第四章 研究架構與方法
第二節 研究方法與資料來源
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第二節 研究方法與資料來源
1. 專利侵權訴訟資訊蒐集與分析
由市場分析公司 BCC Research、國家型奈米橋接計畫(2011)91及劉尚志等人的研究 (2004)92，可得到分屬於產業鏈中不同位置的 DNA 定序產業廠商，執行 DNA 定序的分子診 斷實驗室及微陣列晶片等服務或產品皆納入本研究之 DNA 定序產業廠商範圍內。由上述文 獻彙整，得到廠商名錄後，使用 Lexis Nexis、RPX Search 和 Docket Navigator 等商用資料 庫，以該廠商名稱查詢作為原告或被告的美國聯邦法院訴訟案件，並彙整在聯邦地方法院、
聯邦巡迴上訴法院或聯邦最高法院提出的專利侵權訴訟，且由上述商用資料庫或其他公開資 料來源下載其上訴(complaint)全文，並節錄若干關鍵資訊，共得 100 件專利訴訟和 168 件系 爭專利。
本研究也由 Docket Navigator 統計各專利訴訟案件之結果，並參考 Lanjouw 和
Schankerman (2001)之研究93，將專利訴訟案件結果的結果分為案件進行中、判決有利於原 告、判決有利於被告和案件撤銷(case dismiss)等四種結果；有利於原告之結果為涉訟產品被 判侵權、有利於被告之結果為涉訟產品被判不侵權或系爭專利部分或全部請求項被判無效。
因 Lexis Nexis、RPX Search 和 Docket Navigator 等商用資料庫之限制，案件和解資訊不一定 會可見於上述資料庫中，因此若專利訴訟案件結果查無資訊，則本研究將視為案件中兩造達 成和解。
1. 專利訴訟主體資訊蒐集與分析
如第一節所述，由專利訴訟資料庫中提取 DNA 定序產業中廠商所有的專利侵權訴訟共 共 100 件，同時彙整專利侵權訴訟中原告、被告在 DNA 定序技術產業鏈中之位置，並且統 計不同產業鏈中各主體發起訴訟之次數、年份以及所偏好之被告。
91 生物晶片產業發展現況與趨勢 (2011)。國家型奈米科技橋接計畫。.
92 劉尚志，倪貴榮，陳秀雯。(2004)。生物晶片之專利保護、授權、侵權及上市前程序之研究。行政院國家科
學委員會。.
93 同註 28。
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本研究將訴訟主體分為實施專利實體(PE)和不實施專利實體(NPE)，實施專利實體為使 用、製造、販賣、要約販賣或進口專利所保護標的之產品的主體，皆為營利事業；又可以分 為處於 DNA 定序產業中各產業鏈位置的廠商，以及非 DNA 定序產業中的廠商。非 DNA 定 序產業但涉及此領域專利訴訟的廠商可為藥廠或生技公司等使用 DNA 定序技術的營利事業 主體。本研究所稱之「不實施專利實體」非僅指專利蟑螂(patent troll)，而是可為研究機構、
學校或專利聚集者(patent aggregator)。
本研究統計訴訟主體行為時，並不會將各主體之間的投資併購行為納入分析範圍中，即 兩個不同但互為子母公司之主體所發起或被告的訴訟，統計時將分別記錄為兩個不同主體作 為原告或為被告。
2. 專利訴訟客體資訊蒐集與分析：
本研究採三個不同方向分析訴訟客體，分別為：
2.1 被控侵權產品分析：
由各專利侵權訴訟中的上訴訴狀取得被控侵權產品或服務之名稱，並以公開可取得之資 訊分析被控侵權產品或服務屬於哪一個 DNA 定序技術的世代。本研究將被控侵權產品分為 第一代 DNA 定序技術、第二代 DNA 定序技術、第三代 DNA 定序技術、樣本前處理與準 備、DNA 定序之應用和微陣列技術。
2.2 系爭專利書目資料分析：
分析該些系爭專利訴訟中系爭專利的獨立項內容、並利用 PatentCloud94系統，統計該專 利訴訟中系爭專利的國際優先權日、申請年度、獲證年度、發明人、專利權人、IPC 國際分 類號、向前引用數、向後引用數等等。國際分類號和引證數分析。
94 http://www.patentcloud.com
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本研究進一步分析向前引證數中被其他美國專利申請案在審查過程中作為美國專利審查 新穎性及進步性95之引證，以及國際分類號數量。本研究參考審查過程中的向前引證數量、
國際分類號數量及專利家族數量，分析系爭專利相較於對照組專利來說是否為價值較高的專 利：系爭專利在其他美國專利的審查過程中是否被引證量較多？其國際分類號之分布是否相 對較多？
另外由系爭專利之專利權人的行為著手，分析該些系爭專利其所有權移轉的數量和該些 系爭專利專利家族中其他申請案的數量，分析系爭專利相較於對照組專利來說是否為價值較 高的專利：系爭專利是否有較多的所有權移轉？系爭專利的專利家族中其申請案數量是否較 高？
本研究同時將系爭專利分為二組，分別為不實施專利實體和實施專利實體。期望能分析 不同種類訴訟主體經訴訟之專利的專利價值。
2.3 系爭專利保護客體分析：
本研究以產品結構與技術結構作為出發點，配合文獻中所述之各世代 DNA 定序技術，
望能由產品與技術結構分析 DNA 定序產業於美國專利訴訟中各系爭專利的保護客體和技術 特徵，並由此了解 DNA 定序產業中的訴訟焦點。本研究首先由 Jay Shendure、李思元和 Michael L. Metzker 等人之文獻區分各世代 DNA 定序技術產品，並根據各世代 DNA 定序技 術所需使用之產品、技術與流程，建立產品結構如下圖所示。
95 擷取審查官以 35 U.S.C. 102 或 35 U.S.C 103 作為核駁理由而引用系爭專利作為前案之紀錄。
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來源：本研究整理。
圖 2 DNA 定序產品結構
產品結構中的各節點分別代表各個世代 DNA 定序產品中，儀器的各模組與次系統、試 劑或後續之應用服務，例如「Sequencing mixture preparation system」可為負責欲定序樣本 (可為體液或任何生物組織)的前處理試劑；「Sequencing mixture loading system」可為承載欲 定序樣本的次系統；「Sequencing system」和「Detection sub-system」可為 DNA 定序的儀器 平台中負責定序和偵測定序反應的次系統；而「Sequencing application」可為利用 DNA 定序 的結果所進行的疾病預測或診斷應用服務。各世代的差異再依 DNA 定序技術操作流程和此 產品結構，與產業鏈中上、中、下游進行結合，如圖 3 所示。
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來源：本研究整理。
圖 3 DNA 定序技術產品結構與產業鏈
另根據 DNA 定序技術所會應用到的各項技術，建立技術結構如圖 4。技術結構可包括
儀器平台與試劑的材質「Material」、製造過程「Manufacturing」等 DNA 定序產品中所包含 之技術。
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來源：本研究彙整
圖 4 DNA 定序技術結構
由於本研究中的系爭專利包含各世代和各廠牌的不同 DNA 定序技術，而產品技術結構 於本研究中之用途為以系統化方式了解系爭專利所保護的標的，因此建立產品技術結構時須 考量到各世代和各平台技術的共性，例如在產品結構中，較早期的 DNA 電泳定序平台中，
「Sequencing System」指的是毛細管電泳系統，而在羅氏診斷公司所推出的 Roche/454 Genome Sequencer 中，「Sequencing System」指的為可以容置配有互補序列定序樣本之磁珠 的固體孔盤及設置該孔盤之儀器，因此並不會特別將此節點命名為「Capillary System」或
「Bead Analyzer」，而是以「Sequencing System」命名不同儀器平台中可發揮類似或同樣功 能之結構與次系統；技術結構中的各個節點也以不同儀器平台中，可發揮同樣功能之技術，
定義節點名稱。
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產品中所包含的技術將可由「產品技術矩陣」中所辨識，即將產品結構與技術結構疊合 形成矩陣96，本研究將 DNA 定序技術之產品結構作為 Y 軸，技術結構作為 X 軸，產出矩陣 結構如表 7 所示。
表 7 DNA 定序產品與技術矩陣
來源：本研究彙整。
在上表中，Y 軸產品結構上的各個節點向右延伸將與 X 軸技術結構的各個節點交會，而 特定的交會點可用以形容特定產品中所包含的技術，例如產品結構中屬於「Sequencing system」下一位階的節點「Sequencing mixture」和技術結構中「Material」下一位階的節點
「Sequencing mixture」之交會點可用以代表定序過程中所使用之試劑的成分；又如產品結構 中的節點「Sequencing mixture」和技術結構中的節點「Manufacturing」之交會點可以代表定
96Cetindamar, D., Phaal, R., & Probert, D. (2016). Technology management: Activities and tools (2nd ed.). Palgrave Macmillan.
Library/Probe Primer Polymerase Nucleotide analog Reporter molecule Sequencing by synthesis Nucleotide amplification
Library/Probe Primer Polymerase Nucleotide analog Reporter molecule
Nucleotide amplification Sequencing process
Detection sub-system Analysis system Sequencing application 產品結構
Sequencing mixture preparation system Sequencing mixture loading system
Microarray system Nanoparticle Sequencing system
Sequencing mixture
Detection design Algorithm design Sequencing applications Sequencing mixture Sequencing device Sequencing by separation Microarray
基因定序技術產品與技術矩陣
Material Manufacturing 技術結構Mechanical design Sequencing mixture preparation Sequencing mixture loading means Sequencing process technology Sequencing mixture removing
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序過程中所使用試劑的製造過程。本研究將透過產品技術矩陣，系統化彙整專利請求項中的 內容，以及其專利所保護的標的。
3. 對照組專利資訊蒐集與分析
本研究比較系爭專利和對照組專利。本研究定義對照組專利為專利權人在同一時間中、
於相同技術領域內申請的其他專利。取得系爭專利專利權人的對找組專利資訊時，須考慮到 系爭專利專利權人多不僅僅投入 DNA 定序技術之發展，也可能投入其他技術領域之發展，
因此以國際分類號做為檢索條件，希望能取得和系爭專利最相似的對照組專利。
經取得 DNA 定序產業之訴訟資訊後，可知在研究範圍中 100 件訴訟的 168 件系爭專利 中，其申請日最早為 1980 年 3 月 24 日，最晚為 2014 年 3 月 17 日；其國際分類號大多為 C12Q「Measuring or testing process involving enzymes or microorganisms; compositions or test papers therefor; process of preparing such compositions; condition-responsive control in
microbiological or enzymological processes」。因此，於 PatentCloud 系統中，以系爭專利專利 權人、國際分類號為 C12Q、申請日為 1980 年 3 月 24 日至 2014 年 3 月 17 日等檢索條件進 行檢索。
分析上述未經專利訴訟之專利中，被其他美國專利申請案在審查過程中作為美國專利審 查新穎性及進步性之引證，國際分類號數量及專利家族數量。本研究參考審查過程中的向前 引證數量、國際分類號數量及專利家族數量，分析對照組專利相對於系爭專利的價值是否較
分析上述未經專利訴訟之專利中，被其他美國專利申請案在審查過程中作為美國專利審 查新穎性及進步性之引證，國際分類號數量及專利家族數量。本研究參考審查過程中的向前 引證數量、國際分類號數量及專利家族數量，分析對照組專利相對於系爭專利的價值是否較