在台灣專利訴訟除罪化之後，專利訴訟程序已與民事訴訟程序相同。民事訴 訟程序分為本案程序以及保全程序，其中本案程序即為終局救濟程序，而保全程 序即為中間救濟程序。由於終局救濟及中間救濟在特性及效能上有些差異，搭配 著專利權以及專利訴訟的特性，在運用與否也有著不同的考量。在台灣專利訴訟 中，終局救濟及中間救濟的主要不同在於請求救濟手段不同、舉證程度不同、所 花費時間不同及訴訟財務負擔不同；將分別於後續小節中詳述。
2.4.1 請求救濟手段不同
在終局救濟程序中，雙方當事人在訴之聲明中可請求賠償損害、排除或防止 其侵害（永久禁制令），以及銷燬或為其他必要之處置；而在中間救濟程序中，
雙方當事人在訴之聲明中僅可請求法院命相對方暫時為一定之作為或不作為，以 排除或防止其侵害（暫時禁制令）的裁定，以及保全相對方之資產級其他必要之 處置，以確保後續訴訟結果的執行。
另外，在終局救濟程序中，若當事人不遵守法院之最終判決，例如不負起損 害賠償的責任，法院將拍賣其財產來賠償對方。若當事人不遵守法院終局救濟程 序中永久禁制令或中間救濟程序中暫時禁制令之裁定，則法院將可判該當事人蔑
視法庭，嚴重時可對其進行刑事處罰。
2.4.2 舉證程度不同
在台灣專利訴訟中，終局救濟程序雙方當事人之舉證程度需達證明程度；也 就是說，雙方當事人需舉證到讓法官有高度的信心程度，才會接受當事人的主 張，而這背後往往配合著實體審查的進行。在中間救濟程序中，雙方當事人之舉 證程度僅需達釋明程度；也就是說，雙方當事人只需舉證到讓法官有大概的信心 程度，就會接受當事人的主張，因此實務上並不進行實質審查。更有甚者，在 2003 年 9 月民事訴訟法修正之前，在台灣專利訴訟所為的定暫時狀態處分中，
幾乎各地法院均傾向同意專利權人可供擔保以釋明的不足，而且不需通知對造法 院即可進行裁定。如此法院只聽單方的說法來進行裁定，而且專利權人如果願意 供擔保，法院也幾乎均傾向准予定暫時狀態處分的裁定63，如此規定不但流於形 式，也過於偏向保護專利權人。
民事訴訟法修正後，於第 538 條第 4 項規定應使兩造當事人有陳述之機會，
雖然理論上保全程序的裁定應該會更能兼顧雙方當事人利益，但由於各地法院落 實程度不一，而且該條文有但書「法院認為不適當者，不在此限」，而產生各個 法院執行情況不一的情形64；如此可能會形成當事人不斷藉由提出定暫時狀態處 分聲請，以類似法官選擇（Judge Shopping）的方式，來尋求對自己最有利的裁 定。65為避免這種情形發生，在司法院智慧財產案件審理法草案第 22 條第四項
63 馮浩庭，從美國暫時性禁制令看我國定暫時狀態之假處分 – 以專利侵權爭議為例，政大智慧 財產評論，第二卷，第一期，2004 年 4 月，頁 117-40.
64 依據作者訪談結果，絕大多數法官在進行專利訴訟定暫時狀處分裁定前，會請雙方當事人以 書狀答辯的方式來進行說明，也有一定比例的法官會以開庭口頭答辯的方式來進行說明。
65 例如在凹凸科技（O2）對美商茂力公司案為例，凹凸科技就提出 2 次以上的定暫時狀態處分 申請。
中，特別強調「法院為定暫時狀態之處分前，應令兩造有陳述意見之機會。但聲 請人主張有不能於處分前通知相對人陳述之特殊情事，並提出確實之證據，經法 院認為適當者，不在此限。」如此統一了法院的執行標準，法院僅能在聲請人主 張有不能於處分前通知相對人陳述之特殊情事，並提出確實之證據，經智慧財產 法院認為適當者，始得不通知相對人陳述，而逕行裁定。
由上可知，中間救濟程序在舉證程度上僅需達釋明程度，卻又能藉由假扣押 以及定暫時狀態處分等裁定來達到排除或防止其侵害的實質目的，其效力與終局 救濟程序幾乎相同，但又有迅速性及舉證責任較低的特性，因此中間救濟程序在 台灣幾乎可說是一定會使用的訴訟程序。
2.4.3 所花費時間不同
在民事判決中關於第一審終局訴訟程序的判決結果，原告可依民事訴訟法第 390 條規定，依原告聲請宣告假執行之判決；但被告可依民事訴訟法第 391 條規 定：被告釋明因假執行恐受不能回復之損害者，如係第 389 條情形，法院應依其 聲請宣告不准假執行；如第 390 條情形，應宣告駁回原告假執行之聲請。也就是 說，雖然一審時地方法院在一年內就做出判決，但只要一方不斷提起上訴，即使 日後一直維持原判決，原告仍須等到最終判決確定後才能執行該判決。66由於我 國在專利訴訟採雙軌制，也就是在專利訴訟中專利有效性的部分，如有爭議需經 由行政法院進行審理，至於侵權與否的部分由民事法院進行審理。專利權人在地 方法院提出專利訴訟後，倘若被控侵權人提起係爭專利無效的抗辯，通常地方法 院會將該案件暫停，直到行政法院（採二級二審制）判決確定後，地方法院再繼 續進行該案件的審理；如此在雙軌制下可能造成反覆訴訟67，消耗許多訴訟所需
66 參照台灣民事訴訟法第 389 條及第 390 條規定。
67 謝銘洋、薛雅倩，專利商標行政救濟制度之簡化，請參照 http://www.law.ntu.edu.tw/TaiwanLawSociety/paper/76.doc
時間以及成本。
約略估算台灣審理違反專利法案件所需時間，一般來說，自一審地方法院受 理該專利訴訟案件起算，在大多案件在二審確定的情形下，倘若沒有送行政法院 處理專利有效性的問題，以及沒有外送到鑑定機構進行侵權鑑定，則一、二審處 理所需時間約一年；但一般訴訟當事人雙方均會針對專利有效性及有無侵權進行 攻防，因此再加上行政法院處理專利有效性的時間以及外部鑑定機構鑑定所需時 間，則專利訴訟一審判決確定所需時間約 2 年68
，因此專利訴訟一審判決確定所
需時間，包含行政法院所需時間，約 1.5～2 年；如上訴至最高法院，目前民事 本案判決所需時間約 3～4 年以上。以一般的科技產品生命週期看來多約 2 年來 看，本案訴訟判決確定時，因為本案判決所需時間可能已經超過這些科技產品的 生命週期，即使最後判決結果對被控侵權人有利，被控侵權人，尤其是財力較弱 甚至只有一個產品又才剛進入市場的被控侵權人，可能已經遭受無法彌補的傷 害，此時這遲來的正義可能已經沒有意義了。反觀定暫時狀態處分，只要聲請人在取得法院的裁定以後，完成一定的行政 程序（例如繳納擔保金），就可以立即向地方法院聲請執行；目前實務上法院裁 定保全處分的時間，在定暫時狀態處分的裁定方面，快的話一、兩個月，慢的話 最多也幾個月即可取得；至於假扣押程序的部分更快，順利的話可能二週即可取 得。此外，訂暫時狀態處分的裁定不利益方即使抗告到上級法院且成功使上級法 院廢棄原來的裁定，依據強制執行法第 132 條之一規定69：定暫時狀態之處分裁 定經廢棄或變更已確定者，於其廢棄或變更之範圍內，執行法院得依聲請撤銷其 已實施之執行處分；因此要在定暫時狀態處分裁定經廢棄或變更已確定者才會進
68 司法院網站專題研究報告，智慧財產權案件分析，http://w2.judicial.gov.tw/juds//3_91-5.htm。
69 台灣強制執行法第 132 條之一規定：假扣押、假處分或定暫時狀態之處分裁定經廢棄或變更 已確定者，於其廢棄或變更之範圍內，執行法院得依聲請撤銷其已實施之執行處分。
行撤銷。也就是說，即使不利益方成功使得高等法院撤銷地方法院裁定，倘若對 造繼續向最高法院提起抗告，那麼要等到所有救濟程序結束，當撤銷地方法院原 審結果的裁定確定以後，原來訂暫時狀態處分的假執行才會被撤銷掉。同樣的，
其他中間救濟程序的裁定，例如假扣押，也有著相同的適用。
由上可知，地方法院的定暫時狀態處分裁定，有著快速取得（約半年），但 其執行效力卻又能相當長的特性（即使被控侵權人針對中間救濟程序裁定的抗告 成功，從取得地方法院的定暫時狀態處分裁定到撤銷裁定確定，也需要再 1～2 年的時間70），其影響不可謂不深遠。
2.4.4 造成對方訴訟財務負擔不同
在終局救濟程序中，由於耗費時間較長，所需準備的證明也較為複雜，再加 上取得賠償的時間點很晚，因此對於專利權人而言不僅所費總額較高，而且對於 對方的額外施加的財務負擔較低；而在保全程序中，專利權人可運用假扣押以較 低的金額限制相對人的財務使用方式，或利用定暫時狀態處分來立即排除或防止 其侵害，如此所能施壓給相對人的情形更為顯著。
另一方面在中間救濟程序中，法院觀察到的損害可能嚴重低估實際的損害，
而產生策略性侵權的狀況；因為在真實世界中，資訊不對等且不完全，法院並非 無所不知，在短時間內不經由實體審查的方式，無法明確的判斷雙方當事人的所 受損害及所失利益。如此專利權人有可能以較低的擔保金來限制相對人的產品製 造及出貨，或限制相對人的資金運用。
70 一種可能的情行為專利權人在地方法院提起定暫時狀態處分，被控侵權人反供擔保以撤銷定
70 一種可能的情行為專利權人在地方法院提起定暫時狀態處分，被控侵權人反供擔保以撤銷定