(1) 犯罪監察及國安監察混為一體
現行通保法包含了以偵查犯罪為目的（犯罪監察）及以維護國家安全為目的
（國安監察）的通訊監察。但其實兩者性質不同，為偵查犯罪所進行的通訊監察 所涉及的，多是在境內的本國人，所以，特重基本權利的保障、避免不當侵害及
有效達成偵查目的。但是，國安監察多半會涉及在境外的人士或外國人，目的也 與犯罪監察不同。是故，兩者所適用的原則，應該會有所不同。
以美國的立法例來說，關於犯罪監察的主要規範是聯邦通訊監察法；涉及國 安監察的，則是另外訂定「外國情報監察法（Foreign Intelligence Surveillance Act of 1978）」17，而不是以同一個法律規範犯罪偵查及國安偵查。這樣的立法技術，
值得參考。
(2) 通訊監察令狀的聲請人與偵查實務之落差
從第5條的規定可以知道，發通訊監察書的聲請權，是由檢察官獨占，司法 警察並沒有通訊監察的聲請權。這樣的設計，與刑事訴訟法第128條之一的規定 不相一致。刑事訴訟法規定，除了檢察官可以聲請搜索票之外，司法警察官也可 以在經過檢察官許可後，向法院聲請搜索票。
如此之立法可能係為維持檢察官偵查主體之地位，但與偵查實務有所落差，
因為實務上從鎖定偵查目標、填寫通訊監察書，到實際進行通訊監察，皆由警方 一手包辦，檢察官實際上僅負責簽名，並無實質參與或審查，造成通訊監察中多 一段無意義的公文往返流程，無助於實務運作。且通訊監察書之核發由法院把 關，應無須擔心警察機關濫權之問題。故即便不賦予司法警察獨立的通訊監察聲 請權，也應該採行刑事訴訟法第128條之一的模式，讓司法警察也可以在經檢察 官同意後，向法院聲請通訊監察書。
(3) 證據排除法則之規範不當
通保法第5及6條所規定的是所有的「通訊」「監察」行為，但是，這兩個法 條的證據排除規定只規範到違法的「監察行為」。按照文義解釋，似乎除了聲音 以外的符號、文字、影像或其他訊息之違法監察皆不包含在內。但依據釋字第六 三一號解釋保障人民的通訊自由及隱私之意旨，應擴張解釋至所有通訊監察之類 型，而在未來有做文字修正之必要。
另外，這兩個法條的「情節重大」的意義為何，立法者並沒有給予定義，所 以還需要司法判決的累積。不過，加上了這一個要件後，其操作的結果將會與刑 事訴訟法第158條之四一樣，會有審查結果難以預測的問題。是故，如果通保法 中的證據排除法則要有這樣的要件規定，就不如不要增訂，讓所有違法監察的案 件一律回歸到刑事訴訟法加以判斷18。
(4) 執行機關與建置機關的混亂
17 The Foreign Intelligence Surveillance Act of 1978 ("FISA"), Pub. L. No. 95-511, 92 Stat. 1783.
18蔡榮耕，I Am Listening to You（下）─釋字第六三一號解釋、令狀原則及修正後通訊保障及監 察法，台灣本土法學雜誌，105 期，頁 48-49，2008 年。
通保法第11條規定有通訊監察的「聲請機關」、「執行機關」及「建置機關」。
依據同法第5及6條，聲請機關為檢察官，應無疑義。但是，執行機關及建置機關 之規定就頗有問題。
依照同法第11條第二項的定義，執行機關是指「蒐集通訊內容之機關」，建 置機關指的是「單純提供通訊監察軟硬體設備而未接觸通訊內容的機關」。由此 看來，執行機關應該是指通訊監察中心或是調查局，而建置機關應該是電信業 者，如此的解釋亦與現行通訊監察之運作模式最為一致。
但從同法第14條第四項可以知道，電信業者是僅是「協助建置機關建置、維 持通訊監察系統」，而不是建置機關。如此之規定是否意味「執行機關」及「建 置機關」僅為通訊監察中心或調查局之內部編組，將通訊監察中心或調查局分為 執行組」及「建置組」，如此之分類是否有意義，令人質疑。
(5) 對電信業者監督之空白
在通保法的整個實施層面裡，包括了執行機關、建置機關及電信業者（也就 是協助建置機關者）。為了避免實施通訊監察時，人民的通訊隱私被不當侵害，
對於前述的執行機關、建置機關及電信業者，通保法都應該有妥適的監督機制。
對於前兩者，通保法都提供了偵查中或審判中的監督方式，但是，對於電信業者，
卻沒有任何明文的規定。也就是說，無論是偵查中或是審判中，檢察官及法院都 無法監督電信業者是否妥適地協助進行通訊監察。這也是前述對建置機關定義不 當之衍生問題，造成通訊監察法制上的一大漏洞，也造成了人民通訊自由保障上 的隱憂。
當然透過迂迴的解釋，檢察官可命執行機關就電信業者協助執行通訊監察的 情形進行報告，間接監督電信業者。法官亦可在透過通訊監察書的指示權限，經 由執行機關來監督電信業者。不過正本清源的方式還是修正建置機關之定義，較 為簡單直接。
(二) 刑事訴訟法
搜索、扣押這一類的強制處分，對於人民隱私會造成極大的侵害。搜索所發 動的客體，常常是住所、居所或是一定的處所。在這一些地方，人民常有著較為 私密活動，或是放置有不願為外人所知的物件或文書。與通訊隱私相比較，搜索 所涉及的隱私可謂有過之而無不及。是故，國家對於其所為的限制手段， 也應 該要「有法律依據，限制之要件應具體、明確，不得逾越必要之範圍，所踐行之 程序並應合理正當」，方符合憲法保障。
是否發動搜索，應該要由「獨立、客觀行使職權之審判機關」來作事前的 審查，檢察官並不適合作這樣的決定。是故，現行刑事訴訟法中搜索票只得由法 官簽發的規定，應屬於憲法上得要求，而不僅是法律上的要求。
而刑事訴訟法第135條規定：郵政或電信機關，或執行郵電事務之人員所持 有或保管之郵件、電報，有左列情形之一者，得扣押之：一、有相當理由可信其 與本案有關係者。二、為被告所發或寄交被告者，但與辯護人往來之郵件、電報，
以可認為犯罪證據或有湮滅、偽造、變造證據或勾串共犯或證人之虞或被告已逃 亡者為限。
此為刑事訴訟法關於搜索、扣押之特別規定，明定對於郵政或電信機關，或 執行郵電事務之人員所持有或保管之郵件、電報，須符合有相當理由可信其與本 案有關係者，或是為被告所發或寄交被告者為限，方可扣押。
而刑事訴訟法2001年修法時亦將電磁紀錄列入搜索、扣押客體，使得與電子 郵件的通訊監察，也可能產生競合，使得通訊監察與搜索的區別滋生疑義。
(三) 刑事訴訟法與通訊保障及監察法之競合
對於郵件、電報之扣押，在刑事訴訟法135條有特別規定，已如前述。但根 據通訊保障及監察法第3條第二款，通訊之定義包括郵件及書信，此時偵查機關 在調查郵件內容時，應遵循何種程序，即有問題。本文認為，通訊保障及監察法 之程序為特別規定，應優先於刑事訴訟法135條之適用。
首先，刑事訴訟法135條及通訊保障及監察法皆為保障人民隱私權之規定，
但通訊保障及監察法係針對通訊隱私之特別法規，規範目的較為明確及特定，其 程序規定亦較完整及具體。而人民對於其郵件內容之隱私，應為通訊隱私之一 環，偵查機關對於郵件內容之取得，適用通訊保障及監察法較符合及規範目的。
其次，比較刑事訴訟法135條及通訊保障及監察法之規定，可發現刑事訴訟 法135之要件僅需「有相當理由可信其與本案有關係者」，或「為被告所發或寄 交被告者」。而通訊保障及監察法之要件需符合「危害國家安全或社會秩序情節 重大，而有相當理由可信其通訊內容與本案有關，且不能或難以其他方法蒐集或 調查證據者」，要件顯然較嚴格。
且在通訊保障及監察法中，對於監察票之核發有重罪原則，需為最輕本刑為 三年以上有期徒刑之罪，或通訊保障及監察法第5條所列舉之罪，方可核發監察 票。而刑事訴訟法並無重罪原則之規定。
而唯一刑事訴訟法規定較週延的地方，在於刑事訴訟法135條第二款但書：
「但與辯護人往來之郵件、電報，以可認為犯罪證據或有湮滅、偽造、變造證據 或勾串共犯或證人之虞或被告已逃亡者為限。」對於被告與辯護人來往之郵件、
電報之扣押，做了相當程度的限縮。而通訊保障及監察法中並無類似規定。
此規定之法理在於被告之「辯護權」及辯護人之「拒絕證言權19」，保障被 告不至於陷入自正己罪之窘境，以及避免架空辯護人之「拒絕證言權」，為對被 告保護較週之立法。但通訊保障及監察法中並無此規定，故在適用時可考慮援用
「不自證己罪」及「拒絕證言權」之法理，或類推適用刑事訴訟法135條第二款 但書之規定，方能保障被告之權利。
綜上所述，若偵察機關可藉由刑訴法搜索扣押的相關規定，命電信業者提出 使用者之通訊資料，似可規避通保法之程序規定，有架空通保法之虞，故對於電 信業者提供之電子郵件等服務實施強制處分時，亦應遵守通保法之相關規定。
至於有論者認為應區分已閱讀及未閱讀之信件，分別適用刑事訴訟法以及通 訊保障及監察法20，本文對此看法存保留態度。因為通訊應是個持續性的概念，
在電子郵件的通訊中，通訊相對人讀取郵件後，未必代表通訊已終了，其仍可回 覆郵件，故整體來看仍為持續不斷之通訊，尚不能謂閱讀後通訊即為終了，無通
在電子郵件的通訊中，通訊相對人讀取郵件後，未必代表通訊已終了，其仍可回 覆郵件，故整體來看仍為持續不斷之通訊，尚不能謂閱讀後通訊即為終了，無通