見。而第三種 是介於兩者之間，既有一套訪談大綱，但不排除在此之外的提出相關問題，深入 追究問題的核心，依此搜集資料。
本研究決定採用第三種深度訪談法，根據過去的經驗，引導式的訪談法無法 追問受訪者，往往對關鍵問題無法深入問題核心，獲得解答的資料。至於放任式 的訪談法必須花費長時間與受訪者相處，融入受訪者的生活情境，每天將所見所 聞寫下田野日誌，適合用於觀察長時間的社會動態與變遷現象，將此法用於本研 究難免有「殺雞焉用牛刀」之嘆。由於本研究無須與受訪者長期互動，也不想只 按既有的訪談題目進行訪問；因此，本研究決定採用比引導式更為深刻的「半開 放式」的深度訪談法。本研究設計以「政」、「教」關係的角度來理解其對兩岸宗 教交流影響的訪談題綱；訪談過程中，並不排斥收集、追問與此問題有關的資料，
希望豐富、深刻化本研究內容。
由於對兩岸宗教交流熟悉的人士，大多數為宗教神職人員、宗教行政官員及 宗教學者，他們是此議題的主要消息來源者（key informants），長期投入兩岸宗教 交流活動，可能也明白兩岸宗教交流開展的原因。收集他們親身經驗與回憶的資 料，將有助於本研究的目標達成。本研究成功訪上述三類人士約 31 人。（表 1-1）
本研究利用 2006 年 7 月底、2007 年 8 月兩年暑假期間前往大陸從事社會調查，
經中共對台單位的安排，訪問了國務院國家宗教局、北京和新疆社科院及湄洲媽 祖廟、北京白雲觀、棲霞寺與新疆清真寺等單位，且與參訪單位進行座談，會中 並提問兩岸宗教交流事宜，收集與本研究相關資料。
另外，從 2007 年 5 月至 2009 年 2 月期間陸續訪問台灣本地人士，訪談對象以 實際參與兩岸宗教交流的宗教團體領袖為主，因為他們帶領信徒直接與大陸接 觸，最能了解兩岸宗教交流的進行及其問題所在。大部分宗教團體領袖頗願意接 受訪談，提供其與大陸交流的經驗；少數團體如慈濟則礙於本研究主題涉及政治 範疇而選擇迴避，本研究在無法經由該團體的安排下，乃挑選具有大陸賑災經驗
且願意接受本研究訪問的慈誠（訪談編碼11）和慈濟委員（訪談編碼 12）各一位
透過訪問，收集兩岸宗教團體在既有的體制下，如何與官方互動；及受那些
「宗教」因素影響，而推動兩岸宗教交流的相關資料。本研究即是根據此研究架 構與假設，設計訪談題綱16 如下：
1.推動兩岸宗教交流有什麼阻礙？原因為何？
2.兩岸基督教、伊斯蘭教的交流活動相對的數量比較少，其可能的因素是什 麼？
3.您認為中共對宣教限制（三定政策）主要考量是什麼？您有何看法？
4.台灣對大陸人士來台，要求從事活動必須與申請一致，這樣也算是對其宣教 的限制嗎？
5.台灣規定兩岸媽祖的交流，只能透過小三通或香港轉機的模式，您有何看 法？
6.您同意兩岸直航？對此有何期待？
7.你對內政部、陸委會規定大陸人士來台，必須提出申請、核可有何看法？
8.你對這種審核有助於我國國家安全維護的說法，有何意見？
9.為何中共不同意外國人士或團體到大陸宣教？此作法會傷害社會安定您的 看法呢？
10.中共對台灣人士入境採自由進出，而台灣對大陸人士來台則採嚴格管制，
原因為何？
11.兩岸基督教在國際交流的場合，彼此面臨了一個中國主權的爭議，而導致 無法交流，對此有何看法？未來有何改進之道？
12.外國傳教士要在大陸境內宣教，得事先申請，對此有何看法？
13.兩岸宗教交流有助於未來兩岸統一，你的看法？
14.為何中共政治領袖在改革開放後同意宗教自由？同意與台灣宗教交流，其 背後的政治哲學為何？
15. 為何台灣政治領袖在解嚴後，同意有程度的開放兩岸宗教交流？其背後的 政治哲學為何？
16訪談的問題採取「標準開放式訪問」的方法，設計的原則是事先規劃開放式的主要問題，再根據 問題的主題，依序提問：1.不具爭議的經驗問題；2.受訪者的主觀感受；3.有「共融、依賴」關係，
再問知識（事實）的問題；4.現在的問題比過去或未來的問題容易回答；5.背景問題在最後處理(Patton, Michael Quinn,1995：234、238)。除此之外，事實資料搜集應扣緊在理論的系絡當中，不然容易犯 下「事實跨大主義」的缺點。（易君博，1990）因此，本研究應以「政教關係」理論來建構訪談問 題。
16.兩岸的媽祖團體交流活動最早也最多，你認為主要因素是什麼？
17.台灣媽祖廟到大陸謁祖，可以提升媽祖的靈驗並吸引信徒，您認為呢？
18.您認為宗教團體從事兩岸宗教交流，他有何效益？
以上 18 個訪談問題，是針對本研究的研究架構與研究假設預定設計，其中 1-2 題是對兩岸宗教交流實際現象的了解，3-4 題則是國家政策的限制，5-6 題則是對 國家體制而設，7-13 題則是從國家利益對兩岸宗教交流影響的面向，14-15 兩題是 有關兩岸政治領袖的想法，16-18 題則對宗教團體的傳統與利益是否影響兩岸宗教 交流活動的探索。訪談題目預計有 18 題之多，會因訪談對象不同而有所調整。