我國大學校長、校務會議並存的體制由來已久，以下分階段觀察大學校長綜 理權和校務會議審議權在《大學法》立（修）法歷程中的演變。
(一) 草創時期
1948 年 1 月 12 日《大學法》制定公布實施時，即規定大學置校長一人綜理 校務，公立大學校長為簡任，私立大學校長則由董事會聘任呈報教育部備案（第 8 條）。另外同時規定大學設校務會議，以校長、教務長、訓導長、總務長、各
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學院院長、各學系主任及教授代表組織之，校長為主席，教授代表之人數不得超 過其他人員之一倍，亦不得少於其他人員之總數（第19 條）。至於校務會議審議 之事項則包括預算、學院學系研究所及附設機構之設立變更與廢止、教務訓導及 總務上之重要事項、大學內部各種重要章則、校長交議及其他重要事項。
1972 年 8 月 24 日《大學法》修正公布，規定大學或獨立學院置校長或院長 一人，綜理校（院）務，公立大學校長由教育部聘任，私立大學校長則由董事會 報請教育部核准後聘任。修法後的大學校長雖然已非簡任官，但無論公、私立大 學校長之聘任，最後皆取決於教育部，因此事實上仍然屬於官派之性質。至於校 務會議之設置及審議事項，仍保留原有之規定，僅在組成的部分，規定校務會議 中教授代表之人數，教授代表之人數，不得少於其他人員之總數，但刪除不得超 過其他人員一倍之規定。
此一期間之《大學法》雖規定大學設校務會議，但校務會議之地位如何，並 無明確規範。不過必須注意的是，此時的《大學法》也同時規定大學設行政會議
（以校長、教務長、訓導長、總務長、各學院院長及各研究所所長組織之，校長 為主席），其任務則為「協助校長處理有關校務執行事項」，因此行政會議明顯屬 於校長幕僚會議之性質。相較於行政會議而言，校務會議之組成比行政會議多了 教授代表，且教授代表人數不得少於其他人員之總數，此一組成方式蘊含教授治 校理念，使未擔任主管職務之教授亦能參與重大校務之決策，且明定預算等重要 事項由校務會議「議決」，並非僅是橡皮圖章；因此，就當時立法之意旨而言，
校務會議應有其獨立、實質之權限，但實際上，由於臺灣自1949 年 5 月 20 日起 實施戒嚴，期間長達38 年，《憲法》明定之大學自治、地方自治等制度性保障皆 無法完全落實，且大學校長為教育部指派或聘任，其去留取決於教育部，校務會 議對校長並無有效監督及制衡之權，因此就實際運作情形而言，校務會議可發揮 之功能有限，大學校務行政之運作偏向於首長制。
(二) 校務會議為最高決策會議時期
臺灣於 1987 年 7 月 15 日起解除戒嚴，隨著政治體制轉型，民間蓄積已久的 社會能量開始釋放，教育改革即為社會運動的一大訴求重點。為回應社會期待，
政府著手修改《大學法》，並於1988 年 6 月 17 日將修正草案函送立法院審議。
但行政院版的《大學法》修正草案內容仍較為保守，對大學校長的產生、校務運 作的管制密度仍然較高，並不完全符合大學自治之精神，因此於審議過程中有立 法委員另提修正草案，經朝野反覆協商後，終於在1993 年 12 月 7 日三讀修正通 過，並於1994 年 1 月 5 日公布實施。此次《大學法》修正規定中，公立大學校 長改由各校遴選委員會遴選二至三人，再報請教育部組織遴選委員會擇聘之，私 立大學校長由董事會組織遴選委員會遴選，經董事會圈選，報請教育部核准聘任
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之；亦即校長之產生並非悉由教育部指定，而是先經遴選程序，但教育部對各大 學所報送的校長人選，仍然保有最終核定之權。
值得注意的是，此次修法雖然維持「大學置校長一人，綜理校務」之規定，
但又同時採納立法委員所提版本的意見，於第13 條明定「大學設校務會議，為 校務最高決策會議，議決校務重大事項」。此一重大修正係受當時風起雲湧的教 育改革訴求影響，修法的結果雖然回應了校園民主、教授治校之要求，但因為缺 乏配套機制，從此造成大學校長與校務會議權責不清、甚至對立衝突之情形。依 法而論，校務會議既為校務最高決策會議，則校長之角色自應定位為執行長之性 質，據實執行校務會議之決議，但校務會議開會時間有限又人數眾多，無法鉅細 靡遺審議校務行政事務，因此關於校務會議議決、審議之事項，除有明文列舉者 外，以「校務重大事項」、「各種重要章則」為限，但何謂「重大事項」、「重要章 則」，言人人殊，其重要、重大與否之認定難有一客觀之標準，實際運作上易滋 生爭議；且校長若僅為大學之執行長，對於校務重大決策之失誤，既非由校長所 決策，即難以究責於校長，極容易形成有權無責、有責無權之情形，不利於校務 發展及運作；此外，國立大學校長係由教育部所擇聘，其推動校務並非對校務會 議負責，若其未尊重、落實執行校務會議之決議，校務會議亦無從追究校長之責 任。因此本次修法的結果，雖然有意落實校園民主、教授治校之精神，但就校長、
校務會議的定位而言，不僅在法制上形成混沌不清之情形，實際上之運作亦有窒 礙難行之處。
(三) 首長制時期
有鑑於此，教育部於 2005 年再次修正《大學法》時，將校長、校務會議之 定位列為修法重點。2005 年 12 月 28 日再度修正公布之《大學法》規定「大學 置校長一人，綜理校務，負校務發展之責，對外代表大學」；公立大學校長之產 生，由學校組成校長遴選委員會，經公開徵求程序遴選出校長後，由教育部或各 該所屬地方政府聘任之；私立大學校長由董事會組織遴選委員會遴選，經董事會 圈選，報請教育部核准聘任之。此次《大學法》修正之所以增列大學校長「負校 務發展之責，對外代表大學」等文字，依修正理由，係為「釐明校長在學校之權 責與地位」；而新法亦同時刪除校務會議「為校務最高決策會議」等文字，其修 正理由則明確指出為「釐清校長與校務會議之權責」；因此就修法結果而言，自 2005 年 12 月 28 日以後，大學校務行政之運作已確立為首長制，由校長綜理校 務，對校務發展負完全責任，基於權責相符之要求，校長對內部校務行政有關之 一切人、事、物，原則上自應有決策、管理之權限，否則有責而無權，即不符首 長制之精神。
至於校務會議制度，新法雖予以保留，但已不具有校務最高決策會議之地
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位，惟基於維護大學自治、落實校園民主之考量，仍規定校務會議審議校務重大 事項；但必須注意的是，此次修法既已明確採行首長制，且要求校長負校務發展 之責，理論上有關校務行政事項，原則上皆應屬校長之權限，始符「綜理」之意 旨；因此在立法論上，須經校務會議審議或議決之事項，實屬例外之規定，應以 明文列舉方式為之，且其範圍不宜過於浮濫，應以維護學術自由所必要者為其核 心，否則將使例外變成原則，過度限縮校長職權之行使，造成權責不相符之情形，
則有悖於修法之意旨。