中醫藥委員會由 1949 年內政部衛生司成立時的「諮詢功能」提 升至1995 年衛生署內獨立行政機構的「執行功能」，這近 50 年的時 間，「諮詢功能」的中醫藥委員會對臺灣中醫藥的發展不易發揮功能，
但近十年的時間，「執行功能」的中醫藥委員會積極發展臺灣中醫藥 的現代化與國際化及推動中醫藥國際外交。然面對國際社會朝向全球 化發展，也將使我國面臨更嚴峻的國際競爭，尤其是來自海峽對岸，
更是我國中醫藥發展的重大挑戰。
中國大陸在其憲法明確保障與重視中醫藥的發展，把中醫和西醫 擺在同等重要的地位，並於1986 年正式成立「國家中醫藥管理局」，
且與其衛生部直接隸屬國務院，和衛生部地位平行。大陸國家中醫藥 管理局的成立使得大陸中醫藥獲得獨立自主的發展地位，相對也提高 大陸中醫藥高等教育的發展、研究機構與中醫醫療院所的發展與振 興，且 2003 年中國大陸正式實施中醫藥行政法規－「中華人民共和 國中醫藥條例」，更加穩固中國大陸在世界中醫藥發展的重要地位。
我國目前負責中醫藥行政管理的三個單位主要是衛生署中藥委 員會、醫政處與藥政處。醫政處與中醫藥委員會在業務上有其分工原 則，醫政處則針對醫事法令規定及解釋、中醫師證書之核發、中醫醫 療院所名稱使用原則之解釋、中醫藥之財團法人許可與監督事項及業 務之輔導、不列入醫療管理相關人民團體之設立等業務，中醫藥委員 會則針對中醫藥之財團法人業務之輔導、中醫密醫與醫療廣告之查處
督導事項、不列入醫療管理之民俗療法相關業務、不列入醫療管理相 關人民團體之業務輔導等業務，而其他屬於專案問題之業務則由醫政 處與中醫藥委員會兩個單位協調辦理。藥政處則負責管理包含中醫藥 在內的藥政、藥物、藥商與醫療器材之規劃與管理。中醫藥委員會則 是負責臺灣中醫藥發展之規劃，以及在國家總體醫藥衛生法規之下制 訂與中醫藥相關的配套政策法規，並就政策法規的實施和推動進行監 督、管理與輔導之行政職權（衛生署中醫藥委員會，2003；林端宜、
李沛、肖林榕等，2004）。
在我國政府組織改造的中央三級機關的調整原則中，中醫藥委員 會現在所處位階正好位於「署、局」的位階層級，如能維持現在的中 央三級機關型態並直接更改為「中醫藥管理局」或「傳統醫藥管理 局」，就如同衛生署的疾病管制局、國民健康局或管制藥品管理局的 情況一樣，中醫藥委員會的業務性質特殊且具獨特性，再加上 WHO 公佈傳統醫學全球發展策略、全球植物藥市場產值不斷攀升的影響及 我國政策重視中草藥生物科技發展之際，將中醫藥委員會改制為「中 醫藥管理局」，對內除可延續中醫藥委員會時期的「中醫臨床教學整 體計畫」、「中藥用藥安全環境計畫」及「中醫藥現代化與國際化整 合型計劃」三大計劃外，也可繼續推動中醫醫院評鑑、中西醫整合、
中醫護理、中醫實証等等制度，並積極的推行及整合跨部會之政策，
改革創新國內中醫藥發展環境；對外則增強我國優良中草藥製劑的國 際競爭力、提高我國中醫藥之國際領導地位，並整合國內外相關資
源，推動傳統醫藥與現代科技之結合、促進補充另類醫學國際化與促 成傳統醫學與現代醫學之融合，創造有特色的本土醫學，開創臺灣中 西醫結合醫療的新組合模式，將政策制定與執行合而為一，不再有先 前多頭馬車的情況，使臺灣中醫藥發展的教、考、用、法、管、保與 研發各方面朝向視權統一的方向，展現 21 世紀臺灣中醫藥產業發展 的新生命、新活力。
從世界醫學發展的歷史演進來看，不論國內或國外，都是從黑暗 中不斷的摸索、試驗、改良，最後得到肯定。中醫學是如此西醫學亦 是如此，中醫藥的療效歷經數千年的臨床人體試驗，發展至今，依然 被世人所接受且廣泛使用，就可證明中醫藥是經的起時間的考驗。倘 若政府改造後將現有的衛生署及內政部與所屬相關單位進行相關單 位的業務檢討與合併，中醫藥委員會位階並未維持或提升，反將中醫 藥委員會之中醫管理、中藥管理、研究發展等單位業務檢討後，合併 至其他業務範圍相類似但並不能相輔相成的單位，而無法維持臺灣中 醫藥專責機構－「衛生署中醫藥委員會」的獨立存在，將對臺灣中醫 藥產業發展造成極大影響與衝擊，也將對2,300萬臺灣人民的醫療選擇 權與健康維護投下不可預測的變數，也將讓我國在世界各國積極發展 傳統暨補充另類醫學的全球趨勢中被淘汰，我國在世界中醫藥的領先 地位將永遠被海峽對岸的中國大陸所超越。