為 使 各 機 關 內 部 對 於 檔 案 分 類 有 所 遵 循， 制 定 幾 項 原 則 供 各 機 關 內 部 檔 案 分 類 時 參 考 ：
第一節 機關檔案分類系統制定原則
一 . 依 據 國 家 檔 案 分 類 系 統 ， 中 央 政 府 機 關 都 編 有 一 個 全 宗 號 。 當 中 央 政 府 機 關 檔 案 移 歸 國 家 檔 案 局 後， 依 據 全 宗 號 予 以 分 類 與 排 架 。
二 . 中 央 政 府 機 關 檔 案 在 未 移 歸 國 家 檔 案 局 之 前 及 地 方 政 府 機 關 檔 案 (以 下 簡 稱 各 機 關 )， 仍 舊 採 用 原 有 的 檔 案 分 類 法 。
三 . 各 機 關 檔 案 之 分 類 應 視 各 機 關 之 組 織 職 掌 及 業 務 繁 簡 而 定 ， 以 類 、 綱 、 目 、 節 為 原 則 ， 其 中 類 為 一 級 單 位 ， 綱 為 二 級 單 位 ， 目 與 節 代 表 業 務 性 質 。
四 . 同 一 級 單 位 的 類 目 應 放 置 於 同 一 層 級 ， 不 可 將 同 一 層 級 的 類 目 放 置 於 不 同 層 次 的 類 目 。
五 . 各 機 關 檔 案 分 類 所 選 用 的 類 目 名 稱 ， 以 能 充 分 表 示 檔 案 內 容 性 質 為 原 則， 其 意 義 必 須 清 晰， 不 宜 含 混 籠 統。(行 政 院 秘 書 處，
民 87， 頁 153)
六 . 檔 案 分 類 表 內 各 級 項 目 應 預 留 空 格 ， 以 備 將 來 業 務 發 展 及 增 加 時 隨 時 增 補 之 用 。 (行 政 院 秘 書 處 ， 民 87， 頁 153)
第二節 機關內部檔案分類原則
一 . 各 機 關 的 檔 號 結 構 ， 以 機 關 分 類 號 與 案 次 號 兩 者 所 構 成 。 (行 政 院 秘 書 處 ， 民 87， 頁 154)
機 關 分 類 號 機 關 檔 號 = ─ ─ ─ ─ ─ ─ ─ ─ ─ 案 次 號
二 . 檔 號 位 置 ， 位 於 案 卷 背 脊 自 底 部 算 起 三 公 分 處 。
三 . 同 一 機 關 分 類 號 之 各 案 卷 ， 應 分 別 賦 予 不 同 的 案 次 號 ， 以 區 分 之 。 (行 政 院 秘 書 處 ， 民 87，頁 154)
四 . 案 次 號 的 構 成 可 分 為 二 種 方 式 ：
1. 依 流 水 號： 依 收 到 檔 案 的 先 後 順 序 編 號。如： 00001， 00002 以 此 類 推 。
2. 依 年 代 號 ： 依 據 檔 案 產 生 的 年 代 ， 加 上 順 序 號 ， 如 ： 89-1， 89-2 係 89 年 所 產 生 的 第 1 個 案 卷 、 第 2 個 案 卷 。 如 同 一 案 有 一 卷 以 上 之 情 形 ， 得 再 與 以 細 分 ， 如 89-1-1、 89-2-1 等 。 案 次 號 無 論 採 用 何 種 方 式 ， 務 需 保 持 一 致 的 原 則 。
五 . 各 機 關 檔 案 分 類 以 案 卷 為 基 本 單 位 ， 同 一 分 類 號 之 檔 案 應 分 入 同 一 案 卷 ， 必 要 時 分 案 次 號 或 卷 次 號 。
六 . 各 機 關 首 長 之 原 始 手 諭 與 各 機 關 具 有 特 殊 歷 史 之 文 物 史 料 ， 應 另 立 專 類 。
七 . 各 機 關 內 部 因 行 政 體 系 的 更 迭 而 改 變 單 位 名 稱 或 隸 屬 關 係 ， 有 二 種 處 理 方 式 ：
1. 依 照 其 原 有 行 政 體 系 歸 類 ， 並 將 相 關 的 檔 案 分 散 放 置 於 合 適 的 全 宗 內 ， 例 如 ， 某 一 個 單 位 因 行 政 改 隸 ， 其 檔 案 被 分 別 放 置 於 E1 與 J7 兩 個 類。此 種 情 形， 在 不 同 的 全 宗 處 需 做 參 照 ， 以 便 於 彼 此 參 見 相 關 的 檔 案 。
2. 將 檔 案 歸 入 後 來 的 單 位 此 種 方 式 是 將 以 前 舊 的 單 位 的 檔 案 歸 入 新 成 立 或 更 名 後 的 單 位。無 論 採 用 上 述 何 種 方 式， 在 機 關 內 應 採 一 致 性 的 原 則 。
八 . 各 機 關 的 檔 案 分 類 表 應 定 期 檢 視 其 適 用 性 。 例 如 ： 每 隔 二 年 。 如 有 新 增 或 合 併 單 位 情 形 ， 分 類 表 應 予 以 調 整 。
九 . 為 便 於 本 機 關 及 外 界 人 士 查 檢 到 所 需 的 檔 案， 應 編 製 檢 索 工 具 ， 以 輔 助 實 體 分 類 之 不 足 。