野生稻DNA 分子標幟之開發與應用

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(1)台灣農業研究 (J. Taiwan Agric. Res.) 64(4):253–278 (2015) DOI: 10.6156/JTAR/2015.06404.02. 研究報告. 野生稻 DNA 分子標幟之開發與應用林彥蓉 1 簡祥庭 2 金漢煊 2 林鋐穎 2 顏信沐 3 卓緯玄 3 吳東鴻 3 賴明信 4 李長沛 3,* 摘要林彥蓉、簡祥庭、金漢煊、林鋐穎、顏信沐、卓緯玄、吳東鴻、賴明信、李長沛。2015。野生稻 DNA 分子標幟之開發與應用。台灣農業研究 64(4):253–278。野生稻具有高度遺傳歧異度，對於極端環境有著較高之耐受性，若將野生稻的基因體以分子輔助育種的策略應用於現代栽培種的水稻育種，可因應詭譎多變的氣候變遷與世界糧食需求激增等挑戰。本研究最終目的為將野生稻 Oryza officinalis (IRGC. 100986；CC 基因體) 和 Oryza australiensis (IRGC. 100882；EE 基因體) 之重要基因導入於亞洲栽培稻 Oryza sativa (AA 基因體) 之秈稻「台中秈 10 號」(‘TCS10’) 和稉稻「台農 67 號」 (‘TNG67’)，現階段之目標為開發多型性分子標幟。篩選 249 個亞洲栽培稻 (O. sativa) 簡單重複序列 (simple sequence repeat; SSR) 分子標幟，結果在 O. officinalis 可擴增的分子標幟總計 100 個，轉移率為 40%，而在 O. australiensis 可擴增的分子標幟總計 67 個，轉移率為 27%。在這些可擴增之 SSR 分子標幟中，O. officinalis vs. ‘TCS10’ 和 O. officinalis vs. ‘TNG67’ 間有 72 個 (72%) 和 71 個 (71%) 多型性分子標幟；在 O. australiensis vs. ‘TCS10’ 和 O. australiensis vs. ‘TNG67’ 間則有 51 (76%) 和 53 (79%) 個。此外，以生物資訊方法進行栽培種與野生種的基因體序列比較，依據插入/缺失 (indel) DNA 片段，一共設計了 123 個分子標幟，分析結果發現在 O. officinalis 和 O. australiensis 可擴增的分子標幟分別為 109 (89%) 和 103 (84%) 個，大幅提升可擴增之分子標幟。並發現在 O. officinalis vs. ‘TCS10’ 和 O. officinalis vs. ‘TNG67’ 間有 79 (72%) 與 82 (75%) 個多型性分子標幟；而在 O. australiensis vs. ‘TCS10’ 和 O. australiensis vs. ‘TNG67’ 間則有 64 (62%) 和 65 (63%) 個多型性分子標幟。進一步以得到的多型性分子標幟分析 O. officinalis × ‘TNG67’ 衍生之 BC1F1 和 BC2F1 世代，結果發現異型合子比例由 86.7% (BC1F1) 下降為 18.1% (BC2F1)，而 ‘TNG67’ 同型合子比例則大幅提升，顯示野生稻之染色體片段迅速地自子代染色體中剔除，因此不易建立完整的染色體片段置換系。關鍵詞：分子標幟、轉移率、水稻、野生稻。. 前言全球暖化影響全世界，隨極端天氣的頻率與強度增加，農作物之生產受到更大的挑戰，其中稻米之生產面臨更多難以預測的逆境，如極端溫度、乾旱與水澇等非生物性逆境及病蟲草害等生物性逆境。然而，目前稻作栽培趨於品種單一化，高產品種為目前育種之主要目標，造成育成品種的遺傳背景窄化和遺傳. * 1 2 3 4. 脆弱性，因此難以因應氣候快速變遷所造成的危害 (Chang 1994; Huang et al. 2013)。野生稻因分布的環境各不相同，為適應不同的生長環境，演化出多樣化的基因型，可以賦予水稻在面對逆境時較強耐抗性或提高產量的潛力 (Vaughan et al. 2003; Wing et al. 2005)，因此野生稻的基因是近年來栽培種育成的最佳基因庫來源。例如，Oryza officinalis 有著清晨開花之特性，可以有效避開高溫所產生的. 投稿日期：2015 年 1 月 15 日；接受日期：2015 年 3 月 29 日。通訊作者：[email protected] 國立台灣大學農藝學系副教授。台灣台北市。國立台灣大學農藝學系研究生。台灣台北市。農委會農業試驗所作物組助理研究員。台灣台中市。農委會農業試驗所作物組副研究員。台灣台中市。.

(2) 254. 台灣農業研究第 64 卷第 4 期. 不稔現象，有助於在高溫之環境下提高其稔實率 (Ishimaru et al. 2010)；Oryza punctata 則對於鹽害逆境有較佳的耐性 (Farooq et al. 1992)。在生物性逆境中，對於病害與蟲害也有較高抗性 (Renganayaki et al. 2002; Yoshida & Miyashita 2009)。有學者提出以野生種來擴增現有的栽培種之基因歧異度，並應用於新的栽培品種的育成 (Lin & Hung 1996; McCouch et al. 2007)，如在 2002 年期間在越南推廣之高產栽培品種 ‘AS996’ (‘IR64’ × Oryza rufipogon) 即導入野生稻 O. rufipogon 之基因，以及利用 CC 基因體導入現今之栽培品種 (Oryza sativa × O. officinalis) ‘MTL98’、‘MTL103’、 ‘MTL105’、‘MTL110’ 與 ‘MTL114’ 等，具有抗褐飛蝨的能力 (Brar 2005)。在菲律賓以 AA 基因體導入至栽培品種 (‘IR64’ × O. rufipogon) 得到 ‘Matatag 9’，其具有抗東格魯病毒 (tungro virus) 之能力 (Brar & Khush 2003)。現今稻屬 (Oryza) 包含有 24 個種，依染色體組的不同共可分成 AA、BB、CC、BBCC、 CCDD、EE、FF、GG、HHJJ、HHKK 等 10 種類型。Harlan & de Wet (1971) 和 Khush (1997) 的論點結合基因庫的概念將稻屬分成 3 個群集：第 1 級基因庫為現今的 2 個栽培稻種，分別是亞洲稻 O. sativa 和非洲稻 Oryza glaberrima，以及其他 6 個野生稻，皆屬於 AA 基因體；第 2 級基因庫為 O. officinalis complex，由 BB、CC、BBCC、CCDD、EE 和 FF 等 6 種基因體，總計有 10 個不同種的野生稻；第 3 級基因庫為包含 Oryza meyeriana (GG 基因體 )、Oryza ridleyi (HHJJ 基因體 ) 和 Oryza schlechteri (HHKK 基因體) 等 3 個複合群。其中第 2 級基因庫之野生稻種含有豐富的抗生物與非生物逆境之優良特性，例如 O. officinalis 屬於 CC 基因體，具有抗蟲性基因之潛在利用價值 (Huang et al. 2001; Renganayaki et al. 2002)；另一為 Oryza australiensis 屬於 EE 基因體，可作為抗蟲性基因與耐旱性基因的來源 (Abbasi et al. 2010)。然而，第二級基因庫之野生稻種雖可與栽培種進行雜交，但雜交成功率與雜種稔實率皆不高，須透過胚拯救培養才可獲得雜種。因此，在利用野生種原作為育種. 材料時，經常發生雜交不親和、無法產生有效的 F 1 雜交和後續的分離族群、染色體不易發生互換以及連鎖負累 (linkage drag) 等問題。自傳統育種方式進入分子輔助育種時，首先面對的問題即為如何獲得足量的多型性分子標幟，以聚合酶連鎖反應 (polymerase chain reaction; PCR) 為基礎的 SSR (simple sequence repeat) 分子標幟與 STS (sequence tagged site) 分子標幟、indel (insertion/deletion) 分子標幟等，現今已廣泛應用於作物之遺傳歧異度分析、親緣關係建立、遺傳連鎖圖譜建立、質的性狀與數量性狀基因座圖譜分析。然而，目前水稻之分子標幟皆以 AA 基因體之 O. sativa 序列開發，隨野生稻物種親緣差異漸遠、序列差異性增加，造成分子標幟之轉移性下降，不易獲得足量的多型性分子標幟應用於野生稻與栽培稻的雜交族群 (Gao et al. 2005)。本試驗的目的期望藉由生物資訊學的輔助，尋找野生稻與現有栽培稻種在 DNA 序列上的差異性，進而開發更多新的分子標幟。建立以野生稻 O. officinalis (CC 基因體) 或 O. australiensis (EE 基因體) 為貢獻親，以「台農 67 號」或「台中秈 10 號」為輪迴親，產生帶有部分野生稻染色體片段的回交族群。再進一步以該族群作為將野生種原導入栽培種的橋樑，降低直接以野生稻進行雜交時容易發生雜交不親和的問題，所開發之多型性分子標幟將可用於建立 O. officinalis × O. sativa 和 O. australiensis × O. sativa 之連鎖圖譜及後續抗逆境數量及質量基因座之圖譜分析。. 材料與方法試驗族群材料本試驗所使用的回交族群是以台灣育成之稉稻品種「台農 67 號」(O. sativa ssp. japonica cv. ‘Tainung 67’; ‘TNG67’) 與秈稻品種「台中秈 10 號」 (O. sativa ssp. indica cv. ‘Taichungsen 10’; ‘TCS10’) 為輪迴親；作為貢獻親的 2 個野生稻種皆引種自菲律賓國際稻米研究所 (International Rice Research Institute; IRRI)，一為 O. officinalis (IRGC. 100896)：.

(3) 255. 野生稻分子標幟之開發. 二倍體 (2n = 24)，屬於 CC 基因體；另一為 O. australiensis (IRGC. 100882)：二倍體 (2n = 24)，屬於 EE 基因體。亞洲栽培稻 (O. sativa) 為 AA 基因體，當與 CC、EE 基因體間有著嚴重的雜交不親和存在，「台農 67 號」分別與 O. officinalis 和 O. australiensis 進行雜交後，所得 F 1 種子胚乳均容易退化，經胚拯救培養後，兩個組合皆順利獲得少許 F 1 世代植株；同樣的，「台中秈 10 號」分別與 O. officinalis 和 O. australiensis 進行雜交，即使經胚拯救培養後，只有「台中秈 10 號」與 O. officinalis 之組合有少許 F 1 世代植株存活，而「台中秈 10 號」與 O. australiensis 之雜交組合，於本次雜交無任何植株存活。以上述 3 個雜交組合之 F1 分別與輪迴親進行回交產生 BC 1F 1 和 BC 2F 1 世代。. 多型性分子標幟之基因型分析本試驗之樣本 DNA 萃取依 Li et al. (1995) 之發表程序修改後而得，剪取約 3 cm 來自 3–6 葉齡植株的之葉片，以組織均質機 (Qiagen，德國) 將樣本均質化後，加入 DNA 萃取液 (100 mM Tris-HCl, pH 8.0; 50 mM EDTA, pH 8.0; 500 mM NaCl; 1.25% SDS)，並以 65℃ 水浴 30 min，加入 270 μL 醋酸鉀，至於冰上 20 min，隨後以 4℃轉速 15,000× g，離心 10 min，取出上清液，混和至裝有 700 μL 之異丙醇離心管內，再以以 4℃轉速 15,000× g，離心 15 min，去除上清液，加入 70% 酒精清洗，待酒精揮發後，加入 100 μL 的 TE 緩衝液 (10 mM Tris; 1 mM EDTA, pH 8.0)，保存於 4℃。挑選 249 個 O. sativa 分子標幟進行多型性之篩選，包含 213 個 RM 系列與 36 個 CH 系列，其中 RM 系列之分子標幟為 Gramene (http://www.gramene.org/) 公布，採用自「日本晴」定序資料中，所提供之簡單重複性序列 (SSR) 設計分子標幟；CH 系列分子標幟以生物資訊軟體自 IRGSP (http://rgp.dna.affrc. go.jp/IRGSP/) 公布「日本晴」之基因體序列資料，並以 SSR 為核心設計之分子標幟。此外利用「日本晴」和秈稻栽培品種 ‘93-11’ 序列差異設計之 13 個 indel (insertion/deletion) 分子標幟，以及依照特定基因片段所設計的 17 個. STS (sequence tagged site) 分子標幟。然而多型性分子標幟數量仍不足涵蓋整個水稻之基因體，因此利用 OMAP 計畫 (The Oryza Map Alignment Project) 所建立之野生稻 O. officinalis (CC 基因體) 和 O. australiensis (EE 基因體) 之 BES (BAC end sequence) 資料庫 (http:// www.omap.org/cgi-bin/status/status.cgi)，透過生物資訊軟體開發出 123 個具有多型性之 indel 分子標幟。本研究使用所有的 402 個分子標幟之在染色體、連鎖圖譜位點和 PCR 引子序列等資料整理於附錄，供研究人員使用。本研究取自公開與自行探勘的 SSR、STS 和 indel 皆為 PCR 為基礎的 DNA 分子標幟， PCR 反應溶液體積為 10 μL，包含 20 ng 樣本 DNA、0.2 μM 引子、5 μM Taq DNA polymerase master mix (Ampliqon, Danmark)，利用核酸增殖機 (Biometra，德國) 進行核酸之擴增，其反應程序為 94℃ 1 min，94℃ 1 min、40℃為 30 s、72℃為 30 s，共 15 個循環；再以 94℃為 1 min、55℃為 30 s、72℃為 30 s，共 25 個循環。多型性分子標幟之分析以膠體電泳進行，2.5% SFR (Super Fine Resolution, Amresco ®, Solon, Ohio, USA) 膠體含有 2 μL 核酸染劑 Seeing Safe Nucleic Acid (昕穎生物科技，台灣)，後以 FEBE (Faster Easier Better Electrophoresis, Biokeystone Co., USA) 高速電泳槽進行電泳分析。. 結果野生稻多型性分子標幟之開發以 AA 基因體 O. sativa 開發的 249 個 SSR 分子標幟來分析「台中秈 10 號」與「台農 67 號」，結果能成功得到 PCR 產物分別為 227 (91%) 個與 233 (94%) (表 1)。然而從 AA 基因體 O. sativa 設計出的 SSR 分子標幟應用於野生稻 O. officinalis 和 O. australiensis 分別有 100 個和 67 個，轉移率 (可成功擴增之分子標幟占總分子標幟的百分比) 於 O. officinalis 和 O. australiensis 分別為 40% (100/249) 和 27% (67/249) (表 1、圖 1)。而其中其中 64 個皆可在此兩野生稻使用，總計為 103 (=.

(4) 256. 台灣農業研究第 64 卷第 4 期. 表 1. 分子標幟篩選結果之摘錄。 Table 1. The summary of the surveyed markers. No. of polymorphic markers Item. No. of amplified markers. TCS10. TNG67. Oryza sativaz. SSR markers from Oryza sativay 100 (40%). 72 (72%). 71 (71%). 54 (54%). 67 (27%). 51 (76%). 53 (79%). 32 (48%). TCS10. 227 (91%). -. -. -. TNG67. 233 (94%). -. -. -. Oryza officinalis Oryza australiensis. x. Indel markers from O. sativa O. officinalis. 9 (30%). 8 (89%). 6 (67%). 3 (33%). O. australiensis. 5 (17%). 4 (80%). 4 (80%). 3 (60%). TCS10. 20 (67%). -. -. -. TNG67. 23 (77%). -. -. -. O. officinalis. 109 (89%). 79 (72%). 82 (75%). 74 (68%). O. australiensis. 103 (84%). 64 (62%). 65 (63%). 61 (59%). TCS10. 121 (98%). -. -. -. TNG67. 118 (96%). -. -. -. w. Indel markers from wild rice. z. The number and percentage of markers displayed polymorphism between wild species and both of ‘TCS10’ and ‘TNG67’. A total of 249 SSR markers included markers affixed with RM and CH. A total of 30 markers included STS and SLS markers. w A total of 123 indel markers that were designed between sequence of wild species and cultivars. y x. 100 + 67 – 64) 個 AA 基因體分子標幟可轉移至 CC 或 EE 基因體使用，總轉移率為 41% (103/249)。能於 O. officinalis (CC 基因體) 成功擴增出條帶的 100 個分子標幟 (91 個 RM 和 9 個 CH 系列)，分別有 72 與 71 個在 O. officinalis 與「台中秈 10 號」和「台農 67 號」之間呈多型性，占可擴增之分子標幟數的 72% (72/100) 和 71% (71/100)，其中 54 個 SSR 同時在 O. officinalis 和兩栽培品種間具有多型性 (表 1)。另外，在 EE 基因體的 O. australiensis 中能成功 PCR 擴增反應之分子標幟總共為 67 個 (63 個 RM 與 4 個 CH 系列)，於 O. australiensis 與「台中秈 10 號」以及 O. australiensis 與「台農 67 號」間有 51 和 53 個多型性之分子標幟，占可擴增之分子標幟數的 76% (51/67) 和 79% (53/67)，其中共 32 個分子標幟可同時在 O. australiensis 與兩栽培品種間呈現多型性 (表 1)。在 30 個栽培種水稻之 indel 和 STS 分子. 標幟中，O. officinalis 可成功擴增之分子標幟有 9 個，占總數之 30% (9/30)，可與「台中秈 10 號」或「台農 67 號」間呈多型性分子標幟數量與可擴增之分子標幟比例分別 89% (8/9) 與 67% (6/9)，其中 3 個分子標幟在 3 個稻種之間呈現多型性之分子標幟，占可擴增之分子標幟之 33% (3/9)。5 個分子標幟在 O. australiensis 可進行 PCR 擴增反應，占此類型之分子標幟的 17% (5/30)，與「台中秈 10 號」和「台農 67 號」間呈多型性之分子標幟均各有 4 個，占可擴增之分子標幟的 80% (4/5)，其中有 3 個分子標幟在此 3 稻種間具有多型性。然而，此兩種方式所獲得的多型性分子標幟，均無法同時在所使用的 4 個不同的稻種間找出具有多型性之分子標幟。利用 OMAP 的野生稻之 BES 資料庫，以「日本晴」基因體為參考序列，其中「日本晴」分別 O. officinalis 與 O. australiensis 之間 indel 的設計出 75 和 48 個分子標幟，總計 123 組分子標幟 (表 1)。本次設計之 123 個分.

(5) 野生稻分子標幟之開發. 257. 圖 1. 118 個可轉移至 Oryza officinalis 或 Oryza australiensis 之 Oryza sativa 分子標幟與其在 O. sativa 染色體之分布。表示該分子標幟只能於 O. officinalis 進行擴增反應；表示該分子標幟只能於 O. australiensis 進行擴增反應；未標識者表示該分子標幟能同時於 2 個野生稻中進行擴增反應。 Fig. 1. The distribution of 118 DNA markers obtained from Oryza sativa which can be transferred onto Oryza officiand indicate markers can only be amplified nalis and Oryza australiensis on rice chromosomes. Symbols from O. officinalis and O. australiensis, respectively, and unlabeled markers can be amplified from both O. officinalis and O. australiensis..

(6) 258. 台灣農業研究第 64 卷第 4 期. 子標幟總共 109 個分子標幟在 O. officinalis 可成功進行 PCR 擴增反應，占所設計之總數的 89% (109/123)，在 O. officinalis 與「台中秈 10 號」或「台農 67 號」間呈現多型性的分子標幟數量分別有 79 (79/109 = 72%) 與 82 個 (82/109 = 75%)，在 3 者之間均可產生多型性之分子標幟總共有 74 個分子標幟。在 O. australiensis 得以進行 PCR 擴增反應之分子標幟總共為 103 個，占本方法設計之分子標幟的 84% (103/123)，其中 64 和 65 個分子標幟分別在 O. australiensis 和「台中秈 10 號」與 O. australiensis 和「台農 67 號」具有多型性，分別占 62% (64/103) 和 63% (65/103)；在此 3 稻種間保有多型性之分子標幟，總共為 61 個 (表 1)。 75 個以 O. officinalis 序列設計的分子標幟中，70 個可在 O. officinalis 中進行擴增反應，成功率為 93% (70/75)，而有 58 個可在 O. australiensis 成功擴增，轉移率為 77% (表 2)，高於選自 O. sativa 的 SSR 與 indel 分子標幟之可轉移至 O. australiensis 的 27% 與 17% (表 1)。同樣的結果也出現在以 O. australiensis 序列設計的 48 個分子標幟中，其中 45 個如預期可在 O. australiensis 成功進行 PCR 擴增反應外，有 40 個可在 O. officinalis 進行擴增反應，轉移率為 83% (40/48) (表 2)，轉移率同樣高於選自 O. sativa 的 SSR 與 indel 分子標幟可轉移至 O. officinalis 的 40% 與 30% (表 1)。. 野生稻與栽培稻種間多型性分子標幟於水稻染色體之分布利用 O. sativa 序列設計之 SSR 與 indel 分子標幟除受限於種間的轉移率，總計只有 118 個分子標幟呈現多型性，而這些多型性分. 子標幟並沒有平均分布於染色體中，而是集中於特定區域，因此無法以每隔 20 cM 含有一個分子標幟之密度涵蓋整個染色體 (圖 1)。經由上述設計之分子標幟，有 203 個分子標幟可應用於 O. officinalis 和「台中秈 10 號」與「台農 67 號」之間，涵蓋 1,526.6 cM，除少數區間外，大部分均已達到每 20 cM 含有一個分子標幟之密度 (圖 2)。由於 O. australiensis 與一般栽培品種間具有多型性分子標幟之數量為 162 個，涵蓋 1,450.2 cM，其結果仍有多數區間未達到每 20 cM 之覆蓋度 (圖 3)。. 衍生自 O. officinalis 與「台農 67 號」兩回交世代之染色體結構 203 個於 O. officinalis 與「台農 67 號」之間具有多型性之分子標幟，平均分布於 12 條染色體之中，進一步挑選分布於 6 條染色體中的 55 個分子標幟，針對 19 株此兩親本之 BC 1F 1 世代進行基因型分析，其涵蓋 853.4 cM。在 BC 1F 1 世代中，其染色體片段為異型結合子占 86.7%；來自輪迴親「台農 67 號」之同型結合子之染色體片段占 13.3%，並未發現貢獻親 O. officinalis 同型結合子之染色體片段。在編號 18 號的單株，其染色體片段為異型結合子之比例較此族群中最高，占 88.8%，「台農 67 號」同型結合子之染色體片段比例為 11.2%；編號 1 號所含的異型結合子比例最低為 85%，與「台農 67 號」同型結合之染色體片段占 15% (圖 4)。以 27 個分子標幟用於 31 株 BC 2F 1 世代進行基因型分析，所選用之分子標幟共涵蓋 648.1 cM。其中編號 15-1 號單株其異型結合子比率最高占 38.9%，「台農 67 號」同行結合子之染色體片段為占 61.1%；編號 6-2 號單株衍生於 BC 1F 1 世代中編號 22 號之個體，. 表 2. 依 CC 或 EE 基因體野生稻種序列設計的 indel 分子標幟篩選結果之摘錄。 Table2. The survey summary of the indel markers designed according to the BES sequences of CC or EE genomes of wild rices. No. of amplified markers No. of designed markers. O. australiensis. O. officinalis. TCS10. TNG67. Oryza officinalis (CC). 75. 58 (58%). 70 (93%). 73 (97%). 72 (96%). Oryza australiensis (EE). 48. 45 (94%). 40 (83%). 48 (100%). 48 (100%). Species.

(7) 野生稻分子標幟之開發. 259. 圖 2. 203 個可於 Oryza officinalis 與 Oryza sativa 間呈現多型性之分子標幟於染色體上之分布。約以每 20 cM 1 個分子標幟的密度分布於 12 條染色體上。表示以 O. officinalis 序列設計的分子標幟；表示以 Oryza australiensis 序列所設計的分子標幟。 Fig. 2. The distribution of the 203 polymorphic markers between Oryza officinalis and Oryza sativa, at the density and indicate the markers designed based on BES of O. officinalis and of approximately 20 cM. Symbols Oryza australiensis, respectively..

(8) 260. 台灣農業研究第 64 卷第 4 期. 圖 3. 162 個可於 Oryza australiensis 與 Oryza sativa 間呈現多型性之分子標幟於 O. sativa 染色體之分布。雖每條染色體皆有數個分子標幟，但並非平均分布於各條染色體中。表示以 Oryza officinalis 序列設計的分子標幟；表示以 O. australiensis 序列所設計的分子標幟。 Fig. 3. The distribution of the polymorphic markers between Oryza australiensis and Oryza sativa. Though there are several polymorphic markers on each chromosome, they are not evenly distributed on the chromosomes. Symbols and indicate the markers designed based on BES of Oryza officinalis and O. australiensis, respectively.. 在 24 個分子標幟所涵蓋之範圍，並未發現異型結合子之染色體片段，所有染色體片段皆為「台農 67 號」之同型結合子。比較兩回交世代其異型結合子之比例，發現異型結合子比率為 86.1% 下降為 18.1%，但是來自輪迴親「台農 67 號」同型結合子之比率由 13.9% 提高為 82.9% (圖 5)。分析結果顯示，野生稻染色體片段在經過 2 次回交栽培稻後，在 BC 2F 1 世代野生稻染色體快速的被剔除，其. 中已編號 6-2 號單株為例，雖然經過 1 次回交，但在分子標幟所涵蓋之範圍中，已無發現 O. officinalis 之染色體片段的異型結合子存在。. 討論分子標幟於種間之轉移性 SSR 分子標幟是利用存在於特定物種中的重複性序列所設計，因此對於有著充足背景資.

(9) 33. 32. 29. 23 25 27. 19 22. 18. 15. 14. 8 9. 7. 5 6. 4. 2. CH01103c. Legend. RM1183 RM3411 RM212. CH01100c. CH0198c. O. officinalis. RM5780 RM174 RM5356. RM6840 CH0229c. TNG67. RM240 RM250. RM525. RM3355. Heterzygo. CH0333c CH0466c. RM5480. CH0231c CH0322e. CHc0168. chr07. chr08 RM447 RM4153. CH0889c. RM418 RM3826 RM1132 RM243. E10534. CH0475c CH0477c. RM5757. CH0474c. CH0333c. RM186-i. CH0328c. RM7134. CH0327c. RM251. S5302 CH0226. RM1387. CH0112. CHc0178. 圖 4. Oryza officinalis ×「台農 67 號」之 19 株 BC1F1 之 55 個分子標幟基因型分析。紅色代表貢獻親 O. officinalis、深藍色代表輪迴親「台農 67 號」、淡藍色代表異型合子。 Fig. 4. The genotypes of 19 BC1F1 individuals derived from Oryza officinalis × ‘TNG67’ based on 55 polymorphic markers. Red, dark blue and light green regions indicate homozygote to O. officinalis, homozygotes to ‘TNG67’, and heterozygotes, respectively.. No. of plant. 1. CH0469c. chr04 RM6089 RM1153 RM5506 CH0479c CH0716c. chr03 CH0718c. chr02 CH0701 CH0883c CH0884c CH0886c. chr01. 野生稻分子標幟之開發 261.

(10) Legend. 2-1 3-1 5-1 5-2 6-1 6-2 7-1 7-3 7-4 7-5 8-1 8-2 8-3 8-4 9-1 9-2 11-1 12-2 12-3 12-4 13-3 14-1 14-2 14-3 15-1 15-2 15-3 16-1 28-1 29-2 30-1. CH01100c. O. officinalis. RM6840 CH0229c. TNG67. RM3355. Heterzygo. CH0474c. CH0469e. RM250 RM5480. CH017c. chr04. chr07 RM5506-i CH0716c. chr03 CH0718c. chr02. chr08 CH0701 CH0886c. chr01. RM4153. CH0889c. RM234. RM3826. E10534. CH0477c. RM5757-i. CH0328ci. RM7134-i. S5302. RM5356. RM3411 RM212. 圖 5. 31 株分別衍生自不同 BC1F1 單株之 BC2F1 (Oryza officinalis ×「台農 67 號」//「台農 67 號」) 植株之 27 個分子標幟基因型分析。O. officinalis 的染色體片段迅速自子帶染色體中剔除 (淡藍色所示)，輪迴親「台農 67 號」的同型合子比例則由大幅提升 (深藍色所示)，未發現貢獻親 O. officinalis 之同型合子存在 (紅色所示)。 Fig. 5. Genotypes of 31 BC2F1 individuals derived from different BC1F1 individuals of Oryza officinalis × ‘TNG67’ // ‘TNG67’ based 27 markers. The chromosome segments of O. officinalis were eliminated rapidly in the offspring genomes as seen the heterozygous segment labeled with light blue. The chromosome segments homozygous to recurrent parent, ‘TNG67’, were increased, labeled in dark blue. None chromosome segment homozygous to the donor parent, O. officinalis, was uncovered.. No. of plant. 262 台灣農業研究第 64 卷第 4 期.

(11) 野生稻分子標幟之開發. 料的物種，如人類、水稻和阿拉伯芥，容易開發新的 SSR 分子標幟。然而鮮少人研究之孤兒作物 (orphan crop)，欲進行開發 SSR 分子標幟則相當困難。前人研究發現不同物種之間的 SSR 分子標幟可應用於其他作物，例如十字花科蕓薹屬的蔬菜作物之 SSR 分子標幟具有相當程度種間轉移性 (Shuang et al. 2012)；水稻、阿拉伯芥和栽培種大豆等作物之 SSR 分子標幟可成功運用於竹子 (Chen et al. 2010)、阿拉伯芥的近源者 (Clauss et al. 2002) 以及栽培種大豆應用於其他豆科植物 (Peakall et al. 1998)。稻屬的 24 個種中，除了亞洲栽培水稻 O. sativa 及非洲栽培稻 O. glaberrima 有基因體序列資料，本研究之野生稻 CC 基因體 O. officinalis 和 EE 基因體的 O. australiensis 並無公開可供使用之 SSR 分子標幟。因此，著手由已公開「日本晴」的 SSR 和 STS 分子標幟資料庫和自行設計的 AA 基因體之 indel 分子標幟探討在不同基因體之轉移率，並依 O. officinalis 和 O. australiensis 之 BES 資料庫與「日本晴」之基因體序列，設計出具有轉移或基因體專一之分子標幟。本研究中挑選 249 個由秈稉稻為模版設計的 RM 和 CH 系列之分子標幟，應用於 O. officinalis 和 O. australiensis，可成功經由 PCR 擴增之分子標幟分別為 100 個 (40%) 與 67 個 (27%)，然而在「台中秈 10 號」與「台農 67 號」之間，可成功利用 PCR 擴增之分子標幟比例高達 91% 及 94%；而在 30 個亞洲栽培稻之 indel 與 STS 分子標幟，O. officinalis 與 O. australiensis 分別只有 9 個 (30%) 與 5 個 (17%)，可經由 PCR 擴增其片段。因此利用秈稻與稉稻所設計出的 SSR、indel 和 STS 分子標幟，並不容易應用於野生稻之間，顯示 SSR 分子標幟在不同基因組之間轉移率偏低，而 indel 和 STS 分子標幟之轉移率又更低 (表 1)。選取 8 個野生稻涵蓋 5 種不同基因體之 BES 序列資料，與 The International Rice Genome Sequencing Project (IRGSP) 所公布之 O. sativa 第 1 條染色體序列進行比對的結果顯示，每百萬個鹼基對中所含有之 SSR 在 O. officinalis 和 O. australiensis 分別為 16 與. 263. 13 個，低於秈稻的 47.2 個和稉稻的 55.8 個。研究中也指出，O. australiensis 的染色體中存在著大量的重複性序列，其基因體大小為 1.96 pg (pictogram) 是所有二倍體稻種中之冠，CC 基因體 O. officinalis 其染色體為 1.1 pg，亞洲栽培稻秈稉則分別是 0.93 與 0.91 pg。顯示不同稻種之間其染色體中重複性序列數量上的差異，導致染色體大小上有顯著的不同，同時也造成基因體歧異度產生明顯的差異 (Kim et al. 2008)。野生稻特有的逆轉位子基因、轉位子基因和染色體中重複性序列的出現，造成由 O. sativa 設計的分子標幟對於野生稻呈現低轉移率。染色體序列中鹼基對的突變，使得依原先物種序列所設計之引子對無法順利在其他相近物種間成功進行 PCR 擴增反應 (Gao et al. 2005; Kim et al. 2008; Li et al. 2008)，因此可能造成依據 O. sativa 所設計之分子標幟應用於野生稻染色體其轉移率偏低的原因。當 O. sativa 和野生稻雜交的後代是異型結合子時，常因為野生稻序列與引子序列的差異，較不容易擴增，造成誤判為同型結合子 (Li et al. 2008)。基於此原因，我們先以較低的煉合溫度 (40℃) 進行 15 個循環擴增 DNA，爾後提高專一性，以煉合溫度 55℃進行另 25 個循環擴增 DNA，以確保野生稻的對偶基因可以順利擴增。另外，分子標幟的轉移率會隨物種不同和親緣之遠近而有不同之結果 (Kuleung et al. 2004)，經由核型分析與分子生物學分析所繪製的親緣關係圖，顯示 AA 基因體 O. sativa 與 CC 基因體 O. officinalis 較為相近，與 O. australiensis 較遠 (Ge et al. 1999)。從本研究中可得知，經由亞洲栽培水稻序列所設計之 SSR 和 indel 分子標幟應用於 O. officinalis 之轉移率，皆高於 O. australiensis 之轉移率。顯示 O. officinalis 之染色體結構較 O. australiensis 更接近 O. sativa，因此可成功運用於 O. officinalis 的分子標幟比 O. australiensis 多出 37 個 (表 1)。利用亞洲栽培稻秈稉之間設計之分子標幟其應用於野生稻之轉移率偏低，因此以 OMAP 資料庫所公布 O. officinalis 和 O. australiensis.

(12) 264. 台灣農業研究第 64 卷第 4 期. 之 BES 序列資料與 Gramene 資料庫亞洲栽培稻「日本晴」進行序列比對，尋找插入或刪除之變異區域設計分子標幟。本試驗中總共設計 123 個分子標幟，其中經由比對 O. sativa 與 O. officinalis 之 BES 所設計之分子標幟，高達 77% 可轉移到 O. australiensis 可成功地擴增 PCR 反應；O. sativa 與 O. australiensis 所設計的分子標幟中，83% 的分子標幟可轉移到 O. officinalis 擴增反應 (表 2)，顯示二野生稻於序列尚有相似區存在，並且與以分析野生稻、栽培稻種染色體結構後所獲得的結果一致 (Ammiraju et al. 2008; Lu et al. 2009)。本次研究利用野生稻與栽培稻序列設計的分子標幟，其種間之轉移率介於 77–100% 之間，明顯優於以亞洲栽培水稻序列設計的分子標幟 (表 1、表 2)，顯示以亞洲栽培水稻序列所開發之分子標幟，在應用於野生稻中，容易受到各項因素所干擾，降低此一類型的分子標幟於跨種間、跨基因體間的應用。. 分子標幟於種間之多型性 100 個 O. sativa 可於 O. officinalis 擴增出之 SSR 分子標幟中，分別有 72 個 (72%) 和 71 個 (71%) 分子標幟與「台中秈 10 號」和「台農 67 號」呈現多型性，其中有 54 個 (54%) 之分子標幟可同時區分此 3 個不同的稻種；67 個可轉移至 O. australiensis 之 SSR 分子標幟中，與「台中秈 10 號」和「台農 67 號」具有多型性之分子標幟，分別有 51 個 (76%) 與 53 個 (79%)，能同時在 3 個稻種之間呈多型性之分子標幟總只有 32 個 (48%) (表 1)；56 個可同時在二野生種進行擴增的分子標幟中，有 33 個 (59%) SSR 分子標幟可同時在 O. officinalis 和 O. australiensis 間呈現多型性 (圖 1)。 198 個可同時成功在「台中秈 10 號」與「台農 67 號」擴增反應的 SSR 分子標幟中，130 個 (66%) 分子標幟可在二不同亞種之栽培稻種稻間呈現多型性 (資料未呈現)，顯示 SSR 分子標幟能在 O. sativa vs. O. officinalis 或 O. sativa vs. O. australiensis 間呈現多型性之比例並不低於可在 O. sativa 二亞種間呈現多型性者。於 STS 與 SLS 分子標幟中，雖種間呈現多型性的比例介於 67% (O. officinalis vs.「台農 67. 號」)–89% (O. officinalis vs.「台中秈 10 號」)，但與 SSR 分子標幟同樣受限於種間染色體結構差異，僅 9 個與 5 個分子標幟能轉移至 O. officinalis 或 O. australiensis 中進行 PCR 擴增反應 (表 1)。由於所使用的分子標幟數不多，本次篩得的多型性並未能代表 STS 和 SLS 在種間轉移性與多型性之高低，須再進行更多的篩選方能進行 STS 和 SLS 在 O. officinalis 和 O. australiensis 二野生種間轉移與多型性之評估。在 O. officinalis vs.「台中秈 10 號」和 O. officinalis vs.「台農 67 號」呈現多型性的數量和比例分別為 79 個 (72%) 和 82 個 (75%)；在 O. australiensis vs.「台中秈 10 號」或 O. australiensis vs.「台農 67 號」間呈現多型性分子標幟數量分別為 64 個 (62%) 與 65 個 (63%)；是以自行設計之 indel 分子標幟與 SSR 分子標幟之多型性分子標幟比例相當。本次試驗所開發之 indel 分子標幟之轉移率大幅提升 (表 1、表 2)，此差異可歸咎於設計 PCR 引子對之策略上的不同，前述的 SSR、STS 和 SLS 分子標幟在設計上皆以 O. sativa 的序列為基礎，當這些分子標幟應用到野生稻時，種間的序列差異性，尤以在引子序列上的歧異，影響了分子標幟的轉移性，原先可進行擴增的分子標幟無法用在野生稻中。本次試驗所開發的 indel 分子標幟，則是以目標區間兩翼之野生種與栽培種的保守區序列中具有專一性的區域，設計引子對，可更有效率地探勘野生種與栽培種間之多型性分子標幟，以利連鎖圖譜的建立、數量基因座之定位與後續分子標幟輔助選種之進行，加速野生稻遺傳資源於水稻育種時的利用效率。本研究總計探勘 203 個和 162 個多型性分子標幟於 O. officinalis vs. O. sativa 和 O. australiensis vs. O. sativa，大部染色體區間已達到每 20 cM 含有 1 個分子標幟之密度，這些分子標幟可馬上應用於此二野生稻與亞洲栽培稻建立之雜交族群，以利於後續連鎖圖譜建立、基因座圖譜分析。除此之外，「台中秈 10 號」與「台農 67 號」之間多型性分子標幟亦利於秈稉雜交之遺傳圖譜分析，是以，總計 402 個多型性分子標幟之於染色體連鎖圖譜的位置和引.

(13) 野生稻分子標幟之開發. 子序列整理在附錄，供研究人員使用，加速野生稻遺傳資源之利用。本研究提供之多型性分子標幟可做為起始的連鎖圖譜分析，因連鎖圖譜距離會隨著不同的雜交組合、分析子代數目等因素而有所不同，尤以不同種間、不同基因體物種的雜交，更因為染色體結構差異性大，影響同源染色體互換甚鉅，針對不同的雜交組合勢必依其需要增加多型性分子標幟，方能達到其試驗目的。. 野生稻染色體於回交世代之置換情形以 O. officinalis 為貢獻親和「台農 67 號」為輪迴親，經由胚拯救獲得 19 株 BC 1F 1 植株，以 55 個分子標幟進行基因型分析，在涵蓋 583.4 cM 的染色體範圍中，異型合子占整體的 86.7%，而輪迴親「台農 67 號」占了 13.3%。利用 27 個分子標幟涵蓋 648.1 cM，分析 31 株 BC 2F 1 世代。輪迴親「台農 67 號」基因型比例由原先的 13.3% 大幅增加為 82.9%，而異型合子自 BC 1F 1 世代的 86.7% 迅速下降至 17.1% (圖 4、圖 5)。顯示外源野生稻染色體片段快速的自回交子代細胞核中剔除，這現象也出現在融合來自二不同物種體細胞之細胞培養中 (Nowak-Imialek et al. 2010)。外源染色體遭剔除的現象，可能起因於 2 個物種染色體不易發生重組所致 (Jena & Khush 1990)，染色體進行重組的機率隨著序列歧異度的提高而下降 (Chambers et al. 1996)，O. officinalis 和 O. australiensis 與 O. sativa 相較下有更多的重複性序列插入其中 (Uozu et al. 2000)。 DNA 的轉置或轉位、序列的插入或缺失 (Ammiraju et al. 2008; Kim et al. 2008)，皆可能使得不同稻種間同源區的序列出現變異、位置改變等因素導致染色體的不穩定，這個現象可由本研究的 O. officinalis ×「台農 67 號」之 BC 1F 1 和 BC 2F 1 植株經由分子標幟偵測染色體的組成可見，許多分子標幟在 BC 1F 1 已呈現「台農 67 號」的同型結合子，但在 BC 2F 1 竟然呈現異型結合子；例如，於第 2 條染色體的 CH0229 發現在編號 9 (BC 1F 1) 和 9-1 (BC 2F 1) 植株；於第 3 條染色體的 CH0372c 發現在編號 15 (BC 1F 1) 和 15-1 和 15-3 (BC 2F 1)；於第 7 條染色體的 CH0701 發現在編號 14 (BC 1F 1). 265. 和 14-1、14-2、14-3 (BC 2F 1) 植株；於第 8 條染色體的 CH0886c 發現在編號 15 (BC 1F 1) 和 15-3 (BC 2F 1) 植株 (圖 4、圖 5)。本研究結果與以 SSR 分析以 O. officinalis × O. sativa 建立之雜交後代和 MAALs (monosomic alien addition line) 的基因型分析結果雷同，其中 O. sativa 的 124 SSR 基因座應用於 O. officinalis 的 C 基因體的圖譜分析時，發現高達 16.1% 有轉位或複製產生兩個基因座的情形，應用在 12 MAALs 的基因型分析時，每個 MAAL 除了可偵測其額外染色體 (additional chromosome) 的分子標幟外，亦可偵測位於其他條染色體上的 SSR 分子標幟，尤以 M1 和 M10 的兩個 MAALs 偵測到其他 5 條染色體上的分子標幟 (Li et al. 2008)，也因染色體的再重組 (rearrangement) 造成染色體變異，導致減數分裂時野生稻與栽培稻之染色體無法順利進行重組互換，使得來自野生稻之染色體片段自回交後代之染色體中剔除 (Jin et al. 2006; Li et al. 2008)，尤以 BC 2F 1 甚鉅 ( 圖 4、圖 5)。因此，欲建立完整以 O. sativa 為背景帶有來自非 AA 基因體野生稻的染色體片段置換系 (chromosome segment substitution lines; CSSLs)，如無大量資源的投入實為不可能 (Ali et al. 2010)。本研究也發現，由於栽培稻與不同基因體的野生稻種間雜交繁殖障礙非常高，在 F 1 回交栽培稻時僅能獲得少數的回交種子，且經由胚拯救培養過程也可能導致生育障礙，根據以往的種間雜種 F 1 回交成功獲得 BC 1F 1 植株，植株亦有生長弱勢的問題，材料維持並不容易。因此，以不同的家系進行這部分的研究，雖然不是來自相同的家系，但是，整個野生稻染色體被快速剔除的趨勢是一樣的，提供重要訊息 (圖 4、圖 5)。建立經多次回交建立僅帶有部分外源染色體片段的進階回交族群 (advanced backcross population; AB) 是相對可行的策略，AB 族群的建立可應用於野生種遺傳資源的探勘，如獲得有利於現今作物改良所需的基因或優良性狀時，在研究上可進一步育成近同源系 (near isogenic lines; NILs) 應用於基因的效應評估與該基因是如何參與與植物生長與發育。在育種上的應用，因 AB 族群除.

(14) 266. 台灣農業研究第 64 卷第 4 期. 小部分外源染色體片段外，其餘組成皆為現今之栽培種，可降低直接將野生種原利用於作物育種時所帶來的衝擊，透過雜交將不同 NILs 帶有的有利基因堆砌於優良品種中，賦予所育成的品種有更佳的農藝性狀。. 引用文獻 Abbasi, F. M., H. Ahmad, F. Perveen, M. Inamullah, M. Sajid, and D. S. Brar. 2010. Assessment of genomic relationship between Oryza sativa and Oryza australinesis. Afr. J. Biotechnol. 9:1312–1316. Ali, M. L., P. L. Sanchez, S. Yu, M. Lorieux, and G. C. Eizenga. 2010. Chromosome segment substitution line: A powerful tool for the intogression of valuable genes from Oryza wild species into cultivated rice (O. sativa). Rice 3:218–234. Ammiraju, J. S., F. Lu, A. Sanyal, Y. Yu, X. Song, N. Jiang, A. C. Pontaroli, T. Rambo, J. Currie, K. Collura, J. Talag, C. Fan, J. L. Goicoechea, A. Zuccolo, J. Chen, J. L. Bennetzen, M. Chen, S. Jackson, and R. A. Wing. 2008. Dynamic evolution of Oryza genomes is revealed by comparative genomic analysis of a genus-wide vertical data set. Plant Cell 20:3191–3209. Brar, D. 2005. Broadening the gene pool of rice through introgression from wild species. p.157–160. in: Rice is Life: Scientific Perspectives for the 21st Century. (Toriyama, K., K. L. Heong, and B. Hardy, eds.) Intl. Rice Res. Inst. Los Baños. 590 pp. Brar, D. and G. S. Khush. 2003. Utilization of wild species of genus Orzya in rice improvement. p.283–309. in: Monograph on Genus Oryza. (Nanda, J. S. and S. D. Sharma, eds.) Science Pub. lnc. Enfield. 400 pp. Chambers, S. R., N. Hunter, E. J. Louis, and R. H. Borts. 1996. The mismatch repair system reduces meiotic homeologous recombination and stimulates recombination-dependent chromosome loss. Mol. Cell Biol. 16:6110–6120. Chang, T. T. 1994. The biodiversity crisis in Asian crop production and remedial measures. p.25–41. in: Biodiversity and Terrestrial Ecosystems. (Peng, C. I. and C. H. Chuo, eds.) Institute of Botany, Academia Sinica Monograph Series No. 14. Taipei. 527 pp. Chen, S. Y., Y. T. Lin, C. W. Lin, W. Y. Chen, C. H. Yang, and H. M. Ku. 2010. Transferability of rice SSR markers to bamboo. Euphytica 175:1–11. Clauss, M., H. Cobban, and T. Mitchell-Olds. 2002. Cross-species microsatellite markers for elucidating population genetic structure in Arabidopsis and Arabis (Brassicaeae). Mol. Ecol. 11:591–601.. Farooq, S., M. Asghar, N. Iqbal, and T. M. Shah. 1992. Variability in salt tolerance of accessions of wild rice species Oryza punctata and O. officinalis. Intl. Rice Res. Newsl. 17:16. Gao, L. Z., C. H. Zhang, and J. Z. Jia. 2005. Cross-species transferability of rice microsatellites in its wild rela tives and the potential for conservation genetic studies. Genet. Resour. Crop. Evol. 52:931–940. Ge, S., T. Sang, B. R. Lu, and D. Y. Hong. 1999. Phylogeny of rice genomes with emphasis on origins of allotetraploid species. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96:14400–14405. Harlan, J. R. and J. M. J. de Wet. 1971. Toward a rational classification of cultivated plants. Taxon 20:509–517. Huang, D., G. Qin, C. Liu, Z. Ma, Y. Zhang, and Y. Yan. 2013. Feasibility of utilization of wild rice (Oryza rufipogon Griff.) genetic diversity in rice breeding for high yield. Adv. J. Food Sci. Technol. 5:640–645. Huang, Z., G. He, L. Shu, X. Li, and Q. Zhang. 2001. Identification and mapping of two brown plant hopper resistance genes in rice. Theor. Appl. Genet. 102:929–934. Ishimaru, T., H. Hirabayash, M. Ida, T. Takai, Y. A. SanOh, S. Yoshinaga, I. Ando, T. Ogawa, and M. Kondo. 2010. A genetic resource for early-morning flowering trait of wild rice Oryza officinalis to mitigate high temperature-induced spikelet sterility at anthesis. Ann. Bot. 106:515–520. Jena, K. and G. Khush. 1990. Introgression of genes from Oryza officinalis Well ex Watt to cultivated rice, O. sativa L. Theor. Appl. Genet. 80:737–745. Jin, H., G. Tan, D. S. Brar, M. Tang, G. Li, L. Zhu, and G. He. 2006. Molecular and cytogenetic characterization of an Oryza officinalis-O. sativa chromosome 4 addition lines and its progenies. Plant Mol. Biol. 62:769–777. Khush, G. 1997. Origin, dispersal, cultivation and variation of rice. Plant Mol. Biol. 35:25–34. Kim, H., B. Hurwitz, Y. Yu, K. Collura, N. Gill, P. SanMiguel, J. C. Mullikin, C. Maher, W. Nelson, M. Wissotski, M. Braidotti, D. Kudrna, J. L. Goicoechea, L. Stein, D. Ware, S. A. Jackson, C. Soderlund, and R. A. Wing. 2008. Construction, alignment and analysis of twelve framework physical maps that represent the ten genome types of the genus Oryza. Genome Biol. 9:R45. Kuleung, C., P. S. Baenziger, and I. Dweikat. 2004. Transferability of SSR markers among wheat, rye, and triticale. Theor. Appl. Genet. 108:1147–1150. Li, G., W. Hu, R. Qin, H. Jin, G. Tan, L. Zhu, and G. He. 2008. Simple sequence repeat analyses of interspe-.

(15) 野生稻分子標幟之開發. 267. cific hybrids and MAALs of Oryza officinalis and Oryza sativa. Genetica 134:169–180.. tions for the transferability of SSRs in plants. Mol. Biol. Evol. 15:1275–1287.. Li, Z., S. R. M. Pinson, J. W. Stansel, and W. D. Park. 1995. Identification of quantitative trait loci (QTLs) for heading date and plant height in cultivated rice (Oryza sativa L.). Theor. Appl. Genet. 91:374–381.. Renganayaki, K., A. K. Fritz, S. Sadasivam, S. Pammi, S. E. Harrington, S. R. McCouch, S. M. Kumar, and A. S. Reddy. 2002. Mapping and progress toward mapbased cloning of brown planthopper biotype-4 resistance gene introgressed from Oryza officinalis into cultivated rice, O. sativa. Crop Sci. 42:2112–2117.. Lin, M. S. and P. C. Hung. 1996. Ancestry of rice varieties of Taiwan. J. Agric. Assoc. China. New Ser. 175:88– 100. (in Chinese with English abstract) Lu, F., J. S. Ammiraju, A. Sanyal, S. Zhang, R. Song, J. Chen, G. Li, Y. Sui, X. Song, Z. Cheng, A. C. de Oliveira, J. L. Bennetzen, S. A. Jackson, R. A. Wing, and M. Chen. 2009. Comparative sequence analysis of MONOCULM1-orthologous regions in 14 Oryza genomes. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 106:2071–2076. McCouch, S. R., M. Sweeney, J. Li, H. Jiang, M. Thomson, E. Septiningsih, J. Edwards, P. Moncada, J. Xiao, A. Garris, T. Tai, C. Martinez, J. Tohme, M. Sugiono, A. McClung, L. P. Yuan, and A. N. Ahn. 2007. Through the genetic bottleneck: O. rufipogon as a source of trait-enhancing alleles for O. sativa. Euphytica 154:317–339.. Shuang, L. S., J. Y. Lee, C. Y. Lee, Y. F. Chan, K. K. Hwu, and Y. R. Lin. 2012. Application of molecular markers of Brassicaceae in the polymorphic and phylogenetic analyses of broccoli and cauliflower. J. Taiwan Soc. Hort. Sci. 58:45–60. (in Chinese with English abstract) Uozu, S., M. Tanaka-Ueguchi, H. Kitano, K. Hattori, and M. Matsuoka. 2000. Characterization of XET-related genes of rice. Plant Physiol. 122:853–859. Vaughan, D. A., H. Morishima, and K. Kadowaki. 2003. Diversity in the Oryza genus. Curr. Opin. Plant Biol. 6:139–146.. Nowak-Imialek, M., W. Kues, C. Rudolph, B. Schlegelberger, U. Taylor, J. Carnwath, and H. Niemann. 2010. Preferential loss of porcine chromosomes in reprogrammed interspecies cell hybrids. Cell Reprogram. 12:55–65.. Wing, R. A., J. S. Ammiraju, M. Luo, H. Kim, Y. Yu, D. Kudrna, J. L. Goicoechea, W. Wang, W. Nelson, K. Rao, D. Brar, D. J. Mackill, B. Han, C. Soderlund, L. Stein, P. SanMiguel, and S. Jackson. 2005. The Oryza map alignment project: The golden path to unlocking the genetic potential of wild rice species. Plant Mol. Biol. 59:53–62.. Peakall, R., S. Gilmore, W. Keys, M. Morgante, and A. Rafalski. 1998. Cross-species amplification of soybean (Glycine max) simple sequence repeats (SSRs) within the genus and other legume genera: Implica-. Yoshida, K. and N. Miyashita. 2009. DNA polymorphism in the blast disease resistance gene Pita of the wild rice Oryza rufipogon and its related species. Genes. Genet. Syst. 84:121–136..

(16) 268. 台灣農業研究第 64 卷第 4 期. 附錄本研究中 402 組可成功擴增之分子標誌染色體位置與序列。 Appendix Chromosomal location and sequence of 402 successfully amplified primers used in this study. Chr.. cM. Marker name. chr01. 0. CHc0167. ATCAgAAATCTCgTgTggAA. Forward. ATggTTATggCgTTggAT. Reverse. chr01. 0. CHc0168. gTTgCACTTTCAAAAggAAT. ACCTCCTTCAAgggTAACAT. chr01. 0.3. CHe0169. AATAAAgAgCgCAgAgACAg. CACAAAATgTAgTgCACCTg. chr01. 0.3–4.2. CHe0170. TAgCTACAgCAgATCCAACA. AgACAggTCTCTgCTCTgg. chr01. 0.3–4.2. RM3252. ggTAACTTTgTTCCCATgCC. ggTCAATCATgCATgCAAgC. chr01. 16.1. CH0102. TTCACgAAgCCTCgTTATCTC. gggTTTCgACTTTCgAACAA. chr01. 20.2. CHc0171. CATTTTCTgCATAACgATgA. AACACAgCTACACACACgAC. chr01. 20.2. CHc0172. AgATTCTCgAgCAATTTCAg. CTgAAgAATgAAATgTCCAAC. chr01. 22.6. CH01102e. gCATCAATAgTggCTTCAgA. AgTTggAATTTgATTATgTCg. chr01. 22.6. CH01103c. gCATCAATAgTggCTTCAgA. ACCAAAgTTggAATTTgATTA. chr01. 20.2–22.6. CHc0173. ggTgTTCTTTTCCATgTACC. CACTTgAgCACTCATTTgAA. chr01. 24. C62003. CgggAggAAgATgACgATAg. TAgCTgAAAgTgCCACAATC. chr01. 27.3. C52409. TgTAACAgCAATATAggAgC. gTgCATTTgTTCAgTgATAC. chr01. 27.6. CH0130. CCTCTATCTCTCTATCCCCAAT. AggTggTATgATCgCCTCT. chr01. 28.4. CH0116. CATCCggAATTTCgAgAgAA. AgCACTAgCgCgTTCgTAAA. chr01. 24.0–25.4. RM1. gCgAAAACACAATgCAAAAA. gCgTTggTTggACCTgAC. chr01. 32.4–36.9. RM490. ATCTgCACACTgCAAACACC. AgCAAgCAgTgCTTTCAgAg. chr01. 41.2. CHe0174. ATAgCAggAAgTgAACCAAA. ACTgCTATTCgTgTgCATTA. chr01. 41.2. CHc0175. AAggTTTgTgTgTgAAATCC. ATgTCCATCCTgTgAAgAAC. chr01. 42.4–43.2. RM243. gATCTgCAgACTgCAgTTgC. AgCTgCAACgATgTTgTCC. chr01. 43.2–45.4. CH0117. AgCAgCgACAggTAAAggAA. AAAATgCACgggAACTTACg. chr01. 43.2–45.4. CH0112. TTCggAACCAACATTTAAAACA. CTTTggTCAAgCCATTTTgC. chr01. 45.4. C52190. TCTTCACCgTTTCTTgCACC. AAACCgATgAAACgCCAACC. chr01. 45.4. CHe0176. gAgCATTggAAgAgAAgAAA. TACggCAgATTgTACTgTCA. chr01. 46.3–49.0. S10788. AgCCgAggAgCAgAgTgTTC. ATCgTCTAgCCTATCACCTC. chr01. 49.6–50.8. RM580. gATgAACTCgAATTTgCATCC. CACTCCCATgTTTggCTCC. chr01. 60.6. CHe0177. TACCTCCTTgAAAATgTgCT. TTgTAAATCCCCTACgTTTg. chr01. 60.6. CHc0178. ggTATgTTTTCCCATCCTTA. ggCATTCTTTAgCTACTTgg. chr01. 60.9–62.5. CH0113. CCCAACggCACATTAAAATC. gATCCTgAggACCTgACACg. chr01. 73.1. RM449. TTgggAggTgTTgATAAggC. ACCACCAgCgTCTCTCTCTC. chr01. 78. CH0119. ATgTgCATCTTgCCTTACCA. CCTAAgCCggCCAAAAAT. chr01. 86. CH0198c. CgTggTAAACATTgATgACA. ATATgTCTAggTgAACTgTgAAC. chr01. 86.0–87.1. CH0199e. TTCTgTTTTCAATgTCCTCA. gCTCTCCAgATATgAATCgT. chr01. 83.7. CH0179e. TAgCCAATAgACAAgCCACT. TTTTgTTggTgCTgTgATTA. chr01. 86. CH0180e. CACgTggAAggAATAAAACA. AgTTTCgAAAggAAAACAgAT. chr01. 87.1–87.4. E30745. AAgAAgCAggAgAgTCgTgg. ATAATggATggTTCggTgCC. chr01. 95.7–96.1. RM9. ggTgCCATTgTCgTCCTC. ACggCCCTCATCACCTTC. chr01. 102.3. RM488. CAgCTAgggTTTTgAggCTg. TAgCAACAACCAgCgTATgC. chr01. 100.4. CH0181c. AgAAgCAAgCAAACATCAAT. gTgAgTgAAAgTggggTAAA. chr01. 100.4. CH0182e. ACgAAATgCAAggTTAAgAg. CATATTgCCTTTTTgCTTTC. chr01. 103.7–106.2. CH01100c. gATgTTgCAggTCTAgCATT. gTTgACCTTATCCTgCAgAC.

(17) 269. 野生稻分子標幟之開發. 附錄本研究中 402 組可成功擴增之分子標誌染色體位置與序列 (續)。 Appendix Chromosomal location and sequence of 402 successfully amplified primers used in this study (continued). Chr.. cM. Marker name. chr01. 103.7–106.2. CH01101e. CCTTgCATCTTTAATCTgCT. Forward. ggAAAATCTCAgCTTTgCTA. Reverse. chr01. 114.1–116.5. RM246. gAgCTCCATCAgCCATTCAg. CTgAgTgCTgCTgCgACT. chr01. 127.3. RM1183. gggCACgAATAAAACCAgAg. gggATggTCCAATgACAAAg. chr01. 129. RM3411. CgTCCTCCAgATggTCCAC. ATgggACTCCCgTACTCCTC. chr01. 135.8. RM302. TCATgTCATCTACCATCACAC. ATggAgAAgATggAATACTTgC. chr01. 135.8. RM212. CCACTTTCAgCTACTACCAg. CACCCATTTgTCTCTCATTATg. chr01. 136.9. RM7180. gTgTTTATAggggTgCCACg. TgTTggTggTgCAggTAAAg. chr01. 145.3. CH0120. gTCCACAAACgTAggCCACT. TTTCTgTAgCAACgCACAgg. chr01. 145.3. CH0114. CCATAgCgAACACAgCCATA. CCTTgTCAggCAAgCgATA. chr01. 146.4. RM472. CCATggCCTgAgAgAgAgAg. AgCTAAATggCCATACggTg. chr01. 149. CH0109. gCgAACAgAACATgCTCAAA. ggCACggAACAAggAAATTA. chr01. 159. RM1387. gTggCTggCTgATCgATC. AATCAACCCAgCTACCATgC. chr01. 159. RM104. ggAAgAggAgAgAAAgATgTgTgTCg. TCAACAgACACACCgCCACCgC. chr01. 160.4. CH0183c. gTTAgAgTTgATgCCAAAgC. CACACATCCTTCTgAgTTAgg. chr01. 160.4. CH0184c. TgCACATgCTTAACCATAAA. gCACTgCTTTCTACCTTCTg. chr01. 170.4–176.3. RM6407. TgAAATggTggAgTCCAAgg. ACggAgCCACTgACAggTC. chr01. 181.8. RM6840. TACCAAgACTCCgCTATggC. gAAgAAgggATCATggATCg. chr01. 181.8. CH0115. ACAACgAATCCAgACggCTA. TTTTATTggACgATgCACCA. chr02. 0. CH0227c. AggTCTTTgACATCTCATCC. gCAgCACAggTTTATTCAgT. chr02. 0. CH0228e. TCTCAgATgAAgTgACATgC. TCCTCgAgAACATTACCCTA. chr02. 0. CH0229c. CATCTggCggTAAgAAgATA. AgCCTgCACATCAAATTAAg. chr02. 2.5. RM7451. TAATACgAgCAgCgATCgTg. gCTAATTgCAgCTTgTgTCg. chr02. 4.7–6.9. RM154. ACCCTCTCCgCCTCgCCTCCTC. CTCCTCCTCCTgCgACCgCTCC. chr02. 8.9–10.8. RM211. CCgATCTCATCAACCAACTg. CTTCACgAggATCTCAAAgg. chr02. 13.4. RM279. gCgggAgAgggATCTCCT. ggCTAggAgTTAACCTCgCg CCTTTTTCAgTAgCCCTCCC. chr02. 17.9. RM423. AgCACCCATgCCTTATgTTg. chr02. 25.5. RM3294. TTACACACACTACggACgCg. CCTggTggTACCTCTCTTAATC. chr02. 26.9. RM5780. gCTgCTgCATCTTCTACTgC. ACgCACATgCCTAAgCCTAg. chr02. 29.8. RM53. ACgTCTCgACgCATCAATgg. CACAAgAACTTCCTCggTAC. chr02. 33.6. RM174. AgCgACgCCAAgACAAgTCggg. TCCACgTCgATCgACACgACgg. chr02. 36.8. RM145. CCggTAggCgCCCTgCAgTTTC. CAAggACCCCATCCTCggCgTC. chr02. 43.4. RM5356. AgAgCACTTggAgTgAAgAgg. AAgCgAgggAgACAgATgC. chr02. 51.1. RM324. CTgATTCCACACACTTgTgC. gATTCCACgTCAggATCTTC. chr02. 51.9. C2544. chr02. 54.6. CH0211. ATCTCgCTCCTCgCCgTCTC. CggAgATTgCTgTgCCTgAC. gCAgCAAAgTgCggAgTA. CAggTgAATTgCCAATTT. chr02. 54.6. RM5179. ATgAgCTAATgTTTCTAAgC. CAAATTgATTAgTTTgAACC. chr02. 57.9. S5302. TggAgCATTCATTTgTTgTg. CAATAAgAgTgTCCTTCgCC. chr02. 62.2–71.3. CH0226. TTCTTgTgggATACAggAAg. TAAgATCgAgTTggATggAg. chr02. 57.9. CH0221. gTAgTgAAAAgATCCTCggTTT. ATggTTTTAAAgTAACTCTTTT. chr02. 64.7. CH0222. TggCCTAATCAgTCAAATAAA. gTCggATggCTAATACAAgA. chr02. 64.7. CH0223. gCTAAAgAgAAgCAATgTTCA. TCATTTACATCCATCgTTTg.

(18) 270. 台灣農業研究第 64 卷第 4 期. 附錄本研究中 402 組可成功擴增之分子標誌染色體位置與序列 (續)。 Appendix Chromosomal location and sequence of 402 successfully amplified primers used in this study (continued). Chr.. cM. Marker name. chr02. 71.3–77.8. RM341. Forward. Reverse. CAAgAAACCTCAATCCgAgC. CTCCTCCCgATCCCAATC. chr02. 71.3–77.8. CH0249e. ggCATggTCCCAgATgTAAg. TTCCCCAgCTgAgAgACATC. chr02. 71.3–77.8. CH0250c. ACAgCgTgggAAATgAAgAA. CCTCAgCAACAAgCAATCAA. chr02. 80.5. RM475. CCTCACgATTTTCCTCCAAC. ACggTgggATTAgACTgTgC. chr02. 88.2. RM3688. gTTgAATCAAgCTgTgCAgC. AgCTAggCAAAgCATgCATg. chr02. 95.2. RM3355. CATATgCAATTgATgTTTCg. TTAATTCCTTggTCTCAAATg. chr02. 103.9–105.8. RM263. CCCAggCTAgCTCATgAACC. gCTACgTTTgAgCTACCACg. chr02. 110.9. RM1367. gTgTgTACgTAggATCggAg. TgCTACTCCTAgCTgCTACC. chr02. 110.9. RM1367-2. gCATCgTTCATgTACACTgg. CTgCTACgCTgCTACTCCTAg. chr02. 110.6. CH0251e. gCTTTggTTCAggACTCAgg. TCTTgCAATCTTTTCCTCCA. chr02. 110.6. CH0252e. gAAAgATgCggAATACCAACA. TTTCCAgCAgTCAggTgAgA. chr02. 118.1. RM525. ggCCCgTCCAAgAAATATTg. CggTgAgACAgAATCCTTACg. chr02. 135.5–138.0. RM240. CCTTAATgggTAgTgTgCAC. TgTAACCATTCCTTCCATCC. chr02. 138–140.9. RM250. ggTTCAAACCAAgCTgATCA. gATgAAggCCTTCCACgCAg. chr02. 156.3. CH0230e. CTAgCAgggTTAggAggAAC. TCTgAAACTTCgCTCTgATT. chr02. 157.9. CH0231c. TTAACTggTAgTTggCTgCT. ACAAAAACgTTTgAgAATTgA. chr02. 157.9. CH0232c. TCgCTgATgCAgAATTAgTA. ATTgCACACTCCAAgTATCC. chr02. 157.9. RM207. CCATTCgTgAgAAgATCTgA. CACCTCATCCTCgTAACgCC. chr03. 0.0–1.1. RM60. AgTCCCATgTTCCACTTCCg. ATggCTACTgCCTgTACTAC. chr03. 0.0–1.1. CH0322e. TTAAAACATgAAAAAggAAgC. TCAgAgTTAACggTCATgTg. chr03. 0.0–1.1. CH0323c. TgCTTTgAACACAATgAgg. AAACTACACTgAggATTAgCC. chr03. 1.1. CH0324e. AgTTCATTCCAAgCTCATgT. AgTTTACACCgAACAgTTgAA. chr03. 2.2. RM3203. AgAgCATCATgCAggTCCTC. ATACgAATggAgTgCAAggg. chr03. 2.2. RM3202. TTCACTTCCTATTggCggC. TCATCATCAgTCCAgCATCg. chr03. 6.3. RM22. ggTTTgggAgCCCATAATCT. CTgggCTTCTTTCACTCgTC CACTTgCATAgTTCTgCATTg. chr03. 11.5. RM231. CCAgATTATTTCCTgAggTC. chr03. 24.4. RM6038. CTTCgCCCgCATAAgTCTAg. gTAgTCCgACTCgATCTCCg. chr03. 25. RM545. CAATggCAgAgACCCAAAAg. CTggCATgTAACgACAgTgg. chr03. 25.9. RM5480. AAgAAgAggATTTCCTCgCC. gTCCAAgATTTCgCAACgg. chr03. 29.1. RM517. ggCTTACTggCTTCgATTTg. CgTCTCCTTTggTTAgTgCC. chr03. 40.3. RM218. TggTCAAACCAAggTCCTTC. gACATACATTCTACCCCCgg. chr03. 44.4–46.6. RM251. gAATggCAATggCgCTAg. ATgCggTTCAAgATTCgATC. chr03. 48.5. RM3803. gACCTCTACAAgTCACCCgg. gCTAgCCggACTTgTAAAAg. chr03. 55.8. RM282. CTgTgTCgAAAggCTgCAC. CAgTCCTgTgTTgCAgCAAg. chr03. 61.9. CH0325c. TCCCTCAgAgCATTCTgTAT. CACTggAATggTAAgTCCTg. chr03. 61.9. CH0326c. AAATggCAgTAgTTCAgTTCA. AAggAAAATggCACTACAAA. chr03. 61.9. CH0327c. CTTgCATACCACAgAAgCTC. ACTTCCCAAAgATCAAAggT. chr03. 73.5–76.6. CH0347e. gCCCATCCATgAATCACTAA. TACTTAgCTggCggTggAgT. chr03. 76.6–83.0. CH0348e. gCCgTTTggAATgATACTgC. TgCATggATTTgCTTgATCT. chr03. 87.9. RM7134. TTCTACgCgTgCATATggTC. ATggCgCCATTAggTTAgAg. chr03. 91.1. RM16. CgCTAgggCAgCATCTAAA. AACACAgCAggTACgCgC.

(19) 271. 野生稻分子標幟之開發. 附錄本研究中 402 組可成功擴增之分子標誌染色體位置與序列 (續)。 Appendix Chromosomal location and sequence of 402 successfully amplified primers used in this study (continued). Chr.. cM. Marker name. chr03. 96.6–99.0. RM5626. gCAgACgAgATgAgATCg. Forward. Reverse. chr03. 101.6. CH0328c. TCCATCTggAAAATgTAACAgg. TggTTCgTATTTCTTTATTTTgTgA. chr03. 101.6. CH0329e. CTCCAATCTCCCCATCACTC. CATCgTgCCCCAgTTCAC. chr03. 101.6–101.9. CH0330e. ATTAATCCTCCCCTCCTCgAT. CTCTggTACATCTCCgACAgC. gTAgAggATgggCAgCAg. chr03. 115.6. RM2334. CATgCATCTgATCTgATTAT. TgTgAAgAgTACAAgTAggg. chr03. 115.6–119.7. RM7097. gggAggAggAgAggAgATTg. TTAggCCTgCACTTTTggAg TCAgCTTCTggCCggCCTCCTC. chr03. 120.4. RM135. CTCTgTCTCCTCCCCCgCgTCg. chr03. 122.8. RM168. TgCTgCTTgCCTgCTTCCTTT. gAAACgAATCAATCCACggC. chr03. 127.1. RM186. TCCTCCATCTCCTCCgCTCCCg. gggCgTggTggCCTTCTTCgTC. chr03. 149.1–151.5. RM143. gTCCCgAACCCTAgCCCgAggg. AgAggCCCTCCACATggCgACC. chr03. 151.5. RM1038. TggTTCgATTCggATTTC. AAgCTATTCACAAgCAgCTC. chr03. 140.1. CH0331c. TCACCAACAACAATCAgAgCA. CCAATgTCggTgATCTTgTg. chr03. 140.1. CH0332e. CAAAgCgCACCATTCCTATC. ggCTCACgCCATAgCTTAgT TCTTCTTgCAATTATTggTTgg. chr03. 140.1. CH0333c. AAgTggAgACCTCAACAACCT. chr03. 160.1. CH0334e. TCAgAAgAgCCTACTggATT. AgATTATATATTgACAATCTTCACg. chr03. 161.7. CH0335c. CTCTTggTTACAACTTAAAAgg. ggACTAgTACCTggCCCAAAg. chr03. 166.4. RM85. CCAAAgATgAAACCTggATTg. gCACAAggTgAgCAgTCC. chr04. 3.1. RM551. AgCCCAgACTAgCATgATTg. gAAggCgAgAAggATCACAg TggTTCAgAATgAgTTTAgTTg. chr04. 3.1. CH0466c. ggTgCgACggTATAgTAATC. chr04. 5.1. CH0467e. TAAggCATCAAgAACAggAC. TgTATAgAggCCAggTCATT. chr04. 5.4. CH0468c. AAATggTTTTTCCAACTTCA. AgTACggTACCCTTCCTAgC. chr04. 6.5. E2762. gCTCTTCCCTgATTgATTAC. TCCAAAACTAAgCCATAgTC. chr04. 8.7. C61009. ggCCAgCAAggTgTAgTAAg. ACAAACCCCAgCACCCTAAg. chr04. 7.9. RM518. CTCTTCACTCACTCACCATgg. ATCCATCTggAgCAAgCAAC. chr04. 20.9. CH0469e. CTAgTgCACTCAgTTgCAgA. ATATgCAAgAAgAgCCTgAT. chr04. 20.9. CH0470c. ATgCCATAAACTgACATgCTg. gCACAATggTAgCACCTgAA. chr04. 23.3. CH0471e. ggTggAAAATTgCCTAgATT. TgCAAAAATAgTTATAAAAggTAAAg. chr04. 25.4. RM5687. gATCgCTggCgATTgATC. gACTTgTggggTggTTTTTg. chr04. 30.8. SLS162. gTggTggTggCTCTCTATCT. CCACCTCTATTTCTCTCCTC. chr04. 30.8–41.5. C12802. AgTTgCAgAgAgggCTATTg. ACAgCgTAggAAAgATgAgg. chr04. 30.8–41.5. SLS190. gTTggCTgTCTCTTATTTgT. ATTCCAATTCgTAgAATTACTC. chr04. 41.5. CH0493e. TTCCTTggTgAAAgATgCTAA. ggTgTAgAgAACACggAATCCT. chr04. 41.5–44.0. CH0494e. TTATTgggTTAggTAATgCTTCAA. CATCATCTTgggAgCATgTg. chr04. 41.5–44.0. CH0495e. TgAACTgAAgggAATgAgTgg. AACTTTTgCATgAAATAAAACgA. chr04. 44.0–48.3. CH0472c. ACggAgAgAgAAgTCCTgA. TTTTgAACgAgATTCAgACg. chr04. 44.0–48.3. CH0473c. CATAgACACAATgAACTgCAA. CTgAATACAggTCTCggAAg. chr04. 44.0–48.3. CH0474c. gCgCgAAAggAAAggATA. TTCAATTTAggggTATATgAgg. chr04. 49.7–52.6. STS318. CAATgCATACTCCACTTCTTC. ATAAgTTCTCTACCTgCCgTT. chr04. 49.7–52.6. STS319. ACTggCACTgCTATTTACTTg. CAgATgAgACTTTCTCCACAg. chr04. 49.7–52.6. STS385. TCATAgTgATTAgCCCTgAgA. gCTgggTTTCTTCTTCATATT. chr04. 49.7–52.6. STS379. AgTCATAATTAAggCCACTCC. CAgggATAggAAgAAgAAgAA.

(20) 272. 台灣農業研究第 64 卷第 4 期. 附錄本研究中 402 組可成功擴增之分子標誌染色體位置與序列 (續)。 Appendix Chromosomal location and sequence of 402 successfully amplified primers used in this study (continued). Chr.. cM. Marker name. chr04. 56.1. RM1359. Forward. Reverse. AACgAATTCTATTTTgCgTC. TTCTTCTCATTTCAATTCgC. chr04. 58.9. RM1155. AgggAgTgTggCAACTATgC. gggAggAgTgAgAAgggATC. chr04. 60.2. RM7313. TATgTgggCTCgTgggTC. TCTCATCCgTTTCTTCCACC. chr04. 62.6. RM5757. CCTgAgACCATATgCTgCTg. gAgggAgCATCATTAgCTgg. chr04. 72.8. CH0449. TAATCgCTgCTCCCTAACTA. CACACATACCCgTAACACAg. chr04. 74.2. CH0450. CCCCTCCACTCgAATCAATg. AATCAACTCAAgCgCCAAAT. chr04. 74.2. CH0451. AgAggAgAACCTTTTCTTgg. ACTgCTTTTgCTACTTTTgg. chr04. 77.9–78.2. RM252. TTCgCTgACgTgATAggTTg. ATgACTTgATCCCgAgAACg. chr04. 81.7. CH0475c. CAACgTACAACAATCAATgC. ACAgACCgCTAATCTTCAAA. chr04. 81.7. CH0476e. TACACggAAggCTATgTTCT. TCTCCgTTCATCAgTCTACC. chr04. 81.7. CH0477c. CCACCTgTTCCTCgTTAgTA. CTggTAAgCTCTCCTTCTCC. chr04. 83. RM241. gAgCCAAATAAgATCgCTgA. TgCAAgCAgCAgATTTAgTg. chr04. 87.1–94.4. RM470. TCCTCATCggCTTCTTCTTC. AgAACCCgTTCTACgTCACg. chr04. 94.4. RM273. gAAgCCgTCgTgAAgTTACC. gTTTCCTACCTgATCgCgAC. chr04. 94.4–96.0. RM317. CATACTTACCAgTTCACCgCC. CTggAgAgTgTCAgCTAgTTgA. chr04. 97.7. RM6089. CCACCgAATCgAATAACCAC. ATggCCAgCgTgATCTCC. chr04. 113.2. RM1153. ACCAACgCCAAAAgCTACTg. TACTCgCCCTgCATgAgC. chr04. 114.3–120.3. RM5506. AggCgATgTTTgATCTCgAC. CTggACgTACACACACgTACg. chr04. 122.9. CH0478e. AATTgCATgATTAACATggTC. gATgCCTgAACgAgTAAgAA. chr04. 122.9. CH0479c. TCTTACTCgTTCAggCgTCA. CCTCTgCgATATCCgTgT. chr04. 123.8–128.5. RM567. ATCAgggAAATCCTgAAggg. ggAAggAgCAATCACCACTg. chr05. 0.0–3.0. CH0531c. TgTTATgTAAgTgTATTgACTgAA. ggATggTCAAgTATCTCAgC. chr05. 3. CH0522c. ATggTACTgCTgCCTATTgT. gTTTggTCgTCAAAgTCATC. chr05. 0.0–3.0. RM1248. ACAAgCAgCTAATggTTggg. gTgATTTTggCTCAggTCAg. chr05. 3. RM1182. ggCCCAgATTCgATgTAATg. AAAgCTTCTTCCgCTTCCTC. chr05. 6.5. RM7029. gATTCCCTgCAggAACAATg. CAAggCAgACAACAACATgg. chr05. 12. RM2010. ATCTTCTAggAAATCgAggA. gTTggCAACTTgTAgTCTTg. chr05. 12. RM5796. gCgATggAACATgAAgTgTg. TggATgTTCTgATgCAgAgC. chr05. 14.1. RM1024. gCATATACCATggggATTgg. gggATTgggATAATggTgTg. chr05. 19.0–20.1. RM7302. AggAggAAgAAgAgATTgCg. CCCACACgAgATgAgATTgg. chr05. 20.1. RM3345. AgTgTCCCCTTTTCTCTCCC. gCTTCTTTgCTTCCTATggg. chr05. 24.7. RM267. TgCAgACATAgAgAAggAAgTg. AgCAACAgCACAACTTgATg. chr05. 29.1. RM574. ggCgAATTCTTTgCACTTgg. ACggTTTggTAgggTgTCAC. chr05. 32. RM3777. gCTCCCAAATCTTggTCTTg. TCTCACCTCTTCCCTACAAgC. chr05. 32.5. E3528. gggAAgAAgAgTAgAggCTg. TACACCCCAATATACCTTCg. chr05. 39.2. STS204. TgTAATCATCACAAATCACTgT. ATgTAATggATCgTATCATCg. chr05. 41.4. CH0523e. TTACAAATgCATTgATTTCTTT. TATCCAgTgCTTgTgATTCTT. chr05. 45.8. S6520. CTCTACgCCAAAgAAAAgAg. ggTCCCTTAgCCACAAAACC. chr05. 49.4. RM289. TTCCATggCACACAAgCC. CTgTgCACgAACTTCCAAAg. chr05. 60.7. RM3838. AgATgTTgCCAgTTTgCCTg. TAgTgTCTTTgTgCAAgCCg. chr05. 60.7. CH0525e. ggAATTgAgCAgggTgTAT. CAACTgTCTgAACgCTTCTA.

(21) 273. 野生稻分子標幟之開發. 附錄本研究中 402 組可成功擴增之分子標誌染色體位置與序列 (續)。 Appendix Chromosomal location and sequence of 402 successfully amplified primers used in this study (continued). Chr.. cM. Marker name. chr05. 60.7. CH0526c. Forward. Reverse. gggAACAAAATgATTCATCTAA. gTATggAACCCCAACTCAg gTgCCTCCgTggTTATgAAC. chr05. 70.5–73.9. RM430. AAACAACgACgTCCCTgATC. chr05. 80.4. CH0527c. CCAgTATgACCTTTCgACTg. TACCgATgAATgTTATgCTT. chr05. 80.7. CH0528c. CCCCTCAATAAAATgAgACA. CgTgCCATAAAAATCAgACT. chr05. 80.7. RM161. TgCAgATgAgAAgCggCgCCTC. TgTgTCATCAgACggCgCTCCg. chr05. 95.3. STS208. CAAAggTATgATgAggATAAgg. TAgATTCgTCTCgCAgTTTAC. chr05. 101. RM3476. gATTCTCgTCgTAATCAAgA. ATCCACggTTAAgATAAATg. chr05. 111.6. RM480. gCTCAAgCATTCTgCAgTTg. gCgCTTCTgCTTATTggAAg. chr05. 122. RM1054. TgCATATgTACCgCAACCTC. TTTCTgCATgATCCCCTCTg. chr05. 122. CH0529c. gTTTTCTCCTgAggTCAATg. CAgAATCCTTgggAgCTTAT. chr05. 122. CH0530e. AgCTAgACgCATAgTgTggT. ACAgCTCTgCTAATTTgCTC. chr05. 122.3. E1113. AggCCTCCTCCgTCTTCATC. CACACACgTCggTCggACAg. chr05. 122.3. CH0502. ATATCggAggCCTTTCAC. TgAgACTCAggCTAgCTTTTC. chr05. 122.3. CH0503. gggAAgACATCTgCCTCTAT. gAAATTggCTAggCTTAATg. chr05. 122.3. CH0505. gTATCCCTATggCgggATCg. CCAgACTCCAgAggTCTATC. chr06. 0.0–0.6. CH0655c. ATTgACCAAACCAAgAAAgA. AgATgATTggTTgCATgTTT. chr06. 0.9. CH0656c. chr06. 1.4. RM508. TTgATTACTCTCTCCTgTATAAAgTC. AgTATATAgCggACTgCATgg. ggATAgATCATgTgTggggg. ACCCgTgAACCACAAAgAAC. chr06. 8.2. RM190. CTTTgTCTATCTCAAgACAC. TTgCAgATgTTCTTCCTgATg. chr06. 12.9–13.5. RM584. AgAAAgTggATCAggAAggC. gATCCTgCAggTAACCACAC. chr06. 12.9–13.5. RM225. TgCCCATATggTCTggATg. gAAAgTggATCAggAAggC. chr06. 13.8. RM6734. TgAgCAgTCTgCAgATgACC. gCTTggACTTggAgTCTTgg. chr06. 19.1–31.3. RM253. TCCTTCAAgAgTgCAAAACC. gCATTgTCATgTCgAAgCC. chr06. 33.5–34.3. RM276. CTCAACgTTgACACCTCgTg. TCCTCCATCgAgCAgTATCA. chr06. 38.3–40.2. CH0657c. ATTTgggTCATTCCTCCTAT. TTggCTATTTCTTCCATTgT. chr06. 40.2. CH0658e. AATCATTCTACAAAggAAAgC. TCAgggACAAggTTTgTTAg. chr06. 56.3. RM527. ggCTCgATCTAgAAAATCCg. TTgCACAggTTgCgATAgAg. chr06. 58.7–61.6. RM3330. ATTATTCCCCTCTTCCgCTC. AAgAAACCCTCggATTCCTg. chr06. 61.6. CH0659c. ggCTAgTCTCCCTgAggTAT. CTgCTTAgCTCCTTAACAgg. chr06. 61.6–62.6. CH0660e. TAAgTgATgggTTACCATgTg. AgCTATggTCATTgATgAAA. chr06. 63.2–64.0. CH0661c. TgCTCACTCgCTAAgTATTg. gCTCCAACCCTTCTTgATAC. chr06. 67.7–68.5. RM541. TATAACCgACCTCAgTgCCC. CCTTACTCCCATgCCATgAg. chr06. 67.7–68.5. RM3. ACACTgTAgCggCCACTg. CCTCCACTgCTCCACATCTT. chr06. 87.5. RM162. gCCAgCAAAACCAgggATCCgg. CAAggTCTTgTgCggCTTgCgg. chr06. 100.8–103.0. RM528. ggCATCCAATTTTACCCCTC. AAATggAgCATggAggTCAC. chr06. 105.1. RM30. ggTTAggCATCgTCACgg. TCACCTCACCACACgACACg. chr06. 110.6. RM400. gTgCAACCggCACTCTTATC. gAgAAggCggAgAgATCTgA. chr06. 110.6–113.1. RM3138. TTgACAAgAgATCAAggCgg. gTgAATgTTgAgCTgCATgg. chr06. 124.4. RM5463. ACCCTTgCAgACAACgTACC. ATATACCAgCAgCTgCATgC. chr07. 0. CH0715e. TCACATCAAAgTgTTgTAggTT. ggTCTTgCTAAATTgTCCTg. chr07. 0.8. CH0716c. TgTTTTgATTCTTCAAgTgC. ggCAAACACTAggACAAAAg.

(22) 274. 台灣農業研究第 64 卷第 4 期. 附錄本研究中 402 組可成功擴增之分子標誌染色體位置與序列 (續)。 Appendix Chromosomal location and sequence of 402 successfully amplified primers used in this study (continued). Chr.. cM. Marker name. chr07. 24.2. CH0717e. Forward AAgCATgAACCgAAgTAAgA. Reverse CCATCATACACTCCACCAgT. chr07. 24.2. CH0718c. CACgTCAAAgTgATTTTCAg. CCATAATgACCACAAAgACA. chr07. 11.0–24.2. RM481. TAgCTAgCCgATTgAATggC. CTCCACCTCCTATgTTgTTg. chr07. 41.7. RM125. ATCAgCAgCCATggCAgCgACC. AggggATCATgTgCCgAAggCC. chr07. 44.1. E10534. ACCTgCAgCACACTggTTTC. gCAgCATCCAAACATgATAg. chr07. 49.7. S20922. ATATgCACAAAggTAgCgTg. TgCTATTATCgACAAgAAgg. chr07. 49.7. CH0705. gTTTTgTgCATTCCTTTAC. TTTATgACATTTTgACCg. chr07. 49.7. RM214. CTgATgATAgAAACCTCTTCTC. AAgAACAgCTgACTTCACAA. chr07. 60.8. RM6767. ACAAgCAACTTgCACTgTgg. CATCgCCTgggAgATCATAC. chr07. 61.6–61.9. RM418. gATCgAgCATCAACACAACg. TTAAgTCTgAAgCCCCTgCT. chr07. 67. RM11. TCTCCTCTTCCCCCgATC. ATAgCgggCgAggCTTAg. chr07. 73.2. RM3826. chr07. 78.9. RM10. chr07. 83.3. chr07. 83.3. chr07. 93.9. chr07 chr07. TTAgCTTTCCTCCAgTCTCC. ACgggTATCTgAAACACAAC. TTgTCAAgAggAggCATCg. CAgAATgggAAATgggTCC. RM8026. TAAgCCAAAACggTTTATTA. ACgTAgTTTCTTTTTCAgCA. RM1132. ATCACCTgAgAAACATCCgg. CTCCTCCCACgTCAAggTC. RM234. ACAgTATCCAAggCCCTgg. CACgTgAgACAAAgACggAg. 118.3. RM420. ggACAgAATgTgAAgACAgTCg. ACTAATCCACCAACgCATCC. 88.7. RM6420. CATgggCCgTACTACgTAgg. gAgTTCTCCAgCCACTCCAg. chr07. 81.9–83.3. RM6042. TCCAgCgAgAgAACAgCg. gAgggATggAggAAggAAAg. chr07. 81.9–83.3. RM1365. CAggCggTgATTTTCTTCTC. gACAACTCAgTTCCAATCCC. chr07. 84.6. CH0709. CACCATTAgAAggCCAATAg. ATCTTTTgCATgTCCTTACg. chr07. 84.6. CH0714. AACAAgAggTTggAAcAAAA. ACTTCTACCCACAgTTACgC. chr07. 102.3. CH0706. gggTgCATATAAAAAggAgTT. AAgTTACCAACCTCTgTTCg. chr07. 105.7. CH0707. CAAgACAgCAATgAAgATCA. gAggATCATggTTCAgACAT. chr07. 105.7. CH0708. CTTgATTTgCgAAAgAgTTT. TgACgAggATATgAATgATg. chr07. 116.6. CH0701. CTACTgCTCCgTATTgCTgCT. gTgCCAATTACCTTCCCgTA. chr08. 0. RM2344. TAAgTgAAATCATACTTTAA. CCTTTTACTgTAATTAACTA. chr08. 0. RM5911. CCCTCTTTTTAAgTCTgggg. ggTgCCTCCTTTCAAAgTTg. chr08. 0.5. RM337. chr08. 1.9. CH0883e. gTAggAAAggAAgggCAgAg. CgATAgATAgCTAgATgTggCC. TgAATTCgATCAAAATAgCA. TCAACACAgATACTCgTACCAC. chr08. 3. CH0884c. chr08. 3.6. RM152. CAAgCCCgTAAgATTCTC. TTgCATCAATATACTCAACACA. gAAACCACCACACCTCACCg. chr08. 20.2. CH0885e. CCgTAgACCTTCTTgAAgTAg. TCCTTCTATTCAgCACCTTg. TggTAATgAgAAAAAggTgAA. chr08. 20.2. CH0886c. ATATTgTggCCTCAACAgAg. TgAAgggCACTACTgAATCT. chr08. 26.3. RM1376. CATgTgTgATgACTgACAgg. ggTgCTgTgATgATTCTTTC. chr08. 34.6–35.7. RM25. ggAAAgAATgATCTTTTCATgg. CTACCATCAAAACCAATgTTC. chr08. 40.2–42.9. CH0887e. TgTTTTgCAgTCATCAgAAA. ATTTCTTgCAgACCTTCgTA. chr08. 40.2–42.9. CH0888c. TggTCTCgTTACATgACAAA. gCAAAAgTTCTCTgTTgCTT. chr08. 45.4. RM8019. CAAgACAgATAAAgCATTAA. gTAgTTTTgAAgTgATggAA. chr08. 45.4. RM72. CCggCgATAAAACAATgAg. gCATCggTCCTAACTAAggg. chr08. 54.3. RM331. gAACCAgAggACAAAAATgC. CATCATACATTTgCAgCCAg.

(23) 275. 野生稻分子標幟之開發. 附錄本研究中 402 組可成功擴增之分子標誌染色體位置與序列 (續)。 Appendix Chromosomal location and sequence of 402 successfully amplified primers used in this study (continued). Chr.. cM. Marker name. chr08. 60.1-60.4. CH0889c. gATTCgCACTTgCTATTTgT. Forward. CTTgTACATgAATCCCTCgT. Reverse. chr08. 60.4. CH0890e. gACAgAggAgAAgCAggAAT. gAgAAAgTCTgAAgTAgTCATgTg. chr08. 70.1. CH08103c. CgAgCAgTTTATCCCTCCAT. ATTggCTCgAgAACCAAgAA. chr08. 72.2. CH08104c. TTgTTggTgCATggTCTTTC. gTgACgTTgCCTTTCCATTC. chr08. 72.2. RM515. TAggACgACCAAAgggTgAg. TggCCTgCTCTCTCTCTCTC. chr08. 75.7. RM223. gAgTgAgCTTgggCTgAAAC. gAAggCAAgTCTTggCACTg. chr08. 80.4. CH08101c. TTCgCAgATAAACTAgAgAgAgTACAA. gCTCgCTgACTCCgATTg. chr08. 80.4. CH08102c. CTCTCTTCAgCgggAAAT. gAgATCTggCTggTCgTC. chr08. 96.6. RM256. gACAgggAgTgATTgAAggC. gTTgATTTCgCCAAgggC. chr08. 109.3. RM447. CCCTTgTgCTgTCTCCTCTC. ACgggCTTCTTCTCCTTCTC. chr08. 120.4. RM4153. TgTggTAgACTTTCTTAgCC. ggTCCCTAgTTggATATATg. chr08. 121.2. RM4997. CCTTCACggAAAATTAATgA. gTACgACAAgATCAgTgTgC. chr08. 121.2. RM4154. AgAAgATCgATCgAAgAAAC. ATCATgAAACACAATAAggC. chr08. 121.2. RM5545. CAgCACTCCTCCCCTACCAg. ggCTAAgTCAgCgTgAgACC. chr09. 0. CH0923c. ggATTTCATCCAATACAAgC. gTCTAgTCAATgCCCACCT. chr09. 0. CH0924e. gTTTgTgCCATCATCTATCC. gggTTggTgTgACAATAAAT. chr09. 20.7. CH0925c. TgCATAAATTAgAAACTgTgg. ACATCATTTCATATgCCAAA. chr09. 21.4–26.7. CH0926c. AgTCTgTgAggAggTCACTg. gAACCAgACAgTTCCgAAT. chr09. 21.4–26.7. CH0927c. CATCgCCACATAgATAACTg. gATggCAgCAAACTTgTATT. chr09. 26.7. RM1328. gAATgggATTAgACgATTTg. CCATgAgTgACATCAAAAgg. chr09. 34.9. RM3912. TgTgTgTgCCCgATCTAC. CCTCTCgATgAgCATTCC. chr09. 40.7. RM105. gTCgTCgACCCATCggAgCCAC. TggTCgAggTggggATCgggTC. chr09. 40.1–40.7. CH0928c. CCATgCTCATAATTTCAACAg. TggTAgACTTgggAgTTgTT. chr09. 40.1–40.7. CH0929c. TAgTTCAggTgCACggTAAg. TATCTCCCCATAAACTggTg. chr09. 41.9. RM524. TgAAgAgCAggAACCgTAgg. TCTgATATCggTTCCTTCgg. chr09. 50.7. RM566. ACCCAACTACgATCAgCTCg. CTCCAggAACACgCTCTTTC. chr09. 50.7. RM6771. gCATCAAgCgAATCTTAgCC. TAgTCgCCgATggATAAACC. chr09. 58.3–60.8. RM1189. AACTgCCCATTTgTCgTC. gACTCCggACTAgACCAATC. chr09. 63.0–65.1. RM257. CAgTTCCgAgCAAgAgTACTC. ggATCggACgTggCATATg. chr09. 72.1. RM242. ggCCAACgTgTgTATgTCTC. TATATgCCAAgACggATggg. chr09. 74.7. RM278. gTAgTgAgCCTAACAATAATC. TCAACTCAgCATCTCTgTCC. chr09. 75. RM3909. CCTCTTTggACATAATgggC. gTCCTCCCCACAgAACACAC. chr09. 78. RM201. CTCgTTTATTACCTACAgTACC. CTACCTCCTTTCTAgACCgATA. chr09. 82.4. CH0931e. AATCCgCTgAAATgACCT. ACCTTCCATgATTTTTAACg. chr09. 90.1. CH0932c. gTACAgACACCCAAgAACCA. AgCTgTTTgTACATAgCTACTCA. chr09. 90.1. CH0933c. ATAggAAAgCCCAgCgAAgA. TTTgAATAggTgTgAAAgAgg. chr09. 93.5. RM3744. CAggTAAgTTTTCATTTTCA. gAgCAggAgTAACAgTTgTA. chr09. 93.5. RM205. CTggTTCTgTATgggAgCAg. CTggCCCTTCACgTTTCAgTg. chr10. 0. RM6364. gTAggTgAggAggATCTTgT. AATTTCTCgATTCTTCCTTC. chr10. 1.1–1.9. CH1026e. ATTTCCgCAACCACTACgAg. ggCCggCTAgTgggTAgTAg. chr10. 1.1–1.9. CH1027e. TTgggCCgAAgAAgAAgTAg. TCTTCCTgTgTggggAAgAg.

(24) 276. 台灣農業研究第 64 卷第 4 期. 附錄本研究中 402 組可成功擴增之分子標誌染色體位置與序列 (續)。 Appendix Chromosomal location and sequence of 402 successfully amplified primers used in this study (continued). Chr.. cM. Marker name. chr10. 5.5. RM222. CTTAAATgggCCACATgCg. Forward. CAAAgCTTCCggCCAAAAg. Reverse. chr10. 11.7–13.3. RM216. gCATggCCgATggTAAAg. TgTATAAAACCACACggCCA. chr10. 17.9. RM6207. TCTggCAgTgAACgTggC. AACgggTAgAgATgCACCAC. chr10. 17.9. RM3311. TCTggCAgTgAACgTggC. AACgggTAgAgATgCACCAC. chr10. 23.1. CH1017c. CgAAAggTTTgACAgATgTT. TTgTCgTTATATggCTTCCT. chr10. 23.1. CH1018c. AATTTATTgCgAAAggTTTg. TTgTCgTTATATggCTTCCT. chr10. 24.2. CH1019e. AAgCACAgAAAggAACTgAA. CTgCAATCAATTCTgCAATA. chr10. 26.1–30.2. RM467. ggTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC. CTCCTgACAATTCAACTgCg. chr10. 30.2. RM5708. AATTAgAACCATCTgAATTg. gTATTTAAggTCACgTATCg. chr10. 42.7. RM1375. CTACACgCgCAAACTCTgTC. ATgAAggTCTAggCTgCACC. chr10. 42.7. RM1375. CTACACgCgCAAACTCTgTC. ATgAAggTCTAggCTgCACC. chr10. 48.8. RM258. TgCTgTATgTAgCTCgCACC. TggCCTTTAAAgCTgTCgC. chr10. 58.3. RM184. ATCCCATTCgCCAAAACCggCC. TgACACTTggAgAgCggTgTgg. TCAAACCggCACATATAAgAC. gATAgggAgCTgAAggAgATg. chr10. 53.3. RM304. chr10. 61.7–68.6. CH1020c. CgTTAgTgggTTCTCTTgg. AgCATACgCATCTTTCTAgC. chr10. 68.6. CH1021e. TTTTgTATgCAACTTCAAgg. gCTTTTgCACAATTATATCACA. chr10. 68.6–71.4. CH1022c. AgAgggAgAgATTgCCATTA. CCATgAggTggTTTTCTTTA. chr10. 73.7. RM6673. CATCgCATCgTATCgTATCg. gCTTCAAACACgCCTTCTTC. chr10. 73.7–83.0. RM5471. ACAggTAATgAACAgCTTgC. AgTAgCAgCAAAAgggAAAg. chr10. 73.7–83.0. RM333. gTACgACTACgAgTgTCACCAA. gTCTTCgCgATCACTCgC. chr10. 73.7–83.0. RM496. gACATgCgAACAACgACATC. gCTgCggCgCTgTTATAC. chr10. 73.7–83.0. RM228. gCCATTAgTCCTTggTTTTCCT. ACAAggATCggAAgTAgACgAg. chr11. 0. CH1130c. CCTCTCgAAACgATATTTgA. ATTCCgTgTTgCTTgATTCT. chr11. 0. CH1131c. gCCCTTTACTTTTAggTCAAC. ggTTgCATACTggTTCCTT. chr11. 0. CH1145e. gCACAgCCTgCACAgTgTAA. ggAATTCgCTCTCAACgAAg. chr11. 0. CH1146e. CTCAATgTACTTgCgCTTCg. TTCAAAgCTTCATTCACAgCA. chr11. 1.4. CH1132c. AAgCAAAAggTgAAgAAATC. gCAgAgggTAAATTCAACAg. chr11. 1.4. RM286. ggCTTCATCTTTggCgAC. CCggATTCACgAgATAAACTC. chr11. 19.8. RM6544. ACCACTATgCACCCTTCgTC. gAATgCTCTgCTTCgTTTCC. chr11. 19.8. RM1124. AAgCTATCCCCCTTTTTggC. AgggATCggTAgACCCAATC. chr11. 20.3. CH1134e. CAAgAACACAggggAgTTTA. TgTTAAgCCTgCAACTAAAA. chr11. 20.3. CH1135c. TgCAATggATCgATgATTTA. TTTgTTgAgTAATgAAAACAgC. chr11. 20.3–27.8. RM167. gATCCAgCgTgAggAACACgT. AgTCCgACCACAAggTgCgTTgTC. chr11. 32.1–33.4. RM3133. TCAATAgACACACgggCATg. CgATTTTgCTCACTgCACAg. chr11. 35.6–45.3. CH1136c. TTgCAgTCTCTgCATgTTAg. ATTCATCCAAgAAAgCACAg. chr11. 35.6–45.3. CH1137c. CTATTTCTTgggCTCAgTTg. CATCCTgTCCATCACTTTTT. chr11. 49.1. RM536. TCTCTCCTCTTgTTTggCTC. ACACACCAACACgACCACAC. chr11. 59.2–64.2. CH1138e. AgTggAgCAgAATggAAAT. CTgATgTACATggTTggTgA. chr11. 59.2–64.2. CH1139e. CCTATgTggAgTTCCTTgTg. CTCAACCAgTgATCTggAgT. chr11. 64.8. RM287. TTCCCTgTTAAgAgAgAAATC. gTgTATTTggTgAAAgCAAC. chr11. 71.4-77.4. CH1122. ATCgTTTgCAAgAgTTgAAg. AgggggTTTAgTgAgATCAT.