教判在佛教中是一項相當艱鉅的工作，智顗所判之醍醐味專指開權顯實、發 跡顯本的《法華》。但妙叶認為，天臺智顗和四明知禮皆判淨土法門與《華嚴》、《法 華》同部，屬於醍醐味，亦即禪宗所謂單傳心印、直指人心之道，也是延壽在〈四 料簡〉中方便抑揚──以方便力，抑禪揚淨的道理，誠然是向上一路，言絕意斷 的修行。在佛陀一代施行教化的法門之中，求其根機和時宜互相感通者，眾生和 諸佛因緣最深者，最簡便、最容易，而功德高廣、路徑快捷者，再也沒有其他任 何一個法門可以超越此一求生極樂淨土的修行了。
古云：「臺教存，則佛法存；臺教亡，則佛法亡。」斥邪顯正是妙叶發憤著述 的首要因緣，這點可以直接反映出元末明初的佛教，異見邪解的狀況嚴重扭曲淨 土法門的真實義理。然而教內義理的論辯，必須回歸於教內經典本身，透過有系 統、有理論、有辯證的對話和詮釋，作為某某論題之所以能言之成理的根據。妙 叶透過應用天臺圓頓教觀來回應當時的異見邪解、清理門戶，並且為淨土法門的 理論根據扎得更加清晰、透徹，使薄視淨土法門的狂妄之徒有所依循，從此斷疑 生信；這是妙叶身處元末明初的挑戰，同時也是整部《直指》位於歷代的淨土諸 論中閃閃發光、廣被後人大力推荐、歷久不衰的主要因素。
宋代淨土宗的發展，深受禪宗唯心論的衝擊，唯心和淨土的權實問題，自然 成為天臺祖師所汲汲於回應和解決的重大課題。針對唯心論的課題，妙叶主要以
《楞嚴經》為經典依據，透過天臺性具圓教思想申辯「唯心淨土，本性彌陀」之 深意。基於《楞嚴經》破妄顯真之義理，如果想要修行證悟「真實本然心」，首先 應當觀照吾人之「六塵緣影心」，本來就在吾人的胸中，胸又住在吾人的色身，色 身居於此國土；而此國土及十方一切清淨或污穢的世界海，全都在虛空之內。虛 空遍一切處，無有邊際，十法界的依正二報盡在其中，廣大難以思議。但此虛空 雖然廣大無外，卻比不上吾人之「天然不動真實本心」，此心大而無外（極大），
小而無內（非大），又能圓滿該攝如上廣大虛空。
妙叶從《楞嚴經》論心之真妄，指出「十界依正」盡在虛空界裡，故所謂的
「唯心本性」，乃指吾人現前一念本真之心，具含虛空，虛空依真起妄，故有世界、
國土及眾生。因此，若說「唯心淨土，本性彌陀」，亦可說是「唯心穢土，本性釋 迦」，不僅極樂淨土和娑婆穢土，乃至一切凡聖之身（正報）土（依報），皆在吾 人大覺不動的真心之中，與佛所證無二無別。這樣的說法，大抵受到天臺「十界 互具」的影響。
性具思想輾轉引申，直至元代，吾人不難發現妙叶在論心性理體的本質時，
在很大程度上沿襲了諸位天臺祖師的思想菁華。而在消化這些義理的同時，妙叶 也大量地從《楞嚴經》裡吸取養分，以建構起更完整、更深刻的理論基礎，來回 應教內各宗對淨土法門的種種問難。尤其在「唯心淨土，本性彌陀」這個課題上，
對於教理本身的領悟程度，將直接影響眾生修持淨土法門的信解和行證；如果缺 乏大乘經典的支撐，異見邪解之大洪水即能隨時衝垮堤防，氾濫成災！
天臺宗一心三觀的法門，義理統冠一切經論，超乎各宗眾多之說，稟承佛陀 遺教，深得彌陀旨要；一心三觀之概念，在《直指》裡佔了相當重要的地位。妙 叶在一心三觀的詮解上，格外強調大乘心具、性具的天臺圓頓教觀。它對修習念 佛三昧之裨益，是難以思議的，所以後學不可不以此天臺義學為舟航。另外，妙 叶對《觀經》裡的觀法有相當深入的研究，尤其在消化並吸收知禮《觀經妙宗鈔》
的部分；雖然多為知禮的文字，但其慧眼獨具的取材方式和見解卻隨處可尋。妙 叶主要以《觀經》作為觀法的經典依據，並且參考了兩本最具有代表性的天臺註 解──智顗《觀經天臺疏》和知禮《觀經妙宗鈔》。經過仔細考究，從妙叶旁徵博 引的字裡行間，可以得知他最傾注心力的問題，是如何將淨土法門的大乘圓頓之 教充分展現，以區別於藏教、通教和別教。
從「大乘觀」到「大乘圓頓之道」，可知箇中的最大差異在於「圓頓」。「圓頓」
一詞，就天臺宗而言，乃吾人一念心中具足三千諸法，能夠圓觀三諦，一色一香 皆是中道，圓滿之心可以頓速成佛。大乘圓妙三觀法門有其龐大且堅固的義理根 據，若非三諦、三觀之理，於事事中提起正念攝心觀察，使殊勝的修行有所歸向，
則大乘圓頓之道就不能開顯。妙叶有志於融合臺淨兩宗，雖然這項工作在教理史 上已有祖師代代耕耘，但要根本地把淨土法門提升至大乘圓頓之教，實須經過歷 代祖師長年累月的奮戰。這是妙叶在修持念佛三昧上，致力融通天臺三觀法門，
並將淨土法門提升至大乘圓頓之教的最大苦心。
佛陀一代至談，有無量無邊的三昧、無量無邊的解脫、無量無邊的行願，總 持能相應於無量法門；唯獨念佛求生淨土之法，圓攝無外，悉皆具足。妙叶以「寶 王」二字冠於「念佛三昧」，這是因為在所有的三昧之中，它是最上乘的。念佛三 昧又名一行三昧，在整部《直指》裡，妙叶只把念佛三昧和一行三昧畫上等號，
這表示一行三昧是整部《直指》的重心，也是引導吾人修持念佛三昧的指南。一 行三昧在許多經典裡出現，也常被歷代祖師所引用，然最根本的依據應該是《文 殊般若經》。智顗依據《文殊般若經》和《文殊師利問經》提出一行三昧的修法；
一行三昧又稱常坐三昧，乃智顗所立的四種三昧之一。
妙叶對一行三昧的內容有何創見？首先，他所強調的還是「一心」之作用。
行者既然了知淨土法門的甚深奧旨，即能一心受持，唯有憶念彼土極樂世界、彼 佛阿彌陀佛，知悉身（正報）和土（依報）乃無二無別，了得能憶念和所憶念都 是一體的，如此方名為一行。又雖然名為一行，也應當以彼一切世出世間的無量 法門和種種功德之行作為資助修道的增上緣，往生大事方能速速成就。所以，一 切世出世間的無量法門和種種功德之行，悉為了往生淨土而修習，再也沒有別的 歧異之路，名為一行。譬如眾多溪流入於大海之中，同樣稱為大海；萬行導歸極 樂世界，皆得名為一行。
若從正行／助行來對照一行三昧的文字，比較精準的解釋應當為：「能持一心」
是正行，「一切諸行悉為淨土而修」是助行；此乃最基本的劃分，但不見得是最圓 滿。問題主要在於正行／助行是修持念佛三昧的方法，而妙叶這段文字所述的則 是境界；若從理／事的角度來切入，應該更符合《直指》的文義，也契合天臺義 學的理論架構。「蓋彼行人既了深旨」和「雖名一行」之句，分別從實證一心的境 界及實修一切諸行的工夫來談一行；前者偏於理，後者偏於事，但又皆以一行作 為修持念佛三昧的總綱領。
妙叶在修持念佛三昧的方法上，特別獨立出兩大篇幅來進行論述和導引。這 兩篇關於正行的論述，分別是〈正行第十三〉和〈別明客途所修三昧第十四〉。顧 名思義，前者專為有志剋期取證、安住於一處精進辦道者而論，名為：道場所修 三昧；後者針對客途行者居處不一，亦可隨分隨力六時行法而論，名為：客途所 修三昧，意蘊深邃。所謂「正行」，妙叶著重的並不是刻板或唯一的行持。從這兩 篇來看，他對不同善根、福德、因緣的行者，會有相對應的教導或指引。但不管 何種行持，它們的基礎還是建立於大乘圓教的思想之上。
首先，道場所修三昧，筆者將它分為五大要科：一、發大悲心，二、嚴淨道 場，三、著新淨衣，四、迴向淨土，五、剋期練行。這裡必須說明的是，妙叶在 眾多念佛三昧儀軌中，特別推崇《往生淨土懺願儀》。至於正行的修行方式，妙叶 著重的並不是刻板或唯一的行持。根據筆者分析，可把〈正行第十三〉的行者略 分為四等，此四等主要依據行者所能精進用功的程度來作歸類：（一）第一上行，
境界甚深；（二）根機不等，勝行難全；（三）未斷世緣，亦修世善；（四）十念法 門，必不可失。
從第一等至第四等的修行內容，即可看出定課的繁簡或受持的法門之差異。
第一等的行者專以遵式《往生淨土懺願儀》作為精進用功的定課，妙叶謂為「第 一上行，境界甚深」之法。相較之下，第四等的行者受持十念法門；十念法門同 樣也是遵式所創，出自《往生淨土決疑行願二門》的行願門。十念法門的設立，
主要在因應俗務繁雜的行者，提供一套既簡要又深妙的修行法門。經由上述的比 較，雖然從定課的繁簡或受持的法門略分為四等，但每一等行者均可依據自己的 身心狀況精進用功，諸如《往生淨土懺願儀》、禮佛、懺悔、誦經、持咒、執持名 號、觀佛依正或十念法門等，咸是修持念佛三昧之正行。
接著，客途所修三昧，此三昧名非行非坐三昧，乃智顗所立的四種三昧之一。
根據《摩訶止觀》所載，非行非坐三昧又名隨自意三昧、覺意三昧；除了常坐三 昧、常行三昧、半行半坐三昧以外，一切行、住、坐、臥等事，隨念一起，當下 即反照觀察。妙叶基於這種三昧，鼓勵客途行者亦可隨所去住，依照道場所修三 昧的禮懺儀式六時行法，唯除嚴淨道場，以及想禮和身禮之別。故《直指》謂此
根據《摩訶止觀》所載，非行非坐三昧又名隨自意三昧、覺意三昧；除了常坐三 昧、常行三昧、半行半坐三昧以外，一切行、住、坐、臥等事，隨念一起，當下 即反照觀察。妙叶基於這種三昧，鼓勵客途行者亦可隨所去住，依照道場所修三 昧的禮懺儀式六時行法，唯除嚴淨道場，以及想禮和身禮之別。故《直指》謂此