一 、轉形株表現量差異
轉形株彼此間異源蛋白質表現量有著很大的差異，其中的因素可能有：外源 基因拷貝數目、外源基因插入位置、表觀遺傳(Epigenetics)等等。
1. 外源基因拷貝數目
進行轉形時，進入宿主細胞內的外源基因數目直接影響基因表現量以及異源 蛋白質表現量，因此提高送入宿主細胞內的外源基因數目，對於提高異源蛋白質 產量將有所幫助，不過也有研究指出送入過多的拷貝數反而會造成異源蛋白質產 量降低[74]，可能是因為送入過多外源基因導致細胞本身生理功能受到影響。本實 驗室前人利用電穿孔轉形法對菇類進行轉形，可送入多拷貝數的外源基因進入宿 主，使得異源蛋白質表現量達毫克等級[48]。
2. 外源基因插入位置
農桿菌會隨機地選擇位置後將 T-DNA 嵌入宿主染色體，因此利用農桿菌媒介 轉形法進行異源基因表現，外源基因於宿主染色體的插入位置亦是影響表現量的 重要因素，若外源基因插入點位於染色質纏繞緊密的異染色質(heterochromatin)區 域的話，外源基因便不易進行表現，若是插入點位於染色質纏繞較為鬆散的常染 色質(euchromatin)中或是常態表現的基因附近，通常可以得到較高的基因表現量 [75, 76]。
3. 表觀遺傳
此外，表觀遺傳對基因表現亦有著很大的影響，表觀遺傳代表並非由基因序 列突變所引起的基因表現調控現象，例如：組蛋白修飾(histone modifications)或 DNA甲基化(DNA methylation)。過去研究指出甲基化修飾與外源基因表現程度有 所關聯，其中基因啟動子發生CpG甲基化修飾(CpG island methylation)，將會抑制 下游基因的表現量，在菇類轉形研究亦指出此現象[76, 77]。有些轉形株即使具有
較多的外源基因拷貝數，但其異源蛋白質含量卻不見得較高，其原因便可能是外 菌是否會影響異源蛋白質表現量，而選用了LBA4404 與 GV3101 兩種品系。GV3101 常應用於植物研究，該品系被認為有機會送入較多拷貝數的外源基因至宿主染色
洗的過程也不容易把農桿菌從菌絲塊上去除乾淨，因此適合的共培養條件將有助
本研究的重複轉形第一次轉形株皆為p0390-Cbx-Hiegfp 轉形株，若改以 p0390-AH-Aiegfp 轉形株作為母體進行第二次轉形的話，會有操作不易的問題，原 因是p0390-AH-Aiegfp 轉形株的菌絲比較稀疏單薄，共培養過程農桿菌容易在菌絲 塊上形成菌落，進而導致共培養完後農桿菌清洗不掉使得轉形失敗，如果想對 319.58 ng/g TSP，由此結果可得知雙質體轉形策略有較好的效果，推測原因可能是 雙重抗生素的篩選壓力導致外源基因必須持續且大量地表現。但是雙質體轉形策
源基因拷貝數反而偏低，其原因可能是該轉形株之T-DNA 擾亂了生長相關的基因 導致轉形株生長速率變慢，使得野生型菌絲之比例提高，若需驗證此推論可對蛋 白質表現量高但是外源基因拷貝數低的組別進行插入位置的確認。