台灣與大陸的東南亞研究各有其不同的歷史、地理、淵源、和重點，但是對 東南亞研究的日漸重視卻是相同的發展趨勢，畢竟「東南亞熱」正在台海兩岸持 續擴張。東南亞對台海兩岸的重要性與時俱增，不僅具有市場、經貿的利益，也 具有戰略與外交意義，何況東南亞區域擁有 2,600 多萬的華僑，且掌控東南亞經 濟，都成為台海兩岸研究東南亞的重要議題與正當理由。
整體而言，台灣的東南亞研究受到西方社會科學嚴謹的方法論訓練與理論的 學習較強較深，因而在研究上較為強調方法論與理論的思維，往往受到研究的限 制較多；而大陸東南亞研究則受到意識型態與政治限制的影響較大，以及方法論 和理論的訓練較弱，導致在研究上之嚴謹性比較低，不過隨著大陸社會科學的發 展，逐漸與西方社會科學接軌，也日漸提升東南亞研究的品質。
在台灣方面的東南亞研究之發展方向可以歸納出幾個特徵：一是從應用研究 逐漸走向基礎研究；二是從經貿研究到政治外交安全研究；三是從台灣與東南亞
「雙邊」關係發展之「橫向」研究走向「單邊」、「內部」的深度研究；四是從個 體戶研究走向社群研究；五是從附屬機構發展到全面自主的東南亞機構成立；六 從附屬議題轉變到獨立議題等。
台灣東南亞研究正逐漸走向東南亞與國際之學術交流，並重視東南亞當地的 田野調查研究，以及加強理論的應用，加上東南亞資訊獲得便利，在理論與實務 的結合下，讓台灣東南亞研究水準日漸提升。以及重視以台灣相對於東南亞的一 些特有議題，如東南亞新娘、東南亞外勞、南向政策、台商投資與經營、台灣非 政府組織等，都是台灣研究東南亞的專利與優勢，在這些議題上台灣可以執東南 亞研究牛耳於一方。
台灣東南亞研究相對於大陸的優勢在於，一是台灣東南亞研究的理論訓練較
紮實和方法論較強；二是東南亞研究的面向與議題較廣；三是相關資料搜尋容易 與方便，以及研究設備較完整；四是台灣東南亞研究的資源與經費相對充裕。相 對地，台灣東南亞研究的弱點可以歸納為：一是東南亞研究人員有待增加；二是 東南亞研究的資源有待整合；三是東南亞研究的國際交流仍有待加強；四是東南 亞語言訓練的不足；五是到東南亞實地田野調查有待鼓勵；六是政府駐外單位與 東南亞研究有待結合。特別是在東南亞語言上的訓練嚴重不足，這方面遠不如大 陸研究人員對東南亞語言的熟練，這是台灣必須加強的項目。
在大陸方面的東南亞研究之發展方向可以歸納出幾個特徵：一是從基礎研究 走向應用整合研究；二是從政治外交與歷史文化走向經貿區域研究；三是從中國 與東南亞之「雙邊」關係發展的「縱向」研究走向以「單邊」、「深入」、「區域」、
「一體」的東南亞研究。四是從研究社群走向研究機構專業特色發展；五是學術 交流發展從國內交流走向國際交流；六是學院研究發展帶動商業與社會研究等。
大陸東南亞研究的學術專業與專職度逐漸提高，對大陸東南亞研究有正面的 意義。大陸東南亞研究已逐漸被「中」、「青」學者所取代，他們擁有較良好的學 術訓練、素質優、具有國際觀、外語能力也提高、研究水平也不差，已然成為研 究東南亞的骨幹。而且有不少人兼職中央或地方政府的諮詢或顧問，其意見對於 中共當局的東南亞政策、觀點，有著相當程度的影響力。因此在大陸東南亞的研 究，出現了政府與東南亞研究社群形成密切的產官學三界的合作，此有利於大陸 東南亞的研究發展。
大陸東南亞研究能力雖然日漸提升，但仍有很大空間改善。大陸研究東南亞 的人員眾多，卻混雜著研究與非研究人員，而且素質參差不齊，高層次專業人才 缺乏，也沒有有效地加以整合人力或是提升研究水準，研究仍停留在描寫、敘述 和現狀說明而已，多數文章只是短短的三到四頁的報告，因此必須往更高層次的 學術發展前進，不能仍停留於報導性質或是自我觀點的表達。同時，目前大陸在 東南亞方面的資料與文章已經有了相當的累積，在此基礎上，必須從初級資料整 理走向建構理論研究，以及必須提高研究質量，加強社會科學的研究能力，提高
與國際和東南亞研究機構的交流與合作，才能發展成研究東南亞的重鎮，這是大 陸東南亞研究必須努力的方向。
最重要者，兩岸在圖書、資料建構方面都比較薄弱，尤其大陸在這方面尤其 落後，圖書與資訊的信息閉塞，在大陸圖書採購人員不懂外文，無法掌握較廣泛 的信息，只能依靠圖書進出口公司送來的目錄選購；同時，經費短缺、訂購的報 刊與圖書嚴重不足，若欲壯大東南亞區域研究，圖書資料的建構必須豐富，否則 無法有助於研究的進行。因此，如何整合圖書資料的整合，強化圖書資料實為當 務之急。