第三章 前導性個案討論
第一節 Illumina
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第二章 前導性個案討論
本研究透過分析 DNA 定序儀器平台廠商 Illumina 和臨床實驗室 Genetic Technologies 之商 業模式和專利訴訟歷程，比較不同產業鏈位置之廠商的專利訴訟策略以及其與商業模式之關 係。本章第一節分析 DNA 定序儀器領導廠商 Illumina，第二節則分析 Genetic
Technologies，第三節則小結前導性個案中不同廠商所採用的專利訴訟策略和其影響。
第一節 Illumina
1. 商業模式與營運概況
Illumina 成立於 1998 年，其總部位於美國加州 San Diego，為一提供 DNA 定序儀器解決 方案的廠商。個案公司於 2000 年在美國 NASDAQ 上市，於 2007 年併購 Solexa 公司，並於 同推出 GenomeAnalyzer，由微陣列領域進入第二代 DNA 定序技術的發展。Illumina 並於 2013 年併購 Verinata Health 公司，進入產前定序檢測領域65。彙整 Illumina 公司於 2007 年後 的併購於下表：
表 3 Illumina 於 2007 年後所進行之併購
被併公司名稱 被併公司技術領域 併購時間
CyVera Corporation 微陣列 2008 年
Helixis PCR 儀器 2010 年
Epicentre Technologies 核酸樣本前處理 2011 年
BlueGnome
人工受精(in virto fertilization)基因篩檢
2012 年
65 Illumina (2017). Annual Report 2016.
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被併公司名稱 被併公司技術領域 併購時間
Verinata Health
非侵入性胎兒染色體異常檢
測服務 2013 年
Advanced Liquid Logic 微流體技術 2013 年 NextBio 臨床與基因體生物資訊處理 2013 年
Myraqa
體外診斷和伴隨式治療 (companion diagnostics)之法
規遵循服務
2014 年
GenoLogics Life Science Software
實驗室資訊系統 2015 年
來源：Illumina Annual Report 2016，Illumina Annual Report 2012，Illumina Annual Report 2010，本研究彙整。
由上表可得知個案公司透過併購的方式積極向 DNA 定序技術產業的上游和下游整合，
如於 2011 年併購在產業鏈中處於儀器平台上游位置發展核酸樣本前處理解決方案的
Epicentre Technologies；於 2012 年、2013 年和 2015 年分別併購在產業鏈中處於儀器平台下 游位置，發展產前基因檢測或生物資訊解決方案的 BlueGnome、Verinata Health 和
NextBio。
個案公司主要產品線可以分為微陣列(microarray)66相關產品和第二代 DNA 定序技術儀 器平台二種。其第二代基因定序平台包括：MiniSeq、MiSeq、NextSeq、HiSeqX、NovaSeq 系列，其應用範圍涵蓋針對特定基因的定序或全基因體的定序；其微陣列技術則以
BeadArray 技術為核心，搭配 NextSeq550 和 iScan 等系統讀取微陣列反應結果，主要檢測短 片段的核酸序列。個案公司於 2016 年的總營收約為 24 億美金，其中第二代 DNA 定序儀器
66 微陣列為生物晶片的一種，是以特定片段核酸附著於固體基板上，並利用核酸的雜交反應(hybridization)使待
測物中的核酸分子和固體基板上的核酸結合檢測特定核酸片段的技術。由於微陣列技術也可用於短片段 DNA 的定序，因此本研究將微陣列技術納入研究範疇中。
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所貢獻營收占 84%，微陣列技術所貢獻營收占 16%；於 2015 年的營收約為 22.2 億美金，其 中第二代 DNA 定序儀器所貢獻營收占 86%，微陣列技術所貢獻營收占 14%。
據估計，個案公司的高通量(high-throughput)DNA 定序儀器 HiSeq 系列於 2013 年 6 月的 市占率為 55.9%，為市占率最高的定序儀器平台廠商67。個案公司於定序儀器上的發展，成 功使得定序單一人類基因體的成本由 2001 年的 1 億美金，下降到 2014 年的 1000 美金68。
2. 專利訴訟歷程
本研究透過 Docket Navigator69、Lexis Nexis70和 RPX Research71等商用資料庫蒐集 Illumina 所發起之美國專利侵權訴訟，彙整如下表：
表 4 Illumina 於 2009 年至 2016 年間所發起之美國專利侵權訴訟
原告 被告 被告主要商業
模式 Case No. 起訴日期
-Illumina, Inc. -Affymetrix, Inc.
樣本增幅與前處
理，儀器平台 3:09-cv-00277 2009/5/4
-Illumina, Inc. -Affymetrix, Inc.
樣本增幅與前處
理，儀器平台 3:09-cv-00665 2009/11/2 -Illumina, Inc.
-Solexa, Inc. -Complete Genomics, Inc. 儀器平台 3:10-cv-05542 2010/12/7
-Illumina, Inc. -Life Technologies Corporation -Ion Torrent Systems, Inc.
樣本增幅與前處
理，儀器平台 3:11-cv-03022 2011/12/27
67 見註 14。
68 Zimmerman, E. (2014). Illumina is No. 1 on the MIT Technology Review list of the 50 Smartest Companies. MIT Technology Review. Retrieved 4 May 2017, from https://www.technologyreview.com/s/524531/why-illumina-is-no-1/
69 http://home.docketnavigator.com/
70 http://www.lexisnexis.com/
71 https://search.rpxcorp.com/
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-Illumina, Inc.-Illumina Cambridge Limited
-Complete Genomics, Inc. 儀器平台 3:12-cv-01465 2012/6/15
-Illumina, Inc. -Ariosa Diagnostics, Inc. 臨床實驗室 3:14-cv-01921 2014/4/25
-Illumina, Inc. -Ariosa Diagnostics, Inc.
-Roche Molecular Systems, Inc.
臨床實驗室，儀
器平台 3-15-cv-02216 2015/5/18 -Illumina, Inc.
-University of Washington -UAB Research Foundation
-Oxford Nanopore Technologies Ltd
樣本增幅與前處
理，儀器平台 3:16-cv-00477 2016/2/23
-Illumina, Inc.
-Illumina Cambridge Limited
-Intelligent Bio-Systems, Inc.
-Qiagen
樣本增幅與前處
理，儀器平台 3:16-cv-02788 2016/5/24
來源：Docket Navigator，Lexis Nexis，RPX Research，本研究彙整。
彙整 Illumina 做為專利侵權訴訟中做為被告之訴訟資訊如下表：
表 5 Illumina 於 2003 年至 2016 年間做為被告之美國專利侵權訴訟
原告 原告主要商業模式 被告 Case No. 起訴日期
-Applera Corporation 樣本增幅與前處理, 儀器平台 -Illumina, Inc 3:03-cv-01048 2003/3/11 -Affymetrix, Inc. 樣本增幅與前處理, 儀器平台 -Illumina, Inc 1:04-cv-00901 2004/7/26 -Affymetrix, Inc. 樣本增幅與前處理, 儀器平台 -Illumina, Inc 1:07-cv-00670 2007/10/24
-Ladatech LLC 不實施專利實體 -Illumina, Inc.
-Solexa, Inc. 1:09-cv-00627 2009/8/21 -Arizona Science and
Technology Enterprise, LLC
-Helicos Biosciences Corporation
儀器平台
-Illumina, Inc.
-Life Technologies Corporation
-Pacific Bioscience of California
1:10-cv-00735 2010/8/27
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-Life Technologies Corporation
-Alexander Chetverin -Applied Biosystems -Helena Chetverina -Institute for Protein Research -William Hone
樣本增幅與前處理，儀器平 台，其他
-Illumina, Inc.
-Solexa, Inc. 3:11-cv-00703 2011/4/6
-Intelligent Bio-Systems , Inc.
-Trustees of Columbia University in The City of New York
儀器平台，不實施專利實體
-Illumina, Inc.
-Illumina Cambridge Limited
1:12-cv-00376 2012/3/26
-Enzo Life Sciences, Inc. 樣本增幅與前處理 -Illumina, Inc 1:12-cv-00435 2012/4/6 -Cirrex Systems LLC 儀器平台 -Illumina, Inc 1:13-cv-00336 2013/2/27 -Perkinelmer, Inc.
-Caliper Life Sciences, Inc.
儀器平台 -Illumina, Inc 1:14-cv-12831 2014/7/1
-The Scripps Research Insitute
不實施專利實體 -Illumina, Inc 3:16-cv-00661 2016/3/17
來源：Docket Navigator，Lexis Nexis，RPX Research，本研究彙整。
比較前述二表中的原告和被告，可以發現個案公司被 Affymetrix 和 Life Technologies 等 廠商控告侵權後，對其發動反訴。個案公司於 2007 年 10 月被 Affymetrix 以 U.S. Patent No.
5,902,723、U.S. Patent No. 6,403,320、U.S. Patent No. 6,420,169、U.S. Patent No. 6,576,424 和 U.S. Patent No.7,056,666，主張 Illumina 的微陣列產品和第二代 DNA 定序儀器專利侵權，其 後個案公司於 2009 年 5 月和 2009 年 11 月分別以 U.S. Patent No. 7,510,841 和 U.S. Patent No.7,612,020，主張 Affymetrix 的微陣列產品 GeneChip 侵權。在本研究中，個案公司最早作 為原告而發起的專利訴訟即為控告 Affymetrix 侵權之專利訴訟。Illumina 與 Affymetrix 之間 的專利訴訟於 2008 年告終，Illumina 同意付 9000 萬美金停止和 Affymetrix 之間的所有專利 訴訟。
針對 Life Technologies 的專利侵權訴訟方面，個案公司於 2011 年 4 月被 Life Technologies 以 U.S. Patent No.5,616,478、U.S. Patent No. 5,958,698 和 U.S. Patent No.
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6,001,568 等主張 Illumina 的 Genome Analyzer 系列定序儀器侵權，其後個案公司於 2011 年 12 月以 U.S. Patent No. 7,060,431 控告 Life Technologies 的第二代定序儀器 MinION 侵權。此 系列專利訴訟中，Life Technologies 控告個案公司的案件以不侵權作結，而個案公司控告 Life Technologies 的案件則還在進行中72。
針對 Ariosa Diagnostics 的專利侵權訴訟方面，Verinata Health 在被個案公司收購前於 2012 年 10 月以 U.S. Patent No. 8, 296,076 控告臨床實驗室 Ariosa Diagnostics 和 Laboratory Corporation of America 所提供的產前基因檢測服務「Harmony Prenatal Test」侵權。而 Illumina 在收購 Verinata Health 之後也接續 Verinata Health 的訴訟策略，分別於 2014 年和 2015 年控告 Ariosa Diagnostics 專利侵權。
由前述二表同時也得知個案公司於 2009 年起開始發起專利侵權訴訟，其對象主要為儀 器平台廠商；而個案公司於 2003 年起即被儀器平台廠商控告侵權，其原告也多為不實施專 利實體或發展定序儀器的廠商。在本研究範圍中，Illumina 在美國主動發起的專利侵權訴訟 共有 9 件，其中有 7 件以案件撤銷或和解作結，有 3 件目前還在進行中；而做為被告的 13 件專利訴訟中，有 5 件以案件撤銷或和解作結，1 件被判侵權，2 件被判不侵權或系爭專利 無效，有 4 件訴訟目前還在進行中。上述分析可以得知個案公司在與競爭對手之間的專利訴 訟中互有勝負。
由以上專利訴訟分析，可以得知在 2012 年以前，Illumin 被控侵權時採取之策略為反訴 對方產品侵權。在與 Affymetrix 之間的專利訴訟中，截至 2009 年 5 月個案公司發起反訴為 止，個案公司在本技術領域僅有 108 件美國專利或專利申請案，而 Affymetrix 則有 710 件美 國專利或專利申請案73，如純粹以專利數量而言，個案公司當時遠遜於 Affymetrix，然而依 然發動專利侵權訴訟。在與 Life Technologies 之間的一系列專利訴訟中，截至 2011 年 12 月 個案公司發起反訴為止，個案公司具有 173 件美國專利或專利申請案，而 Life Technologies
72 截至 2016 年 8 月為止，本研究如以「進行中」描述的專利訴訟皆為截至此日期為止之資訊。
73 使用 PatentCloud(www.patentcloud.com)分別以專利權人為「Affymetrix」和「Illumina」檢索申請日截至 2009 年 5 月 4 日，國際專利號為 C12Q 之美國專利與專利申請案。
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則有達 388 件美國專利或專利申請案74，以專利數量而言，個案公司也低於當時的 Life Technologies。
個案公司在 2007 年推出第一個第二代 DNA 定序儀器產品─Genome Analyzer 系列後，
該產品即被控告專利侵權，在本研究中的 13 件 Illumina 做為被告的專利訴訟中，以 Genome Analyzer 作為被訴侵權產品的訴訟就有 5 件，起訴時間由 2007 年 10 月至 2014 年 7 月，其原 告包括同樣發展定序儀器的 Affymetrix、Helicos Bioscience、Life Technologies、Applied Biosystems、Intelligent Bio-Systems、PerkinElmer、Caliper Life Sciences 以及不實施專利實體 Arizona Science and Technology Enterprise、Ladatech LLC 和 Columbia University。然而原告 身為相對的技術後進者，面對主要的領導廠商，在專利資產相對缺乏的情況下卻也毫不怯戰 的發動反訴，在這 5 件針對 Genome Analyzer 的專利訴訟中，1 件被判侵權，2 件被判不侵 權，1 件撤銷，另有 2 件目前尚在進行中。
Illumina 公司在專利資產相對缺乏，且作為技術後進者的情況下被產業中的主要競爭者 控告專利侵權，然而個案公司也以反訴的方式控告技術先進者專利侵權，最後以戰逼和，和 主要競爭者 Affymetrix 和 Life Technologies 達成和解，專注於技術創新和擴充產品的市占 率，成為 DNA 定序產業之領導廠商。
Illumina 公司目前在此技術領域75有 443 件美國專利或專利申請案，與主要競爭者 Affymetrix 的 810 件、Life Technologies 的 832 件相比， 數量仍處於劣勢。個案公司未來需 面臨的挑戰為 DNA 定序產業的劇烈整併：體外診斷廠商 Thermo Fisher Scientific 於 2016 年 5 月完成對 Affymetrix 的併購76，於 2014 年 2 月完成對 Life Technologies 的併購77，如此使個 案公司在 DNA 定序產業中互動最密切的主要競爭對手皆歸於同一集團旗下，是否會有另一
74 使用 PatentCloud 並以專利權人為「Life Technologies」和「Illumina」檢索申請日截至 2011 年 12 月 7 日，國 際專利號為 C12Q 之美國專利與專利申請案。
75 係指 2016 年 8 月 24 日以前所申請，且於 2017 年 5 月 5 日以前公開，國際分類號屬於 C12Q 的美國專利申請 案。
76 Thermo Fisher Scientific. (2016). Thermo Fisher Scientific Completes Acquisition of Affymetrix Following Approval of Transaction by Affymetrix Stockholders. Retrieved from http://ir.thermofisher.com/investors/news-and-events/news- releases/news-release-details/2016/Thermo-Fisher-Scientific-Completes-Acquisition-of-Affymetrix-Following-Approval-of-Transaction-by-Affymetrix-Stockholders/default.aspx
77 Thermo Fisher Scientific. (2014). Thermo Fisher Scientific Completes Acquisition of Life Technologies Corporation.
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