結果與討論
壹、ＰCR 增幅反應及定序
本實驗所分離之輪生細胞黏菌菌株共 26 株，以 18SF-5.8SR 引子增幅反應後的產物為約 300bp DNA 片段，為 18S 後段—ITS1 全部—5.8S 前段之序列；5.8SF- ITS4 引子增幅反應後 的產物為約 750bpDNA 片段，為 5.8S 後段— ITS2 全部—28S 前段之序列；以 ITS1-ITS4 引子 增幅反應後的產物為約 1000bp 的 DNA 片段，為 18S 後段—ITS1 全部—5.8S 全部—ITS2 全 部—28S 前段之序列。以洋菜膠片電泳，在 UV 照射下所得之 PCR 片段如圖八。定序後所得 之 ITS1-5.8S-ITS2 序列，整理如表八。
18SF-5.8SR 5.8SF-ITS4 ITS1-ITS4
圖四、以三對引子 18SF-5.8SR、5.8SF-ITS4 和 ITS1-ITS4 洋菜膠片電泳，在 UV 照射下所得 各 PCR 片段。菌株編號由左至右為:
Hue15PF, Hue16PE, Hue1802PF, Hue1804PE.(18SF-5.8SR) Hue15PF, ShanPB, Hue1802PF, DonPp.(5.8SF-ITS4)
Lian15PF, ShanPB, Hue1802PF, Pin101PG, 和 GinPpcan(ITS1-ITS4).
Fig. 4. Gel picture of PCR products by using 3 pairs of primers :18SF-5.8SR, 5.8SF-ITS4 and ITS1-ITS4. The strain number from left to right are
Hue15PF, Hue16PE, Hue1802PF, Hue1804PE.(18SF-5.8SR) Hue15PF, ShanPB, Hue1802PF, DonPp.(5.8SF-ITS4)
Lian15PF, ShanPB, Hue1802PF, Pin101PG, and GinPpcan(ITS1-ITS4).
22
表八、本實驗各菌株之 ITS1-5.8S-ITS2 序列長度
Table 8. The sequence length of ITS1-5.8S-ITS2 in this study 各序列長度（bp）
序列編號
ITS1 5.8S ITS2
序列總 長（bp）
YanPA 184 163 582 929 YanPv 217 160 380 757 AliF1PA 184 155 580 919 AliF2PD 194 162 668 1024 AliF3PA 182 167 580 929 Lian0102Pv 220 160 398 778 Lian0303Pv 211 160 401 772 Lian0304Pp 180 160 622 962 Lian09PB 190 162 671 1023
Lian15PF 212 161 656 1029 MaPp 180 160 626 966 DonPp 186 160 625 971 SmagusPp 181 160 624 965
Fu5PC 207 161 672 1040 Fu8Pp 182 160 622 964
各序列長度 序列編號
ITS1 5.8S ITS2
序列總 長（bp）
Hue12PC 211 161 672 1044 Hue13Pp 180 160 628 968 Hue15PF 208 162 654 816 Hue16PE 203 162 626 991 Hue1802PF 208 162 657 1027 Hue1804PE 203 162 626 991 ShanPB 190 162 670 1022 GinPpcan 198 161 625 984 Pin101PG 191 162 661 1014 Pin102PH 202 162 680 1044 Pin6Pp 179 160 624 963
JpPp 185 160 625 970 JpPv 207 160 415 782 JpPpcan 191 162 622 974
JpPten 137 162 747 1046
23
傳統上增幅真菌(fungi)菌種 rDNA ITS1-5.8S-ITS2 片段，選用一對普遍性引子(universal primer) ITS1 和 ITS4 (White et al., 1990)來進行聚合酶反應，即可獲得全部 ITS 及 5.8S 核酸序 列。但本實驗菌種以所得序列長度超過 1000bps，在定序時，DNA 訊號有逐漸減弱的情形(圖 九)，可能造成電腦上判讀上的失誤，因此以 18SF-5.8SR，5.8SF-ITS4 兩對引子所得到之 DNA 序列結果做輔助，一起比對，方能得到較正確的序列。
圖五、AliF2 菌株以 ITS1-ITS4 為引子的定序圖
Fig. 5. Sequencing of PCR products of the strain AliF2 by usingITS1 primer.
24
貳、紫色輪生黏菌（P. violaceum）序列之分析 (一)
1．排序 (Alignment)
在排序 DNA 時，發現 P. violaceum 之菌株和其他輪生細胞黏菌菌株的 ITS 序列差 異很大，難以排序，而在相似度的比較上，P. violaceum 和其他輪生細胞黏菌的相似度，
只有 0.3-0.4，而其他輪生細胞黏菌之間的相似度，皆有 0.57 以上，懷疑 P. violaceum 和 其他輪生細胞黏菌的關係較遠，可能並非單系群。因此將演化速率較 ITS 慢，序列較保 守的 5.8S rRNA 基因序列，單獨取出，做較高階層的排序分析，以了解 P. violaceum 在 細胞黏菌科中的親緣關係為何？
本實驗所分析之 5.8S rRNA 序列的菌株有得之 P. violaceum 序列 5 條（YanPv、
KoPv、Lian0303Pv、Lian0102Pv 和 JpPp）、其他輪生細胞黏菌序列選取 13 條（Lian0304Pp、
Lian09PB、KoPcan、81PcanK、GinPpcan、YanPA、JpPpcan、Hue16PE、JpPten、AliF2PD、
Fu5PC、Hue1802PF、Pin101PG、Pin102PH），加上 NCBI 網站登錄之同科不同屬的 5 種 網柱細胞黏菌（Dictyostelium）序列，外群則選用真黏菌中亮皮菌屬 Lamproderma 的 Lamproderma atrosporum (表九)，共計 24 個分類單元（operational taxonomic units, OTUs），以 Clustal X (Thompson et al, 1997) 軟體在適當位置引入 gap，進行排序編輯分 析。排序結果如表十。
表九、本實驗所選用 NCBI 網站上登錄 5.8S 序列之網柱細胞黏菌及外群種類
Table 9. The 5.8S rDNA sequence of Dictyostelium species and an outgroup registerd in NCBI
種類 GenBank
Accession No. 編號 產地 D. purpureum AF219103 D. purpureum
南韓 D. giganteum AF219102 D. giganteum
南韓 D. mucoroides AF351197 D. mucoroides
南韓
D. minutum AF219105 D. minutum
南韓 D. aureostipes AF219106 D. aureostipes
南韓 Lamproderma atrosporum AJ302668 L.atrosporum 西班牙
25
表十、5.8S 序列排序結果
Table 10. Aligned sequences data of 5.8S rDNA
....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
5 15 25 35 45 55 65 YanPv ---AA GCATAAACGG TGAATACCTC GACTCCTAAA TCGATGAAGA CCGTAGCAAA CTGCGATAAT KoPv ---AA GCATAAACGG TGAATACCTC GACTCCTAAA TCGATGAAGA CCGTAGCAAA CTGCGATAAT Lian0303Pv ---AA GCATAAACGG TGAATACCTC GACTCCTAAA TCGATGAAGA CCGTAGCAAA CTGCGATAAT Lian0102Pv ---AA GCATAAACGG TGAATACCTC TACTCCTAAA TCGATGAAAA CCGTAGCAAA CTGCGATAAT JpPp ---AA GCATAAACGG TGAATACCTC GACTCCTAAA TCGATGAAGA CCGTAGCAAA CTGCGATAAT D.purpureum ---AA GCATAAACGG TGAATACCTC GACTCCTAAA TCGATGAAGA CCGTAGCAAA CTGCGATAAT D.giganteum ---AA GCATAAACGG TGGATACCTC GACTCCTAAA TCGATGAAGA CCGTAGCAAA CTGCGATAAT D.mucoroides ---AA GCATAAACGG TGGATACCTC GACTCCTAAA TCGATGAAGA CCGTAGCAAA CTGCGATAAT D.minutum ---AA GCATAAACGG TGAATACCTC GACTCTTAAA TCGATGAAGA CCGTAGCAAA CTGCGATAAT Lian0304Pp ---AA GCATAAATGG TGGATACCTC GGCTCCTAAA TCGATGAAGA CCGTAGCAAA CTGCGATAAT Lian09PB ---AA GCATAAATGG TGGATACCTC GGCTCCTAAA TCGATGAAGA CCGTAGCAAA CTGCGATAAT KoPcan ---AA GCATAAATGG TGGATACCTC GGCTCCTAAA TCGATGAAGA CCGTAGCAAA CTGCGATAAT GinPpcan ---AA GCATAAATGG GGGATACCTC GGCTCCTAAA TCGATGAAGA CCGTAGCAAA CTGCGATAAT YanPA ---AA GCATAAATGG TGGATACCTC GGTTCCTAAA TCGATGAAGA CCGTAGCAAA CTGCGATAAT JpPpcan ---AA GCATAAATGG TGGATACCTC GGCTCCTAAA TCGATGAAGA CCGTAGCAAA CTGCGATAAT Hue16PEz1 ---AA GCATAAGTGG TGGATACCTC GGTTCCTAAA TCGATGAAGA CCGTAGCAAA CTGCGATAAT JpPtenussium ---AA GCATAAATGG TGGATACCTC GGCTCCTAAA TCGATGAAGA CCGTAGCAAA CTGCGATAAT AliF2PD ---AA GCATAAATGG TGGATACCTC GGCTCCTAAA TCGATGAAGA CCGTAGCAAA CTGCGATAAT Fu5PC ---AA GCATAAATGG TGGATACCTC GGCTCCTAAA TCGATGAAGA CCGTAGCAAA CTGCGATAAT Hue1802PF ---AA GCATAAATGG TGGATACCTC GGCTCCTAAA TCGATGAAGA CCGTAGCAAA CTGCGATAAG Pin101PG ---AA GCATAAATGG TGGATACCTC GGCTCCTAAA TCGATGAAGA CCGTAGCAAA CTGCGATAAG Pin102PH ---AA GCATAAATGG TGGATACCTC GGCTCCTAAA TCGATGAAGA CCGTAGCAAA CTGCGATAAT D.aureostipes ---AG GCACATTTGG TCGATACCTC GGCTCTCGAA TCGACGAAGA CCGTAGCAAA CTGCGATAAT L.atrosporum AACTTTACAC CGTTAGGCGA TGGATTGTTA GGTACCCGCT TCGATGAAGA GCGCAGTGAA TCGCGATAAC
....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
75 85 95 105 115 125 135 YanPv TCACTT---- --GAATTG-- ---CAGCC-- TACTGGGATA GTTGAAATGT TGAACGCACA TGATGGC--A KoPv TCACTT---- --GAATTG-- ---CAGCC-- TACTGGGATA GTTGAAATGT TGAACGCACA TGATGGC--A Lian0303Pv TCACTT---- --GAATTG-- ---CAGCC-- TACTGGGATA GTTGAAATGT TGAACGCACA TGATGGC--A Lian0102Pv TCACTT---- --GAATTG-- ---CAGCC-- TACTGGGATA GTTGAAATGT TGAACGCACA TGATGGC--A JpPp TCACTT---- --GAATTGAA TTGCAGCC-- TACTGGGATA GTTGAAATGT TGAACGCACA TGATGGC--A D.purpureum TCA--- --GAATTG-- ---CAGCC-- TACTGGGATA GTTGAAATGT TGAACGCACA TGATAGT--A D.giganteum TCAAT--- --G--- ---CAGCC-- TACTGGGATA GTTGAAACGT TGAACGCACA TGATGAC--A D.mucoroides TCACTT---- --GAATTG-- ---CAGCC-- TACTGGGATA GTTGAAATGT TGAACGCACA TGATGAC--A D. minutum TCA-TTT--- --GTATTG-- --CATGACTA CATTC-AAAA -TCGAGATGT TGAACGCATA TCGCAAG-GC Lian0304Pp TCACTC---- --GAATTG-- ---CAGAC-- TACTGTGAAA GTCGAAATGT TGAACGCACA TGATGAC--A Lian09PB TCACTT---- --GAATTG-- ---CAGAC-- TACTGTGAAA GTCGATACGT TGAACGCACA TGATGAC--A KoPcan TCACTT---- --GAATTG-- ---CAGAC-- TACTGTGAAA GTCGAAATGT TGAACGCACA TGATGAT--A GinPpcan TCACTT---- --GAATTG-- ---CAGAC-- TACTGTGAAA GTCGAAATGT TGAACGCACA TGATGAT--A YanPA TCACTTT--- --GAATTG-- ---CAGAC-- TACTGTGAAA GTCGAAATGT TGAACGCACA TGATGAT--A JpPpcan TCACTT---- --GAAT-G-- --GCAGAC-- TACTGTGAAA GTCGAAATGT TGAACGCACA TGATGAT--A Hue16PEz1 TCACTT---- --GAATTG-- ---CAGAC-- TACTGTGAAA GTCGAAACGT TGAACGCACA TGATGAT--A JpPtenussium TCACTT---- --GAATTG-- ---CAGAC-- TACTGTGAAA GTCGAAATGT TGAACGCACA TGATGAT--A AliF2PD TCACTT---- --GAATTG-- ---CAGAC-- TACTGTGAAA GTCGAAATGT TGAACGCACA TGATGAT--A Fu5PC TCACTT---- --GAATTG-- ---CAGAC-- TACTGTGAAA GTCGAAATGT TGAACGCACA TGATGAT--A Hue1802PF TCACTT---- --GAATTG-- ---CAGAC-- TACTGTGAAA GTCGAACTGT TGAACGCACA TGATGAT--A Pin101PG TCACTT---- --GAATTG-- ---CAGAC-- TACTGTGAAA GTCGAACTGT TGAACGCACA TGATGAT--A Pin102PH TCACTT---- --GAATTG-- ---CAGAC-- TACTGTGAAA GTCGAAATGT TGAACGCACA TGATGAC--A D.aureostipes TCATTCT--- --- --- ---TGT---- --CG-ACTGT TGA-CGCACA TGATGACCGA L.atrosporum GCTTGT---- --GACTCG-- ---CATAC-- -TCTGTGATC AACATCATCT TGAACATACG TG-CGGC---
26
....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| .
145 155 165 175 185 YanPv TTG-GTCCT- TTT-GGATTA AGTG----TC AT-ACTTGGG TGAGAGCGAT C
KoPv TTG-GTCCT- TTT-GGATTA AGTG----TC AT-ACTTGGG TGAGAGCGAT C Lian0303Pv TTG-GTCCT- TTT-GGATTA AGTG----TC AT-ACTTGGG TGAGAGCGAT C Lian0102Pv TTG-GTCCT- TTT-GGATTA AGTG----TC AT-ACTTGGG TGAGAGCGAT C JpPp TTG-GTCCT- TT--GGATTA AGTG----TC AT-ACTTGGG TGAGAGCGAT C D.purpureum TTG-GTCCT- TTC-GGATTA AGTA----CT AT-ACTTGGA TGAGAGTGGC T D.giganteum TTG-GTCCT- TTC-GGATTA AGTG----TT AT-ACCTGGG TGAGAGTGGC T D.mucoroides TTG-GTCCT- TAC-GGATTA AATG----TT AT-ACCTGGG TGAGAGTGGC T D.minutum TCTAGACT-- CAC-G--TCA AGG--C--CT TT-ACTTGGC TGAGAGCAGT T Lian0304Pp TTGACTCCC- CC--GAGTTA AATG----TC AC-ACTTGGT TGAGAGTCGC A Lian09PB TTGACCCCT- CACGGAGTTA AATG----TC AC-ACTTGAT TGAGAGTCGC A KoPcan TTGATTCTT- TAC-GAGTTA AATA----TC AC-ACTTGAT TGAGAGTCGC A GinPpcan TTGATTCTT- TAC-GAGTTA AATA----TC AC-ACTTGAT TGAGAGTCGC A YanPA TTGATTCCT- CAAAGAGTTA AATA----TC AC-ACTTGGT TGAGAGTCGC A JpPpcan TTGATTCTT- TAC-GAGTTA AATA----TC AC-ACTTGAT TGAGAGTCGC A Hue16PEz1 TTGATTCTT- TACAGAGTTA AATA----TC AC-ACTTGGT TGAGAGTCGC A JpPtenussium TTGATTCTT- TACGGAGTTA AATA----TC AC-ACTTGGT TGAGAGTCGC A AliF2PD TTGATTCTT- CACGGAGTTA AATA----TC AC-ACTTGGT TGAGAGTCGC A Fu5PC TTGATTCTT- CACGGAGTTA AATA----TC AC-ACTTGGT TGAGAGTCGC A Hue1802PF TTGATTCTT- CACGGAGTTA AATA----TC AC-ACTTGGT TGAGAGTCGC A Pin101PG TTGATTCTT- CACGGAGTTA AATA----TC AC-ACTTGGT TGAGAGTCGC A Pin102PH TTGATTCTT- TACGGAGTTA AATG----TC AC-ACTTGGT TGAGAGTCGC A D.aureostipes CTGCCCCTTG CAAAAGGGGA AGCCTAGGCC AC-TCTCGTT TGAGAGACCT T L.atrosporum CTCGTCTTCG GAC---GCTG GCCC----TC TTGGCTTGCC TTG--- -
27
2．遺傳距離 (Genetic distance)的分析
在 MEGA 2 軟體的 Kimura’s 2-parameter 之方法，將上述已排序之 24 個分類單元(P.
violaceum 序列 5 條，其他輪生細胞黏菌序列 13 條、網柱細胞黏菌序列 5 條、外群 L.
atrosporum 序列 1 條)，計算遺傳距離，其結果如表十。其中 P. violaceum 菌株（YanPv、
KoPv、Lian0303Pv、Lian0102Pv 和 JpPp）彼此之間的遺傳距離為 0~0.017。P. violaceum 和其他菌株相比，接近網柱細胞黏菌中的 D. purpureum、D. giganteum和D. mucoroides，
遺傳距離為 0.044~0.072，和其他輪生細胞黏菌相比，遺傳距離在 0.101~0.162 之間。由 此可知，P. violaceum 遺傳距離較接近部分網柱細胞黏菌，和其餘輪生細胞黏菌距離較 遠。而去除 P. violaceum 的其餘輪生黏菌菌株（Lian0304Pp、Lian09PB、KoPcan、81PcanK、
GinPpcan、YanPA、JpPpcan、Hue16PE、JpPtenussium、AliF2PD、Fu5PC、Hue1802PF、
Pin101PG、Pin102PH）彼此之間的遺傳距離相近，為 0~0.082，和網柱細胞黏菌及 P.
violaceum 的遺傳距離較遠，為 0.101~0.350。
28
表十一、本實驗分析之 24 條菌株 5.8S 序列，採用 Kimura’s 2-parameter 所得之遺傳距離 Table 11. Genetic distance of 5.8S rDNA sequences of 24 strains by using Kimura’s 2-parameter
29
3．親緣關係樹之建構 (Phylogenetic tree)
將已排序之 24 個分類單元，用 PAUP 軟體以 Maximum parsimony (MP)和 Neighbor-Joining (NJ)兩種方法建立親緣關係樹。
Maximum parsimony (MP)樹狀圖如圖六。樹長為 189，一致指數(Consistency index) CI 為 0.762，保留指數(Retention index) RI 為 0.793。校正一致指數(Rescaled consistency index)RC 為 0.604。Bootstrap value 則表示在各樹狀圖之分枝上。若小於 50%則不以數字 表示。Neighbor-Joining (NJ) 樹狀圖如圖七。
兩種分析方法得到的演化樹狀圖非常類似，皆可發現其他輪生細胞黏菌排除了 P.
violaceum，自成一單系群，而 P. violaceum 則包含在剔除 D. aureo-stipes 後，和其餘網 柱細胞黏菌所形成的單系群中。然而，基因 5.8S 序列只有 160bps 左右，序列較短，分 析的可信度較不足。了解輪生細胞黏菌和網柱細胞黏菌的關係，可以再選用其他序列較 長，演化較保守的片段再做分析，將能得知更明確的結論。
30
/--- -- YanPv |
+--- ---- KoPv |
/--- 98---+--- --- Lian0303Pv P.vio | |
| +- --- Lian0102Pv /- --52----+ |
| | \--- JpPp | |
| \--- --- D. purpureum /-- 76----+
| +--- --- D. giganteum | |
/--- 59----+ \--- --- D. mucoroides | |
| \--- --- D. minutum |
| /--- ---- Lian0304Pp | /--- 55---+
| | \--- ---- Lian09PB | |
| | /--- -- KoPcan /--- 61---+ | |
| | +---61---+--- GinPpcan | | | |
| | | \--- --- JpPpcan | | |
| | +--- YanPA | | |
| | +--- --- Hue16PE P | \--- -63---+
| +--- --- JpPten | |
/---+ +--- --- AliF2PD
| | |
| | +--- --- Fu5PC
| | |
| | | /--- --- Hue1802PF
| | +---86---+
| | | \--- -- Pin101PG
| | |
| | \--- ---- Pin102PH
|
| \--- --- D. aureostipes
|
\--- --- L. atrosporum
圖六、本實驗分析之各菌株 5.8S 之 rDNA 序列，以 Maximum parsimony (MP)方法建構之親緣關係樹。
Fig. 6. Maximum parsimony (MP) tree based on 5.8S rDNA sequences.
31
/ YanPv |
+- Lian0102Pv |
+ KoPv P.vio /+
|\ Lian0303Pv /----+
| \- JpPp |
+---- D. purpureum /----+
| |/--- D. giganteum | \+
/---+ \ D. mucoroides | |
| \--- --- D. minutum |
| /--- Lian0304Pp | /+
| |\--- Lian09PB | |
/---+ | / KoPcan
| | | |
| | | +- GinPpcan
| | |/+
| | ||\ JpPpcan
| | ||
| | |+- JpPten
| \--+|
| | |/ AliF2PD P
| |||
| |++ Fu5PC
| |||
| |||/ Hue1802PF
| ++\+
| || \ Pin101PG
| ||
| ||/-- YanPA
| |\+
| | \-- Hue16PEz1
| |
| \- Pin102PH
|
+--- D. aureostipes
|
\--- --- L. atrosporum
0.1
圖七、本實驗分析之各菌株 5.8S 之 rDNA 序列，以 Neighbor-Joining (NJ)方法建構之親緣關係樹。
Fig. 7. Neighbor-Joining (NJ) tree based on 5.8S rDNA sequences.
32
參、紫色輪生黏菌（P. violaceum）序列之分析（二）
1．排序 (Alignment)
為解決 5.8S 序列過短的問題，我們以 NCBI 網站上登錄之 9 種 Dictyostelium 和 3 種 Polysphondylium 之部分 18S rDNA 序列，約 1100 多個 bp，以黏菌中之 Lycogala flavofuscum 做為外群，共計 13 個分類單元（表十二），排序分析以做為對照。以 Clustal X (Thompson et al, 1997) 軟體在適當位置引入 gap，進行排序編輯排序，結果如表十三。
表十二、本實驗所使用之 13 種菌株之部分 18S 序列
Table 12. Partial 18S rDNA sequences of 13 strains used in this study
種類 GenBank 編號 來源
D. minutum AY040332 D. minutum 南韓
D. purpureum AY040335 D. purpureum
南韓 D. giganteum AY040331 D. giganteum
南韓 D. dimigraformum AY040329 D. dimigraformum
南韓 D. firmibasis AY040330 D. firmibasis
南韓 P. candidum AY040337 P. candidum
南韓 P. pallidum AY040338 P. pallidum
南韓 P. violaceum AY040340 P. violaceum
南韓 D. aureo-stipes AY040328 D. aureostipes
南韓 D. mucoroides AY040333 D. mucoroides
南韓 D. polycephalum AY040334 D. polycephalum
南韓 D. sphaerocephalum AY040336 D. sphaerocephalum
南韓 Lycogala flavofuscum AY145525 L. flavofuscum
中國
33
表十三、部分 18S 序列排序結果
Table 13. Aligned sequence data of partial18S rDNA sequences
....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
5 15 25 35 45 55 D.polycephalum TCATATGCTT GTCTCAAAGA TTAAGCCATG CATGTCTAAG TATAAATCTT TATACGATGA
D.dimigraformum TCATATGCTT GTCTCAAAGA TTAAGCCATG CATGTCTAAG TATAAATTCT TGTACGATGA D.firmibasis TCATATGCTT GTCTCAAAGA TTAAGCCATG CATGTCTAAG TATAAATTCT TGTACGATGA D.mucoroides TCATATGCTT GTCTCAAAGA TTAAGCCATG CATGTCTAAG TATAAATTCT TG-ACGATGA D.sphaerocephalum TCATATGCTT GTCTCAAAGA TTAAGCCATG CATGTCTAAG TATAAATTCT TG-ACGATGA D.giganteum TCATATGCTT GTCTCAAAGA TTAAGCCATG CATGTCTAAG TATAAATTCT TGTACGATGA D.purpureum TCATATGCTT GTCTCAAAGA TTAAGCCATG CATGTCTAAG TATAAATTCT TGTACGATGA P.violaceum TCATATGCTT GTCTCAAAGA TTAAGCCATG CATGTCTAAG TATAAATTCT TGTACGATGA D.minutum TCATATGCTT GTCTCAAAGA TTAAGCCATG CATGTCTAAG TATAAATTTT TATATGATGA P.candidum TCATATGCTT GTCTCAAAGA T-AAGCCATG CATGTCTAAG TATAA-CCTT TATACGGTGA P.pallidum TCATATGCTT GTCTCAAAGA TTAAGCCATG CATGTCTAAG TATAA-CCTT TATACGGTGA D.aureostipes TCATATGCTT GTTTCAAGGA TTAAGCCATG CATGTCTAAG TATAAGCTCT TGTACGGCTA L.flavofuscum TCATATGCTT GTCTCAAAGA TTAAGCCATG CATGTCTAAG TATAAGCAAT TATACGGCGA ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
65 75 85 95 105 115 D.polycephalum AACTGCAGAC GGCTCATTAC AACAGTGATA AACTACTAGA CTTTCGGGTT TCACGACCTT
D.dimigraformum AACTGCAGAC GGCTCATTAC AACAGTGATA AACTAATAGA CTTTCGGGTT TT---ACCTT D.firmibasis AACTGCAGAC GGCTCATTAC AACAGTGATA AACTAATAGA CTTTCGGGTT TT---ACCTT D.mucoroides AACTGCAGAC GGCTCATTAC AACAGTGATA AACTAATAGA CTTTCGGGTT TT--AACCTT D.sphaerocephalum AACTGCAGAC GGCTCATTAC AACAGTGATA AACTAATAGA CTTTCGGGTT TT--AACCTT D.giganteum AACTGCAGAC GGCTCATTAC AACAGTGATA AACTAATAGA CTTTCGGGTT TTT-AACCTT D.purpureum AACTGCAGAC GGCTCATTAC AACAGTGATA AACTGCTAGA CTTTCGGGTT TTT-AACCTT P.violaceum AACTGCAGAC GGCTCATTAC AACAGTGATA AACTAATAGA CTTTCGGGTT TT---ACCTT D.minutum AACTGCAGAC GGCTCATTAC AACAGTAATA AACTAATAGA CTTTCGGGTT TTATTACCTT P.candidum AACTGCAGAC GGCTCATTAC AACAGTGATA AACTAAAGAA CTTTCGCGCT TC--GGCGTC P.pallidum AACTGCAGAC GGCTCATTAC AACAGTGATA AACTAAAGAA CTTCCGCGCT TC--GGCGTC D.aureostipes GACTGCAGAC GGCTCATTAC AACGGTTGTA TCTTCCAGGA CATCCGGGTC GCAAGACCTT L.flavofuscum AACTGCGAAT GGCTCATTAT ATAAGTTATC GTTTATTTGA ---TAGTACC TT---ACTAC ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
125 135 145 155 165 175 D.polycephalum TTGGATAACC GCAGTAAATC -GGGGCTAAT ACATGTAAAC GAG-GGGC-G ACTGGGCAAC
D.dimigraformum TTGGATAACC GCAGTAAATC -GGGGCTAAT ACATACAAGC GAT-GGGT-G ACTGGC--AA D.firmibasis TTGGATAACC GCAGTAAATC -GGGGCTAAT ACATACAAGC GAT-GGGC-G ACTGGC--AA D.mucoroides TTGGATAACC GCAGTAAATC -GGG-CTAAT ACATAGAAGC GAT-GGGT-G ACTGGC--AA D.sphaerocephalum TTGGATAACC GCAGTAAATC -GGGGCTAAT ACATACAAGC GAT-GGGT-G ACTGGC--AA D.giganteum TTGGATAACC GCAGTAAATC -GGGGCTAAT ACATAGAAGC GAT-GGGT-G ACTGGC--AA D.purpureum TTGGATAACC GCAGTAAATC -GGGGCTAAT ACATAGAAGC GAT-GGGT-G ACTGGC--AA P.violaceum TTGGATAACC GCAGTAAATC -GGGGCTAAT ACATAGAAGC GAG-GGGT-G ACTGATTTAT D.minutum TTGGATAACC GCAGTAAATC -GGGGCTAAT ACATACAATC GAG-GGGT-G ACTGTT--TA P.candidum TTGGATAACC GCAGTAAATC -GGGGCTAAT ACATGTAAAC GAGAGGAT-G AGCGGGTAAC P.pallidum TTGGATAACC GCAGTAAATC -GGGGCTAAT ACATATAAAC GAGAGGGT-G AGCGGGCAAC D.aureostipes CTGGATAACC GCAGTAAATC -GGGGCTAAT ACATACAAAC GGAGGGGTAG AGAGGGCAAC L.flavofuscum TTGGATAACC GTGGTAATTC TAGAGCTAAT ACATGCTAAA AAT---CCCG ACTTCG---- ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
185 195 205 215 225 235 D.polycephalum TA-GAAACT- CCGCGATTAT TAGCTTT--- --TTACCAAT CCCCGCAAGG GGCTAGTTGG
D.dimigraformum CG-GAAGCT- CAGCGATTAT TAGCATT--- --CTACCAAT ACCTTC--GG GTTTTG--GG D.firmibasis CG-GAAGCT- CAGCGATTAT TAGCATT--- --CTACCAAT GCCTTC--GG GTTTTG--GG D.mucoroides CG-GAAGCT- CAGCGATTAT TAGCATTA-- --CTACCAAT ACCTTC--GG GTCTTGT-GG D.sphaerocephalum CG-GAAGCT- CAGCGATTAT TAGCATTA-- --CTACCAAT ACCTTC--GG GTCTTGT-GG D.giganteum CG-GAAGCT- CAGCGATTAT TAGCATTA-- --CTACCAAT ACCTTC--GG GTCTTGT-GG D.purpureum CG-GAAGCT- CAGCGATTAT TAGCATTA-- --CTACCAAT ACCTTC--GG GTCTTGT-GG P.violaceum CG-GAAGCT- CCGCGATTAT TAGCATT--- --CAACCAAT ACCCGCAAGG GTTCTGTTGG D.minutum CG-GAATCT- CCGCGATTAT TAGCTTT--- --CAACCAAT ACCCTTCGGG GTTTTGT-GG P.candidum CGCGAGTCT- TTGCGATTGT TAGCTTTTAC ACACACCAAC CTCTTC--GG AGATTGT-GG P.pallidum TGCGAACCT- TTGCGATTGT TAGCTATCTT TTTCACCAAC CTCTTC--GG AGTTTGT-GG D.aureostipes CTTGAAGCTT CTGCGATGGA CAATTAGTTA TTCGACCAAC -CCCGCAAGG GAATGGT--- L.flavofuscum ---GAAGGG- ATGTATTTAT TAGATTAA-- --AAACCAAT GCCCTCCGGG GCTCTCT-GG
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245 255 265 275 285 295 D.polycephalum TGAAACCAAA TAATGCTGCC GATCGA---- GATTTAAT-- ---CTCGACA AGTCTATTGT
D.dimigraformum TGAGACCGAA TAATATTGCA GATCGAG--- GATTTATC-- ---TTCGACA AGTCTACTGT D.firmibasis TGAGACCGAA TAATATTGCA GATCGAG--- GATTTATC-- ---TTCGACA AGTCTACTGT D.mucoroides TGAAACCGAA TAATATTGCA GATCGAG--- GATTTATC-- ---TTCGACA AGTCTACTGT D.sphaerocephalum TGAAACCGAA TAATATTGCA GATCGAG--- GATTTATC-- ---TTCGACA AGTCTACTGT D.giganteum TGAAACCGAA TAATATTGCA GATCGAG--- GATTTATC-- ---TTCGACA AGTCTACTGT D.purpureum TGAAACCGAA TAATATTGCA GATCGAG--- GATTTATC-- ---TTCGACA AGTCTACTGT P.violaceum TGAAACCGAA TAATATTGCA GATCGAA--- GATTTATC-- ---TTCGACA AGTCTACTGT D.minutum CGAGACCGAA TAATATTGCA GATCAAG--- GCTTCGGC-- ---TTTGACA AGTCTATTGT P.candidum TGAGTCCGAA CAATATTGCT GATCGGA--- AATTTATT-- ---TCCGACG AGTTCTTTGT P.pallidum TGAATCCGAA CAATATTGCT GATCGAA--- AATTTATT-- ---TTCGACG AGTTCTTTGT D.aureostipes TGGAACCGGT TCATATTGCT AATCGACTCT AGCTTGCTAG TAGTCTGATA AGTCCTATAG L.flavofuscum TGATTCATGA TAACTTCTCG AATCGCATG- GCCTTGCGC- --CGGCGATG GTTCATTCAA ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
305 315 325 335 345 355 D.polycephalum GTCACTGCCC TATCAACTTT CGATGGTACG GTATTGGCCT ACCATGGTTG TAACGGGTAA
D.dimigraformum GTCACTGCCC TATCAACTTT CGATGGTACG GTATTGGCCT ACCATGGTTG TAACGGGTAA D.firmibasis GTCACTGCCC TATCAACTTT CGATGGTACG GTATTGGCCT ACCATGGTTG TAACGGGTAA D.mucoroides GTCACTGCCC TATCAACTTT CGATGGTACG GTATTGGCCT ACCATGGTTG TAACGGGTAA D.sphaerocephalum GTCACTGCCC TATCAACTTT CGATGG-ACG GTATTGGCCT ACCATGGTTG TAACGGGTAA D.giganteum GTCACTGCCC TATCAACTTT CGATGGTACG GTATTGGCCT ACCATGGTTG TAACGGGTAA D.purpureum GTCACTGCCC TATCAACTTT CGATGGTACG GTATTGGCCT ACCATGGTTG TAACGGGTAA P.violaceum GTCACTGCCC TATCAACTTT CGATGGTACG GTATTGGCCT ACCATGGTTG TAACGGGTAA D.minutum GTTACTGCCC TATCAACTTT CGATGGTACG GTATTGGCCT ACCATGGTTG TAACGGGTAA P.candidum GTCACTGCCC TATCAACTTT CGATGGTAAG GTATTGGCTT ACCATGGTTG TAACGGGTGA P.pallidum GTCACTGCCC TATCAACTTT CGATGGTAAG GTATTGGCTT ACCATGGTTG TAACGGGTGA D.aureostipes ACAACCGCCC TATCAACTT- -GATGGTAAG GTTTTGGCTT ACCATGGTTG TAACGGGTAA L.flavofuscum ATTTCTTCCC TATCAACTTT CGATGTTTGG GTATTGGCCA AACATGGTTG CAACGGGTAA ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
365 375 385 395 405 415 D.polycephalum CGGGGAATCA GGGTTCGATT CCGGAGAGGG AGCCTGAGAA ATGGCTACCA CTTCTATGGA
D.dimigraformum CGGGGAATTA GGGTTCGATT CCGGAGAGGG AGCCTGAGAA ATGGCTACCA CTTCTACGGA D.firmibasis CGGGGAATTA GGGTTCGATT CCGGAGAGGG AGCCTGAGAA ATGGCTACCA CTTCTACGGA D.mucoroides CGGGGAATTA GGGTTCGATT CCGGAGAGGG A-CCTGAGAA ATGGCTACCA CTTCTACGGA D.sphaerocephalum CGGGGAATTA GGGTTCGATT CCGGAGAGGG AGCCTGAGAA ATGGCTACCA CTTCTACGGA D.giganteum CGGGGAATTA GGGTTCGATT CCGGAGAGGG AGCCTGAGAA ATGGCTACCA CTTCTACGGA D.purpureum CGGGGAATTA GGGTTCGATT CCGGAGAGGG AGCCTGAGAA ATGGCTACCA CTTCTACGGA P.violaceum CGGGGAATTA GGGTTCGATT CCGGAGAGGG AGCCTGAGAA ATGGCTACCA CTTCTACGGA D.minutum CGGGGAATTA GGGTTCGATT CCGGAGAGGG CGCCTGAGAA ATGGCGACCA CTTCTACGGA P.candidum CGGGGAATCA GGGTTCGATT CCGGAGAGGG AGCCTGAGAA ATGGCTACCA CTTCTATGGA P.pallidum CGGGGAATCA GGGTTCGATT CCGGAGAGGG AGCCTGAGAA ATGGCTACCA CTTCTACGGA D.aureostipes CGGGGAATCA GGGTTCGATT CCGGAGAGGA CGCCTGAGAA ACGGCGTCCA CATCTACGGG L.flavofuscum CGGAGGGTTA GGGCTCGACC CCGGAGAAGG AGCCTGAGAA ACGGCTACTA CATCCAAGGA ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
425 435 445 455 465 475 D.polycephalum AGGCAGCAGG CGCGCAAATT ACTCAATCCC AATACGG-GG AAGTAGTGAC AATAAATATC
D.dimigraformum AGGCAGCAGG CGCGCAAATT ACTCAATCCC AATACGG-GG AAGTAGTGAC AATAAATATC D.firmibasis AGGCAGCAGG CGCGCAAATT ACTCAATCCC AATACGG-GG AAGTAGTGAC AATAAATATC D.mucoroides AGGCAGCAGG CGCGCAAATT ACTCAATCCC AATACGG-GG AAGTAGTGAC AATAAATATC D.sphaerocephalum AGGCAGCAGG CGCGCAAATT ACTCAATCCC AATACGG-GG AAGTAGTGAC AATAAATATC D.giganteum AGGCAGCAGG CGCGCAAATT ACTCAATCCC AATACGG-GG AAGTAGTGAC AATAAATATC D.purpureum AGGCAGCAGG CGCGCAAATT ACTCAATCCC AATACGG-GG AAGTAGTGAC AATAAATATC P.violaceum AGGCAGCAGG CGCGCAAATT ACTCAATCCC AATACGG-GG AAGTAGTGAC AATAAATATC D.minutum AGGCAGCAGG CGCGCAAATT ACTCAATCCC AATACGG-GG AAGTAGTGAC AAGAAATATT P.candidum AGGCAGCAGG CGCGCAAATT ACTCAATCCC AATACGG-GG AAGTAGTGAC AAAAAATACT P.pallidum AGGCAGCAGG CGCGCAAATT ACTCAATCCC AATACGG-GG AAGTAGTGAC AAAAAATACT D.ureostipes TGGCAGCAGG CGCGTAAATT GC-CAATCTC AACAGAGAGG AGGCGGCGAC AATAAATCCC L.flavofuscum AGGCAGCAGG CGCGCAAATT ACCCAATCCC GACACGG-GG AGGTAGTGAC AATAAATACT
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485 495 505 515 525 535 D.polycephalum AATGCTCATC CTGAC-AAAG GAGGGTAATT GAAATGAACA CAAACTAAAC CTCTTAATTA
D.dimigraformum AATACCTATC C--TT-TTTG GAGGGCAATT GAAATGAACA CAAATTAAAA CTCTTAATTA D.firmibasis AATGCTTATC C--TT-TTTG GAGGGCAATT GAAATGAACA CAAATTAAAA CTCTTAATTA D.mucoroides AATACCTATC C--TT-AACG GAGGGCAATT GAAATGAACA CAAATTAAAA CTCTTAATTA D.sphaerocephalum AATACCTATC C--TT-AACG GAGGGCAATT GAAATGAACA CAAATTAAAA CTCTTAATTA D.giganteum AATACCTATC C--TT-TTTG GAGGGCAATT GAAATGAACA CAAATTAAAA CTCTTAATTA D.purpureum AATACCTATC C--TT-AACG GAGGGCAATT GAAATGAACA CAAATTAAAA CTCTTAATTA P.violaceum GATGCCTATC CA-TT-TTTG GAGGGTAATT GAAATGAACA CAAATTAAAA CTCTTAATTA D.minutum AATGCCTATC C---T-TCGG GAAGGTAATT AAAATGGGTC TAAACTAAAT CCATTTTCTA P.candidum AATGCCTTAC CATTTATATG GGGGGCAATT GGAATAAGTA CAACCTAAAT CGCTTAGCAA P.pallidum AATGCCTTTC CATAT-TATG GGGGGCAATT GGAATAAGTA CAACTTAAAT CGCTTAGCAA D.aureostipes GATGGCTTTG GGGGCAACCC CAGGCCAATC AGAATAAGTA CACATTAAAT CCCTTAACCA L.flavofuscum GATACAGGGC TCTTT-TGGG TCTTGTAATT GGAATGAGTA CAATTTAAAT CCCTTAACGA ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
545 555 565 575 585 595 D.polycephalum A-TACAATTG GAGGGCAAGT CTGGTGCCAG CAGCCGCGGT AATTCCAGCT CCAATAGCAT
D.dimigraformum A-CACAATTG GAGGGCAAGT CTGGTGCCAG CAGCCGCGGT AATTCCAGCT CCAATAGCAT D.firmibasis A-CACAATTG GAGGGCAAGT CTGGTGCCAG CAGCCGCGGT AATTCCAGCT CCAATAGCAT D.mucoroides A-CACAATTG GAGGGCAAGT CTGGTGCCAG CAGCCGCGGT AATTCCAGCT CCAATAGCAT D.sphaerocephalum A-CACAATTG GAGGGCAAGT CTGGTGCCAG CAGCCGCGGT AATTCCAGCT CCAATAGCAT D.giganteum A-CACAATTG GAGGGCAAGT CTGGTGCCAG CAGCCGCGGT AATTCCAGCT CCA-TAGCAT D.purpureum A-CACAATTG GAGGGCAAGT CTGGTGCCAG CAGCCGCGGT AATTCCAGCT CCAATAGCAT P.violaceum A-TACAATTG GAGGGCAAGT CTGGTGCCAG CAGCCGCGGT AATTCCAGCT CCAATAGCAT D.minutum A-TACAATTG GAGGG-AAGT CTGGTGCCAG CAGCCGCGGT AATTCCAGCT CCA-TAGCAT P.candidum A-AGTGATTG GAGGGCAAGT CTGGTGCCAG CAGCCGCGGT AATTCCAGCT CCAATAGCGT P.pallidum A-AGTGATTG GAGGGCAAGT CTGGTGCCAG CAGCCGCGGT AATTCCAGCT CCAATAGCGT D.aureostipes A-TATAATTG GAGGGCAAGT CTGGTGCCAG CAGCCGCGGT AATTCCAGCT CCAATAGC-T L.flavofuscum GGAACAATTG GAGGGCAAGT CTGGTGCCAG CAGCCGCGGT AATTCCAGCT CCAATAGCGT ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
605 615 625 635 645 655 D.polycephalum ATACTAAAGT TGTTGCAGTT AAAAAGCTCG TAGTTTAAAT AAAGGTCTAG GGGGGCTCAA
D.dimigraformum ATACTAAAGT TGTTGCAGTT AAAAAGCTCG TAGTTGAAGT TTAAGGTTTA CTGGG-TTTT D.firmibasis ATACTAAAGT TGTTGCAGTT AAAAAGCTCG TAGTTGAAGT TAAAGGTTTA TTGGG-TAAA D.mucoroides ATACTAAAGT TGTTGCAGTT AAAAAGCTCG TAGTTGAAGT TAAGG--TTA CTGGGCT-AA D.sphaerocephalum ATACTAAAGT TGTTGCAGTT AAAA-GCTCG TAGTTGAAGT TAAGG--TTA CTGGGCT-AA D.giganteum ATACTAAAGT TGTTGCAGTT AAAA-GCTCG TAGTTGAAGT TAAGGGTTTA TCGGGCT-AA D.purpureum ATACTAAAGT TGTTGCAGTT AAAAAGCTCG TAGTTGAAGT TAAAGTTTTA TTGGGCT-AA P.violaceum ATACTAAAGT TGTTGCAGTT AAAAAGCTCG TAGTTGAAGT TAAAGCTTTA TTTGGGTTAA D.minutum ATACTAAATT TGTTGCGGTT AAAA-GCTCG TAGTTGAAAT TAAAATTACA TTGGGTCAAG P.candidum ATACTAAATT TGTTGCAGTT AAAA-GCTCG TAGTTGAGAT TGAGA-TTTC TTGGGTTTAG P.pallidum ATACTAAATT TGTTGCAGTT AAAAAGCTCG TAGTTGAGAT TGAGA-TTTC TTGGGTTTAA D.aureostipes ATACTAATGT TGTTGCAGTT AAAACGCTCG TAGCTCAA-- -TATCTTTTG AGCGCTTTCG L.flavofuscum ATATTAAAGT TGTTGTGGTT AAAAAGCTCG TAGTTGAACC TTGGGCCTGG CT--GACCGG ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
665 675 685 695 705 715 D.polycephalum --- --TATTTCCT ATTGGGTCTT GCATTCAATA TGG-GAATCC CCTTAGAACT
D.dimigraformum --- --ATGT---- GATTGTCACT TCG-TGATTA ATC---ACAC CAGTATCTCT D.firmibasis --- --CGTC---- GTTTGTCACT TCG-TGATTA AAC-TGACTC CAGTATCTCT D.mucoroides --- --AGTT---- ATTTGCCGCT CTGGTGGTTA AAT-CAACTC CAGTATCTCT D.sphaerocephalum --- --AGTT---- ATTTGCCACT CTGGTGGTTA AAT-CAACTC CAGTATTCCT D.giganteum --- --AGTT---- ATTTGCCACT TTG-TGGTTA AATTCAACTC CGGTATTCCT D.purpureum --- --CGTT---- TTTTACCACC CTG-TGGCTA AAA-TAACTC CAATATTTCT P.violaceum --- --AAATC--C ATTTGCC-TT TTAACGGTTA AATAGGATTC CAGTATTGCT D.minutum --- --GGCTT--T AGTCGATTTT TCGTCGGTTT AAAGCTTCCA ATGTATTTTT P.candidum --CGTTCATT ATTGCCTTCG GGTAATAACC GTTCG---TA AAGCTTCTAA TCGGGATTCG P.pallidum GCCAGTCATA GTAGCTTTCG GGTTATTATG ATTTCGGTTA AAGCTTTTGA GTGGATTTTA D.aureostipes --- --- GCCCGTTCTC TTTAATACCG CAAGGCGTTA AAGAACCGGT L.flavofuscum --- --- -TCCGCCTCA CCGCGTGTAC TGGTTCGGCC GGGCCTTTCC
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725 735 745 755 765 775 D.polycephalum TTT-T--- ---AAACTGC CCA----TTT CAG---CC GGGCAACCCG GT----TGT-
D.dimigraformum TTC-T--- ---TAATAGT TCA---GCTT GTA---TT ATCTTTGATA GT---GCTT- D.firmibasis TTC-T--- ---TAATAGT TCA---GCTT TCG---TT ATCTTTGATA GC---GGTT- D.mucoroides TTT-T--- ---TAATAGT TCA---GCTT CTA---TT ATCTTTGATA GT---AGTT- D.sphaerocephalum TTT-T--- ---TAATAGC TCT---GCTT CTA---GC ATCTTTGATG TT---AGTT- D.giganteum TTTCT--- ---TAATAGT TCA---GCTT CCA---TT ATCTTTGATA GT---GGTT- D.purpureum TTTTT--- ---TAATAGC TCA---GTTT CTA---G- GTCTTTGACT CT---AGTT- P.violaceum TTT-T--- ---TAA-AGT TCA---GTTT GTA---TT GCCTTTGGTA GT---ATTT- D.minutum TTTAA--- ---AATTAAC TCAT--AATC TTG---GT TACTTTGTAA TTCAGGGTT- P.candidum TTTCG---TT TAGGAGTTAC CAAGAAATTT CTATATGCCC ATGTCAACTG GTAACAGTTG P.pallidum TTTTTCACTT TTAAAGTTAC CAAGGGATTT CCAACTGCCC ATGTAAGCTG GCAACAGTT- D.aureostipes CGGCTC---- ---AAACACT GTA---GGTC ATG---GT AAAGTTAGCA AT---AGCT- L.flavofuscum CTCTG--- ---TGGAACC CCATG-CCCT TCA---CT GGGTGTGGCG GGG--- ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
785 795 805 815 825 835 D.polycephalum ---CTTCGGG TGATTCACTG TGAGAAAATT GTGGTGTTCA AAGCAGGCGT CTC---GCCT
D.dimigraformum ---GTTTGGA CATTTCACTG TGAGAAAATT GTGGTGTTTA AAGCAGGCGT CTC---GCCT D.firmibasis ---GTTTGGA CATTTCACTG TGAGAAAATT GTGGTGTTTA AAGCAGGCGT CTC---GCCT D.mucoroides ---GTTTGGA CATTTCACTG TGAGAAAATT GTGGTGTTTA AAGCAGGCGT TTC---GCCT D.sphaerocephalum ---GTTTGGG CATTTCACTG TGAGAAAATT GTGGTGTTTA AAGCAGGCGT CTC---GCCT D.giganteum ---GTTTGGG CATTTCACTG TGAGAAAATT GTGGTGTTTA AAGCAGGCGT CTC---GCCT D.purpureum ---ATTTGGG CATTTCACTG TGAGAAAATT GTGGTGTTTA AAGCAGGCGT CTC---GTCT P.violaceum ---ATTTGGA CATTTCACTG TGAGAAAATT GTGGTGTTTA AAGCAGGCGT CTCT--GTCT D.minutum ---TTTTGGG TATTTCACTG TGAGAAAATT GTGGTGCTTA AAGCGGGCGT TTT---GCTT P.candidum TCTGATCGGG TGATCTACTG TGAGAAAATT GTAGTGTTCA AAGCAGGCGT CTTT--CGCT P.pallidum TACAATCGGG TGATCTACTG TGAGAAAATT GTAGTGTTCA AAGCAGGCGT CTTA--CGTT D.aureostipes ----TTATCA TAATCGACTG TGCATAAACC TTGATGCTCA AGGTAGGCCT TTTATAGGGT L.flavofuscum ---AAACAGG ACTTTTACTT TGAAAAAATT AGAGTGCTCC AGGCAGGCCT ATG----CTC ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
845 855 865 875 885 895 D.polycephalum GATCCTTTGC AGCATGGTAT GATAGAACAC GACACATAAC GCCAC---AT TGGTT---GC
D.dimigraformum GATCTTTTGC AGCATGGTAT GATGAAACAT GACATTTTAC GCTA---T TGGTTT--GC D.firmibasis GATCTTTTGC AGCATGGTAT GATGAAACAT GACATTTTAC GCTA---T TGGTTT--GC D.mucoroides GATCTTTTGC AGCATGGTAT GATGAAACAT GACATTTTAC GCTA---T TGGTTT--GC D.sphaerocephalum GATCTTTTGC AGCATGGTAT GATGAAACAT GACATTTTAC GCTA---T TGGTTT--GC D.giganteum GATCTTTTGC AGCATGGTAT GATGAAACAT GACATTTTAC GCTA---T TGGTTT--GC D.purpureum GATCTTTTGC AGCATGGTAT GATGGAACAT GACATTTTAC GCTA---T TGGTTT--GC P.violaceum GATCTTTTGC AGCATGGTAT GATGGAACAT GACATTTTGC GCAA---T TGGTT---GC D.minutum GATCTTTTGC AGCATGGTAT GATAGAACAT GACATTTTGT GCGA---T TGGTT---GC P.candidum TGTTCAATGC AGCATGGTAT AGTAAAATAA GACACTAAAT A-TAT---GT TGGTTGT-AT P.pallidum TGTTCAATGC AGCATGGTAT AGTAAAATAT GACACTAAAT A-TAT---GT TGGTTGT-AT D.aureostipes AGATACACAG TGCATGGCAT TGTGGAACAA GGCATCTCGC GGC---T TAGTTGGTGG L.flavofuscum GAATACAT-T AGCATGGAAT AATGAAATAG GACGTGTGGT TCTATTTTGT TGGTTTCTAG ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
905 915 925 935 945 955 D.polycephalum GATTAA-GTG TAATGATTAA TAGGGATGGA TGGGGATGTT CATATTGGTG GGCGAGAGGT
D.dimigraformum GTTTAAAGTG TAATGATTAA TAGGGATGGA TGGG-TGGTT CATATTGGTG GGCGAGAGGT D.firmibasis GTCTAAAGTG TAATGATTAA TAGGGATGGA TGGC-GTGTT CATATTGGTG GGCGAGAGGT D.mucoroides GTCTAAAGTG TAATGATTAA TAGGGATGGA TGGGGGTGTT CATATTGGTG GGCGAGAGGT D.sphaerocephalum GTCTAAAGTG TAATGATTAA TAGGGATGGA TGG--GTGTT CATATTGGTG GGCGAGAGGT D.giganteum GTCTAAAGTG TAATGATTAA TAGGGATGGA TGGGGGTGTT CATATTGGTG GGCGAGAGGT D.purpureum GTCTAAAGTG TAATGATTAA TAGGGATGGA TGGGGATGTT CATATTGGTG GGCGAGAGGT P.violaceum GATTAAAGTG TAATGATTAA TAGGGATGGA TGGGGGTGTT CATATTGGTG GGCGAGAGGT D.minutum AT-TAAAGTG TAATGATTAA TAGGGATGGA TGGGGGTGTT CATATTGGTG GGCGAGAGGT P.candidum ATTCT-AGTG TAATGACTAA TAGGGAAGGG CGGGGCCGTT CATATTGATG GGCGAGAGGT P.pallidum ATTCTTAGTG TAATGACTAA TAGGGAAGGG CGGGGCCGTT CATATTGATG GGCGAGAGGT D.aureostipes GCCGCGGGGG CAATGATTAA TAGGGAGGAG CGGGGGCCTT CATATTGCAG GGCGAGAGGT L.flavofuscum GACCG--CCG TAATGATTAA TAGGGACAGT CGGGGGCATC AGTATTCAAT TGTCAGAGGT
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965 975 985 995 1005 1015 D.polycephalum GAAATTCGTT GACCCTATCA AGATGAACTT CTGCGAAAGC ATTCATCAAA TACTTCTCCA
D.dimigraformum GAAATTCGTT GACCCTATCA AGATGAACTT CTGCGAAAGC ATTCACCAAA TACTTCCCCA D.firmibasis GAAATTCGTT GACCCTATCA AGATGAACTT CTGCGAAAGC ATTCACCAAA TACTTCCCCA D.mucoroides GAAATTCGTT GACCCTATCA AGATGAACTT CTGCGAAAGC ATTCACCAAA TACTTCCCCA D.sphaerocephalum GAAATTCGTT GACCCTATCA AGATGAACTT CTGCGAAAGC ATTCACCAAA TACTTCCCCA D.giganteum GAAATTCGTT GACCCTATCA AGATGAACTT CTGCGAAAGC ATTCACCAAA TACTTCCCCA D.purpureum GAAATTCGTT GACCCTATCA AGATGAACTT CTGCGAAAGC ATTCATCAAA TACTTCCCCA P.violaceum GAAATTCGTT GACCCTATCA AGATGAACTT CTGCGAAAGC ATTCACCAAA TACTTCCCCA D.minutum GAAATTCGTT GACCCTATCA AGATGAACTT CTGCGAAAGC ATTCACCAAA TACTTCCCCA P.candidum GAAATTCGTT GACCCTATCA AGATGCACTA CAGCGAAAGC ATTCGGCAAG TACTTCTCCA P.pallidum GAAATTCGTT GACCCTATCA AGATGCACTA CAGCGAAAGC ATTCGGCAAG TACTTCTCCA D.aureostipes GAAATTCGTT GACCCTTGCA AGATGTCCTA CAGCGAAAGC ATTGGCCAAG TGCCTCCCCA L.flavofuscum GAAATTCTTG GATTTATTGA AGACTAACTA CTGCGAAAGC ATTTGCCAAG GATGTTTTCA ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
1025 1035 1045 1055 1065 1075 D.polycephalum TTAATCAAGA A-CGAAAGTT TGGGGATCGA AGACGATCAG ATACCGTCGT AGTCCAAACT
D.dimigraformum TTAATCAAGA A-CGAAAGTT TGGGGATCGA AGACGATCAG ATACCGTCGT AGTCCAAACT D.firmibasis TTAATCAAGA A-CGAAAGTT TGGGGATCGA AGACGATCAG ATACCGTCGT AGTCCAAACT D.mucoroides TTAATCAAGA A-CGAAAGTT TGGGGATCGA AGACGATCAG ATACCGTCGT AGTCCAAACT D.sphaerocephalum TTAATCAAGA A-CGAAAGTT TGGGGATCGA AGACGATCAG ATACCGTCGT AGTCCAAACT D.giganteum TTAATCAAGA A-CGAAAGTT TGGGGATCGA AGACGATCAG ATACCGTCGT AGTCCAAACT D.purpureum TTAATCAAGA A-CGAAAGTT TGGGGATCGA AGACGATCAG ATACCGTCGT AGTCCAAACT P.violaceum TTAATCAAGA A-CGAAAGTT TGGGGATCGA AGACGATCAG ATACCGTCGT AGTCCAAACT D.minutum TTAATCAAGA A-CGAAAGTT TGGGGATCAA AGACGATCAG ATACCGTCGT AGTCCAAACT P.candidum TTAATCAAGA A-CGAAAGTT TGGGGATCGA AGACGATCAG ATACCGTCGT AGTCCAAACC P.pallidum TTAATCAAGA A-CGAAAGTT TGGGGATCGA AGACGATCAG ATACCGTCGT AGTCCAAACC D.aureostipes TTAGTCAAGA A-CGAAAGTT TGGGGATCAA AGACGATCAG ATACCGTCGT AGTCCAAACC L.flavofuscum TTAATCAGGA A-CGAAAGTT AGGGGATCGA AGACGATCAG ATACCGTCGT AGTCTTAACC ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
1085 1095 1105 1115 1125 1135 D.polycephalum ATAAACTATG TCGACCAGGG ATCGGCTGGA --GTTCT-TT AAAAATCCAG TCGGCACCTT
D.dimigraformum ATAAACTATG TCGACCAGGG ATCGGTTAAA --ATTTT-TT CAAAATTTAA TCGGCACCTT D.firmibasis ATAAACTATG TCGACCAGGG ATCGGTTAAA --ATTTT-TT TAAAATTTAA TCGGCACCTT D.mucoroides ATAAACTATG TCGACCAGGG ATCGGTTAAA --ATTTT-TT TAAAATTTAA TCGGCACCTT D.sphaerocephalum ATAAACTATG TCGACCAGGG ATCGGTCAAA --ATTTT-TT TAAAATTTGA TCGGCACCTT D.giganteum ATAAACTATG TCGACCAGGG ATCGGTTAAA --ATTTT-TT TAAAATTTAA TCGGCACCTT D.purpureum ATAAACTATG TCGACCAGGG ATCGGCTAAT --ATTTT-TT TAAAATTTAG TCGGCACCTT P.violaceum ATAAACTATG TCGACCAGGG ATCGGTTAAA --ACTTT-TT AAAAGTTTAA TCGGCACCTT D.minutum ATAAACTATG TCGACCAGGG ATCAGCTAAA --ATTTT-AC AAAAATTTAG TTGGCACCTT P.candidum ATAAACTATG TCGACCAGGG ATTGGACGGA TAATTTT-TT AAAAACTCGC TCAGAACCTT P.pallidum ATAAACTATG TCGACCAGGG ATTGGACGGA TAATTTT-TT AAAAACTCGC TCAGAACCTT D.aureostipes ATAAACTATG TCGACCAGCG ATTAGGCGGG CTACCTTCTT CGAGAGCTGC CTAGCAGCTT L.flavofuscum ATAAACTATG CCGACTAGGG ATCGGACGAT --GTTAT-TA TTTGACTCGT TCGGCACCTT ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
1145 1155 1165 1175 1185 1195 D.polycephalum GTGAGAAATC ACGAGTGTTT AGATTCCGGG GGGAGTATGG TCGCAAGTCT GAAACTTAAA
D.dimigraformum GTGAGAAATC ATGAGTGTTT AGATTCCGGG GGGAGTATGG TCGCAAGTCT GAAACTTAAA D.firmibasis GTGAGAAATC ACGAGTGTTT AGATTCCGGG GGGAGTATGG TCGCAAGTCT GAAACTTAAA D.mucoroides GTGAGAAATC ACGAGTGTTT AGATTCCGGG GGGAGTATGG TCGCAAGTCT GAAACTTAAA D.sphaerocephalum GTGAGAAATC ATGAGTGTTT AGATTCCGGG GGGAGTATGG TCGCAAGTCT GAAACTTAAA D.giganteum GTGAGAAATC ACGAGTGTTT AGATTCCGGG GGGAGTATGG TCGCAAGTCT GAAACTTAAA D.purpureum GTGAGAAATC ATGAGTGTTT AGATTCCGGG GGGAGTATGG TCGCAAGTCT GAAACTTAAA P.violaceum GTGAGAAATC ACGAGTGTTT AGATTCCGGG GGGAGTATGG TCGCAAGTCT GAAACTTAAA D.minutum GTGAGAAATC ACGAGTGTTT AGATTCTGGG GGGAGTATGG TCGCAAGTCT GAAACTTAAA P.candidum GTGAGAAATC ATGAGTGTTT GGACTCTGGG GGGAGTATGG TCGCAAGTCT GAAACTTAAA P.pallidum GTGAGAAATC ATGAGTGTTT GGACTCTGGG GGGAGTATGG TCGCAAGTCT GAAACTTAAA D.aureostipes GTGGGAAACC ATGAGTGCTT GGACTCTGGG GGGAGTATGG TCGCAAGGCT GAAACTTAAA L.flavofuscum ACGAGAAATC A-AAGTGCTT GGGCTCCAGG GGGAGTATGG TTGCAAGGCT GAAACTTAAA
38
....|....| ....
1205 D.polycephalum GGAATTGACG GAAG D.dimigraformum GGAATTGACG GAAG D.firmibasis GGAATTGACG GAAG D.mucoroides GGAATTGACG GAAG D.sphaerocephalum GGAATTGACG GAAG D.giganteum GGAATTGACG GAAG D.purpureum GGAATTGACG GAAG P.violaceum GGAATTGACG GAAG D.minutum GGAATTGACG GAAG P.candidum GGAATTGACG GAAG P.pallidum GGAATTGACG GAAG D.aureostipes GGAATTGACG GAAG L.flavofuscum GAAATTGACG GAAG
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2．遺傳距離 (Genetic distance)的分析
在 MEGA 2 軟體的 Kimura，s 2-parameter 之方法所換算出來的遺傳距離檢驗，其結 果如表十四。可知 P. violaceum 部分 18S 序列之遺傳距離，除了 D. aureostipes 外，和 其他現有之 Dictyostelium 遺傳距離相近，為 0.039~0.108，但和 P. pallidum 及 P. candidum 的距離較遠，為 0.198~0.214，由此可知，P. violaceum 遺傳距離較接近部分網柱細胞黏 菌。P. pallidum 和 P. candidum 彼此之間的距離則很相近，為 0.036，和其他細胞黏菌的 距離則相差甚遠，為 0.186~0.212。
表十四、本實驗所使用 13 種菌株之部分 18S 序列，採用 Kimura’s 2-parameter 所得遺傳距離 Table 14. Genetic distance of partial 18S rDNA sequences of 24 strains by using Kimura’s
2-parameter
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3．親緣關係樹之建構 (Phylogenetic tree)
將已排序之 13 個分類單元，用 PAUP 軟體以 Maximum parsimony (MP)和 Neighbor-Joining (NJ)兩種方法建立親緣關係樹。
Maximum parsimony (MP)樹狀圖如圖八。樹長為 1102，一致指數 CI 為 0.745，保留 指數 RI 為 0.793。校正一致指數 RC 為 0.604。Bootstrap value 則標示在各樹狀圖之分枝 上。若小於 50%則不以數字表示。Neighbor-Joining (NJ) 樹狀圖如圖九。兩種分析方法
得到的演化樹狀圖非常類似，皆可發現其他輪生細胞黏菌排除了 P. violaceum，自成一
單系群，而 P. violaceum 則包含在剔除 D. aureo-stipes 後，和其餘 Dictyostelium 形成的單 系群中。P. pallidum 和 P. candidum 單獨形成一單系群，MP 樹之 bootstrap 值為 100。
41
/--- D. polycephalum |
| /--- D. dimigraformum | /---98---+
| | \--- D. firmibasis | |
| +--- D. mucoroides /---99---+ |
| | /----84----+--- D. sphaerocephalum | | | |
| | | +--- D. giganteum | | /---96----+ |
| | | | \--- D. purpureum /---88---+ | - | |
| | \----83----+ \--- P. violaceum | | |
| | \--- D. minutum | |
/---+ | /--- P. candidum
| | - \---100---+ P
| | \--- P. pallidum
| |
| \--- D. aureostipes
|
\--- L. flavofuscum
圖八、本實驗所使用13種菌株部分18S A序列，以Maximum parsimony (MP)方法建構之親緣關 係樹。
Fig. 8. Maximum parsimony (MP) tree based on partial 18S rDNA sequences.
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/--- D. polycephalum |
| /---D. dimigraformum | /-+
| | \--- D. firmibasis | |
| | /-- D. mucoroides /---+ /--+ |
| | | | / -+ /-- D. sphaerocephalum | |
| | | \ +
| | | \--+ \--- D. purpureum | | /---+ |
| | | | \--- D. giganteum /---+ | | |
| | \---+ \--- P. violaceum | | |
| | \---D. minutum | |
/----+ | /--- P. candidum
| | \---+ P
| | \--- P. pallidum
| |
| \--- D. aureostipes
|
\--- L. flavofuscum
0.05
圖九、本實驗所使用之部分 18S 之序列(NCBI 網站登錄)，以 Neighbor-Joining (NJ)方法建構之親緣關係 樹。
Fig. 9. Neighbor-Joining (NJ) tree based on part of partial 18S rDNA sequences.
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4．P. violaceum 的分類
P. violaceum因形態上具有輪狀分枝，因此傳統分類上歸為輪生細胞黏菌屬，然而我們由 分子方法檢驗卻得知其親緣關係較接近網柱細胞黏菌。2002年，Swanson以網柱細胞黏菌目
（Order Dictyosteliida）中二科 (Acytosteliaceae and Dictyosteliaceae) 三屬 (Acytostelium, Dictyostelium, and Polysphondylium)，共計十九種的形態特徵，做親緣關係的分析，發現 Acytostelium, Dictyostelium 和 Polysphondylium 屬內各種，皆非單系群。其中，P.violaceum 則包含在部分網柱細胞黏菌P. pallidum P. filamentosun所形成的單系群中，而透明無色、孢子 無極粒的輪生細胞黏菌為一單系群，這和本次實驗的結果相同,。
由Swanson和本實驗的親緣關係樹，推測在演化過程中，Dictyostelium產生輪生分枝的事 件至少發生兩次以上，分別產生P. violaceum和其他Polysphondylium的祖先。然而，比對 Dictyostelium 和 Polysphondylium兩個屬間的關係，Swanson之形態特徵資料和本實驗之DNA 序列資料並所涵蓋的種類並不多。因此，如何釐清這些物種間的關係，可再做深入的探討。
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肆、輪生細胞黏菌 (Polysphondylium) 序列的分析
1．排序 (Alignment)
排除了 P. violaceum 後，其他輪生細胞黏菌菌株之 ITS1-5.8S-ITS2 序列(由台灣及金 門分離出 23 株菌株及日本 3 株菌株所得共 26 條序列，另由 NCBI 網站截取 2 條序列)，
加上外群 D. giganteum，共計 29 個分類單元，以 Clustal X (Thompson et al, 1997) 軟體 在適當位置引入 gap，編輯排序。結果如表十五。
2．遺傳距離 (Genetic distance)的分析
在 MEGA 2 軟體的 Kimura，s 2-parameter 之方法所換算出來的遺傳距離檢驗結果如 表十三。由表歸納得知，本實驗所分析的輪生細胞黏菌可清楚地分成十一群(表十六)，
各群間的遺傳距離整理如表十七。群內遺傳距離為 0~0.017，十一個不同群之間的遺傳 距離為 0.034~0.284。由群內的遺傳距離和不同群間遺傳距離相比，可明顯區隔群和群之 間的界限。這十一群中，分析已知的種類 P. pseudocandidum, P. candidum, P. tenussium 和 P. pallidum，可知 P. tenussium 和 P. pallidum，各自成一群；P. pseudocandidum、P. candidum 雖為不同的種，而遺傳距離也很相近，為 0.014。而數目最多的 P. pallidum，雖然各菌株 採集地點差異大，遺傳距離為 0~0.008，非常相近，看不出 P. pallidum 有種內分化的現 象。
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表十五、ITS1-5.8S-ITS2 序列排序結果
Table 15. Aligned sequences data of ITS1-5.8S-ITS2 rDNA sequences
....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
5 15 25 35 45 55 65 JpPpcan --- --- --- --- --- ATAAAAAGAA A----GAACA GinPpcan --- --- --- --- --- ATAAAAAGAA A----GAACA KoPcan --- --- --- --- --- ATAAAAAGAA A----GAACA Hue16PE --- --- --- --- --- ATAAAAAAAA AAATACGA-A Hue1804PE --- --- --- --- --- ATAAAAAAAA AAATACGA-A AliF1PA --- --- --- --- --- ATAAAAAAAC ---GAACA 32AliF3 --- --- --- --- --- ATAAAAAA-C ---GAACA YanPA --- --- --- --- --- ATAAAAAAAC ---GAACA Fu5PC --- --- --- --- --- ATAAAAA--C ---GA-CT Hue12PC --- --- --- --- --- ATAAAAAAAC ---GAACT Pin101PG --- --- --- --- --- ATAAAAAAAC ---GAACT JpPten --- --- --- --- --- ATAAAAAAAA TATAAGAACT Pin102PH --- --- --- --- --- ATAAAACGT- ---GAACT Lian15PF --- --- --- --- --- ATAAAAAAAC ---GAACT Hue15PF --- --- --- --- --- ATAAAAAAAC ---GAACT Hue1802PF --- --- --- --- --- ATAAAAAAAC ---GaACT AliF2PD --- --- --- --- --- ATAAAAAAAC ---GAACT ShanPB --- --- --- --- --- ATAAAAAAAA ---GAACT Lian09PB --- --- --- --- --- ATAAAAAAAA A----GAACT Pin6Pp --- --- --- --- --- ATAAAAAAA- ---GAACT Fu8Pp --- --- --- --- --- ATAAAAAAA- ---GAACT Lian0304Pp --- --- --- --- --- ATAAAAAAA- ---GAACT JpPp --- --- --- --- --- ATAAAAAAA- ---GAACT KoPp_ --- --- --- --- --- ATAAAAAAA- ---GAACT Hue13Pp --- --- --- --- --- ATAAAAAAA- ---GAACT DonPp --- --- --- --- --- ATAAAAAAAA ---GAACT MaPp --- --- --- --- --- ATAAAAAAA- ---GAACT SmagusPp --- --- --- --- --- ATAAAAAAAA ---GAACT D.giganteum ---CTATCAT TTCAATTATC ATCATTAGAT GACGGTTGAT CGAAATTTTT GCAAAATAGT G----GCAGT ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
75 85 95 105 115 125 135 JpPpcan ----AAAAAA AGGTGA---- ---AGTTTCT TCGGAAT--C -ATCCCTTTT GCTCTTAGAC A-ATCACTCT GinPpcan CAAAAAAAAA AAGACA---- ---AGACTCT TCGGAGT--C TATCTTTTTT GCTCTTAGAC AGATCACTCT KoPcan ---AAAAA AGGGAG---- ---AGTTTCT TCGGAAT--C ATTCCCT--- ACTCTTAGAC A-GTCACTCT Hue16PE CATA---TAA A--- ---GGTTTCT TTTTATTAAA GACCTTTTTT TTCTCTAGA- ---TTAGTTG Hue1804PE CATA---TAA A--- ---GGTTTCT TTTTATTAAA GACCTTTTTT TTCTCTAGA- ---TTAGTTG AliF1PA TT---TATT- ---AAAG--- ---AGGTTCT TGT--- AACCTTTTTT TTCTCTAGA- ---TTAGTTA 32AliF3 TT---TAT-- ---AAAG--- ---AGGTTCT TGT--- AACCTTTTTT TTCTCTAGA- ---TTAGTTA YanPA TT---TAT-- ---AAAG--- ---AGGTTCT TGT--- AACCTTTTTT TTCTCTAGA- ---TTAGTTA Fu5PC CTTAAAAAGT TTTTAT---- ---TAAAACT TCGGTTT--- TTTTGAAACT TGCTTGGAA- -CACCAACTT Hue12PC CTA-AAAAGT TTCTAT---- ---TAAAACT TCGGTTT--- TTTTGAAACT TGCTTGGAA- -CGCCAACTT Pin101PG CTA--AAAGT TT--- ----AAAACT T--GTTT--- T----AAACT TACTCTTAA- -CTATATTTT JpPten -AATAAA-GT --- ---T TTATTTTTTA T--AAAACTT TACTCG---- --- Pin102PH CAAACAAAA- TGGTTTTC-- ----ATTATC CGGTAAAACG GAAAATAAAA CTATTTTAC- --TTTAATTT Lian15PF CAA--AATGG TATATTTAAA AAGAGAGACT CCGGTTT--- --CT--TTT TTTTTTTTAT A--CCGCTCT Hue15PF CAA--AATGG TATATTTAAA AAGAGAGACT CCGGTTT--- --CT--TTT TTTTTTTTAT A--CCGCTCT Hue1802PF CAA--aATGG TATATtTAAA A-GAGAGACT CCGGTTT--- --CT--TTT TTTTTTT-AT A--CCGCTCT AliF2PD CAA--AA-GG TGTATT---- --AAGAAGCT TCGGTTT--- --CA--TTT T---AC A--CCGCTCT ShanPB CAT-AAAAA- --AAC--- ----AAAGTT TCGACTTGT- TTACTCGATT TATTTTAGT- --TCCAATTT Lian09PB CAT-AAAAA- --AAC--- ----AA-GTT TCGACTTGT- TTACTCGATT TATTTTAGT- --TCCAATTT Pin6Pp CAA-AAAAAA --GTT--- ----ATTCAT TTAACTT--- TTGCCTAATT T-TTTTAAT- ---TTGGTAT Fu8Pp CAA-AAAAA- --GTT--- ----ATTCAT TTAACTT--- TTGCCTAATT T-TTTTAAT- ---TTGGTAT Lian0304Pp CAA-AAAAA- --GTT--- ----ATTCAT TTAACTT--- TTGCCTAATT T-TTTTAAT- ---TTGGTAT JpPp CAA-AAAAAA AAGTT--- ----ATTTAT TTAACTT--- TTGCCTAATT T-TTTTAAT- ---TTGGTAT KoPp_ CAA-AAAAAA --GTT--- ----ATTTAT TTAACTT--- TTGCCTAATT T-TTTTAAT- ---TTGGTAT Hue13Pp C-A-AAAAAA --GTT--- ----ATTAAT TTAACTT--- TTGCCTAATT T-TTTTAAT- ---TTGGTAT DonPp CTA-AAAAAA --GTT--- ----ATTAAT TTAACTT--- TTGCCTAATT T-TTTTAAT- ---TTGGTAT MaPp C-A-AAAAAA --GTT--- ----ATTAAT TTAACTT--- TTGCCTAATT T-TTTTAAT- ---TTGGTAT SmagusPp CAA-AAAAA- --GTT--- ----ATTTAT TTAACTT--- TTGCCTAATT T-TTTTAAT- ---TTGGTAT D.giganteum CCGCTGTCGT TAAAGT---- ----AGCAAT TAGGACGA-- -TCCTGTTGT CTTATTGGTA ---CTAATCT
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