1.司法不敵地方保護之制度性因素
台商在大陸投資，受到權利被侵害，本來，司法是最後的一道防線。
大陸憲法及法院組織法規定「人民法院依照法律規定獨立行使職權，不受 行政機關、社會團體和個人的干涉」(憲法第 126 條、法院組織法第 4 條)，
但因下列制度性的因素，司法仍不夠強大，司法仍遠不敵於地方保護，而 不足以保障台商之人權：
(1) 法院獨立，不同於法官獨立
在台灣，具體審判的法官代表法院，司法獨立就是法官獨立；在大
陸是「法院獨立」，而不是法官獨立。
(2) 法院對人代會負責，人代會是權力機構。人代會對院長、審判員有 任免權，書記常兼人代會主任。
(3) 法院之預算在地方
法院之預算編列於地方，法院受行政、人代會影響。
(4) 用人權在地方組織部
法院之用人由地方組織部安排，受制於地方黨政機關。
(5) 法院受政法委領導，政法委書記常是公安之領導，其權力大於法院 院長，經公安偵察，檢察公訴之案件，法院或不便判決無罪吧？當 然，上訴審之層級較高，或有可能判無罪。
(6) 審判委員會
審判委員會由院長、副院長及庭長等人組成，討論「重大」及疑難 的案件及審判工作(法院組織法第 11 條)，合議庭依法須遵守審判委 員會的決定。這就影響了合議庭、審判員之獨立性。地方保護勢力 可能透過院長、審判委員會影響合議庭，進而侵害台商的人權。
(7) 法官的考核、辭退權
依法官法規定，對法院的「平時考核」、「年度考核」在「所在人民 法院組織」實施(第 21 條)，考核內容除了「工作實績」以外，包括
「思想品德」、「工作態度」和「審判作風」，為不確定的概念，考核 結果分優秀、稱職、不稱職，作為獎懲、免職、辭退及調整等級和 工資的依據(第 24 條)
因此，地方「所在人民法院組織」對法官有「年度考核權」，對法官 之命運，大到是否辭退，小到「調整工資」，都有決定權，和台灣有 很大的不同。
(8) 綜上因素一一影響法官的獨立性與權威性，倘大陸能將法院之預 算、人事權收由中央或至少省級權限，將可大幅提高法官的權威性
及獨立性。
2.院長對法官(審判員)的提名權
依據法官法第 11 條規定，大陸法院院長有任免法官的提名權。
其中，最高法院的審判員、庭長、審判委員會委員、副院長之任免，
由院長「提請」全國人民代表大會常務委員會任免(第十一條第二款)。
地方各級法院之審判員、庭長、審判委員會委員、副院長由院長「提 請」本級人民代表大會常務委員會任免(第十一條第三款)。
所謂「任免」，包括「任用」和「免職」，院都有提名權。
這樣，顯然增加了院長的權力，也減低了審判員的獨立性。
這和台灣法官不由院長提名，而是全由司法院就考取法官經訓練合格 者(幾乎都合格)為「分發」至各法院不同。
降低審判員之獨立性，倘遇到地方保護時，可透過人大影響院長，院 長影響審判員，直至「免職」審判員。這制度的初衷也許有加強「管理」
審判員的好處(如避免他們亂判)，但「一法立，一弊生」，就是影響了審判 員(法官)獨立依據法律、事實為公平判決，使外來的台商失去司法保障的基 本人權。
3.「調解」確定也被「再審」推翻：縣政府的承諾公文也保護不了台商 某台商去渭南市合陽縣跟集體企業合資，台商占七成，中方占三成。
台商後來發現：中方擅自用合資公司名義擔保向農行貸款作為中方之部分 出資，乃向中方之主管上級合陽縣政府申訴，縣政府也發出公文明白記載
「貸款是中方借的，保證不使合資公司受到損害」。其後，農行改制，向中 方及合資企業起訴請求連帶償還借款、合資公司拿出縣政府的公文及向縣 政府申訴，乃在合陽法院成立「調解」，確立該貸款僅由中方負責。
台商以為「調解」形同確定判決，這事就最後確定了。無奈，又過了
幾年，農行竟又向合陽法院申請「再審」，要求合資公司負連帶責任。法院 竟不顧當初之「調解」是經三方合意的，竟然將「調解」准予再審，並改 判台商應負連帶償還貸款的責任。因此，只要是想對台商不利的，什麼確 定判決，甚至「調解書」都可能被「再審」推翻，且縣政府的書面承諾也 救不了被侵害的台商。何況，中方的出資卻是以合資公司的資產作擔保的
「背信」行為，以及銀行明知而取得「不法」的擔保品，也不見有人被追 究責任。該地方該案件對台商的人權(財產權)確實很沒有保障，台商應參考 電電工會每年對各地的評鑑，慎選投資地點。如果像幾年前的重慶，由
「文強」案顯示公安和黑勢力勾結，那投資安全還有保障嗎？還有台商人 權嗎？薄熙來書記上台掃黑或有改善。但台商鮑揚波在重慶有房地產合資 糾紛，在深圳仲裁勝訴，卻無法在重慶執行，也是受地方保護之害。
4.立案之裁量權傷害台商之維權
台商之財產被侵占或被仿冒、被偽造文書…等權益被侵害而進行維 權，向公安、檢察院、法院申訴時，常面臨「立案」的困難，被立案之裁 量權所限制。
對於被害人的報案、控告，法院、檢察院、公安機關認為「有犯罪事 實」「需要追究刑事責任的時候」，應當立案；或者犯罪事實顯著輕微，不 需要追究刑事責任的時候，不予立案，並且將不立案的原因通知控告人。
控告人如果不服，可以申請復議(刑事訴訟法第 86 條)。
依上述規定，法院、檢察院、公安機關有立案之裁量權，裁量「犯罪 是否顯著輕微」、裁量「是否需要追究刑事責任」，不少台商於維權時即碰 到「不立案」，而於權利被侵害時難於進行追訴！台南陳姓台商於浙江富陽 投資，被華姓會計偽造文書變更法人代表，向公安經濟偵查大隊控訴，面 臨不被立案之困境，公安也不正式以公文通知不立案之理由，等於「不聞 不問」。這樣，可以說台商在富陽的人權(財產權)很沒有保障。另外，台商
向杭州市工商局申訴台資企業的法人代表被偽造文書變更，工商局也不主 動移送偵辦以糾正錯誤的變更登記，任工商登記存在著不正確性。
5.行政訴訟的司法人權不足
大陸也仿效各國先例，設立行政訴訟制度，可以對行政機關的具體行 政行為(台灣稱行政處分)不服，可以向上級提出行政覆議，對覆議仍然不 服，可以向法院出行政訴訟。
然而，行政救濟幾乎都是形式，行政法院往往認為行政機關有「最終 決定權」或「尊重行政機關之裁量權」而駁回台商的起訴。俞姓台商在上 海不景氣時期依上海市鼓勵購買房地產，可以扣抵「所得稅」之政策與規 定購買上海市烏魯木齊路之房產，扣抵所得稅之請求合理充分，卻被上海 市駁回，台商不服申請覆議、提起行政訴訟第一審、第一審均被駁回，法 院均以稅務局之意見為意見。台商行政訴訟司法人權顯有不足。