有許多基因轉殖植物並非以抗病蟲為目的，殖入新的基因並不會產生新的
抗生物質，這類植物大多是屬於本身所含有營養成分或是其代謝反應速率等等 之生理性改變。一般而言，此類植物對環境中非目標生物產生影響之可能性較 低，通常在評估環境風險時，與具有抗生物質植物分別歸屬不同之類別中，所 需進行之對非目標生物風險評估項目也大為減少。
蜜蜂、花虻等授粉昆蟲多依靠視覺與嗅覺刺激而尋找蜜源植物，若是經過 基因轉殖後導致花朵顏色或散發出來的氣味改變，就有可能改變授粉昆蟲之訪 花行為；而植物花粉與花蜜數量與性質之改變，也可能關係著授粉昆蟲之生長 與發育，因而影響授粉昆蟲族群密度發展，進而影響該植物或其它植物成功授 粉與結籽之機率，這些均是需加以評估之項目。
非抗生性植物所含營養成分改變，亦可能連帶影響其上所依附生存之病原 菌或植食性昆蟲之生育，此時對於其可能產生之影響，亦有加以評估之必要。
IV基轉植物與生物多樣性之關係
基轉植物對目標與非目標生物的影響，所衍生之後果則可能會影響生物多 樣性的維護，因此進行評估時亦將對生物多樣性的影響列入考慮。人類經濟發 展以及科技進步，對於自然資源過度開發利用，使居於生存弱勢的物種正以比 以往更快的速度滅絕，物種的減少將使整個自然生態系統受到影響，此一趨勢 若不設法遏止，更將危及人類本身之生存，因此生物多樣性的研究很受重視。
聯合國於2000 年通過「卡塔赫納生物安全議定書」，更加強國際間於生技產品 風險評估時對生物多樣性影響之重視。
環境中某一元素改變，即可能在生態上將衍生一連串的作用，且其間相互 因子甚為複雜，對於可能造成的後果須加以審慎評估。一種抗病蟲基因轉殖植 物釋出後，本地微生物與昆蟲多樣性將會受到何種程度的影響，是屬於暫時性 或是永久性影響，均需投注人力與物力加以研究判斷。與傳統生態學相較，生 物多樣性為新興學門，在某一區域內的物種數目、互相間作用關係等，均為研 究題材，對於物種數目的估算有多種理論與估計方法，這方面的研究仍有待充 分發展。室內試驗通常難以充分反映自然界中可能發生的情況，時間、季節、
地理分佈等不同，均可能造成不同的結果，因此對多樣性評估尚不易達到科學 性的精確估算，通常僅能做理論上的分析。
自然界中一些因素對於生物族群變動的反映，通常需要相當長久的時間才 會穩定呈現，目前只能靠少許的研究，盡最大努力做理論上的分析推測，此方 面亟需建立一套公認可行的制度，以評估基因轉殖植物對於生物多樣性的影 響。
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