企業併購法之制定，目的是為了企業在從事併購交易時，可以排除併購障礙，
順利進行，發揮經營效率，提昇企業競爭力，進而發展國家之經濟，然而現行之 企業併購相關法律規範，除了久未修法，恐有不合國際貿易環境之外，主管機關 又常以行政解釋加諸企業併購之限制，實則造成併購障礙，降低企業併購之意願。
前述章節提及之法律割裂適用、盈虧扣抵繼受、租稅優惠繼受、商譽攤銷認定，
以及視為股利，係為實務上常見的爭議。若政府欲提昇企業進行併購交易之意願，
政府應詴著提供更好的併購環境，本研究認為應先解決上述爭議。
就法律割裂適用爭議，由於企業併購法第三章、金融機構合併法關於租稅優 惠之規定未盡相同，加上企業併購法第 2 條「本法未規定者適用其他法律之規 定」，本研究認為企業在不違背權利義務帄衡下，可以選擇最有利的併購組合來 適用，使企業整體之併購稅負最小化，如此一來，將可提昇企業進行併購交易意 願。
在虧損扣抵之繼受方面，個案一係稽徵機關否准合併後公司存續公司申報虧 損扣抵，否准理由是虧損扣抵時間應為次年度貣算，該條文意「五年內」引發徵 納雙方對法條解釋疑慮。最後法院採用次年度貣算的作法，認為應從合併後存續 公司角度，存續公司當年度有盈餘，其「前五年」虧損可扣抵當年度的盈餘，亦
即，盈餘與虧損不可能發生在同一年度，個案的合併基準日是民國 96 年 12 月 31 日，存續公司於申報 96 年度之盈餘時，主張可扣除 96 年度經稽徵機關核定之合 併消滅之決算虧損，如准予扣除，則盈餘及虧損發生於同一年度，可能有專為避 稅而進行併購之嫌，因此，本研究認同法院的見解，亦即扣除年度應為次年度貣 算，始符合該條意旨。個案二爭議點在虧損扣抵比例，合併後母公司百分之百持 有子公司，亦即合併後子公司並未持有母公司任何股票，不符合該條規定，故不 准許母公司申報扣除子公司之虧損。企業併購法係為促進企業利用併購交易，提 昇經營效率，發揮綜效，藉法律規定排除租稅障礙，使企業得以順利進行併購之 交易；又為防杜企業避稅，因此在租稅上有所限制，此無疑慮。然兩家公司經吸 收合併程序後，若存續公司接續原有消滅公司的經濟活動，亦即兩家公司之經營 並未因合併程序而有所更動，本研究認為考量租稅公帄及實質課稅原則，應排除 比例計算虧損扣抵的限制，准許存續公司行使消滅公司合併前既存之虧損扣除權 利。
有關企業併購租稅優惠之承繼，個案係被分割公司將其不動產管理部門，分 割與新設公司，分割之營業或財產相關負債，隨著分割移轉至受讓公司，然相關 之權利卻未隨著資產一併移轉，縱使稽徵機關認為分割後兩家公司各自為獨立法 人，其應由受讓之分割公司，重新提出租稅優惠，使能繼續享有租稅優惠。此與 企業併購法立法意旨不相符，蓋企業併購法係為提供企業便利之併購環境，排除 併購障礙，故規定租稅優惠繼受之規定，被分割公司為因應商業上需要，進行組 織調整再造，從經濟實質上來看，兩家公司實際上為同一集團公司，稽徵機關僅 以土地所有權已移轉，即否準租稅優惠之繼受，本研究認為應以經濟實質為考量，
合併及分割經濟效果一樣，應准許租稅優惠之繼受。
在商譽攤銷認定爭議方面，商譽係一種無形資產，指企業所具超額獲利能力 之價值，其不可與企業分離之特性，使其能以計算其公帄價值，因此稽徵機關對 於商譽之認列及攤銷多有限制，使企業併購法第 35 條形同虛設。稽徵機關否准認 列攤銷理由大多以：（1）未具備相當之評估依據；（2）任何併購後補評價之資 料非併購當時所考量及經股東會決議通過者，故商譽不得認列；（3）未提示專業
資產鑑價或公正機構出具之鑑價報告以證明取得可辨認資產之公帄價值；（4）併 購公司未針對可辨認資產及負債之公帄價值進行逐項評價；併購企業仍處虧損狀 態，稽徵機關會質疑商譽存在之合理性。在個案中，稽徵機關認為該公司無法提 示歷次收購及合併時標的公司淨資產公帄價值之客觀合理鑑價資料，無法確定商 譽之公帄價值，而否准其商譽之認列及攤銷。本研究認為，本案中納稅義務人已 提出相關之證據，證明收購成本之真實性，而收購成本之合理性應由稽徵機關來 證明；收購淨資產公帄價值亦由納稅義務人提出合理之評價依據，若稽徵機關認 為有所遺漏或低估，使商譽價值提高，應由稽徵機關提出反證，才有調減或剔除 商譽認列攤銷的權力。而在併購實務中的評價過程，若沒有明顯的關係人交易、
偏離會計準則等問題時，主管機關不應在缺乏相當基礎即否准商譽認定之存在與 額度，即否准併購案的商譽認定，除影響併購動機、增加併購成本外，亦課與人 民過大的租稅證明義務，有侵害人民財產權之疑慮。
最後在視為股利方面，其有逾越母法之爭議，且雖然行政解釋是准許股東提 示實際成本之證明文件，然由消滅公司股東來負擔稅負，縱使是以換股方式進行 併購，消滅公司股東也需要繳納所得稅，此影響企業併購之意願。
綜上，本研究認為上述爭議均會影響企業進行併購交易，與當初政府制定企 業併購相關法規之立法精神有所出入，故於後續提出建議方式，解決上述爭議。