在討論自然靈性經驗中，很常討論到恐懼，相較於Fox 靈性經驗歷程漏斗模 型的文獻資料提及恐懼發生的時間點在靈性經驗之前，可能會引起個人對大自然 恐懼的荒野經驗，必須接受這些恐懼、產生自我控制的感覺，從而放鬆、減輕焦 慮和壓力，以及提高對自然的舒適感（Miles & Priest，1999）。然而研究者卻發 現在研究者與研究參與者身上，恐懼的對象也不盡然只對自然荒野感到恐懼，另 外恐懼感的發生時間可能在自然靈性經驗之前、過程中、自然靈性經驗之後。研 究者認為，恐懼感不只發生在自然靈性之前，而會在其經驗的前、中、後皆可能 發生。此外，除了恐懼發生的時間，更應該進一步討論研究參與者認為恐懼為何 發生、以及他們如何面對與處理這些恐懼上。
研究參與者們認為恐懼可能來自於面對未知的世界、改變的不安；可能是在 面對過去社會建構出來的危險與害怕，包含恐懼不被理解、恐懼自己沒有價值、
恐懼孤單、恐懼黑夜、恐懼野獸；或是在探尋內在時遇見內在深層的恐懼；或更 甚者是恐懼未知的，如惡靈、心魔、前世記憶、祖先遺傳、或是不知道為什麼害 怕的深度恐懼。
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小山表示她曾幾次在自然靈性經驗之前的產生無名恐懼感，因為她還沒做好 準備面對這一切因此她當下選擇不要再更深入，對小山來說身心靈狀態可以不要 急著一次到位可以循序漸進（山-訪-1-2-10）。
我在那樣子的經驗裡，我會遇到我的恐懼跟我的不足，還有我很明確的 知道我不想要看見更多的靈，我不知道我為什麼害怕，就是，我知道有 好的、很多好的精靈們在守護我、保護我，但是我很怕惡靈，我不知道 為什麼，我很怕惡靈，我不確定到底是我前世呢、還是我怎麼樣、或是 我的母親呢、我不確定到底是什麼塑造了這樣子的我無形的恐懼，可是 我可以為了不要遇見這樣的惡靈，我就先停在這裡，我不要再往前、我 就到這裡就好了，我當個凡人（山-訪-1-2-9）。
Foster（2012）認為這些恐懼經驗與參與者的背景經驗及文化息息相關，他過 去的經驗、記憶、宗教與靈性觀點為何，非常大的影響了其靈性經驗發生時的恐 懼內容與如何面對這些及其處理方式。
鹿角認為恐懼來源於過去經驗的灌輸與對未知的想像，他發現十個臺灣人 有超過八個會怕海洋，因為我們把山與海都關起來了，我們教育孩子海很「危險」， 然而越是害怕遇到危險而隔離與海距離，就越不知道如何正確的與海相處，鹿角 認為「危險」就像是疫苗，世界是一個流動不停變化的狀態，所以如果他第一次 遇到危險時因為沒有經驗，就很可能就會發生意外離開了（鹿-講--2-1-2）。而消除 恐懼的方式就是去面對他，越是認識如何跟這世界相處，就越自由、越安全，每 一次克服了某個恐懼，自己的世界也就更寬廣了一點。
恐懼有兩個，一個是別人叫你要害怕，蟑螂好害怕、黑很可怕，然 後你根本不知道為什麼要怕。另一個可怕是來自於未知，你不知道會發 生什麼，然後你就會怕你不知道為什麼會怕的東西。所以唯一讓你不再 恐懼的方法就是，你開始親近他。你開始用各種方式去靠近那個恐懼本 身，你發現你不會死掉，然後你越發現你不會死掉，你膽子就越大（鹿 -講--2-2-1）。
我很喜歡恐懼，對我來說恐懼超重要，當你發現一個東西你很害怕 的時候，你要想賺到了，因為裡面絕對有你失去的力量在裡面，當你真 的可以擁抱那個恐懼、你看著它，然後你認識到它就是你內在的其中一
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個部分的時候，每解決一個恐懼你的世界會變大一點、更大一點、更大 一點。我的老師Tom Brown 說了一句話：「依賴越少自由愈大」，但 是他其實他背後的話是「你對這個世界的恐懼越小、你的自由就越 大」。恐懼跟敬畏是不一樣的（鹿-講--2-1-2）。
樹囈曾在他的課程中分享他省思自我認為自己幾乎沒有在自然中恐懼的經 驗，當面對一些意外或危急時候浮現出來的那是擔心但不是恐懼，如果擔心那就 去解決你所擔心的事就好，僅有少數幾次樹囈曾感覺接收到場域中的氣場狀態並 不歡迎的感受，有一種危機感，提醒著你盡快離開這裡，那是樹囈少數的恐懼經 驗。樹囈認為恐懼感受跟本人自己的能量狀態很有關係，能量過低的人較容易不 被環境接納而感到恐懼感。
另外與鹿角的看法相同的是，樹囈認為一般人感到恐懼的層次並不一樣，一 般人在山中的恐懼多半來自於無知，因為不瞭解山而感到害怕，這時只要更去認 識山就好了。
關於因為不認識而恐懼，樹囈分享了他從很害怕到克服的故事。以前很害怕 青蛙跟蛇，即使只看到照片都會很不舒服，但卻在上大學幾個月後連蛇都敢抓了，
其中有一個關鍵經驗是第一次跟著兩棲爬蟲實驗室做蛙類普查時，專業的學長姐 光是下車定點聽聲音，馬上就可以判斷品種與數量並作紀錄，樹囈覺得非常佩服，
也是在這時有個學長抓了一隻莫氏樹蛙（樹囈表示他永遠都記得這是一隻莫氏樹 蛙），學長抓著樹蛙一邊喊著牠真的非常可愛、一邊不斷地勸說正在害怕的樹囈 碰碰看，我就記得我就這樣（伸出手指頭）輕輕碰一下，但是碰完之後，我還是覺得說就是黏 黏的嘛。可能起了什麼化學變化，之後我就開始覺得，青蛙～蠻可愛的（樹-訪-1-2-1）。甚至之 後樹囈連蛇都可以碰了，這時候樹囈知道他已經克服了恐懼，之後不只不害怕青 蛙、蛇、蜥蜴，甚至還會更加注意牠們的存在。這件事讓樹囈深切的體會到恐懼 是可以被克服的，有機會讓你從覺得牠們很可怕、到你會覺得牠們很可愛、到你會覺得自己 會為了保護這些青蛙而去行動（樹-訪-1-2-2）。
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鹿角第一次的自然靈性經驗發生在印度森林迷路時帶著強大恐慌衝出一片 森林而瞬間放鬆時，那瞬間進入了全然的自然靈性經驗時發現內心最真切的渴望，
此時自然靈性經驗的確如Miles & Priest（1999）認為的在突破恐懼之後發生。但 研究者亦曾同時處於自然靈性經驗感覺美好神奇感受卻也同時一邊感到恐懼害 怕，似乎靈性的感性腦與社會的理智腦可以同時存在運作也能同時擁有不同的感 受反應。在鹿角課程中亦有夥伴反應在自然靈性經驗之後脫離該狀態後，回想起 來才感到害怕的例子。
研究者認為恐懼與敬畏感不同，許多在自然裡出現的恐懼感似乎仍舊停留在 思維面產生的訊息處理、仍舊停留在意識層次，也因此當事人能以意識來決定是 否繼續開放自己去接通環境感知的天線。
Sanaya(2008)認為理智的訊息經常帶有恐懼的想法，並且會在第一瞬間跳出 來，通常基於匱乏、罪惡或對假想威脅的自我保護，告訴你要保護自己或打擊自 己不可能做到，而這時需要明白所有恐懼的訊息都不是來自大我，繼續傾聽感受 直到來自於大我的訊息，與大我合一的訊息只會感受到寧靜與平衡、鼓勵而正面、
肯定與愛。
Taylor(2009)提出了左右腦的功能，她認為左腦是自己「所思所想的」、右腦 是自己「感覺到的」；左腦是「頭腦意識的」、右腦是「身體本能意識的」；左 腦是「判斷的心」、右腦是「知覺的心」；左腦是「小我」、右腦是「大我」、
「真我」；西方社會的價值觀推崇「做事的左腦」、忽視「存在的右腦」；左腦 訂定邊界，區隔了人我與世界，定出了自我、地盤、族群與宗教，而右腦無邊無 界，沒有「我」，我與宇宙在永恆之流中合而為一，視所有生靈與世界為一體；
左腦的速度很快，能夠產生很多內在的恐懼、憤怒、忌妒、分析批判、自覺脆弱 與各種內心小劇場，時間上總是活在過去或未來，而右腦是「開悟的腦」，具有
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直覺、能感知能量的能力，充滿了美好感受、感激、喜悅、同理心、感覺安全、
並保持在內心的平靜，右腦的時間只有當下與此時，平靜也只能在當下與此時中。
研究者認為人們是可以一邊開放的接受靈性經驗發生但也能一邊感覺恐懼，
也可以先全然的開放發生靈性經驗當理智回神後才感到恐懼，總的來說恐懼像是 來自小我的控制，它會阻礙了大我的敞開與超越。在靈性經驗發生時恐懼，反映 了左腦仍舊維持著世俗教育經驗累積的運作方法，同時在進行非理性思考、帶來 恐懼感，而這是人類出於自我保護而對超過習慣以外的發生的反射動作，因為通 常發生在第一瞬間時，人們就容易被恐懼控制而放棄了繼續往前探索的行動，因 此選擇關閉自己的開放。恐懼感有如洋蔥表皮一般，是一層最外在與小我第一瞬 間的反應，因此在自然靈性漏斗模式中認為需要先突破恐懼向前，才能更深入自 己內在靈性的部分與環境接通。研究者認為透過訓練能控制左右腦，在面對自然 靈性經驗時減緩左腦跳出來產生恐懼感與控制身體的速度與程度，並訓練自己開 發右腦感知與接通場域能量的能力，而在面對自然靈性經驗時，越是減少左腦意 識層面，越能讓純粹的右腦有越深入的體驗發生。