《解深密經》之一大特色，即是處處宣講「甚深義」、「密意」之說，那因何 說本經所講述之內容是甚深義、密意？經中藉由「三時教」與「了義、不了義」
相關內容之說明，帶出從《阿含》、《般若》這些佛教經典一直到《解深密經》，
佛陀教導之主旨從根本上是一貫的，而本經之特色在於藉由全面之打開通達而將 此一主旨和盤托出，即將其中深奧隱秘的條理解開出來。如此，將「三時教」相
關聯之段落作為楔子，引發出後續三部分內容的討論，即本經與諸經典共通的精 髓是「空性」之一貫，本經之特色在於打開甚深義密意，宣講「阿賴耶識」和「三 無自性性」。
以下即結合本論文之章節結構，從這四個部分依次加以說明，即（1）由「三 時教」所帶出經文之「了義」與「不了義」的問題的討論；（2）諸經主旨一貫所 討論之內在理路，如實了知諸法「空性」，並經由「止觀」與「波羅蜜多」之修 行而達成成佛解脫之通路；《解深密經》自身之特色，即（3）藉由「三相」和「三 無自性性」解說諸法，以及（4）在「識」的脈絡下所涉及的作為眾生流轉原因 的「一切種子心識」和瑜伽道止觀修行脈絡下的「唯識」來說明。
1、「三時教」——「了義、不了義」——「一乘」
「三時教」（tri dharma-cakra, three wheels of doctrine）的內容見於經文〈無 自性相品〉中，由勝義生菩薩的提問和作答來帶出，意在說明佛陀在講法時，三 種不同模式的開示，第一時宣說「蘊」等諸法，第二時宣說諸法無自性性、不生 不滅、寂靜涅槃，第三時宣說之內容則同時包括「法假安立」以及所安立法之無 自性性，而力圖整合上述兩個方面。
具體而言，「三時教」彼此間的差異體現在三個方面：第一，宣講對象不同，
分別對應於聲聞乘、大乘、一乘，由此關聯於「一乘」之討論；第二，宣講的主 要內容不同，第一時是以「四聖諦」教為代表的「蘊」等諸法，第二時是說明一 切法皆無自性等的「無相」之理，第三時是以三種法相和三種無自性性同時涵蓋
「有相」和「無相」兩個面向，並基於此來理解一切法皆無自性等的道理，由此 帶出三個不同真理體系如何安立之問題；第三，所作評判不同，第一、二時教被 認為是有上、有容、未了義、諸諍論安足處，唯有第三時教方是無上、無容、無 可諍論、真正了義、勝義了義之教，落實到具體的差別上，第一時教與後二時教
明顯有教理上的高低之分，以後二時教闡述諸法無自性之理為勝，而第二時教和 第三時教的差別，則在於對此一教理闡述的方式，是以「隱秘相」來說明，還是 以「顯了相」來說明，由此關聯於「了義、不了義」之說明。
2、勝義諦——止觀、波羅蜜多——如來
上文所說諸經主旨之共通處，簡略來說，是諸法「無自性」、「空性」之一貫；
具體說來，一切法雖有種種，皆是假名安立，在本質上並無差別，都是無始以來 的因緣流轉，諸法之「無自性」，說其為「空性」，這種無始以來的「空性」一貫 即是「真如」，此「空性」、「真如」，亦即是諸法「勝義諦」，具體到《解深密經》
中，又說此為「圓成實」。《解深密經》開章明義的點出「勝義諦」之內涵，開啟 菩提道修行之路，並藉由「止觀」與「波羅蜜多」之修行，達成究竟解脫之成佛 並於〈如來成所作品〉中說明佛之境界。整個〈勝義諦相品〉雖然分成四個段落，
分別討論了「勝義諦相」四個面向，然貫徹始終的都是佛如實了知此勝義諦而現 等正覺，並為引導眾生走上解脫之路所開示宣講，所以其討論之範疇仍不出「一 切法」和「離言法性」。如實了知「勝義諦」離不開「無二智」，此即關聯於〈地 波羅蜜多品〉中對「般若波羅蜜多」之討論；「勝義諦」的獲得同時亦是「相縛」
的除遣，此即關聯於〈分別瑜伽品〉中止觀修行的脈絡。
3、法相的體系——「三相」與「三無自性性」
作為「了義經」所解開打通的第一個面向，在於對一切法無自性的說明，由 此帶出「三無自性性」，即分別由相、生、勝義這三個方面去探討諸法無自性這 回事，而「三無自性性」並非別立而成，乃是對「三相」69所做的另一種說明。
69 「三相」，在使用上有時亦作「三性」、「三自性」，如在《辯中邊論》的梵文本中，提及根本真 實時即使用的是 tri- svabhāva，一些學者如宇井伯壽認為，梵文里的相（lakṣaṇa）和自性（svabhāva）
兩個概念可以通用，也有學者持不同的觀點。西方學者在翻譯「三相」時使用的語詞亦有所不同，
對「三相」以及「三無自性性」的理解，從不能離開一切法，是對一切法法相之 解說，是為說明一切法之無自性性。此三者，分別以「一切法上所假安立的種種 自性（svabhāva）、差別（viśeṣa）之名」，「一切法之緣起、緣生性」，以及「一 切法之平等真如、真實法性」來解說；彼此間的關係是「遍計所執相」為假安立，
必依託藉助「依他起相」才得以存在，而能夠常恒去除掉「依他起相」上的「遍 計所執相」即成就「圓成實相」。以此一理論系統解說諸法，即同時涵攝了（1）
「世俗」之言說性、「世俗」之雜染流轉性與「勝義」，（2）眾生流轉與菩薩還滅 之通路，以及（3）無相、雜染相、清淨相之如實了知、斷滅、證得的修證道路。
4、識的體系——「心意識」、「唯識」及「止觀」
作為「了義經」所解開打通的第二個面向，即是交待清楚眾生流轉之根源，
並由此帶出「一切種子心識」的相關討論，此見於〈心意識相品〉，文中說明「識」
之種種異名以及運轉模式，最後落實在如實不見此等「心相」而得「勝義善巧」。
對「識」的理解又不能離開具體的修行脈絡，此即關聯於〈分別瑜伽品〉中對「唯 識」的討論，即展開由「法相」歸於「一心」，最終以「真如」、 「空性」說明 之脈絡。